与其说察合台汗国的前期是因为窝阔台系首领海都的军事压力才承认后者的宗主权的话，不如说他们的联合更多的是由于两系从铁木真在世时就传承下来的传统亲情和友谊，而且都哇汗与海都还有高度一致的意识形态，即都坚持自己作为黄金家族正统后裔的自豪感，以及对改变了蒙古人传统的拖雷系的强烈不满。
所以蒙元对察合台系、窝阔台系的宗主权与其他形式的宗主权有所不同，后者之间的关系在一定时期带有很大程度上的同盟者意味。黄金家族的历史就是这样值得玩味。当年察合台在自己拥有充分条件的大量时间里，完全没有把察合台本人或者本系推上帝国汗位的考量，反而一直忠诚地辅佐窝阔台系，包括窝阔台本人承继汗位乃至窝阔台之子贵由的即位。即使察合台系后人利用拖雷系内忽必烈和阿里不哥自相残杀的机会，从容建立了自己的小汗国之后，依然一直不敢也没有对整个帝国最高权力的图谋，而是兢兢业业地继续帮助窝阔台系对汗位的追求和“追索”。
不过，1301年（元成宗大德五年）察合台系和窝阔台系的联军遭到了毁灭性的打击，这次失败不同于以往的是，他们共同的精神领袖海都的离世。当时，都哇汗和40余位两系的诸王们，组织了近10万人的大军，越过阿尔泰山一路向东，准备一举攻克哈拉和林，一时间蒙古高原上风声鹤唳、人心惶惶，好在元成宗铁木尔派出镇守哈拉和林的前线大将、其侄海山（即后来即位的元武宗）运筹帷幄，加上元军将士同仇敌忾、奋勇争先，才把两系军马击溃，海都这位在反叛帝国中央政府的过程中，唯一有能力与拖雷系一争高低的领袖般的人物，不幸在撤退中死去了。
海都的离世，对拖雷系无疑是天大的喜讯，也是窝阔台系完全灭亡的开端。但是，这场战争的真正意义还不仅于此——察合台汗国在不经意间脱离了窝阔台系加在他们头上的宗主权：那位曾经受父亲海都之命辅佐都哇汗的察巴尔，一点也没有能力继续他父亲用毕生精力和心血开创的窝阔台系家业，他虽然于1302年（元成宗大德六年）在都哇汗的支持下担任了窝阔台系领地的首领，但是，在此年就接受了都哇汗的建议，二人共同上表蒙元朝廷，又一次承认了蒙元帝国对中亚地区的宗主权。
都哇汗是聪明的，也是非常现实的。他很清楚，在海都这位共同的反拖雷系精神领袖殒命后，察合台汗国的地位决不是取决于海都的儿子即他的继任者，而是更多地要看势力对比过于悬殊的蒙元中央政府了。如果都哇汗继续奉窝阔台系为宗主，没有了海都的察合台汗国难以避免迅速灭亡的下场，但是如果息兵罢战、保留对蒙元形式上的宗主权，既可能为本系争取独立存续的空间，又合理地摆脱了窝阔台系原来的宗主权羁绊。
就像先祖察合台一样，都哇汗依然继承了他身为蒙古人大法官察合台之后、擅长理性判断的优秀基因。
察合台系、窝阔台系共同对成宗称臣，标志着帝国的统一又一次恢复了。与以前有所不同的是，在蒙哥时代尚处于中央政府直接有效治理并征收赋税的中亚地区，经过忽必烈和阿里不哥的内斗、蒙元朝廷和察合台系、窝阔台系的斗争，已经基本上失去了直接管辖的可能，察合台汗国也真正成为了蒙元帝国内一个独立的藩属国了。
