顺治十一年八月，清世祖加恩赏赐各位辅政大臣，特别加封范文程为少保兼太子太保，范文程奏疏辞谢，就称自己年老多病，请求准予退休。九月，清世祖温旨慰谕，晋升范文程为太傅兼太子太师，批准他退休。清世祖念范文程是祖宗朝的旧臣，对国家有大功，赏赐礼遇丰厚：范文程患病时，清世祖曾经亲自调制药丸赏赐；派遣画师到他的府第为他画像，收藏在内府；赏赐他的御用衣饰物品，多不胜数；又因范文程体貌魁伟，诏命特制衣冠给他，以求衣冠得体合身。清圣祖康熙即位后，特命他前往太宗山陵祭告，因哀伤过度趴在地上不能起来。康熙五年（1666年）八月康戌，范文程去世，享年七十岁。清圣祖新自为他撰写祭文，派遣礼部侍郎黄机前来宣读谕祭，赐葬怀柔县红螺山，刻立碑文记述功绩，谥号文肃，清圣祖御书的祠堂匾额说他有“元辅高风”。
农民军联明抗清
明崇祯十七年（1644年），清军乘农民起义军沉重打击明朝统治的时机，长驱直入，定鼎于北京。
清顺治二年（1645年）五月，李自成在九宫山遇难，大顺军各部各自为政，不再有统一的领导。这年九月，在湘北地区的大顺军郝摇旗部向长沙进发，途中同南明隆武政权湖广总督何腾蛟部发生遭遇。郝摇旗认为正在南下的清军乃是自己与南明政权的共同敌人，于是向何腾蛟表示了希望联合抗清的意图。何腾蛟立即封郝摇旗为总兵官。在郝摇旗的宣传号召下，袁宗第、刘体纯部，王进才部等在湘北的大顺军相继归于何腾蛟麾下。稍后，大顺军各部中力量最强大的一支由李过、高一功率领，并携李自成之妻高氏，自陕北经川、鄂边区至常德，与南明湖南巡抚堵胤锡联络。堵胤锡入其营慰向，隆武帝命其军为“忠贞营”，赐李过名赤心，高一功名必正，皆挂将军印，而以堵胤锡总统之。
顺治二年末至顺治三年初，忠贞营及郝摇旗等部同隆武各军共同对南下的清军作战，取得过一些胜利。顺治三年（1646年）二月初，正在围攻荆州的忠贞营遭到清军突袭，大败，田见秀、张鼎等率部投降后被杀，李过、高一功仅率残部奔今湖北宜昌，后与袁宗第、刘体纯部会合，撤至川东地区进行休整。郝摇旗部则在湖南兵败后随何腾蛟退至湘南一带。
隆武帝遇难，永历政权建立，联明大顺军各部均奉永历为正统。顺治五年（1648年），江西金声桓、广东李成栋等先后叛清，各地的抗清斗争兴起第一次高潮。当时，郝摇旗部随何腾蛟收复桂北重镇全州；李过、高一功部则出今四川奉节州攻占夷陵，而后又自夷陵入湖南。湖南全境一度几乎都为南明收复。第二年初，李过、高一功部受命赴江西支援金声桓，李过受封为邓国公，高一功为勋国公。当李、高忠贞营行至湘、赣边界地区时，得知督军何腾蛟在湘潭被清军杀害，金声桓所据南昌也被清军攻破，就沿湘、赣边山区南下退入两广地区。
矛状车軎忠贞营在广西今广西桂平，主帅李守病逝。堵胤锡奉朝命调忠贞营出师，高一功不从，而于顺治七年（1650年）五月率军抵梧州。永历朝臣以牛酒犒师，郊迎40里，但高一功鄙薄朝臣庸懦猥琐，向永历帝建议：“以兵归兵部，赋归户部，简汰疲弱，分汛战守，较勘功罪……”但此时的永历政权已无力整顿政治和军事，此后湖南、江西、广东和广西大部再次被清军攻陷，永历帝仅带随从数人逃亡。这年冬季，高一功率部向鄂西地区进发，准备会合早些时候到达那里的刘体纯、袁宗第和郝摇旗部，在途经贵州时被大西军孙可望部截击，高一功阵亡，忠贞营再受重创。其余部由李自成的义子李来亨率领抵达夔东地区。
在南明抗清势力不断削弱的时候，另一支农民军大西军的余部却在日益发展壮大。顺治三年大西军在西充溃败，张献忠阵亡，孙可望和李定国、刘文秀、艾能奇率余部南下贵州，于顺治四年（1647年）四月据守昆明。不久，孙可望等同称王，并在云南建立起相当巩固的根据地。根据当地的形势，大西军诸将领主动提出“共襄勤王，恢复大明天下”的口号，并在顺治六年（1649年）四月遣使永历朝廷，请联合抗清。由于孙可望坚持要求封为秦王，双方谈判拖延一年多而没有达成协议。至顺治八年（1651年）二月，永历帝穷途末路，孙可望于是派部将领兵至南宁迎永历帝“合师北拒”。永历帝被迫封孙可望为秦王，于这年冬天移驾安隆所。完全处于孙可望掌握之中。
