由于杨嗣昌的督师，明朝政府在对农民起义的军事上有了一些起色，暂时还居于优势。到崇祯十三年夏秋之间，将张献忠和罗汝才为首的几支农民军逼到川东，四面围堵，大部分已经投降，罗汝才也正在准备投降，被张献忠及时阻止。张献忠为摆脱明军压力，拉着罗汝才奔往四川腹地。李自成销声匿迹。不再为人注意。然而这只是局部的表面现象。实际上，明朝政权从来没有像在崇祯十三年夏秋间陷入全面的深刻危机。从军事上来看，十三年来崇祯一直陷于既要对付大规模农民起义，又要对付日趋强大的清朝的军事压力。到了目前阶段，四川战事胜负未决，前途变化莫测，而山东、苏北、皖北、河北南部、四川北部和河南、陕西各地，到处有农民战争。山东西部、南部和徐州一带的农民大起义，严重威胁着明朝中央政权赖以生存的南北漕运。在山海关外，崇祯为防备清兵再次南下，催促洪承畴指挥十几万大军向松山、杏山和塔山一带进兵，谋解锦州之围，但是军心不齐，粮饷补给困难，几乎等于足孤注一掷。从财政经济来看，长江以北的半个中国，尤其是黄河流域各省，由于长期战乱，官军纪律败坏，烧杀淫掠，官府横征暴敛，加上各种天灾人祸，农业生产受到极大破坏，人民死亡流离，往往村落为墟，人烟断绝。到了卜三年夏秋之间，不但黄河中下游和淮河流域各省的旱灾和蝗灾特别惨重，而且朝廷所依赖的汀南也发生了旱灾和蝗灾，苏州府等地粮价飞涨，城市中发生了多起抢粮风潮。在这种情况下，朝廷的军费开支反而增加，所以财政方面确实快到了山穷水尽地步。
军事和财政经济两方面的严重危机，加深了朝廷上的政治危机，一方面表现为崇祯皇帝因借助军饷问题同皇亲、勋旧展开的明争暗斗，另一方面因对拯救危亡的看法不同，崇祯同一些朝臣发生直接交锋。
对于当时明王朝所面临的空前危机，皇亲和勋旧这一个只讲究养尊处优的阶层感受最浅，而在朝臣中却有很多人比较清楚，有些人深为国事担忧。受全面危机的压力最大的是崇祯皇帝。现在他正在为克服这一可怕的危机而拼命挣扎，不过有时他还在幻想做一个“中兴之主”，口头上也时常这么说。尽管他不敢想，更不肯说有亡国可能，但这种深藏在心中的无限忧虑和时常泛起的悲观情绪使他更变得刚愎任性，心狠手辣，决不允许任何朝臣批评和阻碍他的行事。
抄家的上谕下了以后，住在京城的皇亲、勋旧越发兔死狐悲，人人自危。他们赶快联名上了一封奏疏，恳乞皇上开恩，念李国瑞已死狱中，停止抄家，使其子存善袭爵，以慰孝定太后在天之灵。崇祯一向迷信鬼神，想到孝定太后，心中不免犹豫。但过了半天，他想不出另外的措饷办法，还是决定寸步不让。他心中叹息说：“唉，你们这班国戚勋旧，真是糊涂！你们的富贵自何而来？倘若朕的江山不保，你们不是也跟着家破人亡？皮之不存，毛将焉附！”他又暗恨薛国观，倘若不是他当时赞同向李国瑞头上开刀，何至于今日进退两难！
又过三天，他正在宫中发闷，王承恩送来了一叠文书。他先看了几封奏疏，都是攻击杨嗣昌的。其中有詹事府少詹事黄道周的一封，措词特别激烈。他抨击杨嗣昌加征练饷，引荐陈新甲是为同满洲议和暗作准备，又攻击杨嗣昌继母死后没有回原籍奔丧守孝，而是“夺情视事”。崇祯看了前几封奏疏已经很生气，看了黄道周的更加愤怒：
“这个黄道周，才回京不久，竟敢上疏胡言，阻挠大计，博取清直敢言之名，殊为可恶！”
他又从御案上拿起来一封奏疏，是礼部主事吴昌时讦奏薛国观纳贿的事。吴昌时原是行人司的一个行人，正九品的低级闲官儿。去年，他趁着京官考选，托人向薛国观说情，要求帮他升转为吏科给事中。薛国观收下礼物，口头答应帮忙而心中很轻视这个人。考选结果，吴昌时升转为礼部主事，大失所望。吏部是一个热衙门。给事中虽然只是从七品，却是所谓“言官”和侍从之臣，不但对吏部工作有权监督，且对朝政有较多发言机会，纳贿、敲诈、勒索的机会也较多。礼部主事虽是正六品，但礼部是个冷衙门，所以反不如从七品的给事中受人重视。吴昌时没得到理想的职位，认为是薛国观出卖了他。近来他风闻皇上对首辅不满，便上疏揭发薛国观一件纳贿的事，尽量夸大，进行报复。崇祯正想借一个题目将薛国观逐出内阁，看了这封弹章，不待审查清楚，便立刻写了一道手谕：
