是年十月，捻军在河南许州，分兵为东西两支。一支由赖文光、任化邦率领东入山东，是为东捻军；另一支由张宗禹、张禹爵为首，西走陕西，是为西捻军。分军后，东捻军由许州东向，越黄河直奔鲁西，试图抢渡运河进入山东。由于清军严守运河各渡口，只好折回河南，转进湖北。连克应城、云梦等县，夺取安陆府的臼石镇，驻守尹隆河一带。同治六年（1867年）一月，东捻军运用运动战术，向淮军进攻，大败淮军悍将郭松林，打死总兵张树栅。这时清军援兵四集合围，捻军腹背受敌，终于大败，损失二万余人。尹隆河战役失败后，捻军放弃了进兵川、陕与西捻军会合的计划，反被引入淮军战略圈套，进入山东地区。十一月，在潍县松树山之役，三败于淮军。接着，在赣榆之战中再次受挫，任化邦在作战中被叛徒杀害。此后，东捻军又在山东寿光受到淮军层层围击。突围中伤亡二万多人，被俘近万人，主力损失殆尽。赖文光率余部南入江苏，经淮安、宝应、高邮、邵伯等地，力图甩脱追敌。行至扬州东北瓦窟铺，遭到袭击，伤重被俘，后遭杀害。
由张宗禹、张禹爵、邱远才等率领的西捻军六万人，与赖文光分兵后，进入陕西，去联络回民起义军。回民起义军迅速东归，接应西捻军。正在镇压回民起义的刘蓉所率湘军，闻讯后匆忙东下，同治五年（1866年）十一月赶至华阴前线，想一举击溃西捻军，然后回军去镇压回民起义军。西捻军弃营突然西趋，直取陕西省会西安。湘军绕道咸阳，回援西安。但等赶到，西捻军又折回蓝田，再次东下至临潼。刘蓉部紧追不舍。西捻军即由临潼虚张猛扑西安的声势，而以三万精锐埋伏于西安外围灞桥之十里坡。湘军追进包围圈，捻军伏兵四起，不到半天，全歼湘军14000余人。
十里坡之役后，清廷派湘军刘松山部赶至陕西，解救正被捻军、回民起义军围困的西安，但被捻军击败。同治六年（1867年）底，西捻军为了救援被困于山东、苏北的东捻军，东渡黄河，进山西，绕过王屋山，进入河南，次年初北折河北，越过保定，逼进北京，吸引围困东捻军的清军撤围来援。但时机错过，东捻军业已失败。三月，直隶饶阳一战，邱远才、张禹爵牺牲。接着，西捻军又突击淮军防线，南下在河南封丘、滑县等地击败淮军。但西捻军于四月中在山东东北部渡运河东走，酿成大错。五月，西捻军多次抢渡运河，均为清军河防军所败。从此，被清军围困在天津以南、黄河以北，运河以东的狭窄地带。捻军战士奋力作战，但清军又越聚越多，并配以精良火器。同治七年（1868年）八月，西捻军全军覆没于山东荏平，张宗禹以十八骑突围，不知所终。
捻军坚持斗争十八年，活动范围达安徽、山东、河南、江苏等十省区。有力地配合了太平天国和北方各地的人民起义，给予清朝统治以沉重打击。
八国联军侵华
清光绪二十五年至二十六年（1899—1900年），在中国北方爆发了大规模的义和团反帝爱国运动，波及全国，西方列强见清政府镇压无效，极其恐慌，从光绪二十六年（1900年）三月开始，用各种手段不断恐吓清政府，一步步加紧对中国的侵略。各国外交使团先是警告清政府必须明令禁止义和团的活动，否则各国政府将采取“必要手段”保护外侨生命财产。随后，英、美、德、法四国公使又照会总署，要求清政府两月内“剿灭”义和团，否则将出兵“代剿”。随后，英、美、德、意、法、俄军舰在大沽口外举行联合示威。五月二十一日，外交团照会总署，勒令清廷将参加习拳，传布揭贴恐吓外人者，一律查办；将拳众聚会之住处屋主，一并收监；将查办拳众不利之员一律惩办；将为首焚杀之拳众，一并正法；将纵拳助拳之人尽行诛戮；直隶与邻省有拳团之处，地方官出示严禁。否则各国将自行调兵办理。二十八日，公使团议定调兵来京，武装干涉义和团运动。三十一日，美、英、法、意、日、俄六国公使借口“保卫使馆”，调兵三百多人侵入北京。随后，德、奥又派军队八十名侵入北京，进驻东交民巷各使馆，建筑工事，枪击义和团民。俄、英、德、日、美、法、意兵船二十四艘停在渤海湾和大沽口外示威，并派一部分军队在大沽口强行登陆，并且进驻天津租界。
