稷山会战后，朝鲜朝野还有驻朝明军都松了一口气。
釜山倭城内，小早川秀秋、宇喜多秀家、毛利辉元商议下一步行动计划。
“杨镐来后，各路明军已经转向进攻，小西行长已南退开始固守，清正部估计也坚持不了多久，太阁来信了，让我们先固守一冬。”毛利辉元说道。
“各处新筑的城要加固，没有完工的要尽快完工，从现在起，抓住朝鲜人不要杀了，送到沿海各地筑城。”小早川秀秋说。
“太阁身体已经不行了。”毛利辉元说。
“难道我们就坐以待毙？”宇喜多秀家问道。
“当然不是，我打算彻底消灭朝鲜水军。”小早川秀秋说。
“听说他们又起用了李舜臣。”宇喜多秀家说。
“对，在最近的一次海战中，我军已经败北。”小早川秀秋说。
“你有什么主意？”秀家问。
“李舜臣水军已移师珍岛，我军必须拿下珍岛，一旦拿下珍岛，我们的运输舰就可以毫无顾忌的搭载数万将士沿黄海北上，以江华岛为基地而登陆，然后杀向汉城。接下来，小西行长和加藤清正兵分两路杀向汉城，如此南北夹击，朝鲜可定矣。”秀秋说。
“如能成功，倒不失一良策。”秀家道。
“关键问题在于鸣梁海峡，若想拿下珍岛必须穿越鸣梁海峡，鸣梁海峡狭窄，且海潮没有规律，峡内暗流涌动。”小早川秀秋说。
“你打算怎么做？”宇喜多秀家又问。
“一百三十艘战舰，两百艘运输舰，一共三百三十艘，搭载二万名将士，由藤堂高虎、加藤嘉明、胁坂安治率领，趁着顺流的时候穿越海峡，一举歼灭李舜臣的水军，然后二万名士兵直接沿着海路北上，接下来，源源不断的士兵会乘坐运输船北上。”小早川秀秋说。
“阵容很豪华，很强大。”宇喜多秀家说。
小早川秀秋笑了。
作战命令下达后，藤堂高虎拿着作战命令说道：“鸣梁海峡一天四次潮起潮落，峡底暗礁重生，多暗流、漩涡，只有在涨潮的时候大船才能进去，在潮落之前必须出来，所以此战需要速战速决。”
“既然如此，我们就带一百艘战舰在涨潮之后冲进去，迅速将其消灭，然后再退出来。”胁坂安治说。
从九月份开始，各处的日军船舰开往兰浦集结，不大的兰浦港集结了数百艘日本战舰和运输舰。
日本水军大举压阵的消息传到了李舜臣驻扎的珍岛，众人听了惶恐不已。李舜臣喊道：“如今我们已是退无可退，就让我们在这里跟倭寇水军展开最后一战，战者生，惧者死！”
九月十五日，日军先头部队六艘关船驶入鸣梁海峡，被李舜臣迎头痛击，六艘战舰调头就跑。
万历二十五年，一五九七年九月十六日，藤堂高虎尽起一百三十艘战舰和二百艘运输舰杀向鸣梁海峡。两个时辰后，日军舰队已经抵达鸣梁海峡入口处。此时在鸣梁海峡的出口处李舜臣的十二艘战舰和从朝鲜西海岸飘来的一艘板屋船，一共十三艘板屋船严阵以待，为了防止日军攀爬，李舜臣在十三艘战船的周围搭上白布，并在布上扎满铁钉。
“胁坂君对这场战斗有什么看法？”藤堂高虎问。
“听说朝鲜重新启用了李舜臣，你说他真有那么神乎？”胁坂安治问。
“哪里呀？他就是仗着船身大，火炮数量多，现在只有十几条船，还能做什么呢？”藤堂高虎说。
“你看你看，潮水涨上去了。”胁坂安治说。
“传令开进去。”藤堂高虎命令道。
刚开进鸣梁海峡，就看见李舜臣指挥着十三艘战舰开了过来，李舜臣的战舰空放了几炮调头就跑。
“看见没有？这就是他们的水军。”藤堂高虎说。
藤堂高虎和胁坂安治“哈哈”大笑。
“追。”藤堂高虎命令道。
李舜臣将许多民船伪装成战船放在海峡深处，藤堂高虎以为那里是朝鲜水军的大本营，更坚定了他追击的信心。
