由于海瑞对大明忠贞无二，在任应天巡抚期间执法严明，惩治了一批贪腐官吏，平反并纠正了不少冤假错案，所以隆庆皇帝特意表彰了海瑞。
海瑞倡导的退田运动仅坚持了半年多，就遭到顽固势力的强烈抵制，贫苦百姓的幸福生活只是昙花一现。徐阶之子用三万两银子买通朝廷权贵，出现了“千金能去一抚臣“的丑恶现象。于是朝廷内外对海瑞心生怨恨的人，相互勾结，极尽造谣之能事，竟然诬蔑海瑞袒护奸民或刁民，说他专以与士绅作对为乐。有言官攻击海瑞“沽名钓誉，扰乱政务。“一心为民的海瑞处境变得异常艰难，那些府县官员也对海巡抚发布的命令采取了“非暴力，不合作“的态度。面对一个盘根错节的庞大的利益集团，就连皇帝都不怕的海大人也接连发出:奈何，奈何!的感叹。为了平息众人的怨恨，隆庆皇帝只好派海瑞到南京户部任职。
明朝建国时，定都应天(今南京)。公元1421年，明成祖朱棣为了加强北方的防务，下令迁都至北京。应天和北京从此配备了两套行政班子，北京有的**机构，应天也一样不少。南北二京都均设有吏、户、礼、兵、刑、工六部。北京的六部是明朝中央**的主要执政部门，而应天的六部则是象征性的，事务少权限小，一般职权范围仅限在南京城内。在应天任职的官吏是一种清闲的职位，它比北京的官额少且俸禄也低。但凡刚直不阿不为权贵所容之人，或者年长德高望重之人，大多被调往应天六部任职。
因为海瑞不论在什么情况下都能廉洁自律，不论身居何种职务都能坚持原刚，长期超负荷的工作，使他疾病缠身，曾上疏皇帝请求告老还乡，隆庆非常眷顾这位忠直的大臣，所以做出了上述安排，可谓是用心良苦。此时的隆庆沉迷媚药，身体十分虚弱，只能坐视朝臣的明争喑斗而无能为力。
海瑞收拾行装奉旨离开吴江(今江苏苏州)前往南京，得知这一消息的吴江人民都来挽留，有很多人“牵衣顿足拦道哭“，有的跪地如泣似诉，海青天呵，海大人，真舍不得让你走，我们的缘分还没到头。眼泪默默地流，多少欢喜，多少忧，我们完全有理由相信，你无论走到哪里，都会是最优秀！海青天，海大人，我们向你挥一挥手，此时无声胜有声。
海瑞含泪与众人分别，圣命不可违。昔日曾受过海大人恩惠的百姓纷纷请画工描绘其画像，然后把画像供奉在家里，早晚焚香参拜，过春节的时候，民众把海瑞画像当门神，祈求上天赐给大家平安、幸福。
自从高拱回到朝廷后，便开始反攻倒算，骂神欧阳一敬，言官胡应嘉不等高大人动手，早已忧郁而死。高大人要清算徐大相国的原班人马，必须反其道而行之，这正应验了“一朝君子一朝臣“这句俗语。
从某种意义上说，徐阶是幸运的，最后在80岁那年无疾而终，因大权在握的高拱没有穷追不舍，又加上张居正的大力保护。
再说高拱回到内阁后就着手“修理“异己，赵贞吉是徐阶一手提拔的，自然在清除之列。高拱掌管吏部，赵学士管理督察院，这两人是水火不相容，从来没有想过要好好合作。当隆庆皇帝发出一道清算言官的圣旨，两人立刻针锋相对，强手对决，上演了一场带有戏剧性的文渊阁大战。
赵贞吉(1508一1576)字孟静，四川内江人。明朝著名大臣、学者，他有个光荣的祖先——南宋右丞相赵雄，是名门之后。嘉靖十四年(公元1535年)，赵贞吉考中进士，授翰林编修，“庚戌之变“时，俺答汗率部攻打京师，他主张督促诸将力战，由于富有才干，后来颇受隆庆赏识，参与促成了俺答封贡，有首赞之功。他主张国家的战与和应以国家民族的最高利益为准则，然后做出判断，这足以显现其极具远见卓识，对后世影响深远。赵贞吉官至礼部尚书兼文渊阁大学士，掌管都察院(言官总监)加太子太保，后因与另一实力派高拱不和，于隆庆五年(公元1571年)致仕回乡，闭门著书，主要著作:《赵文肃公文集》《赵太史诗抄》等。
万历四年(公元1576年，赵贞吉端坐家中去世，享年68岁。他死后获赠少保衔，谥号“文肃“。
纵观赵贞吉一生，他博学多才，但为人过于争强好胜，和个性强的高拱极为相似，这是他们个人的不幸，也是大明王朝的悲哀。史载赵贞吉易发怒，与僚属关系一度十分紧张。他曾单枪匹马闯入边关交战区劳军，勇气可嘉，这又当别论。他常对一些朝廷重臣直呼其名，因此招致非议和怨恨。我们中国是一个重谦虚而内敛的国度，最终，赵贞吉因恃才傲物被排挤出局，这再一次证明了:有什么样的性格就会有什么样的命运。
