在千钧一发之际，几个维吾尔族的兄弟不顾叛乱分子的威胁和阻挠，快马冲出城外，向正在行进中的解放军先遣部队报告情况。
解放军入疆部队对每次的骚乱活动，一是坚决平息，二是严格执行中央的宽厚政策，分别对待，慎重处理。
台湾蒋介石委任匪首乌斯满为“新疆反共总司令”。乌斯满等匪徒便到处煽风点火，纠集惯匪和散兵游勇，并以残酷屠杀等手段，胁迫牧民2万多人发动武装叛乱，叛乱迅速蔓延到天山南北。
1、平息哈密鄯善叛兵骚乱
陶峙岳、包尔汉等人通电起义后，但有少数坚持反动立场的顽固军官和特务分子，趁解放军还没有驻军新疆之际，制造多起反革命暴乱，企图阻止解放军的大部队进入进疆，给新疆和平带来了隐患。
在1949年9月28日夜晚，驻哈密国民党第一七八旅第五三三团部分官兵，进行烧杀抢掠的暴乱活动，抢走中央银行哈密分行库存金银12箱，以及自兰州银行运来的500余公斤黄金，甚至抢劫了许多商号和群众的生命财产。
而在这之后，国民党部队驻鄯善之第六十五旅第一九四团第三营、驻吐鲁番第六十五旅第一九四团第二营、驻焉耆第一二八旅直属部队、驻库尔勒第三八二团第二营、驻轮台第一二八旅第三八二团、驻库车第六十五旅骑兵团及供应届挽马团等部分官兵，先后发生了烧杀抢掠、奸淫妇女、残害群众的事件。
10月20日，一七八旅第五三三团的几个反动军官又指使驻七角井的两个步兵营，扣留解放军运载物质的40辆军车，并企图搭乘所扣的汽车赶往哈密，挟持旅部人员参加骚乱。由于事态严重，一兵团司令员兼政治委员王震指示参谋长张希钦连夜赶往哈密，采取紧急防范措施。
进至哈密地区的二军五师十三、十四团、军直炮兵团及六军的一个先遣营，遵照兵团指示，于21日将国民党十七八旅旅部及五三三团包围，很快解除了参加暴乱人员的武装，并将主犯五三三团团长逮捕。解放军闻讯提前入疆迅速平进行平息叛乱，使新疆局势渐渐稳定下来。
这些暴乱并非偶然，已经十分严重，在国民党起义部队中，虽然只是极个别的，但所造成的危害却极大。陶峙岳在获悉叛兵抢劫情况后，亲自到哈密、景化等地视察。
他对起义官兵进行思想教育，阐明起义是正确的选择，希望起义官兵可以维护新疆的和平安定，迎接解放军的到来，并立即派出宣抚组、军法审判组、救济组分赴事件爆发地严惩暴乱分子，慰问受害群众并向他们道歉，把所有的特工人员集中起来，严禁他们外出活动。
其实早在10月16日，陶峙岳就发表告全疆将士书，告诉他们和平起义的是一种明确的历史选择，颁布军队纪律和惩罚条例，希望可以稳定了军心。
哈密暴乱平息后，先遣部队继续向鄯善进军，鄯善县县长司马义亲自组织各族人们群众准备迎接解放先遣部队。但就在这个时候，驻军鄯善的国民党起义部队在营长和副营长的阴谋鼓动下进行骚乱活动，他们残忍地开枪打死了县长司马义，威胁准备欢迎解放军的新疆人民群众。
而在千钧一发之际，几个维吾尔族的兄弟不顾叛乱分子的威胁和阻挠，快马冲出城外，向正在行进中的解放军先遣部队报告了这个情况。
该部队一面向师部汇报事件，一面有火速行进，很快就感到了鄯善城下。为了避免发生不必要的流血冲突，解放军就采取了政治攻势，向守城的反动官兵宣传解放军的宽厚政策，劝说他们不要再做无谓的牺牲。
在解放军的耐心劝说下，守城的官兵终于打开了城门，于是解放军采取了果断的行动，迅速平息了事件，并严惩了参加叛乱的主犯。
人民解放军进疆部队到达驻地后，各级党委根据党的团结、改造政策，立即协助起义部队有效处理了叛兵抢劫烧杀事件。依照人们群众的要求和意愿，解除了叛兵的武装，逮捕了暴乱的策划者。
为防止反动分子报复的行动，解放军沿途留下了驻守部队以保护群众生命、财产安全，并号召干部战士募捐和节约粮食，救济受害群众。
经过平叛斗争，粉碎了反动分子对解放军的造谣诬蔑，加强了人民解放军与群众的密切联系，也加强了对起义部队的教育。
2、平息骑兵第七师的叛乱