薛国观身任首辅，贪渎营私，成何话说！着五府、九卿、科、道官即速议处奏闻！
崇祯继续批阅文书。其中有一本是畿辅和山东士民一千多人来到京城上的。他们说：“百姓生计，已濒绝境；倘不速降皇恩，蠲免新旧征赋，杜绝苛派，拨款赈济，则弱者辗转死于道路，而强者势将群起而走险，大乱将愈不堪收拾矣。”恰巧曹化淳来乾清宫奏事，崇祯就向他问道：
“曹伴伴，畿辅和山东有千余士民伏阙上书，你可知道？”
曹化淳躬身回奏：“奴婢知道。他们白天有人在街上乞食，夜间就在前门外露宿街头。侦事番子随时侦察，尚未见这些百姓有何轨外言行。”
崇祯向站在身边伺候的王承恩问：“朕不是在几个月前就降旨恩免山东和畿辅的钱粮了么？”
秉笔太监回奏：“皇爷确实免过两省受灾州、县钱粮，不过他们的本上说‘黄纸虽免，白纸犹催’。看起来小民未蒙实惠。”
崇祯不再问下去。迟疑一阵，在这个本上批道：
览百姓每所奏，朕心甚悯。着户、兵衙门知道，究应如何豁免，如何赈济，妥议奏闻。百姓每毋庸在京逗留，以免滋事，致干法纪。钦此！
两天后的一个早晨，五凤楼上传出来第一通鼓声。文武百官陆续进入端门。
当百官入朝时，一千多畿辅和山东士民由二十几位老人率领，来到长安右门外边。曾经率领乡里子弟打过清兵的姚东照也来了。昨天上午他们见到了皇上的御批，大为失望。这群老人当即又写了一封痛陈苦情的奏本，送往通政司。通政司因皇上已有旨叫他们“毋庸逗留”京城，且见奏本中有些话说得过于激切，不肯收下。他们无奈，便趁着今天是常朝的日子，头顶奏本，“伏阙上书”。古代的所谓阙就是宫门。拿明朝说，就是午门。但如今老百姓不惟望不见午门，连承天门也无法走近，只能跪伏在长安右门以外。他们原希望有哪位大人怜念小民，收下他们的奏本带进宫去，呈给皇上，谁知守门的锦衣官兵压根儿不许他们走近长安右门，用水火棍和刀、剑将他们赶散。一见大官来到，把他们赶得更远。百姓们见长安右门不行，就从棋盘街转过大明门，来到长安左门。在这里，他们遇到的情形一样。有些老人已经完全绝望，也有些老人仍不死心。他们恳求守门的锦衣官员收下奏本送进宫中。锦衣官员惟有斥骂，并不肯收。他们想，就这样跪下去吧，迟早会有人怜悯他们，将他们“伏阙上书”的事上奏皇帝。他们跪得很乱。有人过于饥饿，跪不稳，倒了下去。有人身体虚弱得很，发出呻吟。
在紫禁城内，文武百官排班站定以后，有一个太监走出皇极门，手中拿一把黄丝静鞭，连着挥响三次。于是，午门内寂静无声，仪仗森森，气象肃穆。
过了片刻，内官传呼：“驾到！”崇祯头戴翼善冠，身穿圆领绣龙黄罗袍，面带忧容，在一大群太监的簇拥中乘辇出来。由翰林、中书、科、道各四人组成的导驾官员，从皇极门导驾而出，步步后退，将龙辇导向御座。文武百官躬身低头，不敢仰视。崇祯下了辇，升入御座。
仪表堂堂、声音洪亮的鸿胪寺官高唱：“入班行礼！”随即文武百官面向金台，依照鸿胪寺官的唱赞，有节奏地行了一拜三叩头的常朝礼，然后分班侍立。一位纠仪御史跪下奏道：
“今有户部主事张志发，平身起立时将笏落地，事属失仪，合当拿问。请旨！”
崇祯因昨夜几乎通宵未眠，精神疲倦，只低声说了一两句话。一位容貌丰秀、专管上朝传宣的随堂太监，从御座旁向前走出几步，像女人的声音一般，朗朗传旨：
“皇上口谕：姑念他事出无心，不必拿问；着即罚俸三月，以示薄惩。谢恩！”
一位年约六十多岁的老臣从班中踉跄走出，匍匐跪下，颤声奏道：“微臣朝班失仪，罪该万死。蒙陛下天恩浩荡，不加严罚，使微臣生死难报，敬谨叩谢皇恩！”然后他流着泪，颤声高呼：“万岁！万岁！万万岁！”
当张志发谢恩站起来时，崇祯的眼光正向左边文臣班中扫去。他没有看见薛国观，明白他是因为受了弹劾，“注籍”在家。他正要向群臣宣布对薛国观的处罚，忽然听见从远处隐隐约约地传过来嘈杂的人声，这在承天门附近是极其稀有的现象。他猜到定是那畿辅和山东来的“无知愚民”不肯离去，不禁皱皱眉头，心中怒恨，想道：“他们竟敢抗旨，仍在京师逗留！”但是他没有忘记要臣民视他为“尧舜之君”，所以他忍着怒气，将户部尚书和侍郎叫到面前，带着悲天悯人的神色，慢慢说道：
