第二日，又由蒯礼卿做东，把大家请到吴园，泛舟游乐。吴园又称愚园，在南京中华门内，当时是南京最大的私家花园之一。中有清远堂、双桂轩、栖云阁、春晖堂、水石居、课耕草堂、秋水蒹葭、延青阁等名胜。该园仿苏州的狮子林而建，是南京城里第一等的幽雅去处。郑孝胥写有《题吴园水榭》一诗：“旧隐新营意最殊，曲廊小景向来无。过桥山色闲相引，隔水林风清可呼。”诗中可见当年盛景。春雨绵绵，大家水中泛舟，直至薄暮，返回问柳堂，浅酌一杯，微驱寒意，再登刘省三河楼，观秦淮河夜景。
众人的两次聚会，都谈到了崇尚科学、提倡科学的议题，并倡议设立金陵测量学会。第二天的聚会结束之前，谭嗣同向各位分发了《金陵测量学会章程》，供大家带回去考虑修订。这个倡议是谭嗣同最早提出的，他在杨公馆见到杨仁山两次从欧洲带回的各种仪器和图纸，有数百种之多，在当时都是堪称稀有之物。如何正确使用而造福社会，尽快发挥它们应有的作用，则是谭嗣同一直在思考的问题。不能让这些仪器库存有年束之高阁。谭作为一个维新改革家，随时随地都不放过任何改革社会的机会，当时全国各地各种协会组织纷纷成立，如农学会、不缠足会等。在这两次聚会之前，谭嗣同心中已对成立金陵测量学会酝酿已久，并草拟了章程。
从谭拟的章程内容看，这是一个以学习测量和使用各种仪器的组织，要求会员将各自所拥有的各种仪器凑集一处，地点就选在杨仁山的住宅。因为杨仁山所拥有的仪器最多，且住宅宽敞可容纳多人在一起活动。成立之初的第一个月，大家在一起先熟悉各种仪器，共同演习，并提出：“此会既为学问起见，尤不应有迎送寒暄种种虚文应酬，方为实事求是。”追求学问和科学知识，是该协会的明确目标。
加入此学会者熟练地掌握各种仪器的使用技术后，各人根据自己的情况和喜好，选择专门一项，作为个人的专长，深入研究，精益求精。专门之项中有测天和测地两大总门。测天即观测天象，包含天文学和气象学；测地则又分为立点距离和平点距离，立点距离指山川河谷之类，平点距离指道路田畴之类。所用的仪器有天文镜、子午仪、经纬仪、叠测仪、十字仪、地平仪、测向仪、罗盘、行船记里轮、陆地记里轮、水准钢束带、度时表带、寒暑表、风雨表、燥湿表、量风器、量雨器、量潮器等等，包括了天文、气象、测量等各项内容。要求每人各选一门，暂勿贪多。对以上所选的这些仪器，都须有人专门学习使用。可以专门学习一件，也可以数种兼习，自己先学会、学精，然后再推广给别人。各人先期在家专习，然后定期会测。
该章程最后说明：“俟成效显著，徐图扩充，然后劝捐购器，刻图出报，聊为公会。洪由纤起，高以下基，孚甲培养，轮图离奇，雅思渊才，倘或许之。”这里的意图很明显：金陵测量学会就是寄希望于造就知识渊博的科学人才。
十日之后，杨仁山与谭嗣同在花牌楼寓所邀请各位聚宴。大家参观了从欧洲带回的各种测量仪器。也就在这一日，金陵测量学会宣告成立。
杨仁山所以能从欧洲带回大量仪器，是因为他早年从事工程建筑，深知测量之学的重要。他曾说过：东西之别，完全在于学问；各行各业皆有学问存在其中；学习西方就是要追求学问和科学。他带回这些仪器的目的是为将来办学所用。推广科学必须创办学校。再加上儿子杨自新学的就是测量。他带回这些仪器，也是他将来办学的事业之备。但是，他办的刻经处的经费常常捉襟见肘，迫不得已的时候，只能出卖这些仪器以充刻资。为获得更多的经费，聪明的杨仁山将从欧洲带回的天地球的材料，做成天球和地球，一对一地卖给各处的学校。他与两个儿子都精于仪器之学，自制的天地球仪尽善尽美，外表的贴面纸委托法国巴黎的印刷厂彩印，非常美观，销路很好。当时一些在中国的外国传教士也前来购买，为在中国办学校传播科学所用，并且认为产品美观，价格便宜。
