二十六年二月，兼署提督。五月，拳匪乱作，杀教士、教民，毁教堂、围使馆，各国联军兵舰麇集大沽，中外鼎沸。之洞迭请剿乱民、护使馆，不报；则急电各国外部及来华水师将领，立保护东南约，勿扰京师、惊乘舆。并联合各疆臣与外国领事立约，不得犯长江。及两宫西幸，又坚明约束，勿扰襄、樊，以通东南贡赋之道。七月，联军入京师；朝廷命李鸿章为全权大臣，与诸国议和。之洞电告鸿章：『款局当速议，迟恐生变』；并陈四要义，驳正要挟诸款。时唐才常等保皇党余孽，乘京师不守，谋纠合湘、皖、江南会匪，起事于汉口；刊布富有票，分设粮台，立官职、造伪印，名为「东南新造自立之国」。安徽大通、湖南临湘已举事，分投武汉、新堤。之洞檄将士诇捕渠魁数十人寘之法，散其党众，事乃大定。俄乘拳乱，占东三省，胁将军增祺定新约，迫鸿章画押已有日矣；之洞力争，电奏凡二十余上，遂得寝。
明年讲定，两宫回銮。论功，加太子少保。之洞以兵事粗定，乃与刘坤一上变法三疏。其一谓『中国不贫于财而贫于人才、不弱于兵而弱于志气。人才之贫，由于见闻不广、学业不实；志气之弱，由于苟安者无履危救亡之远谋、自足者无发愤好学之果力。保邦致治，非人无由。今就育才兴学之大端，参考古今、会通文武，酌拟四事：曰设文武学堂、改文科、停武试、奖游学。此四者，为求才治国之首务。盖非育才，不能图存；非兴学，不能育才；非变文、武两科，不能兴学；非游学，不能助兴学之所不足』。
其一谓『治国如治疾然。阴阳之能为患者，内有所不足也；七情不节，六气感之。此因内改不修而致外患之说也。疗创伤者必先调其服食、安其脏腑、行其血气、去其腐败，然后施以药物针石而有功。此欲行新法，必先除旧弊之说也。盖立国之大要有三：一曰治、二曰富、三曰强。国既治，则贫弱者可以力求富强；国不治，则富强者亦必将转为贫弱。整顿中法者，所以为治之具也；采用西法者，所以为富强之谋也。今就中法之必应整顿变通者筹十二事：曰崇节俭、曰破常格、曰停捐纳、曰课官重禄、曰去书吏、曰考差役、曰恤刑狱、曰改选法、曰筹划八旗生计、曰裁屯卫、曰汰绿营、曰简文法。此十二者，皆中国积弱不振之故。今日外患日深，其乐因循、务欺饰，动以民心固结为言；不知近日民情已非三十年前之旧，羡外国之富而鄙中土之贫、见外兵之强而疾官军之懦、乐海关之平允而怨厘局之刁难、夸租界之整肃而苦胥吏之骚扰，于是民从洋教、商挂洋旗、士入洋籍，始由否隔寝成涣散，乱民渐起，邪说乘之。邦基所关，不胜忧惧。必先将以上诸弊一律铲除，方足以固民心，御外侮』。其一谓『环球各国，日新月盛。究其政体、学术，大率皆累数百年之研究、经数千人之修改，成效既彰，转相仿效；美洲则采之欧州、东洋复采之西洋。如药有经验之方剂、路有熟游之途径，正可相我病证，以为服药之重轻；度我筋力，以为行程之迟速。盖无有便于此者。今采西法以补中法之不足，就其切要易行者，胪举十一事：曰广派游历、曰练外国操、曰厚军实、曰修农政、曰劝工艺、曰定矿律路律商律交涉刑律、曰用银圆、曰行印花税、曰推行邮政、曰官收洋药、曰多译东西各国诸书。此十一者，皆举其切要而又不可不行者。布告天下，则不至于骇俗；施之实政，则不至于病民。而大旨，尤在考西人富强之本源、绎西人立法之深意。再臣所陈诸事，需费不赀，论者必以度支困绌为词。不知节用与自强，宜并行、不宜偏废。今若不图自强，但竭海内之财，岁供赔款以求无事，则外国必将视我为苟安无志之人，而彼之轻我、侮我者更将步进，不待赔款还清而中国已不能自立矣』。疏入，上多从之。
