有了一定的经济基础作为后盾，段祺瑞面对派系林立的局面，他坚决坚持来用武力手段统一全国。为此，1918年他动用了直系精锐部队(主要是吴佩孚军)去湖南与湘、粤、桂军战，以为这样既可保存皖系实力，又使直系主力远征西南，两败倶伤，他便可坐收渔利。
1918年2月2日，吴佩孚奉段氏北洋政府命令，率军入湘，对湘、粤、桂联军作战，而其所部主帅曹锟则在此次“拔湘之役”中，从2月6日抵汉口起即“逗留汉口，每日招妓数十，饮酒打牌，并纳名妓花宝宝为妾”，用“侵挪军饷12万元，运动选举副总统”。奉张亦垂涎副座而“投入段派与西南各省及冯总统战争之漩涡”。3日，他受段指使，通电指责直系主和派李纯“身膺节钺，首倡调和，长彼凶锋，怠我士气”。15日，张敬尧奉段指使率第七师尾随吴师南下，亦抵汉口。2月5日，段祺瑞令北洋政府以明令任命吴佩孚署中央陆军第三师师长。吴佩孚率第三师及三个混成旅于26日抵蒲圻，作分兵三路进攻岳州的准备，其部署是：以第三师为主力，第二、第三两混成旅沿武岳铁路攻击联军正面，以第一混成旅王承斌部由嘉鱼；经太平口、鼓花洲(今谷花洲)沿江岸攻击联军侧翼；以第六混成旅和第四混成旅攻击羊楼洞，并于3月11日，一举攻占了这一通往武昌的咽喉要道，突破了西南联军第一道防线。
3月12日，吴佩孚亲率第六混成旅向联军第二道防线云溪发起攻击。守军是陆荣廷之子陆裕光第一混成旅和湘军一个团的兵力，吴于15日即占领云溪。16日，吴下令对岳州发起总攻，他以5万兵力攻击西南联军9万之众。联军内部矛盾重重，消极防堵，互不相援，吴部于18日进占岳阳，完全控制了湖南。湘、粤、桂联军内讧，弃城南逃。
岳阳失守，联军节节败退，一泻千里，战争形势急转直下；吴佩孚乘胜追击，率部猛进，分路夹击，夺取衡阳，“常胜将军”由此得名。联军退至长沙，总司令谭浩明束手无策，在其所召集之团以上军事会议上，联军互推战败责任，乱作一团，谭氏出布告道：“岳阳小挫，军事之常，本帅坐镇，自有主张。安居乐业，勿稍惊慌。”而第二天，这位总司令便弃守长沙，逃往桂林去了。
谭氏出走，联军瓦解，败局不可收拾。湘军集结粤桂边境，谭延阊派张其键返湘观察形势并联合吴佩孚以求生路。
26日，吴氏率第三师未经战阵，未失一兵一卒，大队浩浩荡荡进入长沙。而皖系大将张敬尧在几经败阵之后亦赶到长沙，声称与吴师“会师长江”，“平定川、粤”，做得利之渔翁。
吴佩孚在湘取得大胜，使段祺瑞不可一世。27日，冯为战局所迫，请主战派头目段氏复职，上任伊始，段即任命嫡系张敬尧为湖南督军，且在虚任省长谭延闾接任前(明知谭不可能就职)由张兼任，同时命令吴氏率部南下，向湘南及两广进军，为皖系打天下。
与此同时，段下令“查办冯玉祥。但遭全体官兵一致抗议，声明：宁与旅长同死，不愿任其独去，否则请将全旅官兵九千五百五十三人一律枪毙，以谢天下”。
段氏损人利己的举措，引起了吴氏行动方向的改变。他以为凭“战功”湘督一席稳操在手，可是，督军与地盘联系在一起，它关系到势力的消长。段氏清楚，吴佩孚若得手湖南，再向前推进，直系曹、吴就兼有湘、鄂、豫、直四省地盘，声势越发不可遏止而将无敌于天下，故深深地感到：动用直军赴湘作战为本系扩张势力，事与愿违，得不偿失。号称“常胜将军”的直系后起之秀吴佩孚无意中引起派系意识强烈的段氏极大的疑惧，所以，段氏急令嫡系张敬尧率领四倍于吴氏的兵力(加上原驻湘范国璋师、李奎元师和田树勋师)以援吴为名随吴入湘，以监视和争功，并借机扩张皖系实力和地盘。
