陈献章的“天地我立，万化我出”的心学世界观的最后形成，经历了一个思想发展过程，它有三个环节：
(一)元气塞天地
陈献章二十七岁时，曾受学于服膺朱熹的吴与弼。虽然陈献章声称于吴与弼处所学收获甚微，“未知入处”，然而受其影响亦在所难免。例如，他的自然观，即他在解释宇宙万物的形成、变化时，就和程朱理学一样，也一般地称引“气”为宇宙构成的基本因素的观点。
他说：
天地间，一气也而已，诎信相感，其变无穷。(卷一《云潭记》)
元气之在天地，犹其在人之身，盛则耳目聪明，四体常春；其在天地，则庶物咸亨，太和賥赋。(卷四《祭先师康斋墓文》)
元气塞天地，万古常周流，闽浙今洛阳，吾邦亦鲁邹。(卷五《五日雨霰》)
陈献章认为“元气”是构成万物的基本要素，元气变化是古今所以迁改的原因。这正是宋代理学中根据《周易》而形成的一般的宇宙生成观念。例如，张载即认为“太虚无形，气为本体，其聚其散，变化之客形尔。”(《正蒙·太和篇》)程颐亦认为万物“种于气”(《河南程氏遗书》卷第十五)。朱熹更说：“盈天地之间，所以为造化者，阴阳二气之终始盛衰而已。”(《朱文公文集》卷七十六《傅伯拱字说序》)所以，在这里还难以分辨出陈献章“元气塞天地”观点的性质，这还需要看他对“气”之本质是如何理解的：是如同张载那样，把“气”认作是“本体”，是万事万物的最后根源；抑是如同朱熹那样，把“气”看作是“形而下之器”，是“生物之具”，只有“理”才是“生物之本”。
(二)道为天地之本
陈献章虽然认为“元气塞天地”，认为“气”是构成天地万物的最基本的东西，但在“气”与“道”(“理”)的关系上，他认为“道”是根本的，“道为天地之本”。他说：
道至大，天地亦至大，天地与道若可相侔矣。然以天地而视道，则道为天地之本，以道视天地，则天地者太仓之一粟，沧海之一勺耳。(卷一《论前辈言铢视轩冕尘视金玉》上神理为天地万物主本，长在不灭。人不知此，虚死浪死，与草木一耳。
陈献章将“道”与天地(“气”)相比，认为“道为天地之本”，这和朱熹将“理”与“气”相比，认为“理”是“生物之本”的观点极为相近。
如朱熹说：“天地之间，有理有气。理也者形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。”(《朱文公文集》卷五十八《答黄道夫》)陈献章世界观的唯心主义性质，也就开始从这里表现出来。
但在对“道”(“理”)作为超感性的宇宙根源这种性质的解释上，陈献章和朱熹有所不同。朱熹援引《易传》的“太极”和周筇颐的“无极”来加以解释，他说，“圣人谓之太极者，所以指夫天地万物之根也。周子因之又谓之无极者，所以着夫无声无臭之妙也。”(同上卷四十五《答杨子直》)而陈献章则径以老、庄为解，他说：
道可状乎？曰：不可。此理不妙，不容言；道至于可言，则已涉乎粗迹矣。(卷一《论前辈言铢视轩冕尘视金玉》下道不可以言状，亦可以物乎？曰：不可。物囿于形，道通于物，有目者不得见也。何以言之？曰：天得之为天，地得之为地，人得之为人；状之以天则遗地，状之以地则遗人，物不足状也。
陈献章以“不可言”来解释“道”之无形体，以“天得之为天，地得之为地，人得之为人”来解释“道”为万物之根源，与老、庄极为相似。
因为《老子》阐述“道”(“一”)为万物根源时正是这样说的：“天得一以清，地得一以宁，神得一以灵，谷得一以盈，万物得一以生，侯王得一以为天下贞。”(第三十九章)而《庄子》在描绘“道”之不可闻见时也是如此说的：“夫道，有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见”(《大宗师》)。这就预示着陈献章思想的进一步发展，可能不是程、朱的方向，而是另外的方向。事实正是这样，陈献章思想进一步发展，就是他提出万物、万理具于一心的观点，向着陆九渊的方向走去。
(三)心具万理、万物
陈献章虽然认为“道为天地之本”，但他并不像客观唯心主义者朱熹那样，认为“理”是独立于万物之先的某种绝对存在，而是认为有此“心”方有此理，有此“诚”方有此物。他说：
君子一心，万理完具、事物虽多，莫非在我。(卷一《论前辈言铢视轩冕尘视金玉》中天地之大，万物之富，何以为之也？一诚所为也。盖有此诚，斯有此物；则有此物，必有此诚。则诚在人何所？具于一心耳。心之所有者此诚，而为天地者此诚也。
陈献章的“君子一心，万理完具”，“万物之富，一诚所为”的观点，和陆九渊“心即理”(《象山全集》卷十一《与李宰》)、“万物森然于方寸之间”(同上卷三十四《语录》)的观点是相同的。这样，陈献章从开始认为“元气塞天地”，进而认为“道为天地之本”，继而又认为“道”(“理”)亦为我心之所具有，万理、万物、万事，归根到底皆是我心的产物。
陈献章的心学世界观，在理论形态上与陆九渊心学极为相似。
