同治即位，慈禧太后掌权。同治活着的时候，手中没有任何权力，娶了皇后，却被慈禧活生生地分开。他没有像其他清帝一样可以为自己死后选定万年吉地，所以今日的惠陵是慈禧在他死后一手操办的，没有按照祖先的制度葬到西陵去。慈禧对同治和皇后有气，因而决定把惠陵规模缩小。
惠陵是慈禧太后的独生子同治皇帝和皇后阿鲁特氏的合葬陵，位于清东陵境内景陵东南3公里处的双山峪山沟里。惠陵远离昌瑞山墓葬群，陵前既无神道，又没有石人石马，与东陵的其他帝陵相比，显得十分寒酸。为什么会出现这样的情况？
咸丰帝死后，慈禧的儿子载淳继位，他就是清朝入关后的第八位皇帝同治帝，即位那年仅6岁，由肃顺等八位顾命大臣辅政。三个月后，慈禧发动了宫廷政变，将八大臣诛杀、充军、革职，自己垂帘听政，掌握了朝政大权。
同治是个坐在皇帝位子上的傀儡，虽是慈禧所生，但与慈安皇后关系较为密切，这使慈禧心中十分不快。同治18岁了，到了当政的年龄，慈禧表面上同意归政，实际上仍专权不放。当同治皇帝大婚之时，慈禧与同治、慈安发生了分歧。慈禧坚决要把凤秀的女儿选为慧妃，慈安却要把尚书崇绮的女儿阿鲁特氏定为皇后，而同治采纳了慈安的意见，选择了阿鲁特氏为皇后。慈禧心中十分不高兴，当她看到同治与阿鲁特氏情投意合，亲密无间时，就更加嫉恨，曾多次派人监视帝后的言行。后来竟下达谕旨，不准同治与阿鲁特氏往来，使同治皇帝独居乾清宫。同治由此郁郁寡欢，身体渐渐垮了，到19岁那年，染病夭折。有人认为同治帝是得了性病死的，因为同治帝被慈禧所迫，没有情爱之乐，只能微服外出纵情淫乐，寻花问柳。得病以后，又被慈禧让御医当作天花来治，不久就不治身亡。也有的人认为的确是因“心肾不交、元阳气血俱亏”而得了天花，但得病的原因与他平时微服冶游、纵欲过度有关。还有人认为同治是被慈禧间接害死的。阿鲁特氏来到东暖阁看望同治，慈禧马上派亲信小太监在边上偷听两人的谈话。当皇后向皇帝哭诉备受慈禧刁难的痛苦，同治劝她先忍耐一段时间时，慈禧太后已悄悄地进来了。她一把揪住皇后的头发用力猛拖，可怜的皇后一大把头发连同头皮被拉了下来。慈禧又叫几个太监将皇后按倒在地，让他们死命地打皇后屁股。同治大惊，从床上跌倒在地，从此昏迷不醒，第二天晚上就死了。不管同治的死因如何，但都与慈禧有一定的关系。
同治当上皇帝后，一直处在两宫皇太后特别是慈禧太后的专权之下，自己不能亲掌权柄，即使亲政以后，也没有什么实权，因此连自己身后的万年吉地都未曾选定。同治死后，两宫皇太后降旨，在东陵和西陵两处地方为他选择万年吉地。一群官员转了一圈，反复对比，最后选出了东陵的双山峪、成子峪、松树沟、侯家山和宝椅山，西陵的金龙峪等地。这几处提供给朝廷后，王大臣们和两宫皇太后进行了讨论。两宫皇太后详细询问了各处吉地的情况，有关官员进行了解说，众人比较一致的意见是选用西陵的金龙峪和东陵的双山峪两个地方。最后，当征询群臣两处地方究竟用哪一处时，恭亲王奕说：“按道理来说，金龙峪特别好。按亲情来说，臣下不敢说了。”因为按乾隆皇帝制定的昭穆制度来安排陵寝位置，父子要在东西陵中轮换。也就是说，咸丰葬到了东陵，同治应该陪伴他的祖父道光葬到西陵去。按照母子、父子情谊关系，同治跟随其父咸丰一块儿葬到东陵，但这意味着违反了乾隆制定的成规。慈禧在这两者之间进行了斗争，最后还是选择了父子亲情，置祖宗成规于不顾，决定将同治的陵墓建到东陵的双山峪，并派醇亲王奕、左都御史魁龄、礼部侍郎荣禄等承修惠陵工程。
同治死后，皇后阿鲁特氏成天哭泣，曾想吞金自寻短见，经抢救未遂。为了摆脱慈禧的虐待，后来她又绝食反抗，以至在同治死后不到两个月的时间里郁郁而亡，年仅22岁。皇后死后，慈禧心头之恨仍然未解，在修建陵寝的问题上，她有所表示了。
建陵之初，有大臣提出以慕陵为标准。承修大臣在正式动工之前，于光绪元年（1875）二月二十七日，向两宫皇太后请示惠陵兴筑的尺寸是仿照慕陵，还是仿照定陵，“开具尺寸清单并绘图，恭呈御览，伏候皇太后圣裁钦定，以便遵照灰线、烫样”。当天，皇太后懿旨令照定陵规制。然而惠陵的规制究竟是严格按照定陵还是有所增减，大臣们希望要给一个明示。四月初七日，两宫皇太后又明降懿旨：“惠陵现在择吉兴工，除神路、石像生毋庸修建外，其余均照定陵规制。”一些学者推测，慈禧对同治和皇后心头有气，所以故意缩小惠陵的建筑规模，删减陵区的附属设施，使惠陵显出可怜巴巴的样子，离群独居，有人形容像只受排挤的孤雁。
惠陵及惠陵妃园寝于光绪元年三月十二日举行破土大礼，八月初三日正式动工，到光绪四年（1878）九月，惠陵基本建成，历时三年零一个月，耗银435万多两。
建成后的惠陵无大碑楼和二柱门，还裁撤了石像生和通往孝陵的神道，在清东陵中规制最低，规模最小。
