4.比较成本优势
食品行业协会作为食品企业自发组成的互益性组织，拥有内部的成本分担机制，其行业管理成本可以由会员企业分担，从而可以大大降低政府部门的行政监管成本。同时，食品行业协会的自律监管本质上是一种集体合约机制，不同于传统政府行政监管自上而下单向度的外部强制，其运行主要基础为会员企业建立在公开、平等、合意原则之上所制定的行规行约。行规行约作为自律章程，是利益相关各方重复博弈和反复均衡的结果，此种内在规则一旦产生，无需借助外在强制力量就能自觉遵循，团体自我管制的方法非常有效。
5.监管范围优势
我国食品安全行政监管主体涉及农业、质检、工商、卫生、商务等多个部门，众多监管部门在职责上存在重叠交叉，造成监管责任不清。同时，政府部门的行政监管属于时点管理，难以做到全过程监管，不可避免会出现监管的空白和盲点。行业协会则可以在一定程度上打破这种地域和层级上的限制，对某一特定类型食品实行全过程的跟踪监管，相当程度上弥补现有政府监管体制上的缺陷。
1.行业协会的相关立法滞后
我国直接规范行业协会的全国性法规只有国务院1998年10月发布的《社会团体登记管理条例》，且该条例基本上属于程序性法规，只是一个社会团体登记管理的程序性条例，不能满足行业协会改革发展的实体性规范要求。尚没有一部专门的法律或法规对行业协会的性质、地位、职能加以确定，导致行业协会的建设不规范、权威性也大打折扣。
2.缺乏独立性
突出表现为食品行业协会的半行政化状态。例如我国的奶业协会，其产生之初就是由农业部根据奶业发展的需要将乳业协会与奶牛协会合并后创办的，实际运行中也是由农业部具体指导，民政部监管。我国食品行业协会由于缺乏其应有的自治性，难以在行业中树立威信和认同，对食品行业的监管也往往力不从心。
《南方都市报》2009年2月18日发表了一篇名为《以健康的行业自治换取市场的自我净化》的社论，指出早在2006年广东奶业协会首先在业内质疑特仑苏添加的OMP（造骨牛奶蛋白）与IGF-1的氨基酸组成、分子量大小和生理功能相同，克服重重阻力向国家部委提交了对OMP物质合法性开展调查的请示。遗憾的是广东奶业协会没有等来监管回复，却迫于多方压力和阻碍，不得不搁置对于OMP的行业质疑。广东奶业协会追击OMP的过程本身是一种行业净化的健康努力，但这种努力却悬置在了权力的不正当介入之下。
3.自主治理机制薄弱，能力建设存在不足
行业协会属于行业自律性组织，可是不少协会自身建设薄弱，内部运行体制不顺，机制不健全，会员联系不紧密，在行业内的认同度不高，缺乏影响力和号召力。
4.覆盖面窄，代表性不足
食品行业产业链涉及种养殖、生产、加工、流通、餐饮等环节，食品相关产品种类繁多，市场细分明显，当前食品行业协会总体发展滞后，与产业发展相脱节，且参会的多为大中型企业，中小企业比例偏低，行业代表性不足。
1.对行业协会给予合理定位，充分尊重食品行业协会的自治性
从食品行业协会的体制基础分析，我国现行的民政和业务主管部门对行业协会的“双重管理”体制是协会独立性不强、自治基础薄弱、职能发挥有限的体制性根源。加快推进双重管理体制改革，改变体制对行业协会的控制型管理取向，转向以扶持和培育为基本价值取向，还原食品行业协会的民间性和独立性，按照“企业创办、市场运作、政府扶持”原则，整合现有行业协会资源，实行“政会分开”，推动其向民办民营、自主管理、自我服务方向发展。
2.完善自主治理结构，加强食品行业协会自身能力建设
参照现代公司治理结构，建立会员大会、理事会和监事会分权制衡的现代行业协会管理运行机制，实行理事会领导下的秘书长日常负责制，理事会成员、会长、秘书长等均按照民主程序选举产生，实现“领导人自选、经费自筹、决策自主、运行自由、责任自担”。
