第一种意见认为，中国革命目前的任务是反帝反封建军阀，是进行国民革命，不是进行社会主义革命。国民党是代表国民革命运动的党，应在国民革命中占主要地位。“中国优秀的革命分子，多在国民党内；即工人阶级中的优秀者，也大多加入了国民党”。国民党可以成为革命势力集中的大本营。共产党和无产阶级现在都很幼弱，共产党只有420人，“中国的劳动运动太软弱无力，实际等于没有”，都还没有形成一个独立的社会力量。因此，全体共产党员和产业工人都要加入国民党，全力进行国民革命，“在国民党内工作和发展国民党。除了马克思主义的宣传教育工作之外，中国共产党的一切政治宣传工作都应当在国民党内进行”，“职工运动都应到国民党内部去做”。因为，国民革命既是中国现在的主要任务，就应包括一切，事实上也能包括一切，剩下的只有中共的阶级教育。如果在国民革命之外，再强调阶级斗争，无异就是放松国民革命，所以“一切工作到国民党去”。
第二种意见认为，这种意见要以陈独秀为代表。承认反帝反封建的国民革命是当前中国革命的首要任务，但是“国民革命只是一个中心任务，并不是中共的唯一任务。这即是说，除了国民革命外，还有阶级斗争。中共及其所领导的职工运动，现虽以国民革命为中心任务，但仍有其本身的阶级斗争的任务”。而且国民党“现在并不代表国民运动，必须予以改组。国民党分子结构复杂，缺乏组织和纪律。国民党如不认真改组，大多中共党员加入进去，也是不能有所作为的。”因此，他们反对全体共产党员，特别是产业工人加入国民党，认为那样就会取消共产党的独立性，把工人运动的领导权送给国民党。“如果中共全体党员都加入国民党，而且都在国民党内担任实际工作，那就是说，陈独秀也要在国民党内担任实际工作，接受国民党的指导而忙得不可开交，并须以国民党的身份对外发言，那还有什么中共的独立呢？”“担任中共各级领导工作的中共党员，担任与国民党无关的工作如职工运动等的中共党员，则不必加入国民党，或加入而不必在国民党内担任实际工作”，因为职工运动“是中共所领导的一个独立运动。中共领导各地工会积极参加国民革命，但不能领导其成为国民党的职工运动。中共将在工人群众中大量吸收党员，发展中共的组织；一部分加入了中共的工人可以参加国民党，但中共并无义务在工人群众中为国民党发展组织。因为这样，将使独立的职工运动成为国民党所领导的职工运动”。“产业工人是共产党的基础，应留而不加入国民党”。
第二种意见经过修正，最终形成了一个修正案：第一，中共在国民革命运动中，须加强对工人运动的领导，并在工人中发展共产党的组织。第二，中共在工人运动中，须与国民党所领导的工会和工会中的国民党密切合作。但工人中的中共党员，除一部分有必要外，不应全体加入国民党。
第三，工人运动既是中共领导的独立运动，中共虽不能阻碍国民党在工人中的活动和工人加入国民党，但不应采取积极介绍工人加入国民党的政策。
第二种意见是以蔡和森、张国焘等为代表。
这个修正案经过表决：9票反对，8票赞成，被否决了。而第一种意见提出的在国民党内组织中共党团，以保持中共党员在国民党内一致的主张和行动的提案，获得通过。
这场争论是在双方都主张国共合作的前提下进行的，争论的焦点，不是要不要国共合作，而是采取什么策略和形式来实现国共合作。
陈独秀等人强调民主革命是党在现阶段的中心任务，要执行共产国际的指示，共产党员加入国民党，以实现国共合作，把一切革命力量汇合起来，完成国民革命，这是正确的。但是他们过高估计国民党和资产阶级的力童，过低估计共产党和无产阶级的作用，忽视工人阶级和共产党的独立性，放弃共产党在国民革命中争夺领导权的斗争，则是错误的。
争论双方都有偏颇，就像周恩来曾经评价的那样“：关于参加国民党，当时有争论。有的主张参加，这是对的，但认为参加进去只是帮忙，又是错的。另外，张国焘开始是反对参加，后来又主张至少产业工人要留在外面。他不了解广大工农群众参加进去，可以改造国民党，争取领导权。”
在大会讨论的基础上，党的“三大”形成了一系列决议。主要的有《关于国民运动及国民党问题的决议案》、《中国共产党第三次全国代表大会宣言》和《劳动运动决议案》。在《关于国民运动及国民党问题的决议案》中申明：“此时统治中国的是封建的军阀，不是资产阶级。军阀政府名为独立政府，其实事事听命于国际帝国主义的列强。……殖民地的中国，应该以国民革命运动为中心工作，以解除内外压迫。”《关于国民运动及国民党问题的决议案》进一步指出：“依中国社会的现状，宜有一个势力集中的党为国民革命大本营，中国现有的党，只有国民党比较是一个国民革命的党。”因此“中国共产党须与中国国民党合作，共产党党员应加入国民党”，中国共产党“须努力扩大国民党的组织于全中国，使全中国革命分子集中于国民党”。同时，中国共产党“须努力从各工人团体中，从国民党左派中，吸收真有阶级觉悟的革命分子，渐渐扩大我们的组织”。这样就为国共合作统一战线的建立，作了思想上、理论上、策略上的准备。
《中国共产党第三次全国代表大会宣言》进一步强调：“中国共产党鉴于国际及中国之经济的政治的状况，鉴于中国社会的阶级（工人、农民、工商业家）之苦痛及要求，都急需一个国民革命。拥护工人农民的自身利益是我们不能一刻忽忘的；对于工人农民的宣传与组织是我们特殊的责任；引导工人农民参加国民革命更是我们的中心工作。”这从理论上摆正了工人运动与国民革命的关系。
为了引导工人参加国民革命，党的“三大”特别制定了《劳动运动决议案》。《劳动运动决议案》首先指出：“中国目下劳动运动方取守势，党的活动须多于工会活动，恢复工会口号，须在被封工会各工友中宣传，引起压迫下之工人作政治的斗争。”因此要求“全国铁路总工会筹备委员会，应从速召集全国各路代表会议讨论各路统一之工作，改造筹备委员会及讨论救济‘二七’被难工友之方法”。
除要求恢复被封工会外，“劳动组合书记部今后之责任为组织天津、哈尔滨、山东、上海等处已组成之路矿等工会以外之各种工会”，发展产业工人组织，对“大的产业工会，尤其是路员工会，须设法引起其与赤色职工国际联合”，“哈尔滨方面之劳动运动更宜作与苏俄工人联合之宣传”。党的“三大”还注意到南洋华工和妇女劳动运动，《劳动运动决议案》提出“中国劳动组合书记部须附设妇女部，由女同志负责担任此种工作”，并提出“男女工资平等”的口号；对于南洋华工，“须设法使其与国内工人发生密切关系”。
对于手工业工人，《劳动运动决议案》指出，“在半殖民地之中国手工业工人占多数，在工业中之劳动运动中，除加薪、减时口号外，消费合作运动或要求红利运动亦宜注意”，“手工业工人组织同时亦须整顿，促进其阶级觉悟”“，纠正劳资妥协之趋向”。《劳动运动决议案》特别强调：“产业的及手工业的工人组织，须适用国民运动口号作统一运动”。
《劳动运动决议案》为新形势下的工人运动指明了方向。
