清军入关前后，俄国侵略者的铁蹄逐渐由西而东，侵入了我国东北地区的黑龙江流域。
俄国本是一个与中国相距甚远，领土互不毗邻的欧洲国家。16世纪末，哥萨克队伍越过乌拉尔山。17世纪初期，俄国军队又从鄂毕河推进到了叶尼塞河，接着又向勒拿河进军，直至鄂霍次克海域。它仅用了短短50年的时间，就完成了对西伯利亚的征服，建立了托波尔斯克、雅库次克等侵略据点。到了17世纪30年代，开始进入我国东北边境地区。
崇祯九年（公元1636年），俄军第一次从鄂温克人口里得知黑龙江就在他们占领地区的南部，土地富饶，远非荒凉的西伯利亚可比。
崇祯十六年，沙俄雅库次克督军戈洛文派文官波雅科夫率领130名哥萨克人侵入我国黑龙江流域。他们越过外兴安岭，到达了我国达斡尔人居住的村庄。当地居民按照民族习俗，友好地接待了他们，供给他们食物，安排他们住宿，并告诉他们，这里是中国皇帝的管辖区域。俄军却对达斡尔人进行肆无忌惮的劫掠。整个冬季，达斡尔人被迫和俄军进行了英勇的战斗。强盗们抢不到粮食，兽性大发，吃掉了50个达斡尔人的尸体，被当地的中国居民称为“可恶的吃人魔鬼”。第二年春，波雅科夫率军窜入黑龙江下游地区，一路烧杀掳掠，无恶不作。直到清顺治三年（公元1646年），才从海上返回雅库次克。由于遭到中国人民的沿途袭击，当初的130人只剩下53名。
波雅科夫向沙皇报告了这次远征的情况，并狂妄地宣称：“只需300名士兵，就足以征服整个黑龙江地区。”
顺治七年，哈巴诺夫、斯捷潘诺夫率领的第二批沙俄军队又侵入了我国黑龙江流域，占领达斡尔头人阿尔巴西的住地雅克萨（女真语，意为“涮塌了的河湾子”，位于黑龙江北岸，是水路扼要之区），改名阿尔巴金，并构筑堡垒，作为进一步侵略中国的军事据点，继续向中下游地区扩展势力。他们杀人如麻，一座仅有1000多人的古伊古达儿村，遭到屠杀的就有600多人，掠走妇女、儿童350余人。俄军的侵略暴行，激起了当地军民的义愤。他们奋起反抗，给侵略者以沉重的打击。哈巴诺夫等人向上游撤退。
顺治十二年，俄军重据雅克萨，并侵入********，占领蒙古茂明安部牧地，构筑尼布楚城垒，建立了又一个侵略中国的军事据点。
沙俄还多次派遣使臣前往北京，搜集情报，窥测方向，试探中国政府的态度。
康熙十五年（公元1676年），沙俄派出以尼古拉·斯帕法里为首的庞大使团来到北京，向中国政府施加压力，吹嘘沙俄的强大。当时，正值“三藩”叛乱，清廷穷于应付。斯帕法里向沙皇报告了中国国内的动荡局势，并认为只需2000名精锐部队，便可长驱直入，征服南至长城的中国大片领土。
就在这年，俄军开始扩充尼、雅两城的守备力量，并在此后的六年中，分路逐渐推进，再次侵入我国黑龙江中下游地区。
“三藩之乱”平定后的第二年，在一切和平努力都无济于事的情况下，康熙决定以武力解决中俄争端。他亲自巡视东北地区，详细了解敌情，下令增强东北地区的守备力量，并采取屯田、开通驿路、建立驿站等措施，为保卫边疆作准备。
康熙二十二年，清政府建黑龙江城，以副都统萨布素为将军率兵驻守。这时，清朝在黑龙江地区的兵力大大增强，先后拔除了侵略者在我国境内设置的一些据点。经过再三敦促，俄军拒不撤离雅克萨城，清政府只好以武力解决。
康熙二十四年二月，32岁的康熙下了进攻雅克萨城的命令。四月，清军在都统彭春，副都统郎坦、班达尔沙和黑龙江将军萨布素等人的率领下，分水陆两路出发。六月，兵临雅克萨城。当清军向侵占该城的俄军头目图尔布青发出要求退还侵占地区、停止侵略的最后通牒遭到拒绝后，于六月二十五日晚全线出击。经过一昼夜激战，清军胜利攻克该城，俄军被迫投降。清军让他们带走随身携带的武器以及属于个人的财产，以示宽容。俄军撤离后，被绑架的中国人质全部获释。清军摧毁了雅克萨城的所有军事设施和营房，以防止敌军卷土重来。这就是中俄历史上第一次雅克萨之战。
俄国侵略中国的贼心不死。从雅克萨退到尼布楚的俄军，听说清军没有在那里设防，又重新占领了雅克萨，修筑工事，建造城墙，企图长期盘踞。
