2004年6月4日，什刹海管理处在西海划定的正规垂钓场对外开放，主要目的是对于非法垂钓行为进行疏导。由于非法垂钓行为破坏什刹海水域的生态环境，什刹海管理部门一直明文禁止在什刹海水域垂钓，效果却不明显，不断有垂钓者违反规定。起初管理人员对这些垂钓者进行说服教育，对屡教不改者采取查抄渔具等措施，时间一长这些措施逐渐失效。管理部门意识到，作为北京人的一种生活方式与习惯，强行禁止并不能真正解决问题，不如采取疏导方式，将垂钓行为规范起来，在保护水质的同时，满足广大钓鱼爱好者的愿望，经市水务局批准，什刹海管理处将西海7.18公顷水域划为开放式垂钓场，根据投放鱼量的多少。
将垂钓场分为高钓区和一般钓区，投放草鱼、鲫鱼、白鲢等浅水层鱼种。每日分白天、晚间两场，24小时营业，白天从早晨6时至下午18时，晚间从18时30分至次日清晨5时。
收费标准，一般钓区每日每杆15元，以后涨到20至30元不等，2011年时价格为放鱼日每人40元半天，非放鱼日每人30元半天。垂钓者可以自由在钓位上“支竿”，工作人员会走到钓位前售票，而在“高钓区”，采取“按斤计价”方式，当时的价格每斤鱼10元。由于鲢鱼、鳙鱼等一些鱼种以水草、藻类，以及浮游生物为食，能将水体的富营养物质固化，被称为“河湖清道夫”，因此管理部门特别做出规定，如有钓上白、花鲢鱼者应立即将鱼放生，因为这些鱼种对于净化水质有特殊功效。
然而，几个月后，人们发现由于开展垂钓业务未能改善什刹海水质。2005年7月12日《北京日报》一篇标题为《什刹海西海正受污染威胁》的报道：
就在钓鱼爱好者大把大把地向水中撒入鱼食的时候，西海——这个什刹海三海的第一站正面临着水质被污染的厄运。据记者了解到，近百名垂钓者一天大约要向水中投喂200多公斤含有氮、磷的鱼食……
当时西城区环保局一位副局长对记者表示，什刹海水质属于四五类，情况不是很好，这是由于北京缺水等多方面的综合因素造成；同时他认为，过多的钓鱼者会对水质产生影响。有居民反映，每天清晨都可以清楚地看到水周边漂浮着绿油漆状的藻类。根据科学研究结果，在市场销售的低质鱼食中，氮、磷含量较高，撒入水中后促生大量绿藻，其中一部分浮在水面形成水华现象，如果大面积泛滥将导致整片水域变臭。据说，垂钓区内水底沉积鱼食达20厘米厚，垂钓者行话称“打窝子”，造成后果的严重程度可想而知。
随着什刹海旅游、商业气氛日益浓厚，“胡同游”、“王府游”、“名人故居游”、“水上游”等旅游项目推出，带动游客数量大幅增长，旅游商店、商摊等商业设施发展迅速，一方面吸引了国内外游客到什刹海观光旅游，提高了景区的知名度与商业收入，另一方面增大了保护什刹海环境、尤其是水源水质工作的难度。2008年11月21日《北京日报》的一则报道称：近年来，什刹海周边酒吧、茶室、餐馆数量达到了150多家，每天排放的污水给水环境带来了巨大的压力。西城区环保局联合城管大队、什刹海街道办事处等部门，不断加强对这些经营场所的污染排放监管，确保它们的污水全部排入到市政管线。有关部门还对什刹海“三海”周边100米范围内的35个污水口进行了截污。……
经过环保部门与管理部门、水务部门开展合作，什刹海景区生态环境进一步好转。来自上海的环保专家章永泰发明了多功能水质净化船，采用潜水充氧曝气技术，可以起到给水“充氧”，净化水质作用，同时具有杀菌功效，达到调节水体生态平衡等目的。管理部门将这项技术引入什刹海水质净化工程，辅以生物、物理等新技术手段，同时在湖底栽种可用于具有防治水藻滋生特殊功效的水草，利用与意大利环保公司合作建立的小型污水处理站抽净前海湖水，进行整体净化，使什刹海水体质量达到国家规定的标准。近年来，为治理湖水富氧化问题，西城区环保部门通过泥底治理、污水截留，以及必要时采取药物防治等措施，净化什刹海水质，同时在西海沿岸实施绿地改造，敷设人工草，阻隔污浊雨水流入西海，在后海水域种植“沉水植物”，用以吸收水中多余养分，在后海南岸分别建有水质监测站、水循环处理试验场。北京城内最大一片“静水”有望升级，成为名副其实的“净水”。
2010年10月由联合国人居署、国家住房和城乡建设部、上海市人民政府共同主办“2010年世界人居日”庆典活动，旨在提醒整个世界铭记我们对人类环境的未来所负有的共同责任。活动期间，北京市西城区申报的“北京市什刹海历史文化保护区环境整治项目”荣获由国家住房和城乡建设部授予的“2009年中国人居环境范例奖”。
