阉党将东林党人和正直官吏逐出朝廷并不是最终目的了，只是打击东林党人的第一步。第二步就是要对东林党人进行大屠杀。为此，阉党首先制造舆论，炮制黑名单。他们编造了《天鉴录》、《同志录》、《点将录》与崇祯年间编造的《雷平录》、《薙裨录》、《蝇蚋录》、《蝗蝻录》合称“东林七录”，将他们想要打击的东林党人和其他正直官吏各列其中。如在《天鉴录》中首列东林党领袖叶向高、杨涟、高攀龙、左光斗、韩火广、孙承宗等人。在《同志录》中，列入东林党重要人物黄尊素、惠世扬、李应升等人。在《点将录》中列入一百零八名东林党人，其中将东林党领袖李三才称“天罡星托塔天王”，列至首位。还有“及时雨叶向高”、“霹雳火惠世扬”、“大刀杨涟”等。
经过一番舆论和精心策划，魏忠贤向东林党人举起屠刀，开始了大肆屠杀。天启五年（1625年）三月，魏忠贤最得力的爪牙、锦衣卫指挥官许显纯对早已投入狱中的东林党人汪文言进行惨无人道的拷打，迫使他诬陷杨涟、左光斗等人在“封疆案”中，接受了熊廷弼贿赂。汪文言宁死不肯诬陷杨涟等人，他在临刑前大声疾呼：“天乎！冤哉！以此蔑清廉之士，有死不承！”许显纯最后以毒刑害死了汪文言。许残害汪文言后，又捏造汪文言的所谓“供词”，诬陷杨涟等人受贿。魏忠贤假借皇帝熹宗名义，将杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章逮捕入狱，又将赵南星等十几人“受牵连”削职为民，“追赃”提问。东林“六君子”七月入狱后，受尽严刑拷打，惨死狱中。
天启五年（1625年）十二月，魏忠贤为了一网打尽东林党人和一切异己，以朝廷的名义，将三百零九人榜示全国，凡榜上有名者，生者削职为民，死者追夺官爵。同年，在魏忠贤操纵下，朝廷下诏削毁全国的书院，北京的首善书院和无锡的东林书院首先被毁，东林党人讲学的权利也被剥夺。
天启六年（1626年）正月，魏忠贤命修《三朝要典》，以“梃击”、“红丸”、“移宫”三案，用颠倒黑白，混淆是非的手段，并以皇帝圣谕的方式，诬陷东林党人借三案“邀功”。六月，要典编成，向全国颁布，成为进一步迫害东林党人的重要武器。
同年（1626年）三月，魏党再次制造屠杀东林党人的大冤案。将御史周宗建、左谕德缪昌期、左都御史高攀龙、吏部主事周顺昌、御史李应升、御史黄尊素、佥都御史周起元下狱。高攀龙此前削籍居家，杜门著书。听说缇骑已到，义不受辱，决心以死，抗议阉党对他的迫害。给家人自寝，夜半密起投池自尽。这是他追踪屈原，“效屈平之遗”。周顺昌在狱中，拷比倍酷，身无完肤。每次审讯，必大骂魏贼，而且骂不绝口，许显纯狠毒地打落了他的牙齿，恶恨恨地问：“尚能骂魏公否？”周顺昌仰头，将满口鲜血直喷许贼之面，骂得更为厉害。他和其他五人，都在狱中受尽酷刑而死。
魏忠贤残酷地镇压了东林党及其它反对派后，更加肆无忌惮地专权作恶，在明朝宦官为患的时期达到了顶峰。
天启七年（1627年）八月，熹宗死，其弟朱由检即位，是为崇祯。崇祯帝深知魏忠贤专权之害，决心夺回最高统治权，朝臣也知道他对阉党有恶感，因此交章弹劾。十月，工部主事陆澄源上言四事，其中指出：“厂臣魏忠贤服事先帝，论功行赏，自有常典，何至宠开国，爵列三等也！”兵部主事钱元悫上言：“魏忠贤以枭獍之姿，”“群山蚁附，势渐难返，称功颂德，布满天下，几如三莽之妄引符命。列爵三等，于乳臭，几如梁冀之一门五侯。”特别是贡生钱嘉徽上数魏忠贤有十大罪状：并帝、蔑后、弄兵、无二祖列宗、克削藩封、无圣、滥爵、邀边功、伤民财、亵名器。十一月一日，崇祯帝将魏忠贤发配到安徽凤阳，抄家。十一月七日，魏在途中自缢而死。诏磔其尸，悬首河间老家。笞杀客氏于浣衣局。魏良卿、侯国兴、客光先等弃市，籍其家。斩崔吴秀于蓟州，又斩诛许显纯、田尔耕、天下为之大快。
