南瓜病毒病的主要病毒为黄瓜花叶病毒、南瓜花叶病毒和甜瓜花叶病毒。
病毒在温室蔬菜、种子或杂草上越冬，第2年通过蚜虫、蜜蜂等昆虫和人工摘花、摘果、整枝、绑蔓等农事操作时汁液传播，种子带毒也能传染，高温、强日光、天旱，可以加快病害传播。
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