国民党骑兵第七师原是马步芳的骑兵第五军，长期受马家军阀的欺骗和控制，是最封建、最顽固的一个军事派别，给新疆的和平解放带来了阻力。
1945年5月该部队被国民党调进新疆镇压三区的民族革命运动。而到了兰州战役后，马步芳密派专使前来赏赐大量黄金白银，骑兵第五军军长马呈祥出逃之前，曾给他的亲信做了伺机东山再起的安排。
解放军进疆之初，新疆爆发了多起叛乱事件，骑兵第七师中的少数反动军官暗地与乌斯满、尧乐博斯等匪徒互相勾结，利用部队中的宗教信仰、宗族关系煽动叛乱。
1950年3月6日，驻昌吉的骑兵第七师第二十团大部发生叛变，接着，驻阜康第二十一团的2个连，驻木垒河的骑兵第七师特务营等单位先后也跟着叛变。
一直到3月28日，又接连发生叛乱十多起，参加叛乱的共12个连，l个排，1930余人。叛乱部队疯狂杀害解放军派来的政工干部，公开打出反革命旗号，和土匪汇合一起，在乾德（今米泉）、阜康一线烧杀抢掠，反动气焰十分嚣张。
于是入疆部队为了尽快平息叛乱，以保证建党建政工作的顺利进行，在新疆军区统一部署下，由第十七师政委袁学凯率部平叛，叛匪大部被歼，匪首被击毙，剩有数百人逃脱，上山为匪。
3月13日，王震司令员给骑兵第七师师长韩有文、政委于春山下达手令，要点是：
（1）必须坚决实行政治改造，将部队中旧政工人员全部和连排干部一半调军区集训。各连军士不带武器马匹到团部受训。
（2）全师武器集中师部，由军区装甲连看管，调出骑马3000匹，交第六军使用。
（3）骑兵第七师在改造期间归第六军领导，若再有反革命暴乱，坚决予以歼灭。
（4）各级政治工作干部应坚决发动士兵群众，揭发叛匪，民主选举革命军人委员会，并公开宣传拥护领导起义的韩有文师长等爱国军官。由于及时采取有力措施，加紧对起义官兵的改造工作，粉碎了叛乱分子“东山再起”的阴谋。
对国民党起义部队中的极少数反动分子挑起的骚乱事件，如果处理不当，将直接影响着解放军对国民党起义部队的团结和改造。解放军入疆部队对每次的骚乱活动，一是坚决平息，二是严格执行中央的宽厚政策，分别对待，慎重处理。对少数策划和煽动骚乱的领头人进行了一一的调查与核实，严肃处理，对胁从和蒙骗的人员，主要是进行教育，提高他们的思想觉悟；只要他们切实改正，一律既往不咎，以诚相待。
这样，既有力地打击了反动分子，又团结了绝大多数的国民党起义官兵，稳定了新疆局势，巩固了解放新疆的胜利成果。
3、千里追剿残匪乌斯满
1949年9月20日，当人民解放军入疆大部队集结在西北重镇酒泉时，美国前驻迪化副领事马克南，秘密离开新疆首府迪化，潜入奇台和乌斯满密谋策划反革命运动。
1950年3月19日，尧乐博斯带领匪徒离开哈密逃进南山。于是，乌斯满、尧乐博斯、贾尼木汉和骑兵第七师反叛官兵勾结在一起，策划了反革命武装叛乱。
乌斯满（哈萨克族）是北疆有名惯匪，从30年代开始，就专事啸聚部众，杀人越货，逞强行霸。新疆三区民族革命时，窃居阿山专员职务，暗中却和国民党反动分子勾结，对抗三区革命，得到国民党军事装备和各方面的支持。他不仅有2个团，而且利用民族关系控制着哈萨克族头人。和他一伙的人还有：
尧乐博斯是国民党哈密专员，乌斯满的结拜兄弟。蒋介石为了收买他，特地派去一个国民党女特务（舍身救国队员）做他的小老婆，使之成为蒋介石的忠实走狗。
贾尼木汉是国民党新疆省政府财政厅厅长，是一名政客，很早就和国民党特务勾结，新疆和平解放前夕，因反对起义逃进南山。
在1950年3月，台湾蒋介石委任匪首乌斯满为“新疆反共总司令”。乌斯满等匪徒便到处煽风点火，纠集惯匪和散兵游勇，并以残酷屠杀等手段，胁迫牧民2万多人发动武装叛乱，叛乱迅速蔓延到天山南北。
而同年4月，叛匪开始向人民解放军驻守哈密东北地区沁城、小堡、南山口、伊吾等地的部队发动攻击，并对各族群众进行惨无人道的烧杀抢掠的罪恶行动。