金陵测量学会成立后，会员们曾先后三次到南京下关的长江边上演习测量。但是，后来该学会开展的活动很少，可能是各位会员更热衷于政治和文艺之学，而难以深入到自然科学之中去。另一个重要原因是会员们多方奔走，因缘聚散。到1898年正月谭嗣同离开南京之后，该会也就于无形中解散了。这是中国近代第一个测量学会，是由谭嗣同和杨仁山发起组织的，会员是一批具有维新思想的文人，起着团结维新人士、传播西方自然科学的作用，得到了诸如汪康年、梁启超、唐才常等维新人士的积极支持。他们虽未直接参加学会，但为购买和推销仪器、图纸等方面则多方出力。
这一年，杨仁山与南京官场一批具有维新思想的年轻官员接触频繁。他们每有聚会都邀请杨仁山参加，对此，在留存于世的《郑孝胥日记》、《艺风老人日记》中均有多次记载。四月二十日，皇帝后宫女学老师文廷式到达南京。缪荃孙与张季直宴请文廷式于吴园，邀请杨仁山等在南京的文化名流十多人作陪。文廷式是1890年的进士，维新事业的积极参与者，强学会的骨干成员。他对佛学也有浓厚的兴趣，数年前曾捐资杨仁山刊刻《大乘法界无差别论疏》。五月端午节，这一批文化名人又一次雅集吴园，午后饮宴于秦淮河的游船上。
在这些交往中，他们都把杨仁山当作一位学贯中西的长者来看待，对这位佛学家尊崇有加。同时，杨仁山在学界的名声越来越大，慕名前来问学的人也越来越多。杨仁山的佛学事业将迎来一个全新的时期。
此年，湖南正在兴办时务学堂。自京师大学堂创办以后，各地都开始兴办学堂。谭嗣同受时务学堂筹建人的委托，向杨仁山订购从国外带回的教学仪器、机器图纸和自制的天地球仪，并推荐杨仁山的次子杨自超前往时务学堂管理仪器。杨自超自广东巡抚衙门回南京后，还没找到适合的工作。九月开学之前，杨自超护送仪器到湖南长沙。学堂分配他管理学堂的财务，兼任测量课教员。
四、戊戌之变
1898年，是农历戊戌年。这一年，在京城，中国历史上著名的维新运动“戊戌变法”发生了。伴随变法而来的是一场血腥的宫廷政变，一心要变法改革的年轻皇帝光绪被囚禁，参与变法的六位志士被砍头示众，清廷变法图强的希望被全部扑灭。一切都逃不过慈禧太后的手心。
这一年年初，谭嗣同受湖南巡抚陈宝箴之子陈伯严的邀请，到湖南协助陈宝箴推行新政，同时任教于时务学堂。他携带家眷离开南京前，将自己在南京所购的一套珍贵红木家具赠送给老师杨仁山。
湖南是当时中国维新事业的大本营。湖南一些有维新思想的人创办时务学堂的目的，就是为了酝酿思想，培养维新人才。学堂的总监是熊希龄，梁启超任总教习，学生中唐才常、蔡锷、蒋百里、范源廉等等。这些都是清末民初历史上的重要人物。
谭嗣同到达长沙后，一边任教于时务学堂，一边协助陈宝箴巡抚谋划维新新政。他们成立的“南学会”的宗旨是：“联络南方诸省志士，相与讲爱国之理，求救之之法”。他们主张“废科举以育人才，开议院以达下情”。他们创办了《湘报》，并以《湘报》为媒介，传播南学会的改革维新主张。
五月，梁启超离开湖南，前往北京参与维新变法。梁离开时务学堂时，首推在上海《萃报》担任过主笔的江西才子桂伯华接任总教习一职，但桂伯华因事未能成行。
六月，光绪皇帝发布“定国是诏”，戊戌变法开始。翰林学士徐致靖向光绪皇帝举荐谭嗣同，于是，谭嗣同受命赴京，经南京、上海，于八月底到达北京，途中将杨仁山长子杨自新带在身边。九月五日谭受到光绪皇帝的召见，授四品衔，在军机处任机要章京，审阅各地奏章，起草诏书，商量国事，成为皇帝身边参与变法的得力将才。谭受职后，将报单寄到南京，贴在杨仁山新乔迁的延龄巷新居的大门上，末尾署名为：“受业门生谭嗣同”。
光绪皇帝维新变法的事业似乎注定要失败。从六月一日发布朝廷诏令，推行新政。新政的内容主要是：废除八股考试、奖励科学发明、提倡民办工业、实行议论自由、召开国会以行宪政等等。到九月二十一日慈禧复出“训政”，便宣告变法失败。变法仅百余日，所以称“百日维新”。