高拱负责的是人事部门，管理官员的登记、评级、考核、封赏等。赵贞吉管的是科道，负责监察百官，纠正冤狱等。
由于隆庆皇帝受够了都察院言官们的气，传旨吏部尚书高拱对言官来一次彻底清查。圣旨一下，高拱自然喜不自胜，他立即奉命对赵贞吉手下的科道官员进行整顿。
赵贞吉见老冤家拿自己开刀，实在忍无可忍，那干脆不忍了吧。他在朝会上大声疾呼:唐朝的魏征直言敢谏，前后上书二百余次，明君唐太宗心存敬畏，才有“贞观之治“，海瑞冒死上疏，也方有“隆庆新政“。自陛下即位后，科道的官员们恪尽职守，这几百号人当中难道没有忠直报国之士吗？祖制规定，言官有知无不言，言无不尽的权力，执政者理应有则改之，无则加勉。我等一向本着惩前毖后，治病救人的方针履行职责，何罪之有？
高拱阵营也毫不示弱，双方短兵相接，展开了史无前例的内斗。在古代中国，人们想为国为民做点儿实事，的确很难，因为内耗严重，斗争的结局往往是杀敌一千自损八百，而争斗的双方没有真正的赢家。
高拱、赵贞吉两大阵营势均力敌，形成了对峙局面。没过多久，这一平衡就被打破了，起因是高拱称病不上朝并向隆庆递交了辞呈。赵贞吉见状，也如法炮制将了皇上一“军“。如果隆庆勤快点儿，在这两位肱股大臣间居中调停调停，我想，和为贵的大好局面就可能会出现。然而此时的隆庆是吃了称砣——铁了心，既然一山难容二虎，那么保留一只。他一反过去的慵懒，变得雷厉风行起来，即刻传旨:高拱高老师忠心耿耿，继续辅佐朕，不准辞职。赵贞吉既然已提出致仕，朕就准奏，钦此。
圣旨一下，赵贞吉等人大感意外，假辞职变成了真辞职，而且是完败，赵贞吉只得收拾好东西落寞而走。
隆庆六年(公元1572年)，朱载垕听信了他哥们儿太监的鬼话，日日金樽、美酒、泡宫女，盲目服用“红铅丸“兴奋剂，掏空了身体，结果只做了短短的六年皇帝就驾鹤西去。年仅十岁的太子朱翊钧在高拱、张居正等的辅佐下登上皇帝的宝座，改年号为万历。
大明的最高决策权实际掌握在李贵妃手里，她天生丽姿，城府很深，有权谋。张居正相貌堂堂且富有才华，李贵妃对他十分欣赏，物以类聚，人以群分嘛。两人的关系很不一般，这至今是个谜，历史书上没有写。
李贵妃和张居正联手以类似“莫须有“的罪名扳倒了权倾天下的顾命大臣高拱。有一次，高拱不无忧虑地说:“十岁太子，如何治天下？“后来被冯保等故意炒作，竟变成了“十岁孩童，如何做天子？“他们据此大做文章，要兴“文字狱“。
李贵妃知道后十分震怒，高拱欺负我们孤儿寡母是不是？她在朝会上严厉谴责高阁老“专权跋扈，图谋废万历，另立藩王为皇帝，狼子野心，昭然若揭，勒令高拱回原籍闲居，不准停留！“其措辞严厉，实为罕见，高拱的政治生涯至此完结，从古至今，官场十分凶险，概莫能外。
大权在握的张居正，推行“一条鞭法“发展了经济，“考成法“整顿了吏治，提高了**机关的工作效率，但他在生活上却穷奢极欲，据史载，他有一次从京师回湖北江陵老家，乘坐的豪华轿子由六十四人扛抬，一走就是几个月，一路上挥金如土，他的张扬也为他日后失败留下隐患。
再说万历皇帝接到许多官员的上书，请求起用海瑞推行“一条鞭法“，他也时常听大臣们谈起海瑞上疏，犯颜直谏的往事，十分欣赏海瑞的人品、才学，但他当时只是一个儿皇帝，根本做不了主，人们不禁为一代名臣惋惜。
李贵妃、张居正容不得像海瑞那样正直的大臣，有一次，他们派了一位御史暗中调查海瑞，看看他是否如人们所称颂的清廉无比，企图抓住一些把柄，以此来平息众人的怨愤。
御史如期奉命来到了南京郊外，经打听，他找到了海瑞的家。那天正值假日，御史看见了一位农民模样的老人穿着洗得发白的破旧衣服正在和泥，原来海瑞正准备刷墙。来人问道:“您就是海大人吗？“海瑞听后忙停下手中的活计点点头，他回问道:“您是谁？“御史自报了姓名说是自己恰巧路过这里，顺便想看望一下海大人。海瑞连忙热情地把御史大人迎进屋里，两人又说了些客气话。那天中午，海瑞吩咐佣人杀了一只自家养的鸡，又用自己亲手种的菜，煮了些粗米饭招待御史，他们相谈甚欢。