圆明园遗址六月十日，英、美、德、法、俄、日、意、奥等组成八国联军2100百多人，在英国海军中将西摩尔的率领下，乘火车由天津向北京进犯。为阻挡八国联军进犯，义和团和清军拆毁了通往北京的铁轨，沿途阻击敌人，使联军三天才走了130里。在落垡和廊坊，义和团在董福祥的甘军配合下给八国联军以重创，联军“进京之路，水陆俱穷”。迫使联军逃往杨村，又向天津方向节节败退。沿途又遭到团民袭击，在西沽武库又被清军和义和团层层包围。直到二十六日，才在大队援兵解围之下回到天津租界。在西摩尔联军进犯期间，北京的联军经常开枪射杀义和团民和普通群众。六月十四日下午，德国公使克林德带领一排德国兵外出，命令士兵开枪，打死正在练武的团民约20人。当西摩尔联军在廊坊车站受阻时，沙俄海军中将基利杰勃兰特与各国海军头目合谋夺取大沽炮台，作为大举进攻中国的滩头阵地。十六日下午八时，联军向大沽炮台守将提督罗荣光发出最后通牒，限于十七日午夜二时前交出西摩尔旧照，炮台，被罗荣光断然拒绝。于是，联军先于通牒限定时间轰击大沽炮台，正式挑起了八国联军大举入侵中国的战争。罗荣光率领将士与敌激战六小时，毙伤敌军130余人，击伤敌舰六艘。但是罗荣光孤军无援、腹背受敌，导致大沽口三个炮台失守。随后，联军从大沽登陆，强占了塘沽等地。经过三天的烧杀，塘沽变成一片废墟。清政府于六月二十一日颁布谕旨向联军宣战。大沽失守后，义和团和清军开始了天津保卫战，在老龙头火车站、紫竹林租界地等处与联军展开浴血奋战。六月三十日从大沽登陆的联军增至18000多人，其中日、俄军队最多。七月九日，联军在天津城南发起总攻。直隶提督聂士成率部4000多人，在城南八里台与敌遭遇。聂士成冒着枪林弹雨一马当先迎战来犯之敌，聂士成中炮，腹裂肠出，壮烈牺牲。七月十四日天津失陷。八国联军在天津城内抢劫、纵火与屠杀，致使天津“积尸数里，高数丈”，河上浮尸“阻塞河流”。官署、钱庄、商店、工厂、仓库、民宅均被抢劫一空。七月二十二日，由列强主持的天津都统衙门成立，对天津、静海、宁河等地实行殖民统治。沙俄率先在占领区成立俄租界，各国纷起效仿，已占有租界的英、法、日、德则扩大地盘；未占有租界的意、比、奥也各占一块，形成列强分割天津的局面。
英法联军占领大沽炮台旧照八国联军占领天津后，兵力增至二万人，八月四日自天津沿运河两岸分兵两路向北京大举进攻。两天后，直隶提督裕禄在杨村兵败自杀。清政府不但不全力抵抗，反而于七日任命李鸿章为议和大臣，乞求停战，但联军对此置之不理。八日李东衡率领的“勤王军”，在京津之间的河西务一触即溃，退走通州张家湾，李服毒自杀。十三日，八国联军攻占通州。次日，英国攻破广渠门，北京陷落了。慈禧太后携带光绪帝和皇室成员仓皇出京，逃往西安。途中派奕和李鸿章为全权大臣，向联军乞和。
八国联军攻陷北京时，部分爱国清军和义和团同联军展开了激烈巷战。在北京保卫战中毙伤侵略军400余人，清军也有640多人战死。八国联军在北京进行疯狂的烧杀抢掠，繁华的街市成为废墟，成群的居民被集体射杀。北京“自元明以来之积蓄，上自典章文物，下至国宝奇珍，扫地遂尽”，所失“已数十万万不止”。联军占领北京后，将全城分为英、日、俄、美、法、意等几个占领区。为镇压当地居民反抗，美占区成立了“协巡公所”；日占区设立“安民公所”；英占区设立“保卫公所”；德占区设立“华捕局”等等。八月德国陆军元帅瓦德西率两万名德军来华，九月瓦德西任联军统帅，十月二十五日瓦德西到京，八国联军增至十万人。十二月十日，联军设立“北京管理委员会”，对北京实行殖民统治。联军还四处攻掠，北犯张家口、东占山海关，南侵保定、正定，俄国在参加八国联军侵略京、津的同时，还单独出兵，占领了东北三省。
