对于布兰登·巴塞洛缪来说，二十年前的这个雨夜发生了太多事情，吉尔伯托·吉尔伯奈翁的来访与“创世纪”的觉醒在同一时间发生，博士体内的芯片虽然超过阀值而失控焚毁，再也无法登陆“世界”，可他已经无需亲眼目睹那片大陆上发生的事情，将有越来越多的人成为他的眼睛、耳朵、手脚，代替他为了“世界”中的十亿灵魂而奋斗终身。
巴塞洛缪本人并非合格的领导者，作为一名传统物理学家，他缺乏领袖最重要的特质：野心。不过邓波·威廉斯则完全不同，这个戴着眼镜、留着约翰列侬式长发的工程师看似默默寡言，实际内心蕴含着无数疯狂的念头，是他率先提出幽灵组织的发展模式，“同世界上所有的邪教一样，我们需要几点基础特征：第一，描述一个末日；第二，提供一种拯救；第三，建立一种阶级。在绝望的情绪下按照严格阶级结构团结在领袖周围的组织是坚不可摧的，即使没有人知道真相，组织也会强有力地运行下去。只要具备这些特征，只消几年时间我就能建立起一个庞大而隐秘的宗教团体，——啊对了，种姓制度是个不错的主意……”
马黛儿·提摩西则说：“你的想法并不适用于‘世界’内部，对于游戏中的人格来说，没有比真相更加高尚的奋斗目标了，两个世界的概念本身就足以吸引爱好自由的人们，我想我可以在‘世界’内逐步建成这样一个组织，按照吉尔伯奈翁的思路寻找超越规则的方法。”
最后，两个人一齐问巴塞洛缪：“那么，最终目标是什么？”
博士想了想，说：“令‘世界’中的灵魂获得自由。”
“如何做到这一点？他们毕竟是量子计算机的数字线程而已，无论如何难以脱离量子网络的桎梏。”
“通过生物芯片。可能性就摆在我们面前。他们可以离开量子网络，以另一种形式在这个世间生存。”
“就算突破阀值是可能的，但一个身体怎能容两个灵魂共处？”
“我做过模型演算，芯片异化还有第四阶段，触须会攻占中枢神经系统，彻底改造大脑，将人体的思维器官作为电信号的存储与运算中心，只要第四阶段完成，来自‘世界’的灵魂就可以彻底获得人类躯体，得到真正的自由。”
“你知道那对身体的主人来说意味着死亡，博士。”
“可以说是必要的牺牲吧，为了更高级的生命形式。我们人类不也同样向往着外面的世界吗？无论付出任何代价……”
“明白了。接下来我们要做的是什么？”
“壮大自己。寻找方法，缩小幽灵区，提高同步率，尽早突破阀值。”巴塞洛缪眼神闪亮道，“最重要的是隐藏好自己，让‘世界’以游戏的姿态公诸于世，使尽可能多的人类被植入生物芯片。——但不能操之过急，在找到突破阀值的方法之前，一定要忍耐。找到志同道合的伙伴，为他们植入原始芯片任其接受选择。我们在做的，是站在生命繁衍的层面推动‘世界’进化的上帝之工作。我们应该为此感到自豪。”
“能被称作‘神’，这是多大的荣誉啊博士。”邓波说道。
“我们是被选择的人。”马黛儿说。
三个人的手紧紧握在一起。这就是幽灵组织诞生的时刻。二十年时间如白驹过隙，邓波·威廉斯如今被称为“幽魂”，是幽灵右手（现实部分）控制中枢“金矿”、执行部门“银矿”、情报部门“铜矿”、保护部门“铁矿”、量子网络支援部门“锡矿”的最高领袖；马黛儿·提摩西被称为“银灵”，是幽灵左手（“世界”部分）的指挥者。而布兰登·巴塞洛缪本人被称为“魅影”，是这庞大组织的精神领袖，主宰一切的幽灵之中的幽灵。
二十年中发生了太多事情。首先，吉尔伯奈翁造访的第三天，小顾铁就被“创世纪”召唤至地下洞穴见面，接着被抹去记忆送回地面，男孩的神智迷迷糊糊记不起这段往事，巴塞洛缪尝试查阅监控录像，发现这一切与男孩的过去一样同样笼罩着迷雾无法看清，他忽然醒悟这很可能是量子计算机的某种布局，会给幽灵的未来增加若干变数，于是狠下心来将男孩送上开往远东地区的洲际列车，让小顾铁远远离开自己身边。