康熙深知，黑龙江、松花江一带，对清帝国的安危有着极为重要的战略意义。他在第一次雅克萨之战获胜后给大臣们的诏书中说：“即今征剿罗刹（俄罗斯）之役，似非重要，而所关甚巨。罗刹扰我黑龙江、松花江一带三十年，其所窃踞，距我朝发祥之地甚近。不速加剪除，恐边徼之民不获宁息。朕自十三岁亲政，即留意于此。”
俄军再次盘踞雅克萨城后，康熙在第二年（康熙二十五年）春天，指令萨布素等统领清军，再次向雅克萨进军。同年七月至十月，清军在雅克萨城与沙俄侵略军进行了持续三个月的激烈战斗，击毙俄军头目图尔布青，给沙俄侵略军以歼灭性的打击。那时，寒冬将至，清军采取围而不攻的策略。俄军困守城中，时间一久，粮食和燃料都得不到补给，冻饿而死者不计其数，活下来的已不足百人。
这时，沙皇政府的信使到达北京。那时，沙俄国内政局动荡，加上在西方连年作战，不可能派出大量兵力投向中国战场，因此，俄使臣请求清军暂时停止对雅克萨城的围攻，待戈洛文为首的俄国谈判使团到达后，再行磋商解决。
清政府为了表明和平诚意，单方面撤走了围困雅克萨城的军队，静候俄国派遣使臣。
康熙二十六年（公元1687年），戈洛文率领的俄国使团到达贝加尔湖东岸。按照沙皇的旨意，他带来的谈判条件十分苛刻，准备胁迫清政府划给俄国大片中国领土。事不凑巧，这时俄土战争爆发，俄军在克里米亚战争中惨遭失败，没有力量再和中国打仗，因此，对原先的谈判条件作了修改。戈洛文在贝加尔湖滞留的两年时间内，对蒙古各部进行威胁利诱，妄图使他们摆脱中国的控制，臣服于俄国。这一卑劣企图始终未能得逞。
康熙二十七年，清政府派出以索额图为首的使团北上，在尼布楚与俄方谈判。当时，厄鲁特蒙古的准噶尔汗噶尔丹部侵犯喀尔喀蒙古，清廷使团北上的路被截断。康熙闻报，立即将使团召回。当时，东北有沙俄入侵，西北有噶尔丹叛乱，两者已暗中勾结。康熙深谋远虑，决计征讨之前，先分敌势。
康熙二十八年七月八日，双方在尼布楚开会。戈洛文提出以黑龙江为界的无理要求，清朝大臣索额图据理驳斥，指出鄂嫩、尼布楚都是中国领土。戈洛文在事实面前理屈词穷。
在第二天的会议上，戈洛文故意作出让步的姿态，重新提出了以牛满河为界的建议。缺少谈判经验的中国使团误以为俄方已在让步，立即提出了以尼布楚为界的新方案，将康熙钦定的最后一张底牌亮了出来，这就使后来的谈判失去了回旋余地，造成全面被动。
老奸巨猾的戈洛文见目的已经达到，心里十分高兴，表面上却不露声色，继续进行讹诈。这时，索额图已无退路，谈判面临破裂。
戈洛文不愿看到这种局面的出现。紧要关头，他买通了在中国使团内充当翻译的两名外国传教士进行会外活动，向中国使团讨价还价。
谈判期间，尼布楚地区的各族人民听说中国使团到达，突破俄军的封锁，准备发动反抗侵略者的武装起义。
戈洛文害怕了，只好改变策略，拿出沙皇政府预定的方案，同意俄军撤出雅克萨城。这样，双方又大致有了相同的意向。在整个谈判过程中，中国使团一再让步，最后于康熙二十八年（公元1689年）七月二十四日，双方正式签订了《尼布楚条约》。
该条约的正式文本为拉丁文，由双方代表盖章、签字、换文；满文本和俄文本都是副本，只要各方自己签字、盖章就行。条约共有六条，主要是中俄东段边界的划分、越界侵略和逃亡者的处理以及中俄往来贸易的规定等。其中中俄东段边界的划分是条约中最重要的内容。条约规定：中俄以格尔必齐河、外兴安岭和额尔古纳河为界，岭南、河南之地属于中国。外兴安岭和乌第河之间的地区留待后议。为换取俄军撤出雅克萨城，中国将尼布楚及其以西直至贝加尔湖原属中国领土让给了俄国。条约还规定：双方严禁越界入侵，不得收容对方的逃亡者。两国人民持有护照的可以过界往返，贸易互市。
《中俄尼布楚条约》是一个平等的条约。它是双方经过平等协商，并且是在中国政府作出让步后达成的。但是道光二十年（公元1840年）后，沙俄又把一系列不平等条约强加于清政府，侵吞了我国东北以及西北的大片领土。
