1861年，南北战争爆发了，很快被司各特先生召到华盛顿，当时他已被任命为陆军副部长，掌管运输部。我将会作为他的助手，管理政府的军用铁路和电报系统，还要组织一支铁路工人队伍。在战争之初，运输部是最重要的部门之一。
我很快把指挥部搬到了弗吉尼亚州的亚历山大，在糟糕的布尔溪战役打响期间，指挥部仍在那里。当战事消息传来时，我们无法相信，但显然的一点是，必须迅速把每辆列车、每节车厢都调往前线，好把战败的队伍运回来。
不久后，我回到华盛顿，跟司各特上校一起，把指挥部搬进了陆军部大楼。由于我要管理电报部和铁路，也就有机会看到林肯总统、苏华德先生、卡梅伦部长等人。
当我于1861年调到华盛顿时，人们还以为战争会很快结束，但是不久后就看出，这场仗还要打几年。宾夕法尼亚铁路公司不能没有司各特先生，而司各特先生叫我必须回匹兹堡，因为政府对宾夕法尼亚铁路公司提出了需求，所以，那里的工作需要我去打理。于是，我们把华盛顿的部门工作交给别人，回到了各自的岗位上。
离开华盛顿回匹兹堡起了反作用：我第一次得了重病，身体完全垮掉了，经过在职责履行方面的一番挣扎以后，不得不请求休假。宾夕法尼亚铁路公司批准了我的休假申请，于是，盼望已久的苏格兰之行的机会也就来了。我、母亲和弟弟汤姆于1862年6月28日乘着伊特娜号汽船出发了，在利物浦上岸之后，我们就马不停蹄地赶往丹佛姆林。没有一次变故有这次重归故土对我的影响大。
回到美国时，已经可以继续工作了。还记得回到公司时，员工们为我举行的欢迎仪式十分令我感动。
