王敦的叛乱才平定了三年，东晋又发生苏峻、祖约的叛乱。苏峻由平叛功臣转变为又一次叛乱的祸首，究其原因，外戚庚亮是不能辞其咎的。
庚亮字元规，颖川鄢陵（今河南鄢陵西北）人，是明帝庚皇后之兄，明帝时做过中书监，也领兵参与过平定王敦叛乱的战争。太宁三年（325年）闰七月，明帝去世，年仅二十七岁。他五岁的儿子司马衍即位，是为成帝，庚太后临朝。这时，司徒王导仍录尚书事，依官名是统辖一切的宰相，但实权却都转到了与其共同辅政的中书令庚亮的手里。
庚亮爱好《老》、《庄》，善于谈论。明帝曾派他到芜湖与王敦议事，王敦与他长谈，颇为钦佩。论他的才能，在当时可谓突出，但从他处理政事来看，他却是自信太过，不能虚心听取别人的意见，以致往往误事。这应该是与他的身份有关的。他以小皇帝的舅父身份来治国，国事几乎就是家事，又当大乱初平的时候，他也不免求治太急。求治太急容易出毛病，古往今来，犯这毛病的不可胜数，庚亮即是其中之一。庚亮还有一个严而不当的毛病。王导当国多年，待人以“宽”为原则。庚亮可能是嫌这老翁（太宁三年，王导五十岁，古代可以算老翁了，庚亮比他小十三岁）只会一味地“和稀泥”，便改而从严。从严治国未尝不对，但这必须得当，才能服人，诸葛亮就是靠这条成功的。反之，如果措施不尽得当，必然会招致人们的怨恨。
成帝咸和元年（326年），因御史中丞钟雅的劝奏，庚亮杀宗室南顿王司马宗，免西阳王司马羕官，降爵为县王，贬逐大宗正虞胤（元帝虞后弟）为远郡太守。这次处分引起的震动很大，人们多以为是外戚在剪削宗室。让我们看事情的来历。司马宗和虞胤在明帝时分任左、右卫将军，率领禁兵，极受信任。明帝生病时，一天晚上，庚亮有事要进宫见皇帝，向司马宗要宫门钥匙。司马宗不给，骂庚亮的使者说：“这难道是你家的大门？”庚亮对此一直怀恨于心。明帝病重时，不想接见臣下。庚亮就怀疑司马羕、司马宗兄弟和虞胤有什么阴谋，硬闯进宫，要求罢黜司马羕、司马宗兄弟，但明帝没有允准。成帝即位后，庚亮大权在握，左、右卫将军都换了人，司马宗失势，钟雅劾他谋反，认为他有夺权的企图。庚亮即命新任右卫将军赵胤去抓他，他不肯俯首就缚，用武力抵抗，结果当场被杀。庚亮积怨既久，采取的措施又不稳妥，如果用冷处理的办法，不抓、不杀、不贬，只剥夺他的权力、兵卫，就不会引起大的震动了。身为皇帝的舅父，他应该知道，对宗室采取行动是应该谨慎的。成帝年仅六岁，他对这事就有看法。他好久没有看见司马宗了，偶然想起，问庚亮道：“以前常常看见的白头公哪里去了？”庚亮说是因谋反被杀了。成帝一面哭，一面说：“舅舅说别人造反，便杀了；如果别人说舅舅造反，该怎么办呢？”庚亮想不到小外甥会说出这样的话，着实吃了一惊。
庚亮和陶侃、祖约、苏峻这三个握有兵权的人关系都不好，主要是庚亮怀疑三人不可靠。这三个人，陶侃功勋卓著，而在平定王敦叛变中没有什么表现，那是因为远在广州所致。王敦失败后，他已调任都督荆、湘、雍、梁四州诸军事、荆州刺史。他早年本在荆州立功，声望原好，再来此为官，很受地方人士的欢迎。祖约仍镇寿春。苏峻在破钱凤、沈充时立功最大，事后任历阳（治今安徽和县）内史。明帝死后，遗诏褒（嘉奖）进（加官晋爵）大臣，漏掉了陶侃、祖约。他俩便怀疑是被庚亮删掉的，京城里则传闻他俩都有怨言。苏峻，掖县（今山东莱州，一作挺县人，今莱阳南）人，是书生出身。永嘉年间，他纠合数千家，在本县结垒，有相当实力。因为敌不过曹嶷，就率领一部分人马南渡。他是在乱世中从书生转变为武将的人物。他在历阳有精兵一万，又招收亡命之徒扩充兵力，所需粮草也都要政府供给，得不到满足时就表示不满。司马宗死后，部下卞阐逃到苏峻处，庚亮命苏峻交出，苏峻推说没有这人。庚亮本来就怀疑苏峻有野心，这下出了卞阐一事，双方的关系就更恶化了。
从上述情形看，这三人对朝廷都有些怨言，但是除苏峻有点不守法度外，他们并没有什么特别严重的问题。因此朝廷应该设法化解矛盾，内外合作，共御后赵，绝不可以采取可能激化矛盾的做法。遗憾的是：庚亮走的是后一条路。