如同转动第一只齿轮，命运的连锁开始发生，很快赤枭兄弟会就进入新生幽灵的视野，因为幽灵在德国找到了一名同步率高得异常的十岁女孩，就在迎接女孩的路上，一伙全副武装的士兵在高速公路上袭击了车队，使得三辆汽车接连爆炸，女孩当场死亡。巴塞洛缪利用“创世纪”的力量找出了敌人的来历，惊恐地发现那只是冰山一角，人类社会底层潜伏着这样一只巨大无比的怪兽，没人知道兄弟会从何而来，因何存在，只能感觉到它正在缓缓浮出水面。
几年后，巴塞洛缪找到了强有力的武器，那是名为“聆听者”的人工智能程序，利用自己权限内的量子网络配时，博士以“世界”的真实演变模型为基础建立了聆听者系统，它不仅仅可以通过海量数据分析对未来做出准确预测，更可以沟通游戏内外的幽灵信徒，成为凝聚整个组织的中枢神经系统。聆听者可以寻找到同步率最为契合的人类个体与游戏人格，引导他们相遇、相识，通过某些事件将同步率进一步提高。只要同步率够高，就算在没有网络信号的地方聆听者也能向幽灵成员发出指示，它能将信息通过无所不在的电磁波进行碎片化广播，在人类体内的生物芯片处归并成有意义的字符串。
不过这强大的武器并非无所不能，某些神秘的规律左右着聆听者的工作状态，就连巴塞洛缪本人都无法完全操纵这套系统，聆听者发出的指令似乎是完全随机的，有时还要通过“世界”中的特定人格作为中介来传输。
数年后，幽灵掌握到一群特殊的人类，他们被称为“候选者”，每个人都有着极高的“世界”同步率，身具无限潜能，聆听者认为这些候选者将左右两个世界的未来，因此幽灵的工作重心开始转为保护候选者，——在兄弟会的手中拯救这些特殊个体。面对兄弟会强大的神之子部队，幽灵的武装力量屡屡受挫，马黛儿·提摩西这时提出一个理论，如果在生物芯片上装置一个过载保护装置，使得进入第三阶段的异化芯片能较长时间维持形态，就可以召唤出游戏中的关联人格进入现实世界，获得游戏中的强大能力。而这样做的代价，就是死亡，——被延迟几分钟之后发生的惨烈死亡。巴塞洛缪对这种残忍的做法略有疑虑，不过随着战况严峻，不得不默认幽灵使用逆降临来扭转战局。
当发现自己的养子顾铁是一名候选者的时候，巴塞洛缪博士心如死灰，他早就想到这种可能性，只是无论如何不想把儿子牵扯进这场残酷的斗争。他发出了常规保护的指令，并未特别对顾铁加以关照。此时形势日趋严峻，GTC内部开始了一场清洗运动，将大量的幽灵成员秘密除去，长久以来幽灵以GTC总部作为根据地，利用量子网络资源运行着“聆听者”，这场大清洗立刻使幽灵的指挥系统陷入混乱，多名高级领袖失踪，马黛儿·提摩西以最低调的处世姿态默默留在世界项目组内，而调任通讯处首席系统工程师的邓波·威廉斯受到了第九处的调查讯问，他不得不在下一轮严密调查到来前偷偷溜走，目前隐藏在保加利亚某处小城市中，指挥着幽灵右手的日常工作。
巴塞洛缪明白大清洗不是偶然事件，是因为兄弟会的势力已经渗透至GTC高层，起码占据了十二名执行委员的大半席位。战局已经倾斜，幽灵右手成员正在逐渐失去量子网络配时，就连老人自己都被逼离GTC总部，被迫到雪山度假。而就在这时，“世界”正式发售的消息公布了，巴塞洛缪听到这个消息时，一语不发坐了下来，手抚心脏长长叹息。就在几分钟前，他从邓波那里得知幽灵与兄弟会展开了正面战争，一名身具极高可能性的候选者正在战局混乱的中非共和国遭到袭击，而这个人，就是他的儿子，他的小顾铁。
老人不得不做出决定。他知道一旦此时赶往GTC总部阻止“世界”发售，自己的幽灵身份就会彻底败露，兄弟会绝对不会放过自己。可若不做出点什么，上千万个灵魂就会被瞬间抹杀，那是世界之父最不愿看到的事情。幽灵正在输掉战争，他们在等待的只是一个信息，一个同步率突破阀值的信息。在二十年的长久研究中，他们得出一个结论：阀值是两个世界界限的瓶塞，只要有一次、无论是谁在何种情况下突破阀值，规则就会被彻底打破，墙壁将会轰然崩塌。可这个时刻迟迟没有到来。