辞别了海瑞，御史还了解到海瑞和附近的老百姓关系极其亲密，只要谁家有困难，他就会慷慨解囊。据民众反映，他把大部分俸禄无偿捐给了穷苦人家，他做的好事不胜枚举，人们都把海大人当作救苦救难的活菩萨，御史心中十分敬佩。回到京师后，他如实做了汇报，李贵妃、张居正听了也无可奈何。
万历十年(公元1582年)冬，张居正病故。很多大臣弹劾张居正贪污受贿，万历皇帝由于受够了张居正的窝囊气，因此他开始了复仇行动，下令查抄其家产，这就是要进行秋后算账，“不怕你现在闹得欢，小心将来拉清单。“本次抄家共抄得家产黄金2400多两，白银十万七千多两和其它赃物若干。负责抄家的锦衣卫们发扬了破鼓万人锤的精神，逼死前首辅张居正的大儿子张敬修，据说他在临终前提出了血泪控诉，因抄家者严密把守，断绝了米水供应，故造成张家十几人活话饿死，另有几十人奄奄一息，行将饿死，需进重症监护室。怎一个惨字了得！
平心而论，张居正是一位实干家、改革家，在他的领导下推行新政曾使古老的大明帝国一度焕发出勃勃生机。但他的确算不上是一个好人，被人坑过，也给别人挖过坑，生活腐化且有严重的经济问题，他是历史上一个复杂的人物，他推行的新法在他去世后而废止。
万历十一年(公元1583年)，张居正的“余毒“正在逐步肃清，万历皇帝立刻传旨起用海瑞，让他担任南京右佥都御史，不久又调任他为南京吏部右侍郎，海瑞时年69岁，但他依旧为国为民贡献余热。
当年风华正茂的少年，如今两鬓斑白的老者，岁月无情！海瑞看到大明帝国千疮百孔，处于风雨飘摇之中，时常愁容满面，痛心疾首。海瑞几次上疏万历皇帝，恳切地希望皇上奋发有为，希望他能牢记太祖马皇后的遗言“愿得贤人共理天下。““愿陛下求贤纳谏，有始有终，愿子孙个个贤能，愿百姓安居乐业，江山万年不朽。“人之将死，其言也善。海瑞在奏疏里痛切陈词，希望万历绝不能对贪官污吏手软心慈，应采用太祖皇帝的严刑峻法，又举出洪武三十年(公元1398年)规定凡贪赃80贯钱者就处以死刑的律例。除此之外，他还提出了减轻百姓负担，改善民生，发展生产的一系列正确建议。
万历虽觉得海瑞关于惩治贪官的建议过于严苛，但还是充分肯定了他的一片赤诚之心。
纵观海瑞的一生，他始终言行一致，表里如一，绝不同流合污，始终坚持原则不动摇，始终以圣贤的标准要求自己。
少年时代的海瑞以法律为武器，帮穷苦百姓打赢了一场场官司。在福建南平任教谕时只是遵照宪纲规定给御史大人行礼，他不论担任职务高低，都厉行节约，穿粗布衣服，吃粗糙饭食，就连他为母亲贺寿也只买了2斤肉。在临终前还嘱咐身边人把户部多发给的七钱银子(取暖费)如数上交，用两袖清风来形容海大人是恰如其分的。
海瑞的一生是不屈抗争的一生，不论身居何职，都利用手中的权力向贪污受贿，鱼肉百姓，与民争利的不法分子做坚决斗争。他暴打过胡总督的儿子，怒打权奸严嵩，他曾向江南最大的地主徐家开刀，徐阶曾对他有活命之恩，但他不徇私情，按律严惩了徐阶的家人。
海瑞曾请求朝廷将应解往京师的20万石粮食分发给饥民，并把治水与赈灾相结合，这既解救了灾民，又疏浚、治理了淞江和白茆河，可谓一举两得。他在任南京吏部右侍郎时，杖责了在工作期间饮酒作乐的御史……
万历十五年(公元1587年)，海瑞已七十三岁高龄，这年的冬天格外来得早，海瑞不幸身染重病，但他仍心忧国事，心系百姓。他的好友右佥都御史王用汲前来探望，王御史想为他请医疗治，海瑞拒绝了。他说:“生死顺应天命，医生只能医病，不能医命，我要安静地走……“不久，海瑞溘然长逝。
生如阳光之灿烂，逝如冬雪之晶莹。
北风呜咽，雪下得正紧，天地一片洁白。
海瑞去世后，举国同悲，南京城的士、工、农、学、商各界群众自发隆重悼念海青天。
海瑞的灵柩登船返乡那天，南京城万人空巷，长江两岸站满了老百姓，他们皆素衣白冠，送海大人最后一程，有的因伤心过度昏倒在地，有的竟一天不吃饭焚香祭拜，哭声不绝，声闻百里，沉痛悲悼清官海瑞。
一片白幡随海公，惟见长江天际流。
海瑞是一个高尚的人，一个纯粹的人，一个脱离了低级趣味的人，一个有益于劳苦大众的人。
海瑞永垂不朽！
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