1957年10月以后，江隆基在党委班子的地位削弱，将主要精力放在教学管理和行政事务上。运动开始以来，他一直开着顶风船，到这时他的权力和能量已经相当有限了。马寅初的问题还在铆足了劲儿僵持着。补划****的势头不但没有削弱，反而越来越强劲，一直延续到1958年。江隆基竭尽全力保护过的傅鹰、樊弘、李赋宁、王重民、吴兴华等人，相继被补划成“****”，抛进了口诛笔伐的汪洋大海。江隆基卸任党委书记后北大补划了多少“****”，没有确切的数字。写回忆文章“幽默”过江隆基的那位校友有这样的描述：“他下不了手，不忍看见这么多亲手培育的花木摧折于一旦。反了半年多，大名鼎鼎的北大，在一万多师生中只划了二百多人，有点说不过去了。是可忍孰不可忍！”“新领导下得了手，一下子划到七百多人。我也正式加冕了。”北大保卫部原部长白晨曦在回忆文章里说：“就拿拔白旗、补划****一项来说，全校就划出一千多名。”
傅鹰被补划成“中右标兵”，放化学系不停地接受批斗，本来就因个性孤傲而人缘不佳，反而要他现身说法引诱有过错误言论的人“出洞”；而那几个“思想同样反动”的教授又起来揭发他。如此折腾使他理屈词穷，痛不欲生，几次产生轻生的念头。版本专家王重民和英国文学专家吴兴华也被补划为“****”，后者在“****”中受迫害致死，吴卒年才四十岁左右。学生中的“****”因几起群体性事件已经划得够多了，而在“后江隆基时期”也进行了“深挖”“补划”。中文系有个叫林昭的女生，爱好诗歌，花花草草的诗歌写了不少。“反右”开始后，四川揪出诗人流沙河，将其《草木篇》一组花草诗定为“大毒草”，在全国文艺界大加批判。据此有人说“林昭是北大的流沙河”，主张打成****。江隆基不同意，说学文学的学生又是个女孩子，喜欢诗歌很正常，写点花花草草的诗是她的个人兴趣，写得好不好是另一回事。诗歌欣赏本身就是“横看成岭侧成峰”，因主观感受不同而有不同的判断，不要轻易往政治上扯。然而江隆基的关照并没有让林昭摆脱厄运，1958年被补划成“****”。林昭出生在江南水乡的一个书香世家，一身书卷气，哪能经受这般打击？于当年8月精神错乱。患精神病后仍不停地写长诗、写文章、写血书表示不满，为自己抗辩。结果可想而知，越抗辩越惩罚。林昭冤案的始末，在穆青与郭超人、陆拂为合写的审判“******”的长篇通讯《历史的审判》中有所提及，是一起典型的“错划”（1958）“错判”（1965）“错杀”（1968）“三错到底”的冤假错案。文章写道：“由于‘反革命分子’耗费了一发子弹，她的家属必须交纳五分钱的子弹费。这真是使人毛骨悚然的天下奇闻！”
1957年底，江隆基向全校师生员工作了一次“整改工作小结和处理****分子问题”的报吿，内容是党委研究决定的，政策是现成的，但是透过字里行间，我们也不难揣摩江在当时的真实心态。特别在讲到“****分子有没有前途”时，他讲了这样一些值得玩味的话：
这要看对前途怎么理解？如果认为前途是大学毕业，当博士，那不一定保险；如果认为只要对人民做些好事，对人民有贡献，就是有前途的。事在人为。
地主阶级是敌人，但劳动五年后表现好的就改变了成分，****分子为什么不能呢？****分子中一辈子当****的恐怕也不多，如果自己彻底投降，认真改造，是有前途的；如果顽抗，阳奉阴违，不彻底悔改，那就没前途。
要理解这些话中的“微言大义”有些困难，可江隆基实在再无法往明白处说了。
然而另外一些领导的讲话却没有这些微弱的“温情主义”。他们强调“这是一场严肃的阶级斗争”，“要进行彻底的斗争”。他们还大加批判那种认为“资产阶级****分子已经低头认罪了，不值得兴师动众”的论调；批判那种认为“一年来耽误的功课太多了，处理资产阶级****分子又要停课来搞，损失太大”的论调。江隆基恰恰就是这种论调的持有人，作为一个教育工作者，他实在看不惯动不动就停课搞运动的做法。
1958年3月，江隆基参加北京市委组织的参观团要去上海参观，临行前召开书记碰头会，就校内工作明确地谈了三条意见：