五、“申遗”进行时
“申遗”指各国政府机构或民间机构根据联合国教科文组织《保护世界文化和自然遗产公约》规定，向世界遗产委员会提交申请和遗产清单，由世界遗产大会审核和批准，将本国领土内的文化和自然遗产被列入《世界遗产名录》，在充分尊重遗产所在国主权的前提下，承认这些遗产是世界遗产的一部分，并通过国际社会的多方面合作，使之作为全人类的共同遗产加以保护，要求凡被列入《世界遗产名录》的文化遗产项目：“从历史、美学、人种学或人类学角度看，具有突出、普遍价值的人造工程或人与自然的共同杰作以及考古遗址地带。”各国申报项目必须符合以下六项标准中的一项或几项方可获批：（1）代表一种独特的艺术成就，一种创造性的天才杰作；（2）能在一定时期内或世界某一文化区域内，对建筑艺术、纪念物艺术、城镇规划或景观设计方面的发展产生过重大影响；（3）能为一种已消逝的文明或文化传统提供一种独特的至少是特殊的见证；（4）可作为一种建筑或建筑群或景观的杰出范例，展示出人类历史上一个（或几个）重要阶段；（5）可作为传统的人类居住地或使用地的杰出范例，代表一种（或几种）文化，尤其在不可逆转之变化的影响下变得易于损坏；（6）与具有特殊普遍的事件或现行传统或思想或信仰或文学艺术作品有直接或实质的联系。凡是被列入世界文化和自然遗产的地点须符合四个条件：（一）具有突出价值；（二）有充足的法律依据；（三）历史比较久远；（四）现状保护较好。
被列入名录的自然与文化遗产，将受所在国家依法严格予以保护，并可得到世界遗产基金会的援助。更重要的是：各地自然、文化遗产将因“申遗”成功提升知名度，从而带来可观的旅游经济收益。
“申遗”成功后，相关“申遗”项目须接受世界遗产委员会的监督。
中国于1985年12月12日正式加入《保护世界和自然遗产公约》，成为缔约方。据资料显示，自1987年至2010年7月，中国先后被批准列入《世界遗产名录》文化和自然景观达40处，其中包括长城（1987年）、故宫（1987年）、周口店北京猿人遗址（1987年）、颐和园（1998年）、天坛（1998年）共五处历史文化古迹。
2011年6月9日北京举行“文化遗产日”纪念活动，正式将中轴线“申遗”提上工作日程。位于钟鼓楼西北的什刹海被划入项目规划区域，万宁桥在元朝时曾是通惠河进入什刹海的门户，也是大运河北端的标志。时任北京市文物局局长孔繁峙表示：“中轴线申遗不同以往，它代表着一个城市的精华部分。我们要通过申遗活动加强对中轴线附近的整体保护，一方面要保护中轴线的历史建筑，另一方面加强治理整顿，如拆除一些不协调的违规建筑。通过对中轴线历史文化的发掘，提升北京在国际上的影响力，给市民创造一个良好的、有文化内涵的城市环境。”同年11月17日京城媒体刊发一则报道：本市面积最大的历史文化保护区——什刹海，未来有望以世界文化遗产的身份呈现在世人面前。昨天，记者从西城区获悉，作为京杭大运河北方终点的什刹海，正在为大运河整体申请世界文化遗产开足马力：腾退修缮文物、改善水质、还原风貌等一系列工程已陆续上马。钟鼓楼下，一个古迹更多、水更清澈的新什刹海呼之欲出。
根据工程规划，西城区文物部门等将对会贤堂、拈花寺、天寿庵、真武庙、永泉庵等文物保护单位实施文物腾退修缮。在广化寺山门前原有一处放生池，长期被卫生部招待所占用，经腾退、改造，恢复原貌并向社会开放。此外，荒废已达数十年的海潮庵、什刹海寺等文物建筑被列入保护、复原计划。然而，社会上许多人士因“申遗”需要实施环境整治引发的对环境造成影响、基建工程上马，以及居民动迁等问题感到不安。
在“申遗”过程中，如何正确处理城市建设发展与历史文化保护的关系，不仅是政府部门、管理机构、专家学者反复研究、讨论，制定方案的重要内容，也是社会普遍关注、热议的话题。2011年东城区计划斥资1.6亿元人民币在鼓楼东大街与地安门外大街交汇处修建一座“时间博物馆”。这一消息透露后引起文物保护人士普遍关注，住在钟鼓楼周边居民对于将面临拆迁所涉及的权益，以及对自己生活产生的影响各有想法。有的专家认为，应将“中轴”两侧的空间、城市南北天际线等纳入“中轴线”保护范围，充分反映北京城市的布局特点。有的专家针对“申遗”过程中所涉及的胡同、平房区的环境整治和拆迁、修缮、疏散人口等容易造成当地居民不安情绪问题，提出“在自愿的基础上，适度疏散”方式，充分尊重老北京人对于自己居住城市的感情，保护原住民的利益。