顺治九年（1952年），大西军决定北伐抗清，分兵两路，由李定国和刘文秀率领。刘文秀军六万余人，北进四川，攻克叙州、泸州、重庆，占领成都，收复了四川的大部分地区。李定国部八万余人，自川东进入湖广，所向披靡。七月，收复广西门户全州，而后乘胜追至桂林。八月，攻克桂林，清定南王孔有德被迫自杀。大西军的节节胜利使清廷极为震恐，连忙向前线增派援兵。十一月，敬谨亲王尼堪率精锐15万入援湖南，李定国采取诱敌深入的战术，放弃长沙，伏兵于衡州城外，激战中阵斩尼堪。李定国军接连在桂林、衡州“两蹶名王，天下震动”，形成了第二次抗清斗争的高潮。清廷甚至要弃湘、粤、桂、赣、川、滇、黔七省，与南明媾和。
就在李定国不断夺取胜利的时候，却遭到孙可望的忌恨。顺治十年（1653年）初，孙可望率军入湘，大西军内战的危险迫在眉睫。清军乘着大西军内部不和，数次取得军事胜利，开始挽回败局。李定国于这一年围攻肇庆、桂林两省城均不下，原定于第二年与郑成功合攻广东的计划又没能实现。顺治十二年（1655年）五月，刘文秀率军出三峡攻武昌、今湖南岳阳市，又被清军打败，此后大西军对清作战处于守势。
顺治十三年（1656年）正月，李定国率部自南宁至安隆，护送永历帝入云南。三月，改云南府为滇都，封李定国晋王、刘文秀蜀王。正在贵州的孙可望对此事恼怒万分，决心发动内战。顺治十四年（1657年）八月，孙可望以“清君侧”为名，合兵14万入滇。但大西军将士反对孙可望内战，纷纷倒戈，最后孙可望只剩孤家寡人，仅率数百人逃至今湖南邵阳降清。大西军这次内战使大西军实力受到极大损失，士气也一蹶不振。
顺治十五年（1658年）初，清廷命罗托、吴三桂、卓布泰等自湖广、四川、广西分三路进攻云南，以孙可望部为向导。十一月，清三路大军分别在滇川、滇黔边境地区大败大西军。李定国于十二月退守昆明，永历帝两日后开始向滇西逃亡。李定国竭力组织抗击清军，设伏于磨盘山，歼灭大量清军，但所部也损失殆尽。此后，李定国率残部退至滇南边境的孟连、孟艮一带。顺治十八年（1661年）末，永历帝被吴三桂俘获，次年四月被害，南明遂亡。李定国闻讯后悲愤交加，于六月病逝，余部或降清，或亡散。
大西军失败后，奉永历正朔坚持抗清的除东南沿海的郑成功部外，只剩下据守夔东地区的大顺军余部。李来亨、刘体纯、袁宗第、郝摇旗等撤退至荆襄及川东地区后，继续承认永历帝的正统地位，分别受封为临国公、皖国公等爵。他们同在夔东抗清的王光兴、贺珍等部相互协同，凭借崇山峻岭之险，建立了以三峡为中心的根据地，合称“夔东十三家”。顺治十五年，为了挽救云南永历朝的危险局面，十三家曾合兵逆江而上攻重庆，后无功而还。康熙元年（1662年），清廷在稳定云南之后，把进攻重点放在了夔东地区。
这一年，清廷调集了30万部队，由今湖北郧县、今湖北江陵、夔州三路合击十三家。由于众寡悬殊，十三家军虽然努力奋战一年多，而且一度夺取过局部胜利，但终不能摆脱被动局面。康熙二年（1663年）末，清军深入十三家各营垒，刘体纯兵败自杀，袁宗第、郝摇旗被俘后被杀害。至康熙三年（1664年）春，夔东十三家仅有李来亨部尚坚守于湖北兴山县的茅麓山区，继续抗清斗争。
清军在茅麓山营寨外构木城、挖堑濠，实行长期围困。李来亨两次突围不成，在弹尽粮绝的情况下，于八月四日杀死妻子，放火烧寨，然后自缢而死。其部下也大部分牺牲。
抗击沙俄入侵
顺治七年至十七年（1650年至1660年），沙皇俄国先后派遣哈巴罗夫和斯捷潘诺夫武装入侵我国东北地区，当地清军和各族人民坚决抗击，重创沙俄侵略者，捍卫了祖国的神圣领土。
早在明崇祯十六年（1643年），俄国雅库次克督军戈洛文就曾派出以文书官瓦西里·波雅科夫为首的远征军130余人，侵入我国黑龙江流域进行烧杀抢掠，直到顺治三年（1646年），才取道鄂霍次克海返回雅库次克。俄国侵略者的暴行遭到当地各族人民的坚决反击，全队133人，只有53人生还俄国。
