专业技术企业孵化器应有稳定的组织机构和相应的管理团队，以便于工作的开展和自身的健康发展。
1.专业技术企业孵化器的组织机构与管理团队
专业技术企业孵化器的组织机构包括理事会、管理团队、工作团队等。
（1）董事会或理事会。
专业技术企业孵化器的董事会或理事会通常由具有不同背景的人员构成。这些人员包括主要投资者（股东）、科技人员、经济与管理人员、企业家、学术研究人员等。这样的人员构成是从专业技术企业孵化器的业务运行和业务关系考虑的，有利于专业技术企业孵化器的运行和发展。股东是专业技术企业孵化器的投资者，当然需要进入董事会或理事会。科技人员、经济与管理人员是专业技术企业孵化器业务发展需要的人员，吸收他们进入理事会有利于专业技术企业孵化器的正常运行。学术研究人员进入董事会或理事会是为了保护小投资者的合法权益，也可以对专业技术企业孵化器起到监督作用，增强社会公众、投资者、捐款人等相关利益者对专业技术企业孵化器的信任。而吸收企业家进入理事会，则是专业技术企业孵化器实行企业化运行的需要。
董事会或理事会是专业技术企业孵化器的最高决策机构和最高权力机构。董事会或理事会的主要职责是：负责制定专业技术企业孵化器的章程；选聘、考核、评价或罢免专业技术企业孵化器的主要管理负责人———孵化器经理或主任；审议、批准专业技术企业孵化器的计划和预算；审议、评价专业技术企业孵化器计划的执行情况；审议、评价专业技术企业孵化器的管理效能等。董事会或理事会由董事长或理事长领导。
董事会或理事会下设一些专门委员会。这些专门委员会包括财务和审计委员会、资金筹集委员会、人事委员会等。财务和审计委员会负责审核专业技术企业孵化器的财务状况，包括财务预算、预算执行情况等。资金筹集委员会负责筹集专业技术企业孵化器运行所需资金，包括政府资助、社会和个人捐款等。人事委员会负责专业技术企业孵化器经理或主任的选聘、考核，向董事会或理事会推荐人事政策，包括工资与福利政策、激励与奖惩政策等。
专业技术企业孵化器可以吸收企业家（主要是本行业或相关行业的大企业的企业家）进入理事会或董事会。吸收企业家进入专业技术企业孵化器理事会，一方面可以吸收和利用企业家丰富的创业和管理经验，使专业技术企业孵化器实行企业化运行，提高管理和运行效率，提高服务质量，扩大服务范围；另一方面可以扩大专业技术企业孵化器的公共关系网络，提高专业技术企业孵化器的社会形象，便于吸收社会投资等。国外许多成功的企业家进入专业技术企业孵化器的董事会或理事会完全是出于对专业技术企业孵化器价值和宗旨的认同，非常热心、非常尽力地为专业技术企业孵化器服务，在专业技术企业孵化器的企业化运行中发挥着非常重要的作用。在孵企业及“毕业”企业的企业家也可以吸收进入股东会和理事会或董事会。
（2）孵化器经理或主任。
孵化器经理或主任是专业技术企业孵化器的经营班子的负责人，是整个管理团队的统帅和代表，在一定程度上决定着专业技术企业孵化器运行的成败。孵化器经理或主任的重要使命就是扩大专业技术企业孵化器的影响，开发专业技术企业孵化器的市场；选择在孵企业，培育和孵化在孵企业，使在孵企业能够健康成长，发展壮大，并使专业技术企业孵化器自身得到发展和壮大。孵化器经理或主任在专业技术企业孵化器中具有特殊的重要地位，必须具备企业管理经验、创业管理知识、风险投资者的素质；具备开创和发展企业的能力；具备创业者的个性特征，如旺盛的精力，追求成就感，追求卓越，具有适应性和灵活性，具有毅力和自信心等；具有和政府机关、创业者打交道的经验、技巧和智慧，善于沟通、谈判和交流；对创业者有充分的耐心和包容、宽容心；具有支持新创企业发展的知识、经验和能力等。专业技术企业孵化器副经理或副主任是孵化器经理或主任的工作助手，对孵化器主任负责，协助孵化器主任做好管理工作。孵化器经理或主任对理事会负责。