“第一，政治运动必须搞，但教学业务也不能不抓。过去党员领导干部少，常有顾此失彼之感，现在力量增加了，应有明确的分工……不要几条腿插在一个裤裆里，到将来上级来检查教学质量时无法交账。
第二，破坏现有秩序很容易，建立一个新的秩序却很难。现在的秩序是解放后经过多年的努力，在学习苏联的基础上逐渐建立起来的，基本上是社会主义的秩序。我认为学校应在现有的基础上继续改革，不可轻易破坏现有秩序。
第三，过去几年的群众运动每次都有些副作用，因此我觉得领导干部在群众运动中必须保持一个清醒的头脑。”
从上海回来，一份新出版的北大校刊放办公桌上，头版显要位置刊登了一篇文章，标题就很讲究：《一纸公文三回九转江马校长顾忌何多》。内容是旧话重提。1954年10月，江隆基在人事部门起草的北大《教职员工请假考勤和奖惩暂行办法》（草案）上作过如下批示：“我意教师与职工分开规定为宜，教师有自由主义的传统，且有高度的自尊心，不可操之过急，宜就切实可行者简单明了地规定几条。本办法可先在职工中实行。”这个办法历时四年未能公布实施，作者据此指出他有“严重保守思想”：“当然，对待落后，‘操之过急’是不对的，但是消极迁就对吗？而江副校长对少数落后老教师的‘自由主义传统’和‘高度的自尊心’等资产阶级思想，是如何积极地进行工作呢？”“几年来我们所感到的是迁就多，批评少；团结多，斗争少。”
如果把时光推后二十年，放“****”结束后落实知识分子政策那会儿，人们会普遍认为，这“两多两少”不失为对待老知识分子的正确指导思想；然而在当时，确实是犯大忌的“****”保守思想，无怪乎作者要求江隆基“在这次整风运动中能够深刻检查和彻底批判自己对党的事业极为有害的保守思想”。
按历次搞政治运动的经验，这篇文章的发表似乎是某种预示和信号。
果然，紧接着就开始了旨在“横扫暮气和官气”的“双反”运动，它既是“反右”运动的延伸，又是升温搞“******”的前奏曲。是年5月，******又发出了“破除迷信，不要怕教授”的号召，“对于这些资产阶级教授的学问，应以狗屁视之，等于乌有，鄙视，藐视，蔑视”。“凡有人的地方总要插旗子，不是红的，就是白的，或是灰的，不是无产阶级的红旗，就是资产阶级的白旗。”“我们在这些地方做工作，发动群众，大鸣大放，贴大字报，把白旗拔掉，插上红旗。”北大当然紧跟，也就开始了轰轰烈烈的“拔白旗”运动，于是在“反右”中有幸躲过一劫的教授们、讲师们，却难免遭“白旗”之运。6月在******召开的会议上，康生点名批判了中文系的游国恩和王瑶，二人遂成为“白旗”的典型。此时的王瑶正在学术鼎盛时期，又是党员，聆听过******在宣传工作会议上的讲话，北大一百五十人座谈会上只作了个简短的发言，之后保持沉默，“反右”平安过关，但在“双反运动”中有人揭发出他的一句名言，说自己是“上课马克思，下课牛克思，回家法西斯”。这句话逐级汇报上去，引起了****高层的关注，教育部长和北京********的报告里都引用批判，其结果是把王瑶推到大批判的最前沿，连政协委员和文艺报编委的社会兼职也丢了。
“拔白旗”运动中盛行“教师下讲台，学生上讲台”的做法，对此，江隆基坚决喝止：“教学工作绝不能走这样的群众路线，搞这样的群众运动。”从3月开始，常委分工江隆基只管教学和科研，还有权利发声，至于补划“****”拔“白旗”等政治运动，不归他管，也就不便发言了。
1958年上半年，江隆基分工的一项重要工作是筹办庆祝北大六十周年校庆。以勤奋严谨、求真务实著称的江隆基全身心地投入了这项工作。
