荞麦的根为直系根，由主根、侧根和根毛组成。主根入土深度为30～50厘米。根系扩展较其他作物为弱，在茎的基部或者匍匐于地面的茎上也可产生不定根。尽管荞麦根系较不发达，但吸肥能力很强，特别是对磷、钾的吸收，因此很适于在新垦地和瘠薄地栽培。
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