3.加强食品行业协会在食品安全诚信体系建设中的主体地位
党的十七大报告指出，“促进国民经济又好又快发展，要完善现代市场体系，健全社会信用体系”。2012年3月发布的《2012年食品工业企业诚信体系建设工作实施方案》显示，2012年将指导全国4000家食品企业建立诚信管理体系，通过行业、企业诚信目标落实，提高诚信意识，促进企业履行社会责任。食品行业协会在食品行业信用体系建设中应充分发挥作用，推动食品行业协会开展行业信用调查、签订行业诚信公约、加强诚信教育培训、建立行业企业信用档案、诚信信息披露制度、奖惩制度、黑名单公示制度等，对食品安全情况进行跟踪监测，以行业信用评级及奖惩机制等手段，提高会员企业的社会责任意识，提高从业人员职业道德水准和业务素质，以行业自律推动市场“优胜劣汰”的竞争机制真正发挥作用，推动企业自觉地守法、守信、守德。
4.强化服务意识，提高服务能力
加强食品行业协会人力资源队伍建设，推进其在行业规划与管理、行业标准制定、技术咨询提供、市场监管、人才培训等方面进一步发挥作用，通过切实履行服务职能，提升对行业企业的吸引力和社会公信力。
晋江食品行业协会为当地企业的对外发展牵线搭桥、整合资源、开拓市场起了非常重要的推动作用。近年来，晋江食品企业蓬勃发展，成为该市五大制造产业之一，该协会负责人指出：虽然晋江食品企业已朝着专业化和精细化发展，但比起欧洲等国及中国台湾地区的一些食品企业，在技术和食品安全方面仍有很大的差距，尤其是食品企业的人力资源方面还需要很大的改进。为此开展了以下几项行动：组织企业赴中国台湾地区及欧洲等国高校考察，学习最新的食品技术；参加各种国外的大型展览，考察学习，发现并引进国外食品技术的先进设备；开展各类培训，提升企业的人才价值；规范内部管理，开展校企联办，培养食品行业的人才；加强外部管理，打造晋江企业在国内和国际的形象，进行品牌宣传。
5.建立信息平台，做好企业与政府间沟通的桥梁
行业协会应当在政府与企业之间架起一道信息交换的桥梁，将企业的意见及时反馈给政府，对某些政策的变动，政府部门也不必面对成千上万的企业，只需通过与行会对话，就可以把新政策传达。中国食品工业协会在预包装食品标签问题的处理上，很好地承担了信息桥梁的作用。2009年6月实施的《食品安全法》规定预包装食品的包装上应当有标签，包括“规格”、“贮存条件”、“食品添加剂在国家标准中的通用名称”等内容，2009年8月份以后该协会陆续收到食品骨干企业的反映：销售过程中遭遇各地执法部门以食品标签上未标注这些内容对生产企业和经销商处以下架、没收和罚款等处罚。经调查发现，导致这一问题的主要原因一是原有食品包装材料未使用完毕，二是如何标注上述内容缺乏明确的规定，企业不知如何执行。为此协会组织食品企业就此进行了认真讨论，向相关部门提交了《关于抓紧制定预包装食品标签食品安全国家标准，具体明确食品标签标注内容的紧急建议》，此后卫生部会同有关部门下发了文件，对食品标签标注进行了说明，并委托中国疾病与预防控制中心和中国食品工业协会共同启动了《预包装食品标签通则》GB7718的修订工作。
6.优化布局，提高食品行业协会的行业代表性
积极培育和扶持市场内生和企业自发组建的食品行业协会。对既有食品行业协会进行存量优化，建立健全行业协会进入和退出的机制，对一些名称相似相近、业务交叉重复、分类过细的食品行业协会通过平等竞争进行归并重组。对一些名不符实，行业代表性不强，公信力不高，不能代表和维护会员利益，且长期不开展业务活动，内部管理混乱，以及违法、违规的食品行业协会，由登记管理机关予以注销或依法撤销。在此基础上，进一步优化食品行业协会布局，扩大食品行业协会的覆盖面，提高食品行业协会的行业代表性。
