发酵是形成红茶色、香、味品质特征的关键工序。
发酵的过程是萎凋叶通过揉捻，叶组织损伤，存在液胞中的茶多酚与原生质中的酶类相接触，在氧的参与下进行激烈的酶促氧化，形成茶黄素、茶红素和其他深色物质。其中茶黄素为黄色物质，茶红素为红色物质，具有浓、强、鲜的滋味和红艳明亮的汤色，决定了红茶的主要品质特征，也正是由这两种物质的含量和比例形成了发酵程度的重要生化指标。
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