这种心学世界观，陆九渊用“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”(同上卷二十二《杂说》)两语来概括，陈献章则用“天地我立，万化我出，宇宙在我”三言来表达，他说：
此理干涉至大，无内外，无终始，无一处不到，无一息不运，此则天地我立，万化我出，而宇宙在我矣。得此霸柄入手，更有何事，往来古今，四方上下，都一齐穿纽，一齐收拾，随时随处无不是这个充塞，色色信他本来，何用尔脚劳手攘。
陈献章和陆九渊一样，以“宇宙”为自己思索背景，极力强调主观扩充，认为万事万物皆是“心”的创造，皆是“心”的充塞。
但比较而言，陈献章和陆九渊对“心”的理解有所不同。陆九渊所理解的“心”，除了它的知觉能力外，还特别强调它的伦理本性，如他说：“仁义者，人之本心也。”(《象山全集》卷一《与赵监》)，而陈献章所理解的心，则主要是指它的知觉认识能力，如他说：“即心观妙，以揆圣人之用。”(卷一《送张进士廷实还京序》)这样，陆九渊的“宇宙吾心、吾心宇宙”命题，除了包含有万事万物皆我“心”的产物这种哲学本体论和认识论的内容外，还主要是指一种道德修养境界，即指儒家所主张的最高的“天人合一”的道德境界。而陈献章的“天地我立，万化我出，宇宙在我”命题，则主要强调心的知觉作用是决定万事万物的枢纽。他说：
其观于天地，日月晦明，山川流峙，四时所以运行，万物所以化生，无非在我之极而思握其枢机，端其御绥，行乎日用事物之中，以与之无穷。
人争一个觉，才觉便我大而物小，物尽而我无尽。
身居万物中，心在万物上。
这样，陈献章的心学世界观就没有陆九渊心学那种强烈的伦理色彩，而是具有杨简心学那种明显的唯我主义色彩。
陈献章心学不同于陆九渊心学的这个特色，与他受到佛学思想的较深影响有关。在陈献章的诗文中，多次提到诵读佛经，如：“无奈华胥留不得，起凭香几读《楞严》”(卷六《午睡起》)，“天涯放逐浑闲事，消得《金刚》一部经”(卷六《邹吏目书至有作兼呈吴县尹》)，“闲拈曲江句，胜读《法华经》”(卷七《春兴》)，“胸中一部《莲华经》，江云浩浩江泠泠”(卷八《病中寄张廷实》)。他的诗中也不乏禅语，诸如“千休千处明，一了一切妙”(卷五《付民泽》)，“虚无里面昭昭应，影响前头步步迷”(卷五《赠周成》)，“人世万缘都大梦，天机一点也长生”(卷八《再和示子长》)，“得山莫杖，临济莫喝，万化自然，太虚何说，绣罗一方，金针谁掇”(卷八《示湛雨》)，等等，不胜枚举。
这些都表明陈献章与佛学思想有很深的关系。
儒、佛之异，就其根本宗旨而言，儒家旨在践履封建伦理纲常，而佛家则在实现个人的解脱。就“心性”这个问题而言，宋代理学家，无论朱熹或陆九渊都认为“心”、“性”是指人所固有的伦理道德观念或品性，而佛学则指“心”、“性”为人的生理知觉能力。宋代理学家一般都从儒家所主张的伦理道德立场，对佛说进行了尖锐的攻击。
陈献章由于受佛学思想影响较深，故对儒、佛这种分歧和对立，也看得比较淡薄，甚至认为“儒与释不同，其无累同也”(卷三《与太虚》)，承认“白沙诗语如禅语”(卷八《次韵张东海》)。这样，他在“心性”这个理论问题上，在修养方法上，将心学与禅学有时不加深辨，也就是很自然的了。
当然，在根本上说，陈献章还是儒家，在他心中，儒家的宗旨与佛、老学说之间的界限还是清楚的。例如，他曾在《夜坐》诗中写道：
“不着丝毫也可怜，何须息息数周天。禅家更说除生灭，黄老惟知养自然。肯与蜉蝣同幻化，应龟鹤羡长年。吾儒自有中和在，谁会求之未发前。”(卷七《夜坐》)认为儒家所追求的“中和”、“未发之前”，也就是达到完满的、纯粹的、善的伦理道德境界，与佛家的超生死、道家的求长生是不同的，并表示自己最终还是要维护儒家立场的。他说：“近苦忧病相持，无以自遣，寻思只有虚寂一路；又恐名教由我坏，佛、老安能为我谋也。付之一叹而已。”(卷三《与容一之》)所以当有人攻击他“流于禅学”时，他就加以分辨，声称这只是迹之近似，而非实有所同。他在答一学官的信中说：
承谕有为毁仆者，有曰：自立门户者是流于禅学者。甚者则曰：妄人率人于伪者仆又安敢与之强辩，姑以迹之近似者为执事陈之：孔子教人文行忠信，后之学孔氏者则曰，一为要，一者无欲也，无欲则静虚而动直，然后圣可学而至矣，所谓“自立门户者”，非此类欤？佛氏教人曰静坐，吾亦曰静坐；曰惺惺，吾亦曰惺惺。调息近于数息，定力有似禅定，所谓“流于禅学者”，非此类欤？(卷二《复赵提学佥宪》
总之，陈献章力辩自己的修养方法，虽然形迹上和佛、老的“禅定”、“主静”有某种相似，但根本目标还是为了达到孔子提出的修养目标，为了使“圣可学而至”，所以不是“自立门户”，不是“流于禅学”。应该说，陈献章的辩白是符合事实的，整个明代心学都有这样的理论特色：表面上虽带有禅学色彩，但本质上仍是儒家思想。