吴佩孚见到段祺瑞厚集兵力，任命湘省督军兼省长，实在咄咄逼人，无异于“螳螂捕蝉，黄雀在后”。吴为自己和本系的利益和命运计，决定“不可再战”、“罢战主和”并“撤防北归”。
4月初，段祺瑞在得意忘形和恐惧吴氏之余，实无退路，制订了下一步“武力统一”西南的方针：“定湘援龙(济光)，同时并举”；“用湖南作制服两广的基础，用四川作制服滇黔的基础”，一面“虚攻衡、宝，以掣敌势”；“一面阳出郴州援粤，阴由闽急攻潮惠，奇兵制胜”。限一个月定湖南，三个月平两广，半年统一全国，端赖此举。按照这一计划，吴佩孚将奉命攻中路，由长沙经湘潭向衡山、衡阳前进。
西南联军在岳阳、长沙失守后，决定“暂取守势”，退驻衡山、永州(今零陵)一线，而其主帅谭浩明已率先撤回广州了。所以，24日，吴佩孚又未费一枪一弹而占衡阳，但不再前进一步。
此时，广东军政府因战败而自乱，声言承认冯国璋代理大总统为“合法”，向直系大送“秋波”。湘军总司令谭延闾公开声称吴佩孚“罢战”是“出于公心”。“愤于段氏专横，欲结西南，以期促进和平，协谋国事，情意恳切”。
在这种形势下，5月4日，西南军政府改组，达到了驱逐孙中山的政治目的，孙中山通电辞职，愤懑地说：“南与北如一丘之貉。”似已认识到直系吴佩孚与桂系陆荣廷谋妥协旨在倒皖、抗日和反孙，但却提不出正确的革命纲领和对付办法。
5月25日，南方滇系头目唐继尧、桂系头目陆荣廷捧出旧官僚岑春煊为军政府主席总裁，排斥孙中山。岑初上台，秉承滇、桂系的意愿，对直系吴佩孚求和心理更加迫切，正可通过吴佩孚联曹(锟)联张(作霖)而倒安福，共谋一项解决南北问题办法。岑氏派出代表赴衡与吴谈判，其结果是：“第一，请公(岑)与萁(唐继尧)、干(陆荣廷)两公连结西南诸帅为一团体，彼(吴)将连结张(作霖)、曹(锟)、王(占元)、陈(光远)为一团体；第二，此两团体互商解决时局办法；第三，发表及实行办法。”
吴佩孚对自己过湖北、下湖南的“赫赫战功”感到得意，对战胜后的形势估计十分乐观，对自己所获得的社会“名誉”非常自豪，说“是役为隋唐时裴元庆之走马取金提焉”，惟独对段氏不满，并以师久战疲为借口不愿再负弩前驱而为他人争地盘卖死力了。这位“平南”主战场上的指挥官的动向，引起段氏的极大注意，不得不玩弄笼络骗术。
4月4日，段祺瑞特授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章；吴佩孚勋二位，二等大绶宝光嘉禾章，曹感到“段恩非浅”，而吴则不为所动。
13日，吴佩孚电告北洋政府：衡州、永州等地，山峰奇险，道路曲折，易守难攻，较之长岳，战略大相悬殊。现正密遣军探，随同乡导，进一步审观地形，俾得熟悉地理，再行前进，免生阻碍。这实际上是托词不前，是“罢战主和”的某种“试探”或“信号”。
22日，坐立不安的段祺瑞以北洋政府名义，特任曹锟为川、粤、湘、赣四省经略使。这一高官，直辖四省兼直督，在民国史上还是第一次出现，而且是非皖系的“特任级”(其次是简任、荐任、委任级)官制。段氏认为拉住曹锟即能稳定吴佩孚，替曹氏铸了一颗银质狮纽大印，其重量超过一公斤。曹锟在名位上得到了某种满足，便挥旆北返回津坐催军饷和运动“副座”去了。
段祺瑞因吴佩孚在衡阳不再前进一步，于5月27日，特派徐树铮亲赴衡游说。徐强调数点：要维护“北洋袍泽”、“北洋一家”，不要干亲痛仇快之事；段、曹关系非同一般，应予献身；应以“大局为重”，切勿“功亏一篑”。吴答以“军人以服从为天职”相敷衍，而徐则贿以巨款相笼络，并吟诗奉承吴氏：
吴公爱民如爱军，与爱赤子同殷勤；
吴公治军如治民，情感信藉由天真；
在军整暇不自逸，雍容雅度尤无匹。