在八国联军的一再逼迫下，清政府不得不派全权代表奕、李鸿章与英、美、俄、德、日、奥、法、意、西、荷、比等十一国在北京签订了《辛丑条约》，以屈辱、赔款等条件与联军议和。
列强开辟租界
道光二十二年（1842年）八月，英国迫使清政府签订《南京条约》，其中规定开放广州、福州、厦门、宁波、上海等五处通商口岸，英国人可以携带家属到此居住。次年十月，又签订了《虎门条约》（原称《中英五口通商附粘善后条约》），作为《南京条约》的副件，规定“中方地方官必须与英国管事官各就地方民情，议定于何地方、用何房屋及基地，系准英人租赁”等。英国人不仅获得在五口租地建房，永久居住的权利，而且还得到片面的最惠国待遇。
道光二十三年（1843年），英国第一任领事巴富尔到上海，和该地道台宫慕久交涉，租下城外黄浦江边的130亩荒地作为领事馆区域。
道光二十五年（1845年）十一月，宫慕久用告示的形式，公布了与巴富尔协议的《上海租地章程》（又称土地章程）。根据这个章程，中国方面“决定将洋泾浜以北、李家场（一作李家庄）以南之地，准租与英国商人，以为建筑房舍及居留之用”。东侧以黄浦江为界，西边于次年九月议定以边路为界、全面积约830亩。并且作出洋商租地建屋后，即可停租也可转租他人，但“业主不得任意停租”；“租地租屋洋商应会商修建木石桥梁，保持道路清洁，树立路灯、设立灭火机，植树护路、控沟排水、雇用更夫。领事馆经各租主请求，召集会议，共同商议，摊派以上各项所需经费”；“他国商人愿在划归英商承租之洋泾浜界址内租地建房或赁屋居住、存货者，应先向英国领事馆申请、藉悉能否允准、以免误会”等项规定，这为上海的“租界”制度奠定了基础。此后，英国领事召集租地的外国商人按年开会，推选最初只有三个人的“道路码头委员会”，办理道路和码头事宜。道光二十八年（1848年），英国第二任领事阿礼国又以所谓的“青浦事件”为借口，强迫新任的上海道台麟桂答应扩充英租界的要求，使之向西伸展到泥城浜，向北开拓到苏州河边，整个租界面积扩大到二千八百二十亩。同年一月，法国驻上海第一任领事敏体尼到任，即与早已到达的法国天主教传教士商议，并通过法籍主教赵方济在上海县城与英租界之间的地段内租赁房屋，设立领事馆。“青浦事件”后，上海道台吴健彰又屈服法领事的压力，于道光二十九年（1849年）四月发布公告，规定以上海县城与英租界之间，总面积约980亩作为法租界区域。并规定：“各国人如愿在租界内租地建屋者，应向法国领事商明办理”。除此，还迫使上海道台宣布，法租界“偌若地方不够，日后再议别地，随至随议。”在此之前，美国第一任驻沪代理领事吴利国就任，设领事馆于英租界内。后来，另一美国领事祁理蕴到任，两人均升起美国国旗，这一举动都曾引起英领事的一再抗议。如今，当法租界划定后，美领事立即向上海道台抗议，竭力反对其他各国人士必须取得法领事同意后才能在法租界租地的规定。英领事则从自身利益出发，与美领事采取了相同的态度。与此同时上海道台同意以文惠廉主教为首的美国圣公会教士，利用虹口地区建造教堂，并把这一带划为美国租界。咸丰三年（1853年），金能亨任美国驻上海代理领事、英国正式同意美国人在英租界内租地可以不经过英国领事，从而放弃了土地章程中所给予英领事的专管特权，悬旗问题也随之解决。至于法领事所取得的对法租界的专管权，由于英美两国的共同抗议终未严格实行。同治二年（1863年），上海道台又被迫划定苏州河北岸，面积约7856亩的区域为美国租界。同年，美国租界和英国租界合并，成为“公共租界”，至二十世纪三十年代，其领域扩展到八万亩。自从英国在上海建立第一个租界以来，其他西方国家援引片面的“最惠国待遇”条款，纷纷在中国商埠划地立界。至光绪三十年（1904年），英、美、法、俄、德、日、意、比、奥等国在上海、广州、厦门、福州、天津、镇江、汉口、九江、烟台、芜湖、重庆、杭州、苏州、沙市、鼓浪屿、长沙等十六个城市，强占租界三十多处。