初，中东事定，湖北创立武备自强诸学堂、两湖经心书院，更定课程，以学堂之法教之。至是，诏立学堂。乃胪陈办法十五条：首师范、次小学、次文普通中学、次武普通中学、次文高等、次武高等、次方言、次农学、次工学、次劝成学堂、次仕学院、次经费、次省外中小学、次蒙学、次设学务处以资董理。筹要旨八条：一、小学为至要，二、日课专加读经、温经时刻，三、教科书宜慎，四、学堂规制，五、文武相资，六、教员不迁就，七、求实效，八、防流弊。复在武昌设劝业、善技、益智三场以教工商，设图书馆以惠士子。筹重费，选通才游学日本，以肄习陆军、制造、实业诸事。又鉴于新学之徒，有背道蔑伦之患；乃创立存古学堂，以维国本、正人心。之洞自丙申以后，专以西法练兵，特设陆军小学堂，以教新兵；设将校讲习所，以教旧将。复购日本兵轮六艘、鱼雷艇四艘，于是湖北始有战舰；东西人士来观者，皆以鄂军甲诸省，叹服而去。
二十八年，充督办商务大臣。九月，再署两江。道员谢某请许商人开海州矿，以二十万金为赂；之洞劾罢之。亲临仪栈，考盐法利弊。设兵轮、造帆船，举缉私之令，以道员蒯光典为仪栈缉私、以方硕辅为正阳关督销、以赵有伦为下关掣验，重之事权，盐课大旺，一年增课五十万、二年一百余万。以上海制造局居商端口之中，遇海警，多危险；奏请移置江西之萍乡，以就煤铁，凡节存旧厂款年七十万。
二十九年，入觐；命充经济特科阅卷大臣。编纂大学堂章程，竭八阅月力，书成奏上之。并言立学宗旨，均以忠孝为本、以中国经史之学为基，俾学生心术一归于纯正；而后以西学瀹其智识、练其艺能，务期他日成材，各适实用。至条规禁令及设教立法之要义，悉备详于「管理通则」、「学务纲要」两册之中。其维持圣道、慎防流弊之意，胥于是乎见之。
是年回任陛辞，而奏数百言，力请两宫化去满、汉畛域，以彰圣德、遏乱端。如将军、都统等官可兼用汉人驻防；旗人犯罪，用法与汉人同，不加区别。上嘉纳之。三十年，裁巡抚，以之洞兼之。
三十三年，授协办大学士。未几，晋大学士，仍留总督任。寻内召，擢体仁阁，授军机兼管学部，充经筵讲官。三十四年，督办粤汉铁路。前后赐紫禁城骑马、西苑门乘肩舆，赏带膆貂袿，用紫缰。宠眷优隆，朝臣莫与比。
会德宗及孝钦皇太后相继崩，醇亲王载澧监国摄政。之洞以顾命重臣，晋太子太保，镇绥内外。朝野望新治，而积劳成疾。八月，卒于位。年七十三。遗疏入，天子震悼，赐陀罗经被、治丧银三千两，派贝勒载涛奠醊。晋赠太保，谥「文襄」，入祀贤良祠。
之洞学兼汉、宋，汉学师其翔实而遗其细碎、宋学师其笃谨而戒其空疏。初，受经学于吕贤基、受史学经济于韩超、受小学于刘书年、受古文学于朱琦。平生讲学最恶「公羊」，谓为乱臣贼子之资；至光绪中年，果有演「公羊」之说以倡乱者。最恶六朝文字，谓纤仄、拗涩、强凑无根柢，道丧文敝，莫甚于此；书法不谙笔势，假托包派、隶楷杂糅，习为诡异险怪，欺世乱俗，天下无宁宇矣。其识微见远，类如此。之洞历官中外垂四十年，持国治民根于学术，而经画宏远、综理微密，千端万绪默运一心。其所筹策，皆中外利害、轻重至计，坚持定力，不为动摇。辛丑联军立约，各国浚吴淞口，利商船。之洞抗词力争，归中国自行疏浚；卒阻其议。壬寅与英国议商约，定征销场税、收回治外法权。外务部奏阻开矿一事，之洞疏言：『中国矿产不能不开，外人入股断不能禁。