痛失祖星的昆蜉一夜之间被打回原形，残党依偎在仅存的几只巨兽体内苟延残喘，蚁茜木尽数被毁，虫巢意志需从头开始培养，更糟的是她们还要应付世界灾厄的入侵和三流文明的落井下石。
生育的速度已经无法追平死亡的速度，虫巢有史以来第一次感受到每一个个体都弥足珍贵，任何一只兵蚁的丢失都能让虫祖心痛万分。为了快速补员，虫祖设立“蚁奴”机制，制造“乌梅奴蚁”，其他生物个体被捕获后除了当作食物和演化材料外，还有可能被乌梅奴蚁钻到身体里基因改造成奴隶供人差遣。
而为了降低减员，先是演化出了“釜式几丁质装甲”。它可以随时合成和降解，每一只昆蜉在前胸都埋着一个器皿用以储存合成装甲的原料，在必要的时候昆蜉得以瞬间加强某一部位的装甲强度然后降解为下一次做准备，以此尽量减少致命伤的可能。
进一步演化“硝化自反应装甲”，它是一种灰白色化学性质极不稳定的外挂装甲，当侦测到将要来临的致命打击时，它会自动弹出、迎击并爆炸，与威胁同归于尽。
最终发展出“内巢”，虫祖会产下一种叫做“损管虫”的生物内置到兵蚁体内。损管虫采取孤雌繁殖不断自我复制，她只有修复受伤机体这一个功能。即使是头颅被割掉损管虫也会立刻修复伤口，可谓“不耗尽最后一只损管虫，誓不死亡。”
每一只昆蜉还自带休眠系统，倘若周遭环境不适宜生存（譬如太空）或者损管虫暂时无法修复伤口，那么昆蜉就会进入休眠状态隔绝外部环境，等待被回收至巨兽，经过唤醒便可回复如初。所以人类与虫巢交战时都要把尸体彻底销毁，谁也不知道这些干巴巴的残骸到底是死了还是休眠。
在那一段时间里，虫巢把所有心思都放在保命上，也挨着最狠的毒打，好不容易局势稳定下来。结果，暗玉星系诞生了一只尸陀，三下五除二把新生的没见过世面的虫巢意志给蛊惑了，开始针对虫祖的斩首行动。
可怜的乌梅，被业报使者用一根钢柱直接贯穿了胸膛，在憋着一口气怼死了那只尸陀后，靠着损管虫死里逃生。奄奄一息的虫祖做出了影响虫巢帝国历史走向的决定，分出一半部下逃离这片混渊海，剩下一半人跟自己在一起和世界灾厄死磕到底。
又挣扎了百余年，虫祖乌梅，这位本应带领自己的文明走向辉煌的一代雄主，拖着具腐败破烂的身躯，死在了懊悔之中。
接下来暗玉海内的虫巢进入游击战模式，决定帝国走向的核心转到另一个地方。出逃的一半人中有十二只虫祖，自然也有十二颗蚁茜木。其中四只虫祖决定率部自行寻找根据地，剩下八只决定共同筑巢以提升存活率。
她们选择了一颗名为哀牢的星球，起初相安无事，随着发展壮大冲突也随之而来。在此之前，虫巢一直依赖超个体来维持向心力，单后制以完善统治，从没想过还有一个词叫做斗争。八只虫后各自培养虫巢意志，划分界限，瓜分资源，发展势力。终于，一场对人类而言司空见惯，对虫巢而言惊世骇俗的内战爆发了，被后世称为“择后之战”。
择后期间虫巢混乱不堪，一只名为“孝暖”的虫祖率先开始多后制改革，以首席虫后担任首脑，其他虫后各自担当要务，战争烈度再一次升级。内部的分裂给外部势力可乘之机，三教九流都想在这块肥肉上咬一口，那段时间里来自虫巢的基因龙钥满银河乱传。白蜥蜴也是趁这一时期拐走一只虫后。
一位名叫“卿钊”的虫后统一了哀牢，开始整顿国政。卿钊是第一位开始考虑文化的虫后，原因非常简单，虫巢意志已经发展到了一定阶段，即使前沿最不值钱的炮灰也可以凭借髓鞘虫觉醒一丝智能，虫巢已经不能依靠传统的粗暴手段将一切成员视为垫脚石。
卿钊先确立“虫巢意志-首席虫后-虫后-各方统帅-巨兽-兵蚁-工蚁-特化-煤球-蚁奴”这一套从生理层面确立的等级秩序。
统一信息素，同时特化处理信息素的器官，任何篡改的行为将遭到追杀。
引入“共鸣”制度，卿钊直接改造新一代的身体构造加入“共鸣器”，昆蜉们可以通过以固定频率震动共鸣器以进入愉悦的状态。这个频率严格保密且随时更换，有大小调之分，大调兼容小调反之不然。每一只虫后产下的后代共鸣器频率都不一样，只有首席虫后才能使用大调。卿钊可以通过调查共鸣器掌握每一位虫后生育情况。数十亿只昆蜉共同震动产生的轰鸣着实壮观。
主动干预祖神的降生，利用虫巢意志磅礴的灵能投影改造她，这使得祖神“关枭”成为少数有用的神祇。
卿钊还下令扩建哀牢，可能是因为丢失祖星的哀痛，虫巢以无比高涨的热情投入到主星的建设之中。一根巨大虫巢中枢自北极起，穿过地核，至南极终。中枢是虫巢意志的信息处理中心，哀牢的能源中心，虫后的宫廷，同时它本身是星球外环防御体系的一部分。中枢无时无刻向外释放某种介质，久而久之在哀牢周围以95天文单位为半径广阔的球形区域内硬生生地创造出类似混渊海的领域。这些领域可以看作星球生态的延伸，即使没有飞行单位的支持虫族依旧可以在领域内存活。
不过哀牢最令人震撼的当属庞大的后勤体系，无数根壮硕的管道如同捕蛇人麻袋中的长蛇一般，互相缠绕错综复杂，进而形成更粗大管道。它们将养分分配给各成员同时，把失去工作能力的个体回收。从太空中俯视哀牢，这些管道代替了山川湖泊，代替了交通动脉，如同老叟脸上的皱纹紧密而有序。但它代表的绝非是枯朽，而是喷薄欲出的旺盛生命力。整个哀牢，所有设施，包括中枢、管道以及星球防御体系，尽数由高度特化的生物构成并直接与虫巢意识相连。这里被公认为银河中最难以隐藏秘密的区域。
虫后卿钊亲手将一个频临覆灭的文明转化成一颗冉冉升起的新星。只可惜，这位意气风发的英主终究没有看到虫巢崛起的那一天。
