教皇与情妇的关系成了鲍吉亚家族恶劣纪录的开始。以往的教皇也有情妇，但他们从来不像亚历山大六世这般招摇。老头子与年轻美女的风流韵事惹怒了意大利人，闲言碎语四处散布。鲍吉亚家族也由此落得声名狼藉。
与此同时，卢克利齐娅也即将踏上她生命中难以驾驭的奥德赛航程，从她的第一次婚姻直到生命终结。11岁以前，卢克利齐娅已经两度同西班牙贵族正式订婚，两次都被亚历山大六世解除，随后，在1493年2月，卢克利齐娅被许配给乔瓦尼-斯弗扎。婚约规定，婚后一年内卢克利齐娅不得被带离罗马，在此期间不得有实质性的完婚。此外，彩礼高达31000杜卡金币。同年6月12日，婚礼在梵蒂冈奢华的庆典中举行。
据说这桩婚姻并不幸福。乔瓦尼是个懒散、神经质的家伙，年龄还是卢克利齐娅的两倍。他试图暗中挑起米兰反对鲍吉亚，而教皇当然有所觉察。亚历山大六世原本指望从这桩婚姻中获得的政治、外交利益全都没有实现。乔瓦尼显然浪费了卢克利齐娅的非凡价值，而教皇也受够了。卢克利齐娅在佩萨罗很不快乐，并且她已经更加适应了罗马不再那么危险的生活。乔瓦尼开始害怕了，对自己的姻亲们也不抱希望了。1497年1月，乔瓦尼从战场返回罗马，发现妻子对他十分亲切，亲友们也格外友善。他意识到这是个危险的信号，立刻乔装逃回佩萨罗，并进一步要求卢克利齐娅追随他去。卢克利齐娅拒绝回到那个“乡下”宫廷的愚蠢氛围里。随后，教皇为她提出了离婚申请。
这成了卢克利齐娅-鲍吉亚名誉上的重大转折点。乔瓦尼-斯弗扎在多方施压下不得不同意离婚，但只能通过签署一份证明他性无能的文件才行。乔瓦尼满腔怨恨，自尊严重受损。
乔瓦尼对鲁多维科-斯弗扎说，教皇之所以想要他离婚，是为了独享卢克利齐娅。那时，卢克利齐娅才18岁，对她的指控，鲍吉亚的反对者们急不可待地采信了。至今，历史学家对这项指控的准确度仍各执一词。过去，几乎所有人都深信确有其事，但是现在发展而来的一种全新的观点表明：乔瓦尼不是渴望复仇，就是他确实相信那是真的。因为他是一个来自冷漠家庭的冷酷男人，根本不理解鲍吉亚家族成员之间的亲密与温暖。这项始于父女乱伦的指控很快就波及到她的哥哥们，包括切撒尔和胡安。在一份纪念雅科波-桑纳扎罗的悼文里，就集中反映了当时公众对卢克利齐娅的看法，她被称做教皇亚历山大六世的“女儿、新娘与儿媳”。
确实，鲍吉亚的子女之间的关系非比寻常。卢克利齐娅爱她的三个兄弟，也为他们所钟爱，尤其是切撒尔和胡安。然而，这两位长兄之间妒忌远多于友爱，却是人尽皆知。乱伦指控一经传出，人们立刻认为这就是切撒尔和胡安不和的原因。而真实缘由更可能是亚历山大六世对胡安的过分偏爱。尽管事实上，切撒尔是长子，而且一直以来他在才智、人情世故、仪表方面都优于胡安。当他们的异母兄弟，佩德罗-路易过世后，胡安竟跳过继承顺序取得了甘迪亚公爵的地位，这大大激怒了切撒尔。卢克利齐娅敬爱胡安，把他当做一个极富魅力的英雄崇拜。她当然也爱切撒尔，但似乎他们早年的关系还欠缺了点亲密。然而却是切撒尔把她卷入了一系列构成鲍吉亚邪恶传奇的奇异事件中。
1503年，73岁的教皇离奇地死去，他的助手约翰-伯查德生动地记下了当时的情景。
教皇在床上来回翻腾，吞咽困难，他的脸涨成了桑葚的颜色，周身的皮肤开始脱落，肚子上的脂肪化成了水，肠子涌了出来。亚历山大六世挣扎了好几个钟头才断气，但他需要面对的羞辱才刚开始。就在他乌黑的尸体开始流汤儿的时候，他的舌头突然肿大起来，并把嘴顶开了。据伯查德回忆，他的嘴就像炉子上的水壶一样冒着白沫。他的尸体像气吹的一样鼓了起来，宽度很快就和长度一样了。最后，它爆裂了，每一个孔洞都散发出硫磺一般的恶臭。威尼斯大使写道："那是人们见过的最丑陋、最怪异、最恐怖的尸体了，怎么看怎么不像人。"这番话同样可以用来形容亟待改革的罗马教廷。
巴斯托尔在其《教皇史》第四卷中写道：1503年8月6日，教皇亚历山大六世偕同他的大儿子凯撒在一位红衣主教的别墅中设宴，他们与别墅的主人开怀畅饮，这时在罗马城的居民中正流行着瘟疫。教皇在正午１２时突然倒在床上，不省人事，整个下午未苏醒过来，傍晚断了气，其尸体迅速腐烂，呈现肿胀，以致使他的家族怀疑他中毒致死。
巴斯托尔接着写道：后来罗马街头流传他错饮了一杯原为这位红衣主教准备的毒酒，应该说，害死教皇亚历山大六世的是一种“毒品”，但这种毒品不是别的，是罗马瘟疫的“毒菌”。这里，巴斯托尔承认教皇具有中毒的现象：全身浮肿，尸体迅速腐烂。
教皇亚历山大六世俗名鲍尔济亚-罗德利戈，出身于鲍尔济亚家族，他的舅舅阿尔丰索于1455年当选为教皇，于是倚仗其舅舅的地位，他得到了意大利几处富庶的封地，眼光便露出了贪婪世俗财富的馋相。1457年，他在罗马教廷掌管财政，深知教廷中出售一个大主教或红衣主教职位能获得巨额款项。这与后来出现的“鲍尔济亚毒药”直接相关。
“鲍尔济亚毒药”就是教皇亚历山大六世利用设宴之机把毒药放在客人的酒中，毒死对方。这是该教皇的一种计谋，为了把教廷一些红衣主教的财产攫为己有，为了出售空出的教职而大发其财，为了把各公爵最富有的教堂和他们的财产依法转归己有，所有这一切，目的都在于满足自己奢侈的生活和放荡淫逸的纵欲，以及醉心于教皇国的军事扩张。
提起教皇亚历山大六世的腐化生活，那是罗马街头人人皆知的。该教皇身材魁梧，浓黑的眉毛、鼓鼓的眼睛、肥厚的嘴唇，微微隆起的长鼻子，仿佛用刀切削过的，向里缩了进去的短下巴，使他从侧面来看，活像一头公绵羊。
他经常采用“鲍尔济亚毒药”使自己家族致富。在1502年4月21日，一位名叫费拉里的红衣主教突然去世了，这使亚历山大六世家族得到了50万杜卡特。次年４月，死神又突然带走了红衣主教米基耶基，教皇的人马冲进了他的庭院抢夺他约15万杜卡特的财产时，死者的身体还未僵冷呢。谋杀案与教皇及其儿子凯撒有关。因此，教皇亚历山大六世之死可能是教皇本人放毒而误喝这杯毒酒，也可能是教皇的儿子放的毒，教皇事先不知道而误饮。
