每次当黄帝和一众练气士快要追上之时，蚩尤便放出蚩尤旗抵挡一阵，自己转身就逃，如此众人追不上，蚩尤也逃不脱。
黄帝极为烦恼。就在这时从三十三天之外飞来一枚红绣球砸在蚩尤身上，将蚩尤打晕，众人忙上前将蚩尤按住，因巫族肉身神通无双，众人便欲将蚩尤琵琶骨穿透，废其神通，以便关押，可那蚩尤乃是大巫之身，一身筋骨直如精钢一般，众人皆是束手无策。
黄帝突然想起自己接任人皇之位时人教教主曾送自己一把宝剑，说是可断万物。忙将那轩辕剑抽出，将蚩尤锁骨刺穿，穿上龙筋，并捆绑一番送回大军阵中关押。
黄帝将蚩尤带回部落历数蚩尤数十条罪过，判蚩尤斩首之刑，周围深受蚩尤欺凌的各部落皆是扶老携幼前来观看
。当蚩尤被押出来时，周围爆出一片片的为黄帝的叫好声和对蚩尤的咒骂。刀斧手将蚩尤压倒，用斧钺砍去却是丝毫不伤，只听蚩尤一阵哈哈大笑：“哈！哈！哈！哈！哈！哈！轩辕小儿，吾乃大巫至深，不要说这平常斧钺，就是先天灵宝轻易也伤我不得，，哈!哈!哈!哈!!哈！”
黄帝笑道：“汝真以为我杀不死你？”
说完便将腰中悬挂的轩辕剑解下交给刀斧手说道：“可用此剑斩蚩尤之头来。”
黄帝轩辕这把剑乃是太清道人以首阳山赤铜炼制，送给轩辕以为帝剑。轩辕得此剑后，以自己名字命名为轩辕剑。
那刀斧手接过轩辕剑后便向蚩尤砍去却依然无法伤得蚩尤分毫。众人一时极为无奈，就在此时只听半空之上传来数声龙吟，众人抬头看去，只见一童子赶着五匹龙马从天而降，蚩尤看见这五匹龙马却是脸色大变。
只听那童子上前对黄帝说道：“火云宫两位圣皇命我送来五匹龙马以裂蚩尤”
黄帝大喜，忙令众人将蚩尤的四肢和头颅系在龙马身上，命五位族民向五个方向驱赶龙马，只听那五匹龙马一声长嘶，便开始向五个方向跑起，蚩尤身上也想起了吱吱嘎嘎的声响，可就是无法将蚩尤杀死。
黄帝见状从刀斧手手中拿过轩辕剑，对着蚩尤颈部及四肢连接处接连刺出五剑，只听得蚩尤一声大喊，整个整个身子被分成六份，就算这样蚩尤也还未死。
只听蚩尤笑道：“轩辕小儿，你能耐我何！我乃大巫之身，非先天法宝不可伤，你便是断我四肢，我自能重新复合。”说完后，哈哈大笑起来。
黄帝闻言，果真看到蚩尤六份的尸体竟然有渐渐复合的样子，黄帝大惊，忙让人将五匹龙马赶往六方极远之地，埋于山下，并由几位修士联手布下封印阵法，将蚩尤的六份尸体封印在大山之下，使其用不能复合。
蚩尤被五马分尸后，天下再无对手，自此黄帝在真正得到了洪荒人族所有部落的认可，成为正真的天下共主。
因为此战发生在逐鹿之野，因此又叫做逐鹿之战。
而就在黄帝刚刚处死蚩尤之后便得到消息，神农的儿子榆罔不服自己接任人皇之位，趁自己刚打败蚩尤实力损伤之时起兵叛乱。
黄帝将蚩尤斩杀之后便马放南山，准备休养生息，不料炎帝神农氏之子榆罔趁黄帝打败蚩尤实力大损之时开始大肆进攻黄帝，意图将黄帝赶下人皇之位，自己成为新的人皇。
黄帝不能容忍刚刚安定下来的天下再次发生大乱，遂起兵攻打榆罔黄帝用周鸟鹗、鹰颤为旗帜，以熊黑虎豹为前驱，与榆冈战于版泉之野。历经三战，打败了榆冈。
黄帝降封榆罔为诸侯，将他封在洛水卢氏城。榆罔不肯受封，率家人迁徙江南，后定居于湖南茶乡，以医为业，救死扶伤，深得当地百姓厚爱。
自榆罔战败于版泉之野，黄帝天下共主的地位最终确立，开始号令天下，凡是不顺从的部落，都以天子的身分去加以讨伐。前后共经四十九战，天下始归一统。
天下一统之后，黄帝加强对诸部统治，划分州野，制礼兴乐，教化百姓。同时还发明各种器具用物，方便日用。
其中，大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子。百姓们从此不再穿兽皮树皮。黄帝还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。
黄雍父发明了春，黄帝接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥。以后又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处。