29日，曹锟擅自离汉返津，以守直隶根本地盘，此时张怀芝亦回山东，而南军初败，并无反攻力量，所以南北战争事实上已成停战议和之局。
6月1日，徐树铮从南方游说吴佩孚“胜利”返京。向段氏再献“笼络吴佩孚，分化直系”策略。3日，段采徐意，以北洋政府名义，特授吴佩孚为“孚威将军”衔。这又是“特任级”头衔，在北洋政府的官制上与督军平行。地方或中央实力派加此官阶头衔，等于后补督军，堪称“破格提拔”。这与一般督军下台后始授予“将军”衔不同，他是以一师长职跃升为将军的，是少见的“平步青云”。但段始终不派本系劲旅魏宗瀚师南下，他借“平南”使异己两败俱伤的目的昭然若揭。
吴佩孚是北军将领中有“死战精神”的悍将。他现在宣布退出南北战争并与南军携手，“言人之不敢言”，“谏人之不敢谏”，尊重民意，拥护法统，主张共和，高唱爱国，倒皖反日，颇能左右时局，无疑是对段祺瑞“武力统一”政策最沉重的打击。与此同时，日本在欧战后卷土重来的英美势力的压力下也正在改变支持段祺瑞“武力统一”政策，采取“与列国行动一致”，表面“希望中国统一”的政策。但直系头目曹锟，由前方返直驻津后，受皖系官僚、政客、军人包围、利用和愚弄。他们纷纷力劝曹氏继续主战，并严令吴师进兵广东，仍以副总统为交换条件。徐树铮还特意拉进张作霖，一道向曹疏通。6月17日，徐树铮给曹锟介弟曹锐的密电声称：“三哥事(指曹锟副座)，芝揆(段祺瑞)极所赞助，即嘱弟转知各同人分头进行。奉省本有接洽，弟暂无须前往。三哥勋誉在人耳目，谅易得当也。”19日，曹锟受皖系所指使，在津召开督军团会议，会议结果一致主战。曹氏本意应当与吴一致，主张讲和，但此时“副座”的诱惑力使他又“模棱两可”了。
20日，冯国璋受皖段组织的督军团会议压力，令吴佩孚为援粤军副总司令(张怀芝为总司令)，进攻广东。但此时的段祺瑞已预感到吴佩孚决不服从，“南方之必不可平，乃省其用兵之费，组织新国会，另选总统，为根本倒冯之计划”。而冯国璋亦恐段当选总统，便以南北战争推之于段的手法，以及密令吴佩孚通电罢战主和的计划，挫败段氏阴谋。
吴佩孚前线罢战主和，倒戈相向，还得力于其高级幕僚张其锽的一手策划。张于1918年初入吴幕，运筹帷幄。张与湘军总司令谭延闾是甲辰科同年进士，以“才气纵横”在谭军幕下任军务委员、南武军统领，是谭的副手。他还是湘绅聂云台的妹倩，而聂母则是近代军人的鼻祖曾国藩的女儿。张自命得曾国藩的衣钵，他人亦目为近代词章之土，外号“张半仙”。张氏以谭延闿南军代表资格作吴氏座上客，认为吴是北军中“气吞河岳”的人物。他朝夕与吴畅谈兵略，每以曾国藩、胡林翼治湘军为圭臬，极力献策，力陈“为全国利益计，应重建地方和平”。他说清了湖南问题是南北问题的中心，而谭、吴修好与结合则是解决南北问题与安定全国时局的关键。如果相反，吴将军以“征服者”姿态高压湘人，可用得上《史记》中《项羽本纪》里“楚虽三户，亡秦必楚”的典故。劝吴要以友好合作的方式延揽湘绅、湘军、湘民，约束所部士兵，则湘人必翕然而归。吴听后，肃然起敬，恨相见太晚。吴在发表“罢战主和”叛逆性通电的同时，申明军纪如下：
(1)各军对于防线勤务，不得稍懈，并不得托故请假，如有借词规避等事，照军法治之；
(2)军队驻防之地，应用各物，皆须出钱购买，不得扰及民间一草一木，违者处以军法；
(3)对于本军防守地点之人民。固宜竭力保护，即防线以外，遇有危险发生，亦宜加以援助；
(4)遇有匪类，扰乱治安，危及生命，一律奋勇扫除，不得瞻顾退却，违者以临阵脱逃论；