“朕一向爱百姓犹如赤子。有些州、县灾情实在太重的，你们斟酌情形，钱粮是否应该减免，详议奏闻。”随着一阵南风，东长安门的隐约人声继续传来。他忍不住问：“这外边的人声可是上书的百姓么？”
跪在地上的户部尚书李待问抬头奏道：“是山东和畿辅的百姓父老，因灾情惨重，征派不止，来京城吁恳天恩，豁免征派，火速赈济。”
崇祯又一次皱起眉头，沉默片刻，对站在身旁的一个太监说：“你去口传圣旨：百姓们所奏的，朕已知道了。朕深知百姓疾苦，决不许地方官再事征派。至于赈济的事，已有旨着各有司衙门从速料理，不得迟误。叫百姓们速回原籍，不许逗留京师，滋生事端，致干法纪，辜负朕天覆地载之恩。”
他随即叫五府、九卿、科、道官来到面前。霎时间，被叫的朝臣们在御案前的小栏杆外跪了一片，连轻声的咳嗽也没有。他的脸色格外冷峻，充满怒气，眉宇间杀气腾腾。众文武官深知他喜怒无常，都把头低下去，等候着不测风云。他又向群臣扫了一眼，说：
“朕叫你们会议薛国观应如何处分，昨日看你们议后所奏，颇从轻议，显系姑息。薛国观身任首辅，不能辅朕振刷朝政，燮理阴阳，佐朕中兴，反而营私贪贿，成何话说！本应拿问，交三法司从严议罪；姑念他其他恶迹尚不显著，着即将他削籍了事，不许他逗留京师。你们以后做事，决不要学他的样儿！”
众文武叩头起去，退回朝班。有些朝臣本来有不少重要事要当面陈奏，因见皇上如此震怒，便一声不响了。冷场片刻，崇祯正要退朝，忽然远处的人声更嘈杂了，而且还夹杂着哭声。他大为生气，眼睛一瞪，说：
“锦衣卫使在哪里？”
锦衣卫使吴孟明立刻从武臣班中走出，跪到他面前。他先向群臣感慨地说：
“朕自登极以来，敬天法祖，勤政爱民，总是以尧舜之心为心，务使仁德被于四海。只因国事杌陧，朕宵衣旰食，总想使天下早见太平，百姓们早登衽席。今日赋税科派较重，实非得已。不想百姓们只看眼前一时之苦，不能替朕的万世江山着想。”他转向吴孟明，“你去瞧瞧，好生晓谕百姓，不得吵闹。倘若仍敢故违，统统拿了！”
那些使皇帝生气的百姓代表从天不明就“伏阙上书，跪恳天恩”，跪过长安右门又跪长安左门，得不到一位大臣的怜悯，收下他们的奏本送到皇帝面前。他们只能望见外金水桥和桥前华表，连承天门也不能完全望见。上朝时，他们听见了隐约的静鞭三响，随后就一切寂静。好像紫禁城是一个极深的海，而他们远远地隔在海外。人们的腿跪得麻木，膝盖疼痛。有些人只好坐下，但多数人仍在跪着。有的人想着家乡惨状，呼天无门，在绝望中默默流泪。过路人愈聚愈多，在他们的背后围了几百人。突然，一个太监走出，尖声高叫：“有旨！”所有坐着的赶快跪下，连那些看热闹的人也因躲避不及，慌忙跟着跪下。太监口传“圣旨”以后，转身便走。百姓们有的跪在后边，并未听清“圣旨”内容，只听清“钦此”便完了。但多数人是听清了的，等太监一走，不禁失声痛哭。姚东照老头子登时心一横，忽地跳起，抢过来奏本自己捧着向长安左门追去，大声呼求：
“公公！公公！……”
只见一道红光一闪，一个锦衣旗校一棍子打在他头上。他眼前一黑，天旋地转，身子摇晃，倒在地上，那一字一泪的奏本仍紧握在他手中，而鲜血从头上奔流。老百姓见此情形，胆小的起来乱跑，胆大的扑向前去救他，并且叫道：“你们打死人了！打死人了！”锦衣旗校害怕百姓冲入长安左门，一齐向前，用力狠打，赶散百姓，并且逮捕了二十几个人。东长安街上，一片奔跑声、呼打声、哭叫声。姚东照被几个上书百姓冒死救出，抬到东江米巷一个僻静地方放下。他醒了过来，睁开眼睛望望大家，叹一口气。他知道自己的伤很重，快要死了。一句话从他的心上蹦出：“大明不亡，实无天理！”
锦衣卫使吴孟明走出东长安门时，“伏阙上书”的百姓已经被驱散了，地上留下了几只破鞋和撕碎的奏本。他命令一位锦衣卫指挥同知率领锦衣旗校会同五城兵马司务将来京上书的山东、畿辅百姓驱逐出内外两城。