仅仅两个月的时间，就发生了抢劫案300余起，烧毁民房30余间，打死打伤群众130余人。他们把奇台南山大、小红柳峡一带作为反革命的基地，东向巴里坤取包围态势，伺机夺取哈密，截断人民解放军与关内交通。又以主力由奇台沿公路向西窜犯，企图攻占新疆首府迪化。
为了打击暴乱的土匪活动，保卫边疆各族人民生命财产的安全，根据解放军总部的重要指示，新疆军区迅速组织了剿匪指挥部，由王震亲自担任总指挥，张希钦任参谋长，第六军军长罗元发担任北疆剿匪前线指挥官。
根据对叛乱的具体分析，解放军的部署是：第十六师在哈密，第十七师及第五军第四十团、第六军骑兵团、第二十二兵团骑兵第七师一部在迪化至奇台一线。
王震司令员还将胡鉴指挥的战车五团调归第六军指挥。剿匪部队的主要任务是肃清乌斯满、尧乐博斯匪徒和骑兵第七师部分叛军，保卫新生的人民政权，保卫新疆政治、军事、文化中心迪化。
1950年3月25日，新疆军区派出第十六师、十七师、第六军骑兵团、第五军第四十团、骑兵第七师一部、第二十七师第八十一团等2.5万多人，并出动了飞机和坦克，西线指挥程悦长、东线指挥吴宗先，在当地政府和广大群众的大力支持下，开始了大规模的剿匪运动。
4月1日下午，第十六师副师长罗少伟率机要秘书、参谋、报务员、警卫员等6人，乘小吉普车一辆，亲赴七角井前线侦察，未与主力同行。行进途中，于七角井以东车古泉山地隘路，被叛匪40余人伏击，罗少伟等5人壮烈牺牲。罗少伟牺牲时年仅30岁，是解放战争以来西北战场牺牲的第一位师级指挥员。
4月14日，剿匪大军兵分两路，取道深山密林、雪原戈壁，日夜兼程，向叛匪巢穴大、小红柳峡奔袭，出其不意地突入土匪集中地。匪帮顿时乱成一团，丢下大批尸体，纷纷四散逃命，仅乌斯满和少数头目侥幸逃脱。
在天山高峰天格尔大坂之下，另一股叛匪头子乌拉孜拜（哈萨克族），也在绥来、景化、昌吉等地，裹胁l万多牧民叛乱。乌斯满向北塔山地区逃窜被人民解放军阻击后，企图通过古尔班通古特大沙漠南逃天格尔大坂，与乌拉孜拜汇合，进行反扑。
为了粉碎敌人阴谋，人民解放军剿匪部队勇猛追击，严密封锁。同时，又及时打响了天格尔大坂的围歼战，歼灭叛匪大部，仅匪首乌拉孜拜带20余骑南逃。
而在3月26日，第十六师第四十六团第二连，由副营长胡青山带领进驻伊吾，与主力部队相距100公里。在主力进剿骑兵第七师叛乱时，二连突然被尧乐博斯匪帮包围。
敌人破坏了交通，切断了电话线，使二连完全断绝了与外界的联系，二连孤军与匪作战，英勇地坚守伊吾40天，击退敌人7次大规模的进攻，毙匪53人。直至5月7日始与东进部队会师，完成了保卫伊吾的光荣任务。
5月19日，彭德怀司令员来电嘉奖二连，后又授予“钢铁二连”光荣称号，授予胡青山“战斗英雄”称号。
在剿匪战斗中，解放军部队吃进了苦头，进军红柳峡，翻越冰大坂，奇袭北塔山，在人迹罕至无水无草的500里的戈壁上追击叛匪，战胜重重困难，英勇顽强，不怕牺牲，对敌人穷追猛打，认真执行党的民族宗教政策，实行军事清剿和政治瓦解相结合的方针，执行首恶必办、胁从不问、立功受奖、区别对待的政策，团结人民，打击敌人，取得了剿匪斗争的胜利。
6月15日，新疆军区发布剿匪战报，宣布新疆剿匪部队自3月分东西路围剿乌斯满、尧乐博斯残余股匪后，西线骑兵已沿北塔山一带向西清剿乌斯满残余匪徒；东线部队兵分三路追击南窜的尧乐博斯残余匪徒，并在黑山头以东扫清了曾在七角井一带进行破坏活动的哈巴斯股匪。
6月20日，新疆军区再次发布战报，宣布剿匪部队自3月5日以来，经过两个多月的剿匪斗争，大部分匪徒已击溃，剿匪斗争取得重大胜利。
由新疆逃至甘肃敦煌、安西一带的乌斯满、尧乐博斯等少数残匪，经新疆、甘肃部队联合清剿，于11月全部被人民解放军歼灭。参加叛乱的国民党起义军官马占林（副师长）被俘，乌斯满于1952年2月在甘肃被捕获，贾尼木汉、乌拉孜拜亦先后就擒，仅尧乐博斯只身逃往台湾。
剿匪运动维护了新疆地区的和平与稳定，为当地老百姓除去了一大祸害，也为和平建设新疆扫清了障碍。