崇祯二年（1629年）正月，召大学士韩火广李标，吏部尚书王永光，刑部尚书乔允升等追究逆案。三月，廷臣上《钦定逆案》，诏刑在全国，除首逆魏、客二人外，追随魏氏的阉党二百六十人，分别定斩首、充军、徒刑、革职等七等罪。下诏焚毁《三朝要典》，为被害的东林党人平反昭雪，韩火广回朝又作首辅，并起用韩火广的门生袁崇焕为兵部尚书，督师蓟、辽。
徐光启和《农政全书》
杨镐统率的四路大军在萨尔浒几乎全部覆没，满朝文武大臣都十分震惊。大家齐集在宫门外，呼吁明神宗增加兵力，调拨军饷，抵抗后金。翰林院官员徐光启，一连上了三道奏章，认为要挽救国家危局，只有精选人才，训练新兵，还自愿担任练兵的工作。明神宗听说徐光启熟识军事，就批准他到通州练兵。
徐光启是上海人。在他出生之前，上海沿海一带遭倭寇骚扰十分严重。徐光启小时候，常常听他的父亲谈起当地人民英勇反抗倭寇侵略的情景，心里滋长起爱国的激情。
徐光启长大以后，因为参加科举考试，路过南京，听说那儿来了个欧洲传教士利玛窦，经常讲些西方的科学知识。南京的一些读书人都喜欢跟利玛窦结交。徐光启经过别人介绍，认识了利玛窦。他听利玛窦讲的科学道理，都是自己过去在古书上没有读到过的。打那时候起，他对西方科学发生了浓厚的兴趣。
利玛窦传播科学知识，主要是为了传教的方便。他觉得要扩大传教，一定要得到中国皇帝的支持。那时候，明朝是不让教士到北京传教的。利玛窦要地方大臣在明神宗面前帮他说话，他还到了北京，通过宦官马堂的门路，送给明神宗圣经、圣母图，还有几只新式的自鸣钟。
明神宗不懂得圣经，也不知道圣母是什么人。但是对新式自鸣钟，倒很感兴趣，命令马堂把利玛窦带进宫来。
明神宗接见利玛窦的时候，请利玛窦谈谈西洋的风俗人情。利玛窦本来是意大利人，为了夸耀自己，把自己说成是“大西洋国”的人。有人一查万国地图，找不到什么“大西洋国”，就怀疑利玛窦来历不明，要明神宗把他撵走。但是明神宗不听这个意见，倒赏给利玛窦一些财物，让他留在京城传教。有了皇帝的支持，利玛窦跟朝廷官员们接触就很方便了。
过了几年，徐光启考取了进士，也到了北京，在翰林院做官。他认为学习西方的科学，对国家富强有好处，就决心拜利玛窦为师，向他学习天文、数学、测量、武器制造各方面的科学知识。
有一次，徐光启到利玛窦那儿去学习。利玛窦跟他谈起，西方有一本数学著作叫《几何原本》，是古代希腊数学家欧几里得写的一本重要著作，可惜要翻译成汉文很困难。徐光启说：“既然有这样好书，您又愿意指教，不管怎样困难，我也要把它翻译出来。”
打那以后，徐光启每天下午一离开翰林院，就赶到利玛窦那儿，跟利玛窦合作翻译《几何原本》，由利玛窦讲述，徐光启笔译。那时候，还没有人译过国外数学著作，要把原作译得准确，可不是件简单事。徐光启花了一年多时间，逐字逐句地反复推敲，再三修改，终于把前六卷《几何原本》翻译完成。
除了《几何原本》之外，徐光启还跟利玛窦和另一个西方传教士熊三拔合作，翻译过测量、水利方面的科学著作。后来，他又在研究我国古代历法的基础上，吸收了当时欧洲在天文方面的最新科学知识，对天文历法的研究，达到了很高的水平。
徐光启不但爱好科学，还十分关心民间疾苦。有一年，他父亲死去，徐光启回到上海守丧。那年夏天，江南遭到一场水灾，大水把稻、麦都淹了。水退之后，农田上颗粒无收。徐光启为这个心里挺着急。他想，如果不补种点别的庄稼，来年春天拿什么度荒呀！恰巧在这时候，有个朋友从福建带来了一批甘薯的秧苗。徐光启就在荒地上试种起甘薯来，过了不久，长得一片葱绿，十分茂盛。后来，他特地编了一本小册子，推广种甘薯的办法。本来只在福建沿海种植的甘薯就移植到江浙一带来了。
这一回，徐光启提出练兵的主张，得到明神宗的批准，他满怀希望，想尽快练好新兵，加强国防。哪料到朝廷各个部门腐败透了，练兵衙门成立了一个月，徐光启要人没人，要饷没饷，闲得没事干。后来，好容易领到一点军饷，到了通州，检阅了那儿招来的七千多新兵，大多是老弱残兵，能够勉强充数的只有二千人，更说不上精选了。他大失所望，只好请求辞职。
