洪武年间的后期，由于仅仅在边境布防，不能根本断绝残元势力的侵扰，于是进行防御性的出击。洪武二十年（1387年）正月，任冯胜为大将军，傅友德为左副将军，蓝玉为右副将军，赵庸、王弼为左参将，胡海、郭英为右参将，率师北征。至九月，讨平蒙古纳哈出。随后，又命傅友德驻兵大宁防御。这月，明廷又任蓝玉为大将军、唐胜宗、郭英为左、右副将军，耿忠、孙恪为左、右参将，率兵征讨元蒙残余，肃清沙漠。洪武二十一年（1388年），蓝玉等率兵由大宁出发，深入蒙古地区，兼程前进，击败元首领亲领的蒙兵，元首领脱古思帖木儿与其太子、丞相等逃走，俘获蒙古吴王、代王、平章等2994人，军士男女77000余人，以及宝玺、图书、金银印、马驼牛羊车辆等，随后班师。洪武二十三年（1390年）初，又命傅友德为大将军，率领列侯赵庸、曹兴、王弼、孙恪等赴北平训练兵马，听燕王调遣，出征沙漠。当年三月，燕王朱棣率傅友德等出古北口，向蒙古进兵。明军乘雪急攻，蒙古乃儿不花投降，沙漠取胜，报捷京师。洪武二十五年（1392年）底，冯胜奉朝廷之命到太原征兵，置卫屯田，备御蒙古。洪武三十年（1397年）初，命耿炳文、郭英巡视西北边境，并作防御及准备。五月，又命晋王、燕王、代王、辽王、谷王、宁王带兵备边。洪武三十一年（1398年）四月，又命燕王率诸王防御边境。同年，明太祖命燕王朱棣节制诸王，备御边防事务，他下谕说：居安不忘危，我的诸子，只有你多才智，攘外安内，不用你还用谁？你应该统率诸王，相机度势，防御边患，使人民安生，辜负我的托付。这年，明太祖朱元璋死去，其孙朱允即位。三年后，燕王朱棣夺取帝位，是为明成祖，开始对蒙古进行较长时期的积极防御战争，并把国都从南京迁到北平。
建文帝削藩
明朝建立后，太祖朱元璋鉴于自己先后两个皇位继承人都不太理想。太子朱标，文弱而早逝；太孙朱允，“仁柔少断”超过其父。相反，同自己一起打天下的功臣勋爵，却一个个精明强悍，文能安邦，武能定国。因而，他时刻都在担心这些人会对其朱氏王朝形成危害。正是在这种强烈自私的疑忌心理支配下，朱元璋一方面极为残酷地杀戮或暗害功臣，以扫清稳定朱氏明朝的不利因素；另一方面，则又尽可能地倚重自己特有的众多的皇子。
早在洪武二年（1369年）四月，朱元璋于编制《祖训》的同时，便确定了“封建诸王，屏藩皇室”的制度。翌年四月，封皇子朱为秦王，朱为晋王，朱棣为燕王，朱木肃为吴王，朱桢为楚王，朱木为齐王，朱梓为潭王，朱檀为鲁王；从孙朱守谦（侄朱文正子）为靖江王。让他们分别镇守长安、太原、北平、开封、武昌、青州、长沙和兖州等地；洪武十一年（1378年）正月，又分封皇子朱椿为蜀王，朱柏为湘王，朱桂为豫王、朱楧为汉王，朱植为卫王。让他们分别镇守成都、荆州、大同、甘州等地；洪武二十四年（1391年），又分封皇子朱木旃为庆王，朱权为宁王，朱为岷王，朱为谷王，朱松为韩王，朱模为沈王，朱楹为安王，朱柽唐王等，让他们分另镇守宁夏、大宁、云南、宣府等。全国的大部分重要城市，几乎都在他们的控制之下。在封王的过程中规定，诸王在其封地都可以可建立王府，设置官署，拥有重兵，护卫甲士少者3000，多者19000余人。为此一来诸王的地位，仅低天子一等，公侯大臣对他们都必须伏而拜谒。其所率兵马，名义上虽隶属兵部，但朝廷如要调用，则必须持有御宝文书分别交出该王守镇官，而守镇官还须得王令旨，方许发兵。实际上，明太祖已赋于诸王各该地区的军事指挥权。特别是分封在北部边疆的几个所谓“塞王”，势力更大。如燕王朱棣，多次受命出塞巡边，筑城屯田，总领诸卫所的军队和将领，是名符其实的拥有精兵辖地的军事统帅。宁王朱权，也是带甲8万，革车6000，骁勇善战，曾多次会集诸王出塞征伐，以善谋断而著称。
