六朝古都南京是最适合文人学士居住的地方。杨仁山与缪荃孙、刘世珩这些长期居住在南京的文化名人经常相聚在一起，或饮酒赋诗、畅游秦淮、吴园等胜迹，或讲经说法、探讨儒释道的高深学问。在这个文化圈子中，后来又增加了陈三立、刘师培、沈曾植这些重量级的人物。
陈三立书法作品陈三立是湖南巡抚陈宝箴的儿子，字伯严，号散原。他是著名国学大师、历史学家陈寅恪的父亲。他自己也是著名的诗人和书法家，1886年的进士，曾任吏部主事。他为了帮助父亲推动维新变法事业，放弃吏部主事一职，回湖南与黄遵宪等人创办时务学堂、武备学堂、《湘报》、南学会等，使湖南成为维新变法的中心。他与谭嗣同、丁惠康、吴保初四人被称为“维新四公子”，名动一时。戊戌变法失败后，陈三立与父亲一同被革职。
1900年，陈三立携家眷移居南京。到南京后，他就成了金陵刻经处的常客。杨仁山对湖南的时务学堂极有助谊，为之提供了大量的教学仪器。杨仁山的儿子杨自超是陈三立部下的教员和总务长。杨仁山与陈三立两人以前从未谋面，但都了解对方，互相极为尊重，尽管二老年龄相距有十五六岁，但也一见如故，成为知己的朋友。当时陈三立住在白下路刘世珩的旧居中，与刻经处相距不远，经常往返深柳堂，听杨仁山讲经说法。从陈三立的诗作：《过杨仁山居士听说法》中，可体现陈三立初听杨仁山说法的情景。此诗曰：
车马喧驰道，
人生有寤歌，
初寻居士语，
鸟雀散庭柯。
大地不知处，
万灵相与过，
病为众生病，
已悟病维摩。
陈三立虽然对佛教没有深入地研究，但他喜欢与杨仁山在一起，听杨讲经说法。他曾在一文中写道：“余于教旨虽自外，然颇喜与居士游，听其讲授。”1905年，陈三立与李有芬等人创办铁路公司，筹建南浔线。他为了帮助杨仁山实现创办僧学堂的愿望，施重资让杨仁山创办“祗洹精舍”。因而陈三立也算是祗洹精舍的创办人之一。在祗洹精舍初创时期，陈三立投入了相当多的精力，并曾担任过短期的汉文教席。
从1900年陈三立移居南京，到1929年离开南京去江西庐山，他在南京寓居了29年，与杨仁山建立了深厚的友谊，并帮助杨仁山发展佛教事业，对中国近代佛教的复兴贡献了自己的绵薄之力。1937年，卢沟桥事变发生，陈三立悲愤填膺，绝食抗议，五日后逝世，享年85岁。
刘师培，是后来在上海与章太炎、蔡元培、谢无量等人一起参与反清革命的青年学子。他1902年在南京考场参加乡试并中举人。在考试期间，他去刻经处拜访杨仁山，向杨仁山了解佛学知识，对佛学深有所悟，连续做诗四首赠杨仁山。四首诗曰：
十载秋风白下居，
此心寂照证真如。
一从物我相忘后，
三界唯心万象虚。
支那印度古名国，
白马传经忆昔时。
无量恒河无量劫，
而今象教又沦夷。
黄金世界不可睹，
物竞风潮日夜深。
欲挽狂澜障君辈，
何时重证菩提心。
震旦扶桑原咫尺，
多君海国访经回。
何当更放光明藏？
无量群生慧业开。
刘师培对杨仁山复兴佛教、弘扬佛法及从日本寻回失传的古代大德经典所作出的贡献，给予了极高的赞扬。后来二人成为忘年交的朋友，一直联系不断。1907年，杨仁山创办祗洹精舍，就是通过刘师培的介绍，聘请苏曼殊任英文教师的。
沈曾植，是清1880年的进士。他博古通今，学贯中西，当时被称为“当代大儒”。他对佛学深有研究，与杨仁山长期交往，对杨仁山极为尊重。杨仁山逝世后，在金陵刻经处建塔安葬，塔铭就是沈曾植所撰。
