2001年4月，一项旨在提高农产品质量和保证农产品消费安全的“无公害食品行动计划”由农业部组织实施。
这项工作以“菜篮子”产品为突破口，以市场准入为切入点，从产地和市场两个环节入手，通过对农产品实行“从农田到餐桌”全过程质量的安全控制，基本实现了主要农产品生产和消费的无公害化，让老百姓吃上了“放心菜”。
2001年，农业部率先在北京、天津、上海、深圳4个城市和山东寿光进行试点，启动了“无公害食品行动计划”。
两年多来，4个试点城市和寿光市实施从源头到餐桌的全过程监管，为在全国范围内全面启动无公害食品行动计划起到了示范带动作用。
到2003年，北京市实施肉菜放心工程取得成效，消费者关于食品类质量投诉大幅下降，比上年降低21%。质监部门实施了小麦粉、大米、食用植物油、酱油、食醋5类食品质量安全市场准入制度，同时还加强了对关系百姓身体健康食品的定期监督抽查。
天津市无公害农产品基地规模不断扩大，通过市级验收挂牌的无公害蔬菜基地258个，蔬菜面积达60万亩，占全市菜田面积的42%；无公害畜禽生产基地43个；建立无公害牛奶示范基地57个，水产基地28处以及无公害饲料生产企业30家。通过无公害服务组织、龙头企业的无公害农产品产销量达到全部无公害产品的90%以上。
上海市共有1441个农产品生产单位建立了安全卫生质量跟踪制度，对所有规模养猪场实行信息化管理，对所有的蔬菜园艺场实行安全卫生质量跟踪制度，并重点向蔬菜种植大户延伸，还在外地承包菜农集中的地区建立了连户管理制度。
在2002年，已有642家农产品流通企业被确定为安全示范单位。
深圳市在2003年已建成无公害蔬菜生产基地1141公顷，绿色食品生产基地3个共3333公顷，并建成猪、鸡、奶牛、对虾、鲍鱼、扇贝等一批较大的农业生产基地。
同年，山东省寿光市无公害蔬菜面积也发展到40万亩，有61种农产品获得无公害农产品标志使用权，极大地提高了农产品市场竞争能力和出口创汇能力。
农业部从2001年4月启动“无公害食品行动计划”，在北京、天津、上海和深圳4个城市进行试点的基础上，至2002年6月，已有黑龙江、江苏、陕西、山西、四川、重庆等省、市和青岛、大连、成都、西安、长沙等计划单列市和省会城市开始实施“无公害食品行动计划”。
2002年7月，农业部正式发布实施了《全面推进“无公害食品行动计划”的实施意见》，开始在全国全面推行“无公害食品行动计划”。
“无公害食品行动计划”着重强调3个方面的推进措施：
一是强化生产过程管理，即强化生产基地建设，净化产地环境，严格农业投入品管理，推行标准化生产，提高生产经营组织化程度；
二是推行市场准入制，即建立检测制度，推广速测技术，创建专销网点，实施标志管理，推行追溯和承诺制度；
三是完善保障体系，即加强法制建设，健全标准体系，完善检验检测体系，加快认证体系建设，加强技术研究与推广，建立信息网络，加强宣传培训。
实施“无公害食品行动计划”，重点从农产品产地环境控制、生产过程管理、农业投入品监管和农产品市场准入等环节，加大各项工作力度，着力解决农产品中农药残留、添加剂、重金属等有毒有害物质超标等质量安全问题，对农产品实施从“农田到餐桌”全过程质量控制，经过农业部对全国37个城市的监测，蔬菜农药残留合格率按CAC标准在95%以上。
此后，农业部在推出《全国农产品质量安全体系建设规划》的同时，还制定了《优势农产品标准化生产示范基地建设规划》和《全国农产品质量安全检验检测体系建设规划》，对2004年至2010年我国农产品质量安全体系建设进行了具体部署。
“无公害食品行动计划”的实施，从农产品产地环境、生产过程、投入品监管、质量追溯和市场准入等环节加强监管，有效推动了农产品从田头到餐桌的全程管理，农产品质量安全水平显著提高。
自2001年农业部启动“无公害食品行动计划”后，到2005年，经过几年努力，我国农产品质量安全体系建设成效显著，农产品质量安全水平有了大幅度提高，农产品例行监测制度在全国开展，农产品源头污染得到初步遏制，质量追溯及市场准入制度全面启动。
随着“无公害食品行动计划”的逐步深入，我国农产品质量安全体系建设开始形成无公害、绿色、有机食品“三位一体，整体推进”的模式。
2005年8月，在江苏南京召开的全国无公害农产品绿色食品工作会议，将无公害农产品、绿色食品和有机食品工作一起研究部署，并确立了要努力实现无公害农产品、绿色食品和有机食品全面推进、协调发展的工作思路，具有十分重要的意义。
无公害农产品是指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范的要求，经认证合格获得认证证书，并允许使用无公害产品标准的未经加工或者初加工的食用农产品。
绿色食品是遵循可持续发展原则，按照特定生产方式生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品商标标志的无污染的安全、优质、营养类食品。
“按照特定的生产方式”，是指在生产、加工过程中按照绿色食品的标准，禁用或限制使用化学合成的农药、肥料、添加剂等生产资料及其他有害于人体健康和生态环境的物质，并实施从土地到餐桌的全程质量控制。
有机食品是按照有机农业生产标准，在生产中不使用人工合成的肥料、农药、生长调节剂和畜禽饲料添加剂等物质，不采用基因工程获得的生物及其产物，遵循自然规律和生态学原理，采取一系列可持续发展的农业技术，协调种植业和养殖业的关系，促进生态平衡、物种的多样性和资源的可持续利用。
“无公害食品行动计划”的施行，促进了我国农产品标准化生产，保障了消费者的食品安全，同时也通过发挥优质优价的市场竞争机制，带动了农民增收。