公元1620年，明神宗死去，他的儿子明光宗朱常洛也接着病死，神宗的孙子朱由校即位，这就是明熹宗。徐光启又回到京城，他看到后金的威胁越来越严重，又竭力主张要多造西洋大炮。为了这件事，跟兵部尚书发生矛盾，徐光启被排挤出朝廷。
徐光启回到上海，已经是六十多岁的老人了。他本来对研究农业科学很有兴趣，回到家乡后，又在自己的田地上，亲自参加劳动，做一些试验。后来，他把他平日的研究成果，写成了一部著作，叫作《农政全书》。在这本书里，对我国的农具、土壤、水利、施肥、选种、嫁接等农业技术，都有详细的记载，真可以称得上我国古代的一部农业百科全书呢！
宋应星和《天工开物》
宋应星（1587—1661年前后），字长庚，江西奉新人。他出生在一个仕宦世家，万历四十三年（1615年），乡试考中举人。崇祯七年（1634年）出任江西分宜县学教谕，后历任福建汀州推官、安徽亳州知府。清兵入关后，他弃官返乡，终老山林。
宋应星生活的时代，明朝已处于风雨飘摇之中，那些关心国计民生的读书人，已不再满足于坐而论道、空谈心性，而是将目光和精力投入到了与富国利民休戚相关的实用知识与技术的领域。宋应星就是这样的一个读书人。他关心世事，重视了解农、工、商各行各业的状况，强调对客观事物认真观察和仔细调查，他的名言是：“何事何物不可见见闻闻？”他批评那些实际上毫无实践经验和知识，凡事只会凭主观臆度的所谓“聪明博物者”。他很注意探讨一些和人民生计休戚相关的问题，总结对发展社会经济有利的科技知识和生产经验。
宋应星一生著作宏富，有《言十种》、《画音归正》、《杂色文》、《原耗》和《天工开物》多部，其中前四部已失传。解放后，他的四篇佚著：《野议》、《论气》、《谈天》、《思怜诗》，得以重见天日，使后人能够理解他的思想与抱负。《野议》是议论明朝政治的得失，提倡政治改革的文章；《思怜诗》是作者愤世忧民的内心激情的表露，有几首诗还批判了“宿命论”；《论气》和《谈天》是关于自然科学方面的著作，反映了他的唯物主义哲学思想。如他提出“盈天地皆气也”，由气构成的自然界处于永恒的运动变化过程之中，并由此阐明了关于物质不灭的思想。
但宋应星著作中成就最高、影响最大的是《天工开物》。此书写于分宜教谕任上，崇祯十年（公元1637年）由友人涂伯聚刊行。
《天工开物》全书分上中下3卷，又细分18卷，每卷一目。还附有123幅播图，绘制精良，与文字说明互相补充。它是一部百科全书式的科学巨著，内容涉及到衣食住行、金属冶铸、锻造、矿物的开采、矿石的烧炼、造纸、兵器、火药、颜料、酵母剂的制造，珠宝玉料的开采等等，当时所有的社会生产行业几乎全部包括在内，既总结了我国古代农业和手工业生产技术等各方面的成就，又反映了当时社会生产的发展水平。宋应星认为人是“万物之灵”，能够巧夺天工，开发自然资源，创造物质财富，所以把书名定为《天工开物》。
《天工开物》有着重大的科学价值。首先，它总结了先进的农业和手工业生产经验。书中对我国主要的粮食作物水稻的记载最为详尽。他尤其注意总结经济作物的栽培经验。书中还载有利用杂交优势改良品种的科技知识，如利用不同蚕蛾品种杂交而“幻出新种”的方法。在手工业方面，介绍了丝织业中结构精良的提花机及织造工艺，记载了冶炼业中的大型失蜡精密铸造法和先进的“灌钢法”、炼锌技术等。书中对榨糖、榨油，以及劳动人民在生产中革新发明的晒盐法等都详加记录。
其次，《天工开物》以实事求是的科学分析，阐述了自然界和生活中的一些知识，破除了人们的某些迷信观念。例如，他解释了出现在田野的磷火现象，说明并非鬼火；指出“夜光珠”的“夜光乃其美号，非真有黑夜放光之珠也”；说明窑变是原料变质引起的，并不是什么神秘现象。
第三，《天工开物》极注意用数据说明问题。宋应星在书中对生产各种产品所需要的时间、人力、原料，生产工具的规格、尺寸、效率，各种金属的比重，合金成分的比例等等，都有具体数据做说明。据今人研究，很多数据是科学的。这种态度，对只注重定性描述的传统思维方法是一种突破。
