天理教攻打皇宫事件极大地震动了清朝统治者，他们惧怕刚刚被镇压下去的白莲教起义重演，急忙抽调重兵，加紧对河南、山东等地的天理教起义军进行镇压。十月，代替温承惠任直隶总督钦差大臣的那彦成督清军万余人分兵七路大举进攻道口镇，徐安帼等率起义军奋勇抵抗，伤亡惨重。后陕西提督杨遇春率部突入，攻陷道口，徐安帼等退往滑县。那彦成复以重兵包围滑县，起义军数番作战，均告失利。时山东、直隶等地响应起义的天理教徒皆被清军各个击破，滑县已成孤城。十一月，桃源地区天理教首领刘国明亲率八百义军由北门冲及滑县城，与李文成等商议决定向太行山转移。李文成因受刑伤胫不能骑马，坐车率起义军四千余人撤出滑县，行至辉县西北司寨，被清军追及。十九日，清军以少数兵力将起义军诱出司寨，然后以马、步兵两翼夹击，起义军失利，退保南首山，复中清军埋伏，二千余人伤亡，清军遂将司寨团团包围。二十日，清军向司寨发动进攻。司寨东临山，西濒河，周围筑有寨墙。自清晨激战至下午，寨墙一角被毁，清军攻入寨内，起义军退守民房进行巷战，据险掷石，枪炮齐发，清军死伤甚众。天黑以后，清军举火焚寨，李文成、刘国明等被困于一座碉楼之内，清军层层包围，欲活捉李文成等。最后，清军攻入碉楼，刘国明牺牲，李文成自焚，司寨陷落。
李文成等牺牲后，清军继续围攻滑县。滑县城墙坚固，砖皮内实以沙土，不怕炮轰，清军围攻四十余日，未能攻破。十二月初十，那彦成命各路清军对滑县五座城门同时发起进攻，并暗挖地道，埋设炸药，将西南城角墙轰开二十余丈，清军冲入，与起义军于城内进行激烈的争夺战。经过一昼夜激战，双方均损失惨重。次日，清军举火焚烧民房，牛亮臣、徐安帼等劝李文成之妻张氏扮成难民逃出城去，张氏表示：“城亡与亡，不死者非英雄”，持刀参加巷战，杀敌数名，然后回到房中自缢而死。十二日，滑县城陷落，大元帅宋元成、艮宫王王道隆、震宫王刘荣顺等壮烈牺牲，军师牛亮臣、元帅徐安帼等被俘，解送京师，磔死枭首。天理教起义最后失败。
平定张格尔
十九世纪二十年代，维吾尔没落贵族张格尔在新疆南部发动叛乱。张格尔为已故回部大和卓布拉尼敦之孙。乾隆二十四年（1759年），清王朝平定回部大小和卓叛乱，布拉尼敦被杀，其子萨木萨克逃往浩罕生三子，张格尔为其次子。张格尔自称新疆伊斯兰教白山派和卓，在浩罕统治者和英国殖民势力的支持下多次窜入南疆进行滋扰，而清王朝在南疆的腐朽统治和当地官吏、伯克对广大维吾尔族人民的残酷压榨和掠夺，也在南疆广大地区引起越来越强烈的不满和反抗，进而为张格尔在南疆发动叛乱提供了便利条件。
嘉庆二十五年（1820年）九月，张格尔率兵300，由浩罕窜入南疆，杀伤图舒克塔什卡伦官兵，并抢劫了伊斯里克卡伦的马匹等物。道光四年（1824年）九月，张格尔复率兵200，勾结布鲁特人焚抢喀什噶尔西乌鲁克卡伦。守关清军轻敌失利，死伤30余人。道光六年（1826年）夏，张格尔再次纠集安集延、布鲁特等地五百余人窜至距喀什噶尔百余里的阿尔图什庄，以祭拜其祖父布拉尼敦之墓为名，煽动当地维吾尔人发动叛乱，并派人焚掠军台，阻断台路，南疆各城纷纷告急。清喀什噶尔参赞大臣庆祥闻讯，派帮办大臣舒尔哈善等率兵一千余人前往镇压。张格尔遣使向浩罕求援，“约破西四城，子女玉帛共之，且割喀什噶尔酬其劳”。浩罕统治者阿里汗应张格尔之邀，亲率一万余人入侵南疆，攻打喀尔噶尔。守城清军奋起抵抗，浩罕侵略军损失惨重，被迫退兵。张格尔派人追诱浩罕军，网罗了二三千人，收归帐下。同年六月，张格尔之弟巴布顶率兵攻破英吉沙尔，叶尔羌、和阗两城也被张格尔攻破，喀什噶尔再次被围。庆祥等率领城中军民固守两个多月。八月二十五日，叛军掘地道入城，庆祥督兵巷战，力竭自尽；领队大臣乌凌阿、穆克登布，帮办大臣舒尔哈善，回部郡王阿奇木伯克玉努斯等皆战死，喀什噶尔落入叛军之手。张格尔入城后，自称“赛义德·张格尔苏丹”，在南疆复辟了和卓统治。