顺治七年（1650年）一月，叶罗菲·哈巴罗夫率领70名哥萨克人越过外兴安岭，侵入我国雅克萨以西达斡尔族聚居地区。事先，当地居民得知俄国强盗即将到来，全部疏散他方，所以哈巴罗夫等接连搜索了三个村庄，皆空无一人，只见到带人回来侦察敌情的当地达斡尔人首领拉夫凯。哈巴罗夫用尽欺骗和威胁手段，一面说是来贸易的商人，一面又武力威胁拉夫凯等，要求达斡尔人向俄国纳税，接受沙皇的“保护”。拉夫凯断然拒绝了哈巴罗夫的侵略要求，并揭露了他们无端侵入别国领土的强盗嘴脸，表示达斡尔人决不屈服，决心将侵略者赶出家园。哈巴罗夫见当地人民已有准备，自己力量薄弱，乃放火烧毁村庄，撤回雅库次克。
第二年初，哈巴罗夫再次率领他新召募的一百余名侵略军侵入黑龙江流域。他们首先攻占了战略要地雅克萨城，又于同年六月向黑龙江中下游进犯，在古伊古达儿村进行了骇人听闻的大屠杀。古伊古达儿村是一个有千余人居住的达斡尔村庄。一天夜晚，俄国侵略者用大炮轰塌了村庄的土墙，冲入村中，对奋起反抗其野蛮入侵的村民们进行惨无人道的屠杀，全村有660余人被杀死，240多名妇女、110多名儿童被虏掠，并抢走了大批马匹牛羊。随后，哈巴罗夫又将侵略魔爪伸向今称经雅河江口的多伦禅屯。多伦禅屯是当地最富庶的村庄，屯长多伦禅是清朝额驸巴尔达齐的亲属。哈巴罗夫吸取了在拉夫凯辖区的教训，决定对多伦禅村进行偷袭。八月的一个夜晚，俄国强盗突然冲入屯中。屯民们在多伦禅的率领下赤手空拳地与强盗们进行搏斗，但终因强弱悬殊，许多村民被屠杀，多伦禅与其弟托因奇等270余人被俘。哈巴罗夫逼他们臣服于沙皇，向他们勒索貂皮，并将他们圈禁在村子里，多伦禅与托因奇则被单独关押作为人质。村民们并未被侵略者的气势所吓倒，九月十三日凌晨，侵略者尚在梦中，全体村民集体逃出了虎口。恼羞成怒的哈巴罗夫对多伦禅和托因奇严刑拷打，逼问村民去向。多伦禅毫不畏惧，表示“宁肯让我们死，决不能让我们的人灭亡。”最后托因奇拔刀自尽，多伦禅被侵略者劫走。
哈巴罗夫继续沿黑龙江深入，于当年十月到达乌扎拉村，并在此休整过冬。乌扎拉村是赫哲族人聚居地区。他们一面以简陋的武器对抗俄国侵略者，一面派人向驻守今吉林宁安的清军报警。顺治九年（1652年）春，清宁古塔章京海色率领600名清军前往乌扎拉村，同时赶来助战的还有黑龙江流域各族人民千余人，其中包括“500名达斡尔人、420名从满臣站来的人、105名从松花江来的杜切尔人”。四月三日黎明，中国军民逼近乌扎拉村。此时侵略者尚沉睡未醒，但主将海色狂妄自大，对敌情估计不足，不是采取掩袭方法，而是老远就放炮鸣枪，将敌人从梦中惊醒。清朝军民英勇作战，冲入敌营，200余名沙俄侵略军被压缩成一团，但由于海色下令只准生俘，不能击杀，束缚了自身的手脚，给敌人以可乘之机，致使战斗失利，清军被迫撤出乌扎拉村。尽管初战失利，仍给了侵略者以沉重打击。哈巴罗夫不敢继续深入，率部向黑龙江上游撤退。途中遭到清军及沿江各族人民的阻击，令其坐卧不宁，一夕数惊，士气低落，哗变时生，陷入进退维谷境地。后哈巴罗夫奉调回国，为嘉奖其对中国侵略扩张之功，沙皇特赐其贵族称号和大片土地，称之为“开发新土地”的英雄。
哈巴罗夫回国后，沙皇改派斯捷潘诺夫前来中国，继续率军在黑龙江流域进行侵略。顺治十年（1653年），清政府任命沙尔虎达为第一任宁古塔昂邦章京，负责抗击沙俄侵略，保卫边境安宁。顺治十一年（1654年），沙尔虎达率满洲兵300、虎尔哈兵300、朝鲜兵100前往松花江口，抗击沙俄侵略军。当时斯捷潘诺夫率哥萨克370余名活动于该地。两军相遇，俄国侵略者倚仗船大枪多，向清军挑衅。清军占据有利地形，设置埋伏，诱敌登岸，伏兵四起，俄军大败，狼狈逃窜，许多哥萨克兵被打死打伤，士气大为低落。顺治十二年（1655年）二月，清政府命尚书都统明安达礼自京师率军前往黑龙江征剿沙俄侵略军。其时斯捷潘诺夫及其部下正盘跨在呼玛尔城中。二十七日，明安达礼所部到达呼玛尔，向城内俄军发起进攻。俄军凭借坚固的工事和精良的武器进行顽抗。双方激战十天，清军未能攻破呼玛尔城，反而由于劳师袭远，粮草不足，难以持久，遂班师还朝。
