杉山抗议道：“这是违反我国长期以来的传统的，不应一个人既作出政治决定又作出军事决定。斯大林格勒的灾难就是希特勒集军政大权于一身的结果。”
东条驳斥道：“希特勒元首是兵卒出身，我是大将。”他要杉山放心，他对于军务和政务会给予同等注意。
杉山仍不退让，他坚持说：“说起来容易，但是，如果一个人负责两项工作，在两者利益发生冲突时，试问，你将重视哪项？另外，这也会给将来立下一个危险的先例。”
东条英机强硬地说：“在这样一场史无前例的大战中，必须采取一切措施，即使打破先例也要采取。”
杉山控制不住了，大声说：“如果你这样干，陆军内部的秩序就无法维持！”然而东条一意孤行，他蛮横地说：“如果谁反对，我就立即撤换他！”
第二天，东条解除了杉山参谋总长的职务，自己取而代之。他把首相、内相、陆相、参谋总长4个要职集于一身。
东条英机大权独揽的专断行为，引起了日本统治集团的严重不安。在一些上层“重臣”看来，日本的困境完全是东条领导不力的结果。因此，许多人主张解除东条的首相职务。他们认为，必须起用一位能与盟国进行和谈的人接替东条。这时军队里也有人暗中为谋求和谈而活动。有的人甚至认为，只有把东条杀掉，赶快同交战国和谈，才能使日本生存下去。
就在这个时候，日本舰队和商船被美军击沉的日渐增多，特别是马里亚那之战，美国以较小的损失，击沉了日本3艘大型航空母舰，重创4艘航空母舰，击毁飞机近500架。最后被视为日本本土屏障的马里亚那群岛完全落入盟军之手。美军突破这道“防护堤”之后就可随时直接袭击日本列岛。这下子，日本朝野惊恐万状，东条内阁遭到更猛烈的抨击。
东条政府为了摆脱太平洋战场上的困境，决定在中国大陆上找出路，即让平汉、粤汉及湘桂铁路恢复通车，经由印度支那保持日本与南洋地区的交通线。东条命令这个行动定名为“一号作战”，4月下旬从黄河两岸发动攻势，到9月份实现战略计划。这是东条在中国大陆上发动的最后一次大规模进攻，所以称为“最后一战”。
东条英机在远东国际军事法庭受审当下在由北至南数千公里的战线上，日寇出动兵员50万，战马10万匹，汽车万余辆，大炮1000余门，飞机200多架。从1944年4月中旬到12月初，日寇击溃了国民党部队五、六十万人，夺取了平汉、粤汉、湘桂3条干线，占领150来个大中城市，从而打通了中国大陆交通线。但是，这并未能挽救日本法西斯灭亡的命运。事实上，日本占领的地方越多，背的包袱就越沉重，越处于被动挨打的地位。
日军虽然在国民党战场上得以顺利推进，但在解放区战场上却一个又一个失利。仅在山东解放区，1944年间，八路军就歼灭日伪军36000多人。对东条英机来说，这不仅是军事上的败北，也是政治上的失败。随着战争形势的恶化，他日益成为日本朝野上下攻击的目标。有人称他为“东条天皇”，有人公开宣称：“杀死东条！”
在现代日本领导人中，还从未有过像东条这样集军政大权于一身的人。从表面看来，东条的地位似乎是不容置疑的，但实际上他的统治已经处于崩溃的边缘。自中途岛战役以来，日本的军舰损失不断增加，太平洋上的失地也日渐增多，在日本本国内，生产水平迅速下降，各种日用品大大减少，日本人民生活已经变得十分艰难……严重的形势助长了忧郁不安的情绪，愤恨、不满自然集中在头号战犯东条英机身上。一些人开始筹划暗杀东条。陆军反对派中的一伙人甚至议定了暗杀的时间和方式：在7月的第三个星期，在皇宫附近趁东条的汽车转弯放慢速度时，向他扔了一枚特制的氢氰酸炸弹。
东条在民怨沸腾的形势下，只好去找推荐他上台的宫内大臣本户求助。但是没想到碰了一鼻子灰。木户对东条大权独揽的做法提出批评，并说：“天皇本人也极为生气。”这使东条万分懊丧。他对自己的顾问左藤说：“天皇对我已经失去信任，我只有辞职了。”
1944年7月18日，东条在内阁会议上用沮丧的语调说，他决定辞职。接着，他又狠狠地说，日本战败的责任必须由重臣和其他迫使他辞职的人来负。他愤愤地对阁僚们说：“我必须要求你们全体辞职。”