黄帝又与歧伯作内外经，使百姓疾患得以治愈。他还确定了天下万物的名称，划分星度为28宿。
以甲乙十天干纪日，以子丑十二辰来纪月，而六旬为一甲子。黄帝有四妃十嫔。正妃为西陵氏，名嫘祖，她亲自栽桑养蚕，教民纺织，人称她为「先蚕」。
嫘祖组织一大批女子上山育桑养蚕织丝。但很快又遇到了一个大难题，蚕养了很多，茧也产了不少，但抽丝和织帛却有了困难。就在这时，群女中有一个身材矮小、皮肤黝黑、面部丑陋的女子发明了缠丝的纺轮和织丝的织机。
黄帝得知后，对此项发明大加赞赏，让她给众人传授技艺。后来在嫘祖的撮合下，黄帝娶了这位丑女，作为次妃，这位次妃被尊称为嫫母。这一切改变使得百姓甘其食，美其服，乐其俗，安其居。一派太平景象。
一天黄帝正在洛水上，与大臣们观赏风景;忽然见到一只大鸟衔着卞图，放到他面前，黄帝连忙拜受下来。再看那鸟，形状似鹤，鸡头，燕嘴，龟颈，龙形，骈翼，鱼尾，五色俱备。图中之字是慎德，仁义，仁智六个字。
黄帝从来不曾见过这鸟，便去问天老。天老告诉他说，这种鸟雄的叫凤，雌的叫凰。早晨叫是登晨，白天叫是上祥，傍晚鸣叫是归昌，夜里鸣叫是保长。
凤凰一出，表明天下安宁。是大祥的征兆。后来，黄帝又梦见有两条龙持一幅白图从黄河中出来，献给他。黄帝不解，又来询问天老。
天老回答道：“陛下试往河边视之，天其授帝图乎？”黄帝便与天老等游于河洛之间，沉璧于河中，杀三牲斋戒。最初是一连三日大雾。之后,又是七日七夜大雨。然后，一条大鱼溯流而上，背负白图箱兰叶龟文，近岸踊跃授帝。帝知祥瑞，拜而授之，其鱼翻游而去。帝又望河拜谢。舒展视之，名曰《图箓》。命侍臣捧定其箱，排驾回朝。
至次日升殿，群臣朝毕，黄帝问群臣道：“昔闻伏羲帝始受《河图》，得其五要，设灵台，立五官，以叙五事。今朕得者亦名《河图》，内与前《河图》不同，皆日月星辰之象，教朕立星官之书，以传后世，朕何敢不从耶！”即命羲和占日月之出没，常仪占月之盈虚，车区占风之定息。命容成作盖天浑天仪，以像用天上形。
黄帝问鬼臾蓲道：“上下周纪，其可数乎？”鬼臾蓲答道：“天以六节，地以六制。周天气者，六期为备；终地纪者，五岁为周。五**者，岁三千七百二十气为一纪，六十岁一千四百四十气为一周，太过不及期可见矣。乃因五量治五气之消息，察法以作朝历，岁纪甲寅，日纪甲子，而时节定。是岁己酉，朔旦日南至而获神数，日月朔望而可推也。”
黄帝闻奏大悦。又问道：“卿言此是得天之纪终而复始矣？”
鬼臾蓲道：“然。”
又奏曰：“天之纪虽终而复始，更要造十六神推馀分置闰月，以定四时。”
黄帝曰：“何以为闰？”蓲曰：“察天时三岁一闰，多一月三十日也。五岁再闰，共多六十日。十有九年七闰，造历皆起甲子，于是时顺而辰从之。”
帝曰：“善。”
命隶首定数，以率其羡，要其会。而律度量衡，命伶伦自大夏之西、阮隃之阴，取竹于嶰溪之谷，以生空窍厚钧者，断两节间，长三寸九分，而吹之，以为黄钟之宫。制十二筒以听凤凰之鸣，而别十二律——雄鸣为六，雌鸣亦六，以比黄钟之宫，生六律、六吕，候气之应，以立宫、商、角、徵、羽五音之声，治阴阳之气，节四时之变，推律历之数，起消息，正馀闰也。又命劳缓铸黄钟太簇十二钟，以为十二律。每月气至，则葭管飞灰古人烧芦管成灰，置于十二律管内，放密室中，以占气候。某一节候至，某律管中的葭灰即飞出，表示该节气已到应之，以和五音，立天时，正人位焉。又命大容、容成、车区，占星象。各领旨而行。
黄帝又划野分疆，以八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，全国共分九州；设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德共120个官位管理国家。
对各级官员提出“六禁重”，“声禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重”，要求官员节简朴素，反对奢靡。提出以德治国，“修德振兵”，以“德”施天下，一道修德，惟仁是行，修德立义，尤其是设立“九德之臣”，教养百姓九行，即孝、慈、文、信、言、恭、忠、勇、义，进行思想道德建设。