此刻，海流正由东向西，日舰航速很快，越往里走海峡越窄，胁坂加治开始有些担心。此时，李舜臣的十三艘战舰已经驶过珍岛碧波亭，李舜臣看见行进中的日舰有些犹豫，便让舰上朝军擂鼓、摇旗、呐喊、大笑，藤堂高虎顿时怒火中烧。
由于航道狭窄，藤堂高虎将一百多艘战舰每十艘编成一队，徐徐驶过了碧波亭，大批日军战舰威风凛凛的向十三艘朝舰驶来，十三艘朝舰上有李舜臣新招来的二百名水军，这些新人看见日舰驶来吓得不知所措。
李舜臣喊道：“大家不要怕，今日我们是为了国家而战，历史和国家会记住我们，多少父老、多少兄弟、多少姐妹都被倭寇杀害，难道大家还怕死吗？只要我们勇敢就会胜利，惧怕只会失败，为了国家，为了死去的亲人，为了我们的后代，战斗！”
李舜臣随即下令向日舰开火，十三艘战舰一起开火，日舰当中的一艘大型安宅船前庭当场被击中，海水灌了进来，藤堂高虎和胁坂安治立刻乘小船离开。十三艘战舰齐向日舰逼来，双方进行了炮战。朝舰装备火炮的杀伤力远远超过大筒，转眼间，日舰被击沉四艘，朝舰虽然被打得满目疮痍，但并无一艘被击沉。由于航道狭窄，一百多艘日舰无法得到展开，只能由十几艘安宅船在前面打，后面战舰无法上前。
加藤嘉明指挥着后面的战舰向前拥，冲上前去的日舰几次被李舜臣的炮火打了回来，朝舰上的朝军拿着鸟铳和日军互射。日本水军根本没有现代海战的概念，仍然采用落后战法，等舰船靠近后，由士兵攀上朝舰砍人。有些日舰还没有靠近就被李舜臣的火炮打毁，十三艘朝舰四周白布上布满了钉子，日军无法攀爬，有的日军登上朝舰后迅速被朝军杀死。胁坂安治命令火攻，几十艘日舰上的水兵开始向朝舰发射火箭，一时之间万箭齐发，也有很多火箭落入海中。船身周围的布都被海水浸泡过，火箭射上去迅速被熄灭，朝军船上很多水兵被射死。眼看漫天火箭射来，李舜臣让众人匍匐下来躲在船边，有的战船被火箭点燃，开始燃烧，朝军又连忙灭火。李舜臣让人架起弩机，将一发发点燃的炮弹装在上面向日舰发去，一时间数十发炮弹向日舰袭来，当头的二艘日舰顿时报销。
此时，峡内海流转向，退潮开始，海水开始从西往东灌，日军的一百多艘战舰顿时被潮流冲得七零八落，不成队型，许多前进中的战舰被海流冲得往后退。船板上的日军站立不稳，有的直接倒在地上，大船左右摇晃，舱内水手也无法摇橹，此时的鸣梁海峡已经乱成一锅粥，李舜臣让人放下铁锚，扎稳了战舰。朝军的十三艘战舰对着日舰猛烈开火，处在乱流中的日舰一艘艘被打沉。藤堂高虎急令全线撤退，撤退中的日舰更加混乱，有的日舰由于互相撞击而沉没，一些小的战舰直接被撞翻。李舜臣让人拔起铁锚，十三艘朝舰顺着海流在后追，十三艘战舰万炮齐发，朝军也用弓箭和鸟铳对着日舰上的日军射击，藤堂高虎被鸟铳击中，让人扶了下去。日军战舰的撤退和退潮的洋流又冲撞到了后面的二百艘运输舰，二百艘运输舰不知所措的堵在那里，影响到了前面舰只的撤退，被李舜臣追上后又是一番炮击。好在二百艘运输舰刚进入鸣梁海峡，二百艘运输舰搞清楚形势后，迅速退出海峡，此时的一百艘战舰已经顾不上什么了，争先恐后的往后撤，此时的海流已经开始平缓，剩下的战舰都先后撤出了鸣梁海峡，撤出海峡后，日军战舰和运输舰一起越过兰浦，直接撤到了釜山。
鸣梁海战，日舰被击沉三十一艘，日将来岛通总、得居通年战死。鸣梁海战后，日本水军不敢西进。战后，朝鲜上下振奋，宣宗发动全国动员令：平安道督造战舰十五艘，黄海道督造战舰十八艘，京畿道督造战舰二十艘，忠清道督造战舰十二艘，全罗道督造战舰六艘。