谭嗣同作为光绪皇帝维新变法的得力将才，在上任不久曾密商袁世凯支持光绪废除慈禧，导致慈禧发动了血腥的宫廷政变。政变发生后的九月二十二日至二十四日，谭嗣同找到他少年时的武术老师大刀王五，策划营救光绪皇帝，但未能成事。大刀王五劝谭出逃，自愿当他的保镖，但谭主意已定，决心从容就义。谭被捕之前，住在浏阳会馆寓所“莽苍苍斋”。他完全可以与康有为、梁启超一样，脱身逃亡。梁启超前往会馆劝说谭逃走时，谭对梁启超说：“不有行者，无以图将来；不有死者，无以召后起。”日本使馆也来人再三劝他立即离开会馆，他则坚定回答：“各国变法，无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也，今日有之，请自谭嗣同始。”此言斩钉截铁，落地有声。
从谭九月五日蒙光绪召见受职，到二十六日被逮捕，仅只二十余日。九月二十四日，谭嗣同与林旭、杨锐、刘光第等人被先行革职，交步军统领衙门捉拿审讯。当晚谭嗣同知道情况紧急，就让一直在身边的杨自新到天津去办一件事，并要求他不管发生了什么，都要回南京去侍奉老师，不要顾他。杨自新更知道情况紧急而不肯离开谭嗣同。谭嗣同再三对他说：“你必须要走，不必贴在里面，你死无名，万一不变你再回来。”
杨自新按照谭的嘱咐，到天津去了。谭嗣同在寓所模仿父亲的口气和笔迹给自己写信，骂自己“不忠、不孝”，要脱离父子关系等等。因为有这一凭证，谭嗣同被处决后，父亲谭继洵未受到太大的牵连，只受到撤职处分。
九月二十六日，谭嗣同在寓所被逮捕。三日后，九月二十八日下午四时，谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、康广仁、杨深秀六人，以“大逆不道”的罪名，被押入菜市口斩首。这日，刑场上观众达万人之多。谭嗣同等毫不畏惧，从容不迫，口中高喊：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”这一天，天地昏暗，山河悲鸣，万人挥泪。谭嗣同为祖国的前途和命运而捐躯，年仅33岁！
谭嗣同就义前曾在狱中的墙上题诗一首：
望门投止思张俭，忍死须臾待杜根；
我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。
谭诗中所提到的张俭和杜根，都是汉朝人。张俭因为弹劾朝中权贵而被通缉，四处流亡，望门投止；杜根因劝邓太后把皇权还给皇帝而受酷刑。而今，有同样遭遇的谭嗣同，却是横刀向天笑，只留肝胆相照天地间，一身正气，视死如归。
六君子就义后，大刀王五与他的兄弟们为谭嗣同收拾尸首。杨自新从天津潜回北京，参与料理谭的后事，然后才回南京。第二年谭嗣同遗骸运回故里，葬在浏阳城外石山下，墓前刻有一副对联：
亘古不灭，片石苍茫立大地；
一峦挺秀，群山奔趋若波涛。
中华有此儿女，国运何惧不兴？当前虽然黑云压城，但维新事业必然如群山奔趋，波涛汹涌。六君子就义十多年后，腐败没落的晚清王朝终于寿终正寝。
变法失败，政变发生，谭嗣同被杀，这一系列事件，也影响到身在南京的杨仁山。杨步伟在自传中写道：“在西历1898年，我那时九岁，有一天晚上祖父和叔叔慌慌张张到后进来叫我母亲他们给小孩都带出去，从后门到隔两家的米店内去躲躲，说要有兵来围家里了。”这次“兵围”，就是搜查杨宅，看是否有与谭嗣同有关的蛛丝马迹。杨仁山在官场上的朋友多，早得到官府要搜查自己家的消息。他将过去的书信、《时务报》报纸及一些宣传品均行销毁。官府来人搜查，不过是例行公事，当然什么也查不到。
杨仁山与谭嗣同的交往不仅仅是缘于传授佛学。杨仁山自小不愿参加科举，有反清排满的思想，及至游历西欧各国，对维新变法自然举双手赞同。谭嗣同在南京的时候，推销梁启超在上海主办的《时务报》，就得到杨仁山的积极支持。杨多方联络销售点，推广该报。杨与维新人士的交往，包括组织成立金陵测量学会等等，都表明杨仁山积极赞同、支持维新事业。现在，年轻的谭嗣同，这个一心要使国家富强发达的仁人志士倒在了清政府的屠刀下，使杨仁山一颗慈悲的心灵深感震惊和悲痛。这是一个怎样无望的国家啊！这是一个怎样腐败透顶的政府？拯救人心的事业任重而道远……