（3）专家咨询委员会。
专家咨询委员会是专业技术企业孵化器的智囊机构，协助孵化器经理或主任对新创企业及其产品、技术、主要负责人等进行分析和评价，为在孵企业的选择、培育和孵化、毕业等提供决策建议，供孵化器经理或主任决策时参考。专家咨询委员会由专业技术企业孵化器内外的专家，特别是外部专家构成。这些专家主要来自于高等学校、科研单位、政府机关、咨询公司、金融机构、相关企业等，其专业构成包括技术、管理、市场开发、财务、会计、税务、法律等相关专业。
（4）部门经理或部门主任和一般工作人员。
部门经理或部门主任由孵化器经理或主任选聘，对孵化器主任负责，负责所在部门的全面管理工作。一般工作人员直接接受所在部门经理或部门主任的领导和指挥，完成所在部门经理或部门主任交给的各项工作任务。部门经理或部门主任与一般工作人员必须熟悉专业技术企业孵化器的业务，并善于进行管理、协调、交流和沟通。
2.专业技术企业孵化器的管理团队及其动态发展
专业技术企业孵化器的管理团队不是一开始就很成熟、很完善的，而是有一个动态发展过程。这一动态发展过程可以分为三个阶段：
第一阶段是管理团队的初步形成阶段，主要由各利益相关者（股东）推荐的内部人选组成，便于专业技术企业孵化器开始按照股东利益和要求运转。这一阶段管理团队主要从事初级的管理服务，而专业化服务多为引进外部力量进行，并且是被动的、一次性的，对在孵企业缺乏针对性。管理者更多的是充当一个组织协调的角色，是一种初级中介。
第二阶段是专业服务与管理阶段。专业技术企业孵化器经过一段时间的运行，自身的管理缺陷问题逐步暴露出来。因此，董事会开始在社会上聘任职业经理和管理团队。职业经理和管理团队具有丰富的管理经验，又是本行业的专家。他们直接对企业进行专业化的管理和技术咨询服务，并且根据专业和企业需求建立专业化的管理和技术服务平台。他们通过专业化运营的方式使在孵企业得到专业化的服务，降低服务企业的成本。为了更好地培育和孵化在孵企业，专业技术企业孵化器开始整合更多的外部专业资源，并与自身的专业化服务平台逐步整合，链接为一个系统。
第三阶段是网络化服务与管理阶段。在这一阶段，管理者的干预性减弱，而在孵企业的参与性增强。通过在孵企业的共同参与，服务网络更加重要，而管理者与在孵企业之间以及管理者与外部网络之间形成一种共同进化关系。管理者成为一种从在孵企业需求出发的积极的网络中介。这样，既可以促进有效服务的实现，又可以促进在孵企业之间经验和各类资源的共享。这一阶段的专职管理者队伍大为精简，在孵企业或已经毕业的企业开始参与管理，一些志愿人员参与组织孵化业务活动，一些企业家兼职从事咨询服务业务。管理者与在孵企业以及服务商之间的界限开始模糊。
3.管理团队与专业技术企业孵化器的运营
管理团队是专业技术企业孵化器运行的最为关键的因素，是专业技术企业孵化器的核心资源，是专业技术企业孵化器核心能力的载体。管理团队的素质、水平和能力直接影响在孵企业的选择、培育和孵化、外部资源的识别、获取与合作，直接影响在孵企业的发展状况，直接影响专业技术企业孵化器的运行效果和发展状况。许多在孵企业对企业孵化器的认识评价是从对其管理团队的认识和评价开始的。许多企业孵化器存在的问题是由管理团队的问题引起的。
