崇祯九年十二月二日，皇太极以朝鲜大王李倧拒不接见大清使团，不接受其国书，朝鲜使臣罗德宪、李廓参加皇太极在沈阳正式举行的称帝大典拒不下拜为由，皇太极派济尔哈朗守盛京，阿济格、阿巴泰守辽河入海口以遏薛家军、明军，令多尔衮、豪格分统左翼满洲、蒙古兵，从宽甸入长山口；户部承政马福塔等率兵三百人突袭朝鲜王都，多铎、岳托等人率数千兵马接应，皇太极亲自与大贝勒代善率其他各路人马共十二万大军征伐朝鲜。
清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南下，仅仅十二天便抵达朝鲜京城下，京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”；朝鲜大王李倧再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判拖延时间，等待各路勤王军的到来，。[
这时朝鲜大帅张晚已经病逝，出任主将的李贵一面率领四万大军勤王，一面向在旅顺的薛家军求救，因为是兵马万户伊朝芳的防区被建虏突破，急于将功赎罪的伊朝芳未到朝鲜京城，就被岳托、豪格消灭了，吓得李贵率部躲回平壤再也不敢出城。
李贵、伊朝芳的人马是朝鲜最精锐的，现在李贵、伊朝芳的人马一败，整个朝鲜根本没有能跟建虏一战的军队，各路勤王军都畏惧不前，崇祯十年正月，清兵先后击败全罗道、忠清道等地的援军后，朝鲜大王李倧真心向清军求和。
皇太极恐朝鲜再次反清，遣多尔衮袭破江华岛，俘虏朝鲜王妃、王子、宗室、群臣家属，皇太极要求朝鲜大王李倧出城投降，朝鲜大王李倧得知江华岛失陷，知道大势已去只好求和。崇祯十年年正月三十日，朝鲜大王李倧脱去王服改穿青衣率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营向皇太极行三跪九叩之礼请罪。皇太极降旨赦之。
双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝为正朔，定时贡献，并送质子二人。此外朝鲜大王李倧亲明反清的主要人物弘文馆校理尹集、修撰吴达济及台谏官洪翼汉缚献清军，三人后来在盛京被建虏杀害。
满清和朝鲜双方签订和议：朝鲜大王李倧以长子李溰、次子李淏赴清朝作人质，每年黄金百两、白银千两、水牛角二百对、貂皮百张、鹿皮百张、茶千包、水獭皮四百张、青黍皮三百张、胡椒十斗、腰刀二十六口、顺刀二十口、苏木二百斤、大纸千卷、小纸千五百卷、五爪龙席四领、花席四十领、白苎布二百疋、绵绸二千疋、细麻布四百疋、细布万疋、布四千疋、米万包。
满清还不满意，将五十万朝鲜人作为俘虏押回国充作奴隶，并掠走朝鲜大量物资，后来朝鲜大王李倧向满清支付赎金赎回了一些人；朝鲜被迫与明朝和薛家军断交，接受满清的册封，成为清朝的藩属国，皇太极命令朝鲜出兵旅顺，朝鲜大王李倧出战船五十艘协助满清攻打旅顺的薛家军。
旅顺的薛家军得知建虏进攻朝鲜，还是捐弃前嫌出兵助战，陆要金、左明、游参将出兵辽东，阿济格、阿巴泰率领正黄旗、正蓝旗固守，薛家军虽然小有斩获，却不想朝鲜已经向满清投降了。
现在杭州、台湾的援军没有到，陆要金、左明、游参将只好退回旅顺，与海军北海舰队互为犄角，崇祯十年二月十六日，阿敏派哈尔根通知陆要金，皇太极回师很可能攻打旅顺，陆要金问起哈尔根阿敏为什么还不举事，哈尔根以阿敏准备不充分推脱。
闻香教大元帅徐三姐逃至蒙城，遇到了侄女玉女圣剑率领的队伍，徐三姐对闻香教的事业已经心灰意冷，表示愿意归顺侄女的明教，玉女圣剑明确表示自己已经依附于薛家军了，徐三姐顿时明白侄女已经接纳了薛云，不由得暗笑迂腐，早几年干什么去了，如今的薛云是妻妾成群，连自己都偷吃了，想到侄女将来从了薛云，自己是跟薛云还是不跟薛云，要是跟薛云的话，那可是姑侄同侍一夫，还是让人觉得很难为情的。
玉女圣剑带着徐三姐徐徐退去，河南副将陈永福追至宿州宿水，被薛家军乔国梁，宋奎、刘满囤、牛三、马涛部四面杀出，玉女圣剑、徐三姐也回师反攻，薛家军、闻香教一万四千人对明军陈永福五千，整个战斗没有丝毫悬念，陈永福损失了过半人马，逃到了中都凤阳城，崇祯十年正月向刚刚到任的凤阳总督史可法求救。
凤阳总督史可法一上任就盯住了蒙城、宿州一带的明教，可还没有来得及动手，河南副将陈永福就做了试刀石，整整损失了两千多人，这还是薛家军怕震动太大，并没有宜将剩勇追穷寇，不然陈永福就算不被俘虏，多半也是个光杆司令了。