清廷闻知张格尔南疆叛乱的消息后，于道光六年（1826年）十月命伊犁将军长龄为扬威将军，陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为钦差大臣参赞军务，调集固原提督杨芳、甘肃提督齐慎、宁夏将军格布舍、乌鲁木齐提督达凌阿、领队大臣祥云等分别率领陕西、甘肃、宁夏、乌鲁木齐、伊犁及黑龙江、吉林等地军队三万余人前往镇压，并命陕西巡抚卢坤督办粮草。同年九月，各路清军会师于阿克苏。此时，张格尔叛军正屯兵于距阿克苏80里的浑巴什河南岸，欲攻取阿克苏、乌什等东四城。张格尔派兵千余人强渡浑巴什河，为清军所败；另一股叛军进攻协领都伦布营盘，亦被清军击退。共歼灭张格尔叛军1000余人，击毙其和卓库尔班素皮等。十一月，张格尔派兵3000据守柯尔坪南、北回庄，欲阻截清军进攻之路。提督杨芳率部两路包抄，全歼守敌，打通了清军西进之路。
道光七年（1827年）二月，扬威将军长龄、参赞大臣杨遇春、武隆阿等率军三万沿浑巴什河大举进攻喀什噶尔。二十四日，清军击败张格尔屯驻羊阿尔巴特之兵，杀敌万余，俘虏3000。张格尔复于沙布都尔庄外决水成渠，收集十万余众扼渠死守。二十五日，清军先以连环枪炮射击，然后派步兵强渡渠水，马队两翼包抄，将叛军逼退至浑水河边，随后分兵追杀，并击败援敌，共杀俘叛军四万余众，夺得枪炮、马匹无数。张格尔两败之后，强令当地维吾尔人15岁以上男子一律当兵，不从者即行杀戮，再次纠合余众，号称十万，在阿克瓦巴特庄山冈布阵，负隅顽抗。二十八日，长龄等督清军马步兵施放喷筒，两翼齐进，又命人身着虎衣虎帽，舞动盾牌，叛军马惊阵乱，纷纷逃窜。清军分路追杀，毙敌二万，生俘二千。清军三战三捷，乘胜驰进。张格尔复沿距喀什噶尔十余里的浑河列营20余里，筑垒顽抗。适遇大风，长龄欲退兵屯营，杨遇春力持不可，遣索伦兵千余骑绕道下游以牵敌势，亲率大军乘风狂天暗之机抢渡上游，冲入敌阵，叛军土崩瓦解。张格尔见大势已去，率数十骑逃走。三月初一日，清军进占喀什噶尔。没过几天，英吉沙尔、叶尔羌、和阗等地也相继收复。
张格尔败走后，众叛亲离，生计日蹙。清廷悬赏缉拿张格尔，有获之者，爵亲王，金十万。长龄等利用“黑帽回”对张格尔的不满，用反间计诱其入卡。十二月，张格尔率五百骑兵由开齐山旧路潜回阿尔图什回庄，杨芳等分兵三路星夜追杀。张格尔发觉上当，逃到喀尔铁盖山中，被总兵胡超带兵擒获，解送京师后于道光八年（1828年）五月磔于市。
自道光六年七月清廷调兵进剿，至次年十二月张格尔被擒，整个平叛之役历时一年半，耗银1116万余两。平定张格尔叛乱后，清廷为收服人心，惩办了自嘉庆二十年（1815年）以来历任喀什噶尔大臣，免除回疆八城两年额赋，重新任命回疆各地官员，加强了对该地区的控制。
桐城派古文
清初诸帝为安定反侧，羁絷群士，无不致力于文治。除开设史馆、四库全书馆，举办特科，扫除场屋积弊、整饬士习，奖掖醇儒等举措之外，还以程朱理学为“正学”、“儒学”，树立哲学、伦理学、教育、文学等意识形态领域中正统儒学的绝对权威，以扼制异端，宣扬教化。所以，康熙、雍正、乾隆三朝对时文规范以及朝野学风、文风极端重视，频颁告诚、钦定诗文集，以厘正文体，垂示文章典则。康熙时，颁行徐乾学编《御选古文渊鉴》，倡为辞理醇粹，平正通达之文，以涤荡明末时诗文“腐烂”之风。雍正十年（1732年），“特旨”晓谕试官，以清真雅正、理法兼备为当时衡文标准。次年，敕方苞以和硕果亲王名义编《古文约选》，以为时文范本。方苞在该书序言和凡例中，列举“义法”，“用为制举之文，敷陈论策”之梯航。乾隆元年（1763年），颁行方苞编《钦定四书文》，“以发明义理，清正古雅，言必有物为宗。”方苞所称“清正古雅”，即源于世宗“清真雅正”，又为时文标准。乾隆十三年（1738年），颁行《御定唐宋文醇》，录取文章“其上者，是以明理载道，经世致用；其次者，亦有关法戒，不为空言”。以上文献材料表明，清初“列圣”们谆谆告诫和倡导的时文，并推至对一切文章的衡文标准和文章规则是“清真雅正”，而方苟则“禀皇极之彝训”，以其为核心，建立桐城文派的古文理论体系。因此，可以认为桐城派是清廷文化政策的必然产物。
