拉萨条约签订后，英军于9月23日沿拉萨到印度的大道撤退。虽然英军在占领拉萨一个半月之后拿到了一张没有足够法律效力的《拉萨条约》“胜利”撤退。但是，侵入西藏的英军的命运以及他们拿到的《拉萨条约》的命运都不像他们想象的那样好。
首先，他们在拉萨的情况决定了他们想有效地控制这座城市的希望完全落空，没能达到统治西藏的妄想，不得不迅速地限期撤退。撤退时，既不能在拉萨留下一个英兵，又找不到一个亲英分子代理他们走后的善后事务；而且，英国军队在撤退途中越过印度边境时，狼狈万状：全部士兵都被冻坏了，有的被冻死了，有许多人因为在雪地里呆的时间过长而被耀眼的雪光刺瞎了双眼，导致永久性的失明。很多士兵是躺在担架上被抬回驻地的。
至于他们拿到的那一纸《拉萨条约》，因为各帝国主义之间的冲突导致他们根本无法施行。本来，贸然侵入西藏的军事行动是荣赫鹏这个战争贩子一个人在那儿折腾起来的。按照英国帝国主义的整体利益计划，他们并不想立刻进入西藏，以免引起其他帝国主义国家的嫉妒和干涉。英国人在西藏大事扩张的行为严重地影响到俄国在亚洲的地位和利益，所以，当英国人一进入西藏，他们马上就发出威胁：1903年4月8日，俄国驻英大使表示认定西藏为构成中国之一部分，对中国领土完整极为关切注；并说，俄国对西藏没有兴趣，但是决不能坐视中国现状的改变。这样一来，英国方面有些发毛了，赶紧解释他们无意吞并西藏，此次进军西藏不过是为了得到赔偿。
《拉萨条约》本身，尽管被英国人诱骗在上面盖了西藏地方政府官员的章，但一直没有得到清政府的认可，再者，西藏地方政府不能代表清政府签约，它也没有单独和外国签订任何条约的权利。所以，这个条约从根本上是非法的、无效的。
清朝外务部在接到《拉萨条约》后，认为这个条约有损主权，须另行议定。于是立即电告有泰，不准签约。后来，也就是1904年12月，清朝派唐绍仪、张荫棠在印度加尔各达与英国人重开谈判，将《拉萨条约》中有损中国主权的条款去掉了，达到了挽回中国对西藏拥有的主权。《拉萨条约》就此告一段落。