二十年来勾串奸民，私行开采者众矣；既无法律、又无限制，徒失权利，流弊滋大。不如乘此议一定章，使旧开者得补救、新开者有范围』。上大称善。乃采东西各国事例，择善而从，以保主权、惠民生、轻税项，成书两卷；奏上之。在鄂时，德商欲揽收全国洋药、土药税，饵以重贿；之洞严斥之，奏陈其害。大学士荣禄大悟，事遂不行。日本谋借汉口泊船，德人效之，挟兵轮来要；之洞与德使穆默议，卒罢设船之举。总税司赫德建议加田赋、免商贾税厘，政府不敢抗，之洞独疏斥之，得罢。美人精琪图揽中国银币大权，政府已允之矣；之洞与之诘难，上疏陈其谬，事遂中止。美、比合资开粤汉铁路，之洞首发其弊，抗议收回。两国皆不欲出全力拒之，卒绌于之洞威信，举而归我。之洞用财繁浩，而精核计、筹国用、恤民生，往往谤在当时而功在后世。丁酉户部续借洋款，误以江南盐厘二十五万两拨归鄂省；之洞据部文万户沱办晰更正，以脱巨累。庚子赔款，鄂捐一百二十万；之洞以鄂民贫困，设法别筹以应赔款。创筑红关、青山、白沙洲、金口江堤八十余里，鲇鱼套、上新沙石岸十余里，汉口拦湖长堤四十里，以捍水灾。裁鄂省厘捐局卡，改为统捐，以恤商民。平日专持以工代振之论；以为散钱施粥，非善政也。所至多兴工作、造铁路、开矿山、修堤闸、浚河渠、建炮台、筑马路，闲民食力者日常数万人。其视天下之事皆如己事，向无彼疆此界之见。邻省有急，筹助饟械不遗余力。在粤、在江、在楚，先后协助云南、广西、广东、奉天、陕西、甘肃、山东、河南、湖南、江苏军火，以巨万计。其救灾助振，或中、或外，尤不吝巨赀。其用人一秉至公，择贤任能，不苛以文法。澄清吏治，以养廉为首；裁除大小官吏一切陋规，济以公费。深恶酷吏，遇州县审拟重辟，必详慎推求，多有平反者。深痛中国监狱狭暗秽湿，往往瘐毙。其在粤改修南海、番禺监狱、在鄂改修江夏监狱，依西国法式造之，以为模范。平生以登进贤才、护持善类为己任；尤好表章古人，所在祠其先贤、先哲。而自奉俭约，未尝造一屋、置一田。癸卯入对，太后赐银五千两；乃建慈恩学堂，并捐置庄田，以惠士子。又仿范仲淹故事，奏置义庄赡宗族；其同高祖以下，则别置孝义堂义庄一区。没后家无一钱，惟图书数万卷而已。之洞尝与人言，平生有三不争；一、不与俗人争利；二、不与文士争名；三、不与无谓人争闲气。因取张曲江「无心与物竞」诗意，自号为无竞居士。之洞善为国家用财，不为一己私财；廷臣泥常蹈故，缩肭喜敷衍，多骇其所为。枢臣孙毓汶、户部尚书翁同龢，遇事辄猜沮。醇亲王奕譞为不平，奏请特旨允行；且函告毓汶曰：『勿藉枢廷势恐张某』；且谓同龢曰：『张某为国开生迹、宏远谋，如有缺，当弥缝之』。实则其所用财，大率取之中饱私规，不竭民膏、不侵库款。之洞尝曰：『吾所办之事，皆非政府意中之事；吾所用之钱，皆非本省固有之钱。日在艰苦中，守中庸「勉强而行」一语。然亦竟睹成功者，真侥幸也』。之洞性疏旷，不欲为外吏；既膺疆寄，屡上疏乞休。尝欲读书十年，再出任事；曰：『司马温公已官中丞，而居洛著书十八年；汤潜庵、耿逸庵已官监司，而解组讲学。皆可师也』。之洞电眸、河口，美髯须；善谈论，能连夜不寝。以文章、道德主盟坛玷者数十年，五洲之士皆仰之为中华山斗。光、宣之间，主持变法；藩篱既决，人心益嚣。之洞鉴于末流之弊，怵然不宁；而风会所趋，挽回无术。栋梁既搉，国体斯革；论者追论祸首，资为口实。此之洞所不及料者也。乌虖！岂非天哉！岂非天哉！