不过陈永福的兵败，让凤阳总督史可法彻底认清了，自己境内这支明教教军的真实身份，这分明就是暗藏在凤阳府的薛家军，史可法意识到问题的严重，一边悬兵勒马备战，一面上奏崇祯皇帝要求清剿薛云的在大明的军事势力。
在浙西“奉天正义大将军”黄希达被薛十三、薛综、薛博、郑芝豹等连败，崇祯十年二月，黄希达只好率领残部四千人逃至诸暨会稽山，黄希达亲自写信给大哥兼族长的黄希圣，表示自己所部愿意效忠薛云。
黄希达再次求见了燕三娘，递上了弟弟黄希达的归顺信，燕三娘看到黄希达肯承认夫君薛云为主人，对手表黄希达虽然有些心动，可是想到要直接跟薛十三、薛综、薛博过招，燕三娘不禁有些犹豫。
黄希达离开之后的几天，黄天娇先后找了燕三娘和陈小姐、吴慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍，求姐妹们在燕三娘那里进言，希望薛家军出兵，保住叔叔黄希达这支人马，也算替自己留下一点本钱。
虽然黄天娇怀了私心，陈小姐、吴慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍认为应该给黄希达一个机会，陈小姐、倪虹霜、任如萍从薛家军的利益考虑，还亲自去见了燕三娘，陈小姐对燕三娘顾虑跟薛十三、薛综、薛博交手不敢苟同，河南已经没有了闻香教，如果浙江再没有了黄希达，薛家军就会直接跟提出发生冲突了。
陈小姐、倪虹霜、任如萍对现在京城薛家人没有好感，提出不主动进攻薛十三、薛综、薛博就是，如果薛十三、薛综、薛博不识好歹的话，薛家军也不用对他们客气，朝鲜军认为以薛十三、薛综、薛博对薛家军的态度，薛家军早晚会跟薛十三、薛综、薛博有一场血战。
燕三娘见众姐妹都不待见薛十三、薛综、薛博这些薛家人，于是也从善如流，答应正式接收黄希达，由任如萍率领薛思远、薛大汉等五千人马，以白衣书生的“奉天正义大元帅”旗帜支援会稽山的黄希达部。
明军会攻会稽山的黄希达部的主力是：薛十三、薛综、薛博的联军和福建郑芝豹部，崇祯十年二月二十日，郑芝豹部兵进至东南四十里处，遭到一支不明武装的袭击，短短半个时辰八千人马就损失大半，郑芝豹一路南逃回福建了，后来郑芝龙仅收编了两千多逃回福建的郑家军，直到一年后薛家军亮出番号，郑芝龙才知道弟弟郑芝豹遭遇的是薛家军的特种部队，这可是薛家军中精锐中的精锐。
任如萍在会稽山会合黄希达部之后，薛十三、薛综、薛博的联军没了福建郑芝豹部配合，连续攻了三天会稽山，死伤了一千多人马，薛十三、薛综、薛博这才发现敌军的实力已经大大加强，二月二十六日，薛十三、薛综、薛博额辎重营被劫，缺少粮草物资的薛十三、薛综、薛博联军，只好向河南汝宁府退去，这时薛十三、薛综、薛博已经知道，杭州薛家军对自己几人不宣而战了。
崇祯皇帝得到凤阳总督史可法的奏折后，也觉得薛云的问题到了非解决不可的时候了，经过多年的努力，巨寇高迎祥已经被凌迟处死，闯将李自成溃不成军，八大王正在请求就抚，悍寇翻山鹞子高杰、撞塌天刘国能等纷纷归顺，朝廷终于能够腾出手脚对付薛家军了。
崇祯皇帝发上谕向熊文灿、卢象升、洪承畴询问杭州、大同、米脂的薛家军情况，并责令三人上奏应对方略，直到四月下旬熊文灿、卢象升、洪承畴三人的奏折才全部送到崇祯皇帝手里。
熊文灿、卢象升、洪承畴三人都认为薛家军已经尾大难掉，熊文灿以为杭州薛家军拥有了台湾岛，可以说成就了王霸之业，只可以缓取不可以力敌；卢象升认为大同薛家军实力超强铁板一块，如果明军贸然开战，几乎没有胜算，朝廷最好的办法就是晓以大义，化解大同薛家军的藩镇之势，洪承畴认为可以消灭米脂的薛家军，不过陕西方面一开战，就会牵一发而动全身，希望朝廷有统一对付薛家军的全盘计划，如果计划不周的话，薛家军的破坏力远超山陕的农民军暴动。
清剿薛家军可能产生的后果，崇祯皇帝清楚得很，不然也不会等到今天还没有出手，崇祯皇帝疑惑这薛云的情况，快十年了，会不会已经死在万里黄沙之中了，可是薛云的手下却没有人肯倒向朝廷，崇祯皇帝每每想到这些就非常的泄气。
崇祯皇帝只好命令熊文灿、卢象升、洪承畴三人加强战备，等突出对薛家军的方略出来后，大明官军能够尽可能的统一行动，崇祯皇帝之所以做出这样的决定，还是因为满清跟薛家军在旅顺的仗越打越大，崇祯皇帝起了坐收渔人之利的想法。