(5)军队驻防之地，各军对商民，不得有赊欠挪借情事，如士兵负有债项，须从速偿还，倘有强赊硬欠等事，一经发觉，军法从事；
(6)本军驻防地点，每日由本部派遣人员随时随地秘查外，并责成各团营长官，妥维军纪，以保声誉。
根据其他记载和时人评论，吴部军纪良好，以上六项得到严格执行。“吴氏在衡，不惟民皆爱戴，即与南军亦划界相守，情谊信笃”。“吴军驻屯衡阳，剿匪保民，功绩昭然。张敬尧则任意妄为，动拂舆情。湘民屡请以吴督湘，而政府厄于皖系，未能允准”。吴部“兵夙尚风纪，对于民间秋毫无犯，是以颂声载道”。
衡阳的绅士、民众，对吴氏其人其事早已“如雷贯耳”。而吴氏开府衡阳，颇能“礼贤下士”、“广收民心”。其时，南方的护法军各部军纪不好，一败涂地，粤、桂几无可战之兵。惟湖南谭、赵的部队尚能为“护法”奋力。
在此情况下，吴师驻衡，对西南来说，无异利刃插入中原，完全控制了湖南，使西南不战自乱。孙中山先于1918年辞职，赴沪潜心着述，宣扬三民主义。而西南军人、政客原以为吴佩孚将乘胜南指，一举荡平两广。然而，吴佩孚按兵不动，在湘与谭、赵和平共处了近两年时间，从而造成南北均不敢乱动干戈的局面。吴部倘若真的大举南下，是福是祸，将是一种新的局面了。
曹锟虽曾鼓动吴继续“冲锋陷阵，你得争先，别落人后，给咱们争气”。但曹锟是受“副座”的诱惑力而主战；而吴佩孚则是出于爱国心诚和受五四运动的影响而主和的。曹不愿亲自出马是让张怀芝去打头阵，但张是借吴氏“声誉”而出征的。吴主和，张亦不战。《申报》评述吴氏“罢战主和”列举六项原因：
(1)吴军欠饷过久，士卒人人怨望，一旦酿出意外，则堕军纪而丧令誉，殊为不值；
(2)军械子弹有消耗而无增益，用武无地，士气亦日趋消沉，若再稽迟年月，势必举全军锐气荡然无存；
(3)湘军驱张念切，徒以吴师实力与情谊之关系，遂隐忍不肯轻发。乃张敬尧不以为德，反处处防闲猜忌，恩将仇报，尤令吴灰心；
(4)湘军驱张运动已届准备成熟之时，一旦爆发，则吴氏置身其实，殊难取适宜之态度；
(5)湘军急于驱张，自希望吴师之速退。吴师与此撤去，一方面博得南军之好感，一方面借释对张之宿怨；且该军去而南军发动，尤可证明其军事保障衡岳，维持和平之功；
(6)湘军此次发难，虽欲直接间接借重于吴师，然固始终抱定一自决主旨。此后决不肯再将军民政权交付外省人之手。吴氏勘破此点，故于湘省尤无留恋之必要。
但主要原因尚不在这些。而是段祺瑞、徐树铮操纵中央政权，祸国殃民，引起全国反对，也引起吴氏反对。段、徐的政治与军事目的，是以武力追求皇帝式总统。为此，他们大为失策地动用直系精锐部队出征湖南，“驱虎斗狼”，自己则坐观成败，以消耗直系主力——驱使它孤军深入，陷于绝境，借此消灭异己势力。吴氏悟出此点，不图虚声——“援粤军副司令”，而讲实利——反戈一击，以取皖系而自代之。
另一方面，吴佩孚“罢战主和”又充满爱国思想。他认为，欧战后，中国的当务之急，是反对日本侵华亡我之心的不断升级。皖系、安福系热衷于内战而不整顿国家和地方军队，这种举动，决不能御外侮、保主权、安国本。所以他在前线罢战主和，正是铲除卖国求荣的皖系及其整军御侮的开端，政治目的“遂其军事上之布置耳”。此点从他撤防北归途中将土一路上高声齐唱他自撰的——日后洛阳练兵的军歌——《满江红》词牌写的《登蓬莱阁》歌，得到了有力地证实，歌词是：
北望满洲，渤海中，风浪大作！想当年，吉江辽沈，人民安乐。长白山前设藩篱，黑龙江畔列城郭。到而今，倭寇任纵横，风云恶。甲午役，土地削；甲辰役，主权堕，江山如故，夷族错落。何日奉命提锐旅，一战恢复旧山河！却归来，永作蓬山游，念弥陀。