筹备期间，马老提出要宴请他在北大任教授期间（1916—1927）现在仍健在的二十多位“老北大”，其中包括一位北洋军阀时期做过内阁总理的老人。许多领导同志对此举持很大的异议，你马寅初也正在挨批，再抬出这帮封建遗老弹冠相庆，动机何在？后果如何？但江隆基还是同意了，在那份名单上签了字；签字意味着承担责任。他认为既是一校之校庆，就不应该忘记为这个学校的创建和发展出过力有过贡献的人，如同******主席在建国前夕邀请各党各派的“领袖”出席政协会议，共商国是。那次全国政治协商会议江隆基也参加了，第一次见到那么多的民主党派头面人物，感觉******真有广纳百川的无产阶级胸怀。两相比较，马老的要求并无不妥，他愿承担这个责任。
他真正感到为难的是为庆祝大会起草的长篇报告。六十年的历史要在一篇讲话稿中作出科学的概括不是件容易的事，更何况还有当时正在“发烧”的形势及一大堆难以接受的新口号。专门成立了起草小组。他承担主要部分，王学珍同志承担了一部分，又请张汉清、任继愈、杨炳安、严仁赓等人反复讨论修改，才算定稿。讲北大不能不讲蔡元培；讲蔡元培又有个评价的尺度问题；评价的尺度又有个历史认同的问题。江隆基在报告中讲到蔡元培的两段话，每段中都以“但是”做转折，是典型的“但是”文，如何理解，也只能是见仁见智。现依当时校刊发表的原文附录于后——
世界革命的潮流更刺激我国人民去积极寻找救国图存的途径，一部分上层知识分子企图在文化教育上找出路，因而发生了新文化运动。但是这个运动之所以能在北京大学发生和发展，却又和蔡元培的兼容并包的主张是分不开的。蔡元培是一个资产阶级自由主义的学者，他具有民族正义感和反封建的思想，他在一九一七年来北大担任校长，就标榜着“兼容并包”主张。他说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命，即彼此相反，也听他们自由发展。”他这种主张在本质上虽然只是代表资产阶级的文化要求，但在客观上却无疑地为革命思想的传播和发展打开了方便之门。在蔡元培先生的兼容并包主张下，当时的北京大学形成了新旧两派对峙的局面：新派以李大钊、陈独秀等激进民主主义者为代表，旧派以刘师培、辜鸿铭等封建余孽为代表。这两派的斗争是资产阶级文化与封建阶级文化斗争的继续发展，新派在斗争中处于绝对优势。他们的活动推动了新文化运动的发展。
北京大学的师生一听到“百家争鸣”，很容易联想到前校长蔡元培先生的“兼容并包”，有些人竟把这二者等同起来，这实在是一个很大的误解。蔡元培先生的“兼容并包”主张在当时的历史条件下，虽然起了一定的进步作用，但是他的主张只是反映当时资产阶级对封建文化的进攻，企图从封建主义的堡垒里夺取一块思想阵地罢了。至于马克思主义得以在他的掩护下蓬勃发展，恐怕是他的始料所不及的。由此看来，我们对于蔡元培的“兼容并包”主张不可作过高估计，瞿秋白同志在其《军阀万岁》一文中说得很对：蔡元培就是“不要革命，只要改良”。
5月4日，北大万余名师生隆重集会，庆祝校庆六十周年。彭真、******、郭沫若、杨秀峰等领导人和许德衍等老校友应邀出席。在江隆基代表北大以《为建设社会主义新北大而努力奋斗》为题作了上述主题报告之后，******发表了长篇讲话。他讲北大的“五四”精神和“打倒孔家店”，讲胡适“用琴棋书画代替了批判的革命的精神，改变了北大的教学方向”，讲解放以后“北大已经基本上改变了面貌，开始出现了马克思主义的批判的革命新风格，但是这种批判的革命的精神还是很不够的”。“在我看来，北大也同样还是落后的。这表现在：学术上的互相批判自我批判作得很不够。”接着点了马寅初、冯友兰、贺麟三位老教授的名分别作了批判，又笼而统之地批了一通北大老教授“腐朽的资本主义思想”和“封建意识”。最后说：“在北大的六十周年的纪念日里，我愿意向大家提出这样的意见：用马克思列宁主义的批判的革命的精神继续改造北京大学，建设一个共产主义的新北京大学！”
******用“共产主义的新北京大学万岁”的口号结束了他的讲话。
尽管在座的老教授们被他通篇的“批判”“革命”弄得如坐针毡，还得报之以生硬的掌声。马寅初一动不动，手都没抬。
不久，由******题写刊名的《红旗》杂志创刊，******将这次讲话整理出来发表在《红旗》杂志上，变成了“党中央”的指示。