周馥与杨仁山是安徽池州籍的同乡，二人早年均效力于曾国藩和李鸿章的麾下，又曾在修复金陵城防城建中共事，成为终生的好友。杨仁山只做事不做官，一生致力佛学事业，而周馥追随李鸿章，一生官运亨通。到1904年，周馥回南京，任两江总督。两个老朋友又时常在一起。他受杨仁山的影响，对佛学也有浓厚的兴趣，晚年以学佛娱老。
周馥在任两江总督期间，周馥接受杨仁山的建议，创办了南京第一个女子学校，即“旅宁学堂”，专收女生。杨步伟就是该学堂的第一届学生。当时能进该学堂的学生百分之八十都是官家子女。南京官场上，安徽、湖南人居多，所以称为“旅宁”。杨步伟在回忆录中说：“开学的这一天学堂门口绿呢轿子红伞不知多少，因为周玉山（周馥字玉山）总督亲到的，他的太太和大媳妇也来了。周本人算名誉校长（那时叫总办），帮办是沈士然……来宾都是南京的候补道和现任官等，因要听我祖父去训话，但是我祖父后来没有去。”
杨仁山为什么没有去训话，杨步伟在书中没有交代，可能觉得自己的身份不适合，也可能是身体的原因。几年前他生了一场病，病后腿脚行动很不方便。他已经年老，快70岁了，深感自己体力衰弱，因而减少了与外界的交往。为了致力于佛经的校勘和研究，他甚至对外谢客。
两年以后，周馥调闽浙总督，尚未到任，又改调两广总督。他临行前，到刻经处跟杨仁山告别。都已年至七十的两个老人依依不舍，不知何日再能相见。第二天，杨仁山写了一封情感极为深厚的简信和八本刻经处所刻印的佛典作为送别礼物派人送往周府。信中说：“昨蒙垂顾，惜别殷殷，旧雨重逢，未知何日？会（文会）以足疾，不能随侍旌旄，遨游粤峤，寸衷耿耿，墨楮难宣。唐诗有云‘此心曾共木栏舟，直到天南潮水头’，可谓先得我心者矣。”寥寥数语，两个老人的终生之谊尽显笔底，怎不让人感动至深。
一年以后，周馥以年老多病，奏请回籍就医，被朝廷准许。杨仁山得到消息后非常高兴，立即致信，对老朋友说：“娱老之方，莫妙于学佛。世间万事，置之度外。神游极乐之邦，虽南面王，吾不与易也。阁下既辞轩冕，敢以此言奉劝。”周馥退休后专心学佛，是一个虔诚的佛教徒。他对佛学的崇敬也影响了家庭的成员，周氏家族中很多人都学佛礼佛，前面说到的建国后担任全国佛教协会副会长的周叔迦就是他的孙辈后代。
五、与章太炎的不睦
欧阳渐在《杨仁山居士传》一文中说：“……唯居士规模弘广，故门下多才，谭嗣同善华严，桂伯华善密宗，黎端甫善三论，而唯识法相之学有章太炎、孙少侯、梅撷芸、李证罡、蒯若木、欧阳渐等，亦云伙矣。”这段话说明，章太炎也是杨仁山的门下弟子。但从现在掌握的资料看，章太炎没有直接在杨仁山那里学佛。如果说他是杨仁山的门下弟子，也是间接的。章太炎是在夏曾佑的影响下学佛，1903年被捕入狱，至1906年释放。在狱中他专攻佛学，读《大乘起信论》和《成唯识论》，这些都表明他与杨仁山有一定的师承关系。但他后来却与杨仁山发生了一段颇为不睦的事。
1909年4月，身在日本的章太炎写信给余同伯，告知日本有一印度婆罗门教的梵文教授，该教授答应了他的请求，为留学日本的中国人教习梵文，月薪40银元。如果专程到印度请梵文教师，没有两三千元则不能办到。要求余同伯告知杨仁山，从金陵刻经处派一批学生前往日本学梵文。章太炎提出此邀请的原因是，付该教授月薪40银元，他一人承担有困难，学生多了可以分担费用。