乾隆中，经学家程晋芳，周书昌说姚鼐“昔有方侍郎，今有刘先生，天下文章，其出于桐城乎。”这虽为“一时兴到之言”，却已拈出“桐城”名义，而在乾嘉时，还没有人敢于尊奉这样的观点，只要略一举口，就会遭到群起而攻之。但当时以桐城方苞、刘大櫆、姚鼐为代表的古文宗派已经形成，到道光中叶以后，桐城诸子更是堂而皇之地张大其帜，“各诩师承”。
方苞，为桐城派“彻组”，自许为“学行继程朱之后，文章介韩欧之间。”为学恪守宋儒，称“孔孟以后，舍程朱而谁与？若毁其道，是谓戕天地之心”。为文追踪韩愈、欧阳修，摒弃六朝骈俪藻绘，以唐宋八家、左史、六经、语孟为文章正宗，论文持“因文见道”之说，尤重“六行合一”，谓为文应“开通”“大义”，“明孔子之道”。需要说明的是，方苞及其以后的桐城诸家，对时文与古文之别，尚有所洞见，并非尽“以古文为时文”，但方苞的时文理论，有时却可通于其古文理论，这也是不争的事实，方苞《古文约选》、《钦定四书文》，均为时文所作，其中所列举的“义法”、“清真古雅”，也均为其时文理论用语，但同时也可视为其古文理论的文学范畴，仅有外延宽窄之别而已。他在《又书货殖传后》中曾说“义以为经而法以纬之，然后为成体之文”。所谓“成体之文”，即指时文，也当然包括古文及其它文章在内。而《古文约选序》一文，在论及“制举之文”的“义法”的同时，又称“古文气体，所贵澄清无滓”。所谓“澄清无滓”也即“清真古雅”。是见方苞是时文、古文相提并论。而方苞的“义法”说，从其内容的丰富性来看，更可以说主要是对历代古文创作规律的理论概括，绝非明代及清初八九十年的八股时文所能涵盖。
作为古文最高境界和理想风格，或衡文标准的“清真古雅”，表现为“理”与“辞”的统一。即“文之‘清真’者，唯其‘理’之‘是’；文之‘古雅’者，唯其‘辞’之‘是’”。而“理”之“是”，在于“创意”，“溯源于六经而切究宋元诸儒之说”；“辞”之“是”在于“造言”，“取材于三代两汉之书”。方苞又用“雅洁”具体说明这种“理”与“辞”的统一。方苞在文统上，奉归有光为祖师，而对柳宗元却多訾诟，因为他不能归一于“道”。所谓“雅”即“古雅”，指“辞”不伤于繁芜俚鄙；“洁”即“清真”，指“理”不流于“肤末肢离”。而“稚法”，即辩理论事，“明于体要”，行文雅驯，刊络浮词，以清淡简朴的艺术风格，表达阐道翼教“发明义理”的思想内涵。“因文”以“见道”，“文”无非为其“见道”之器，为“文”之“所归”在于“立德在功以仰答我皇上爱育人才之旨意”。所以方苞及桐城派诸人，不仅是文人，而且想兼做“道学家”，重新遵奉宋明理学的一套。方苞所谓之“义”，即文章之内容；“言有物”即内容充实。“法”，即文章之形式“言有序”，即条达通畅，文法变化，虚实详略合于戒律。方苞为文，从唐宋八家入，师法韩欧，归有光，而不失其“静重博厚”，他的《汉文帝论》、《左忠毅公逸事》、《狱史杂记》、《送冯父子序》等作简练雅驯，叙事扼要，确属有物有序，传世之佳构，尽扫前后七子“摹临古贴”竟陵诸家“幽情单绪”之风，而开创清文新局。但方苞为求清真古雅之境，“义法”或流于过苛过细，到了姚鼐门人吴德旋更是提出“忌小说，忌语录，忌诗话，忌时文，忌尺牍”的古文“五忌”，从而使古文陷于枯瘠，生气荡然无存，难于摆落“道学家”高头讲章的窠臼。