刚好是4年前这一天，东条当上陆相，不久以后又窃取了首相高位。那时，他曾向天皇发誓，要用东洋人的刺刀来征服中国，征服印度支那，征服东南亚，乃至征服全世界，好与盟友希特勒平分秋色。正是在这种野心驱使下，他当上首相50天后就发动了太平洋战争，一鼓作气侵占了十几个国家和地区。当时的东条是何等荣耀和不可一世！而今，落花流水春光去，“宏大”的抱负成了一场黄粱美梦，自己马上就要下台，这怎能不使他又羞又恼又气又恨呢？
东条递上辞呈，最后一次以首相的身份拜谒了天皇，无精打采地转回家中。随着东条的下台，一些准备暗杀他的计划也就自消自灭了。
东条英机辞职以后，日本先后由小矾国昭、铃木、东久进亲王等人组阁。东条英机依然作为重臣，参与重要国事的商定。由于他的业绩和地位，虽然退出了军政要职，然而对于日本政局依然具有重要的影响。东条英机是一个不甘寂寞的人，他绝不会就此退出历史舞台，不论遇到什么事情，总是要利用自己的身份和资历，出来兴风作浪，干预政事。1945年初，小矾国昭内阁同样在严重的国际国内局势面前发生危机，宫内大臣木户依照天皇意愿挑选新人选，东条居然代表陆军表示反对，结果遭到重臣们的一致抗议。铃木贯太郎组阁以后，日本军国主义已经面临土崩瓦解之势，东条依然竭其所能，影响陆军中青年军官，煽动“宁为玉碎”，抵抗到底。他甚至在日本宣布无条件投降之后，还纵容下属烟中少佐、阿南的妻舅竹下中佐和女婿古贺少住发动政变，企图阻止发布投降公告书，重新掀起战争狂潮。
东条的一切努力无疑于螳臂挡车，丝毫阻挡不了历史前进的步伐。1945年1月，日军在莱特战役中损失7万人。3月，美军占领硫磺岛。5月8日，德国法西斯无条件投降。6月21日，美军占领冲绳岛，日本10万守军全军覆亡。7月26日，波茨坦会议发表宣言，敦促日本无条件投降。8月6日，美国在广岛投下第一颗原子弹。8月9日，苏联百万红军向日军全线出击，中国共产党毛泽东主席发表《对日寇最后一战》的声明。8月15日，如瓮中之鳖、惊弓之鸟的日本政府促使天皇发表停战诏书，宣布无条件投降。
日本投降后，东条英机成为远东国际法庭的头号甲级战犯。9月8日，盟军统帅麦克阿瑟下令逮捕首批被指控的40名战犯。为了掩盖自己的罪行，东条英机曾于8月12日偷偷与阿南和烟俊六串连，证明日本侵略是“自卫战争”。
9月12日，逮捕行动开始了。这位头号战犯依然假装从容，镇静地坐在椅子上。墙上挂着他的大幅礼服照片和一张马来西亚虎皮。下午3点左右，记者们拥进花园，东条夫人带着侍女离开家门。因为怕东条自杀，她向他深鞠一躬，充满感情地请求“多多关照自己”。
东条夫人绕到对面房子花园里，看到自己家已经被军警、警察和新闻记者围得水泄不通。一位美国军官高喊：“告诉这个狗杂种，我们等的时间够长了！”这时，屋子里传出一声沉闷的枪响。随后，人们破门而入。
只见东条没穿外衣，摇摇晃晃地站在一张安乐椅旁，鲜血染红衬衣。人们给他倒了杯水喝。“要这么长时间才死，我真遗憾。”东条英机喃喃地对两名日本翻译说，“大东亚战争是正当的、正义的，我等待着历史的公正裁决。”东条英机早就做好了自杀的准备，他让医生铃木在胸部标出心脏的位置，准确地扣动扳机，可是没打中心脏。
正义之神已经安排他接受人民的审判。
1946年5月3日，由陆军省办公楼改装的远东国际军事法庭开庭。东条英机两颊干瘪，双目无神地站在被告席上，身后是威严的刑警。
“你是否承认犯有发动战争罪？”
“这次战争实在是日本的自卫战争。”
“在中国的土地上杀害中国人也是自卫？”
“日本如同一个18岁的青年，穿的是10岁孩子的衣服，太小了，要扩大……”
人们暴怒了，纷纷高喊：“杀死他！”
1948年12月22日午夜，东条英机在东京巢鸭监狱被处以绞刑。这是一个战争罪人应有的下场！