明太祖以为，有了这么多精明强悍的子孙兵，“拱卫王室”，必定会万无一失。当山西平遥县训导叶伯巨，用汉代的吴、楚七国之叛和西晋末年的“八王之乱”为历史教训，上书劝阻他时，他竟勃然大怒，斥责他“离间吾骨肉”，立即将叶逮捕解京，打入狱中，最终迫害而死。当他在校场上检阅诸王兵马时，兴高采烈地对其皇太孙朱允夸耀：“有你这些叔叔们的兵马保驾，看谁还敢造反？”皇太孙却满脸忧郁地反问了一句：“他们要造反怎么办？！”明太祖恍然大悟，但后悔也来不及了，无奈自己已垂暮之年。
洪武三十一年（1398年）闰五月朱元璋去世，皇太孙朱允正式继位，是为建文帝，史称明惠帝。
建文帝仍以巩固自己的皇位为当务之急。首先考虑如何消除这些藩王对皇位的武力威胁。他起用原在东宫的近臣齐泰为兵部尚书，侍读老师黄子澄为太常寺卿，同参朝廷军国大事。原来，早在建文帝皇太孙时，便在东角门处询问过黄子澄：“诸王皆拥有重兵，多行不法，应该怎么办？”黄子澄回答说：“诸王之军乃是护卫兵，仅能自守，万一有变，朝廷一发兵便可扑灭。汉代吴、楚等国当时不是很强吗？但仍然是失败了，其原因就是由于同中央相比，大小强弱根本不同。”对此，建文帝非常满意。故其继位后当即召见黄子澄，一见就问：“先生忆昔东角门之言乎？”黄赶忙叩头答：“（臣）不敢忘。”于是，建文帝便命令他同齐泰等人共同谋划削藩之策。齐泰主张，以迅雷不及掩耳之势，首先解除势力最强、最有危险性的燕王朱棣的兵权。黄子澄则认为，燕王久据北平要地，而且拥有重兵，轻易废黜，风险太大。不如先从周王朱木肃开刀，一是周王早在洪武时期就多行不法，削之有名；二是周王乃燕王之同母兄弟，削他则等于去掉了燕王的一只膀臂，一举两得。于是最终议决，只从削减内地诸王开始。
铜火铳洪武三十一年（1398年）六月，建文帝下令，命曹国公李景降调领大军迅速到达河南，逮捕周王朱木肃及其世子和妃嫔等，押解送京，废为庶人，迁至云南。第二年，又以“伪造大明宝钞”和“擅自杀人罪”，派使逮捕湘王柏，迫使其自焚而死。接着，又以调回朝内议事之名，诱齐王朱到京，废为庶人，加以软禁。又在大同幽禁代王朱桂。藩王虽然都有护卫，但是因本身多是骄奢淫逸之辈，因此根本没有什么指挥才能，且本身又确实都是一些不法之徒，所以，朝廷对他们是削之有名，削藩进行得也很顺利。然而，当他们要进一步去削夺燕王朱棣的权力时，却遇到了引火烧身之祸。由于朱棣早就蓄谋已久，积极准备夺取皇位了；而建文集团策划的这项削藩措施，却恰恰成为了燕王朱棣集团的口实。终于在建文元年（1399年）秋七月初四日杀建文使者谢贵和张，接着誓师燕京，援用《祖训》中“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以靖君侧之恶”为名，以削藩为导火线，发动了为时四年的“靖难之役”
淡泊名利的胡俨
胡俨，字若思，南昌人。他从小好学，天文、地理、乐律、历法、医学、占卜等方面的书他都很爱研读。洪武年间，他考取举人，被授华亭教谕，他能克尽师道。母亲去世后，他服丧期满便奉派到长垣。他提出要求在离家近一些的地方为官，以便照顾长辈和家庭。于是，他被改派到馀干。作为掌管教育的官吏，允许就近做官还是从胡俨开始的。
建文元年（1399年），胡俨被委任为桐城知县。他兴建水利工程，引来桐陂水以灌溉农田，为民谋利。桐城出现了老虎伤人的事。胡俨斋沐以祭告神灵，老虎便逃遁了。桐城人把他供入朱邑祠来祭祀。建文四年，副都御史练子宁向朝廷举荐道：“胡俨饱学明理，可以通达仙人。他足智多谋，可以运筹惟幄。”朝廷将胡俨召进京城时，燕王的军队已打过了长江。
明成祖即位后，下了一道命令：“听说胡俨懂得天文，让钦天监考考他。”钦天监对胡俨进行了一番考察之后，回奏明成祖说他确实懂得天文学、气象学。不久。由于解缙的举荐，胡俨被授以翰林检讨，与解缙等人一起在文渊阁任职。后来，又任侍讲，晋升为左庶子。父亲亡故后，胡俨服丧期满又出来做官。他仍在文渊阁任职，接受皇帝的垂询，提供咨询，但他常常不抢先发表意见，显得忠厚诚朴。永乐二年（1404年）九月，胡俨任国子监祭酒，就不再参予政务了。当时。国子监订了些很严厉的规矩，如将借故退学的国子生发往边疆服役。胡俨上任后，奏经皇帝批准，把这类规定废除了。永乐七年，皇帝到北京，把胡俨召到行宫。次年，明成祖北征，命胡俨以祭酒兼侍讲的身份，执掌翰林院，同时辅佐皇太孙留守北京。永乐十九年，胡俨又改任北京国子监祭酒。
