金福菇菌种长期保藏或者转管次数过多，都会产生退化现象 ，导致活力降低，用于生产则降低产量和商品质量。
菌种退化表现为：菌丝生长速度慢，对不良的外部环境条件 表现为适应性差，容易感染杂菌；在生产中则表现为部分菌 筒出菇不好，质量与产量受到影响。
菌种退化有多方面的原因：一是菌种遗传上出现变异，丧失 原有的优良性状；二是长期处于人工培养条件下，不符合金 福菇生长的野外自然条件，使菌种失去自我调节能力，不能 表现出优良性状；三是由于其他的各种不能确定的因素。应 该说明的是，菌种退化作为该物种来说是为了适应环境而产 生的适应性变异，对该物种来说是适宜的，只是不符合人类 的需要而已。
因此，在育种工作中要特别注意金福菇菌种的复壮工作，确 保菌种优良性状，防止菌种退化，造成经济损失。