此时，余同伯正住在刻经处，二十多天后，章太炎再次致信余同伯，并同时致信杨仁山，告诉杨仁山，有一印度婆罗门师欲到中国传吠檀多哲学和考察汉土佛教，该教授深通婆罗门教，学识精博。在章太炎看来，婆罗门教是大乘佛教的前身，后来两家合一，所不同的是外在形式不一样，希望杨仁山能接待该师，并在中国讲学传经。章太炎同时告诉余同伯，望余同伯能将详情告知杨仁山，以完成此举。
杨仁山一生护持正法，最不容混淆视听，对婆罗门教与佛教的关系，他在给夏曾佑的信中已说得很清楚：两者没有传承关系，佛教出，婆罗门教的众多贤哲从善如流，归从佛教，而非佛教出自婆罗门教。杨仁山在《代余同伯答日本末底书一》中告诉章太炎：“佛法自东汉入支那，历六朝而至唐宋，精微奥妙之义，阐发无遗。深知如来在世，转婆罗门而入佛教，不容丝毫假借。今当末法之时，而以婆罗门与佛教合为一家，是混乱正法，而渐入于灭亡，吾不忍闻也。”从此信的行文口气中已可看出，杨仁山态度坚决，不会欢迎婆罗门教来混乱正法。杨在信中又说：“桑榆晚景，一刻千金，不于此时而体究无上妙理，遑及异途问津呼？”果断地拒绝了章太炎的请求。至于派学生去日本学习梵文，因当时祗洹精舍筹资艰难，经费无着，能否继续办下去还是个问题。因此他在给章的信中如实相告：“此时，祗洹精舍勉强支持，暑假以后，下期学费，未卜从何处飞来，惟冀龙天护佑，檀信施资，方免枯竭之虞耳。在校僧徒，程度太浅，英语不能接谈，学佛亦未见道，迟之二三年或有出洋资格也。”
除了经济的因素外，学生程度太浅也是杨仁山不同意派学生去日本的一个重要原因。
末底是章太炎在日本的别名，梵文是慧的意思，也是“般若（智慧）”的别名。
章太炎接到这封信后，对杨仁山的答复很不满意，回信言词颇为激烈地指责杨仁山。杨仁山在《代余同伯答日本末底书二》中，以余同伯的口气告诉章太炎，仁山师看完信后，面对指责笑而置之，因为指责的内容实与仁山师无关，检阅去信，也不知是什么话语触犯了你，而使你大动肝火？仁山师信口所答，无非护法深心。仁山师说话直起直落，无丝毫委曲，平常接人待物都是这样。信的最后告诉章太炎：“……招学梵文启，送去多纸，亦无人愿往。吠檀多教者，纵来中国，我也无力接待也。”
杨仁山虽然不同意派祗洹精舍的学生去日本，但还是向南京附近的许多寺院发了广告，招收学生，可惜无人报名。
此事不能使章太炎满意。杨仁山留给章太炎的印象也已经变坏。后来他在文章中对杨仁山的一些言论作了批评，如杨仁山曾说过，欧洲人饮食起居，比我们先进，肯定是前生信佛的原因。章太炎批评说，如果是这样，为什么现代的欧洲人都信基督教？进而指出，佛教讲的是涅盘之因，不是讲富贵之因的。虽然批评得很有道理，但如果没有这次的不睦，章太炎会不会对这句闲谈之语进行批评而又写进文章中？
六、佛与道之辨
1908年，年仅28岁的青年道教学者陈樱宁来到南京，向杨仁山请教长生不老之道。他为了对症治病，到处寻求高人指导，包括佛、儒、道各家。他此次拜见杨仁山，却没料到杨仁山讲了一个令他大失所望的故事。