当时，国家统一，承平时期已长达50年之久。明成祖得以在国内修明政治，大兴教化，对偏远的地方则实行安抚、整治，公卿大夫们都是些满腹经纶、彬彬有礼的文人。胡俨是当时文坛上一位老成博学的大文豪，朝廷许多重要文稿大都出自他手。重修《太祖实录》、《永乐大典》、《天下图志》时，他都任总裁官。他在最高学府任职二十多年，总是率先垂范，成为人们学习的楷模。明仁宗洪熙元年（1425年），他因病请求退休。仁宗颁布命令嘉奖他的劳绩，晋升为太子宾客，仍兼任祭酒，还让他的子孙也作了官。明宣宗即位，召见胡俨，任他为礼部侍郎，他辞谢后返回家乡。他在家住了20年，四方的大官重臣都尊他为老师。他与他们的交往中，却很少谈及自己。他淡泊明志，从不追名逐利，节衣缩食，十分俭朴，但求温饱而已。以前，担任湖广主考官时，看到杨溥的文章，他十分惊讶，在文章上题批道：“定能为董仲舒说一些正直公允的话，绝不会曲从于公孙。”大家认为，胡俨是一位慧眼识才的长者。正统八年（1444年）八月胡俨逝世，享年83岁。
叔侄间的帝位争夺战
朱元璋诸子中，第四子朱棣最有雄才大略，也最为朱元璋所喜爱。朱元璋曾有意易储，反对者提出：如果立燕王，那么，序次在他之前的秦王和晋王当置于何地呢？朱元璋打消了易储的念头。但他存此一念，对朱棣来说，无疑是一个重要的启示。
朱棣还从另一个方面得到某种暗示。朱元璋崇尚佛教，亲王就藩国，多选择名僧相随。随朱棣到北平（今北京）的僧人姚广孝，僧名道衍，曾私下对朱棣说，如得相侍，可奉献一顶白帽与他戴。王字上加白字为“皇”，姚广孝的意思是很明白的。他还向燕王推荐一个叫袁珙的学士。袁珙见朱棣年方40，须长过脐，称他是“异日太平王子”。这一番明吹暗捧，无疑会激发起朱棣的勃勃雄心。
从建文皇帝的朝廷中，朱棣则得到另一种信息：周王被逮治，张、谢贵坐镇北平，齐泰、黄子澄念念有词，所指不言自明。
太祖旧时的意向，属僚不断的劝说，朝廷传来的消息，都在推动朱棣起而争夺帝位。如果说还有什么疑虑，那首先就是他的3个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧被派去南京，参加太祖周年祭。有此掣肘之忧，他不敢轻举妄动，只能在府中装病。而朝廷对此事也感为难。齐泰要朱允把他们扣留下来，作为人质；黄子澄反对，怕引起朱棣的猜疑。他对形势又一次作出错误的估计。朱允采纳黄子澄的意见，把朱高炽兄弟打发回北平。朱棣见到他们，高兴地说，我父子得再相见，真乃天赞。
建文元年（1399年）六月，朱允发布责备朱棣的诏书，并命令逮捕燕王府属僚。张、谢贵督率卫士包围了王府，并在北平9座城门布置了严密防守。形势十分紧迫。朱棣召集亲信属官商议。燕山护卫千户未能提出，当务之急在擒杀张、谢贵；主将死，其军自乱。朱棣很欣赏他的意见，先在殿中设下伏兵，宣称自己病愈，打算乘官僚入贺时，拿下张、谢贵。张、谢二人相当警觉，不肯入府。朱棣又把朝廷点名要逮捕的官校捆绑起来，作为诱饵，请张、谢贵及朝廷使臣去验收。这次，张、谢二人不能不去了。他们一进王府，就被杀掉。除去此二人，城中官军果然大乱。
朱棣手下有两员可任大帅的武臣。一个是上边提到的朱能，他曾从燕王北征，多次立有战功。另一个是指挥佥事张玉。他曾任元朝的枢密知院，归降朱元璋后，从战有功，后来调至燕山左护卫，成为朱棣的亲信。杀了张、谢贵，朱棣命令张玉、朱能连夜出兵，攻夺9门。黎明时分，已得其8，只有西直门一时难下。朱棣派人到两军对峙处，宣布说，朝廷已经同意燕王自治一方。守门官军闻言而散。接着，朱棣整顿城内秩序，只用3天时间，北平城完全在他的控制之中，成为他稳定的大本营。