故事说的是北魏的昙鸾，初本学佛，但因生病，希望能求得长生不老之术，延长寿命，他才能更深地研究佛学的精髓。他从梁朝的道学家陶弘景那里得到仙经十卷，便决定选择名山，依法修行。行至洛阳时，碰到印度来的佛学家留支，昙鸾就问他：佛经中有没有长生不死的办法？有没有比仙经更高明的地方？留支回答说，这是哪里的话，佛教中哪有长生不老的说法，纵然是获得长生，还是不能超越轮回，长生又有何用？留支送一卷《观无量寿经》给昙鸾，告诉他这才是“大仙方”。昙鸾叩拜而受，然后将陶弘景的仙经焚烧，专修净土宗。
听完这个故事，年轻的道学家心傲气盛，一口气向杨仁山提出昙鸾这个人有四大错误：第一大错误是学佛的人学长生之法，是怕寿命太短，一朝大限临头，不能满足学佛的志愿，说明他目的错误，对中国的神仙学没有真确的见地，其实佛家所具有的理论，中国《易经》并《老》、《庄》书上早就说过，唯名词不同而已。昙鸾何尝领会得到？第二大错误是不该问留支，留支是印度人，那懂中国神仙家的发明。如果佛教中有长生之法，为何释迦牟尼只活到80岁，岂非是“问道于盲”？第三大错误是弃实求虚，心无主宰。长生是实，有目共睹；往生是虚，拿不出凭据。昙鸾一会儿学佛，一会儿学长生，见到留支又焚仙经，可以说他本人毫无定力，完全随他人意志为转移，所谓近朱者赤、近墨者黑就是他这种人。如果说昙鸾之所以不学长生是因为怕堕入轮回，我们姑且不论长生是否必定坠入轮回，以及净土是否必定免除轮回，这些都是空谈，无从取证。就算是净土成熟，即可免除轮回，假设不幸，还没有往生极乐，就已肉体埋土，岂不是又要堕入轮回？如果灵魂能够往生净土，不必期望长短，这是把灵魂和肉体分作两截，诚不知，心之外有物，物之外有心，他的理论是不圆满的。第四大错误是擅焚仙经，行为乖谬，其罪过超过了秦始皇焚书。姑不论仙经修炼是否能真的长生，起码也能驱病延年，此书自有它的价值，你自己不看，何不转送他人，非得要焚烧？现在普通的善书，封面常有“自己不看、转送他人”字样，仙经纵不好，比较善书还高一级。如果说仙经难免有误，要焚烧它，那么请问昙鸾，你又没有按书上方法修炼，怎么知道它的优劣？如果说凡是延长寿命的书籍都是不好的，不论优劣，一概焚烧，那么世间的医书，药店里的草药，还有五谷杂粮，都能够延长寿命，你昙鸾何不统统去把它们烧掉？
陈樱宁雄辩滔滔，如飞砖直拍杨仁山的脑门，明眼人也能看得出来，年轻气盛而又才华横溢的陈樱宁有强词夺理之嫌，潜意识里可能是想激怒杨仁山。但杨仁山听后微笑不语。等陈樱宁火气平息下来以后，杨才说：“仙佛各有独到处，是非本不易说。学者亦各有因缘，难以勉强，只好各行其志而已。”
陈樱宁不得不承认这话说得最好。
多年以后，陈樱宁回忆往事，在文章中写道：“今日思之，杨老先生的度量，确与其他佛教徒不同，虽然受着我许多罗嗦，仍是平心静气。若换个别人，恐怕早就要‘怒发冲冠’、‘面红耳赤’了。杨老先生的宗旨，虽与我极端相反，但是对于他人格上，亦有相当的敬仰。”
陈樱宁是安徽怀宁人，道号圆顿子，是近代兼通儒、释、道、医及养生学的著名道教学者。他认为我国传统的学术流派不止儒释道三家，而是儒释道仙四家。他所说的仙学，就是古代神仙家延年益寿的养生学。新中国建立后，陈樱宁曾任浙江省文史馆员，第一届中国道协会副会长兼秘书长，第二届道协会会长。第二、三届全国政协委员。被道教界称为“当代的太上老君”。