庚亮走的第一着还没有大碍。他派温峤为都督江州诸军事、江州刺史，镇武昌（今湖北鄂州）；王舒为会稽内史，东西两面，与京师相呼应。温峤是这一时期的重要人物，需要介绍一下。他字太真，太原祁县（今属山西）人，曾在刘琨处做参军。刘琨派他到江南“劝进”（请琅玡王速即帝位）。王导、周顗、庚亮等都和他友善。他屡次要求北归，都被众人挽留。明帝与他为布衣之交，即位后对他极为倚重，机要密事他无不参与，是个智谋出众的人物。庚亮要在上流设置重镇，牵制荆州陶侃和历阳苏峻，便用他担当这重任。
庚亮的第二着就出毛病了。咸和二年（327年），他决心下诏征苏峻回建康，解除其兵权，让他做一个无关轻重的大司农。王导、卞壶都不赞成。王导说：“苏峻必不奉诏，不如暂且包容他。”庚亮认为王导老翁又在“和稀泥”，就说：“苏峻之于晋朝，好比吴楚七国之于汉朝，狼子野心，总有一天要造反，现在召他，即使不服从，为祸尚浅，再过一段时间，势力更强，更难对付。”他说得好像很有道理似的，而没想到还有一条消弭祸事的道路。卞壶争他不过，写信给温峤，说：“本来出足下为外援，现在反恨足下在外，不能一同谏他了。”温峤知道了，也写信去劝。但是庚亮主意已定，再也听不进不同的意见。
庚亮驳王导的话，是在朝堂上公开讲的。苏峻知道了，便派人到建康，对庚亮说：“讨贼外任，不论远近，决不推辞；到朝廷任职，是干不来的。”庚亮当场拒绝，随即任兄弟庚冰为吴国内史，与驻淮北的郭默都领兵戒备，然后下诏征苏峻入朝。苏峻再一次要求调任北边一郡，仍被拒绝。苏峻本人倒有听命入朝的意思，部下任让等却以为入朝不会有生路，劝他造反，苏峻这才决定起兵。从这过程看，庚亮不逼得太紧，事变是可以避免的。
苏峻知道祖约对朝廷有怨气，邀他同讨庚亮，祖约欣然从命。十一月，祖约派侄儿祖涣、女婿许柳领兵与苏峻会合。叛乱开始了，但还没有发生战斗。
温峤得到苏峻拒命的消息，就想领兵东下，保卫建康。庚亮不准，写信给他说：“我担心西面（指荆州陶侃）比担心历阳更甚，足下切勿过雷池一步。”雷池在今安徽望江县东南，雷水人江前在此积而成池。庚亮怕陶侃叛变，要温峤在原地戒备。庚亮怀疑陶侃，说明他对陶侃缺乏认识。但是因这一封信却产生出一个典故，后世常用雷池来比喻不可逾越的界线，这倒是庚亮料想不到的。
当时朝中有人向王导献策，建议趁苏峻的兵还在长江北岸，抓紧进兵扼守历阳江边的当利日，阻其渡江，并利用彼少我众的优势，进逼历阳城，以图一战成功。反之，如果让苏峻获得主动，使兵临建康城下，以致人心恐慌，事情就难办了。王导赞同他们的意见，庚亮却不肯采纳。
十二月，苏峻的部将韩晃、张健等袭陷长江南岸的姑孰（今安徽当涂），夺得储藏在那里的米和食盐。庚亮大惊，才后悔没有抢先争取主动。他只得宣布京师戒严，准备进行防御战了。
咸和三年（328年）正月，温峤见形势吃紧，即从武昌（今湖北鄂州）东下，进驻寻阳（今黄梅西南，东距雷池还有一百公里左右）。同月下旬，苏峻亲率主力二万人，从横江（在今安徽和县）渡江，到达南岸江边的牛渚山，击败当地的政府军。二月初，苏峻到达覆舟山（在今南京太平门西）。这次又是那个提出阻敌渡江、先取攻势的陶回，他料定苏峻不敢直指石头城，一定会从南面的小丹杨绕道而来，可以在此处伏兵邀击，庚亮又不肯听。后来他知道苏峻果然是从那边过来，而且夜里迷了路，队伍乱糟糟的，庚亮又一次后悔莫及。
苏峻进逼建康。卞壶率军苦战，抵敌不过，与两个儿子都力战阵亡。卞壶字望之，冤句（今山东曹县西北）人，因世乱南渡，历仕元帝、明帝、成帝三朝，为人廉洁俭约，办事勤敏，不喜清谈，是当时少见的实干派：他战死时年四十八岁，是晋朝的一大损失。苏峻军在作战时顺风放火，官署都被烧毁。卞壶既败，政府军士气衰落，庚亮亲自领兵在建康城宣阳门（南面正中的城门）布阵，士兵不听指挥，抛弃武器逃散。庚亮无法可想，只得与几个兄弟上船逃往寻阳而去。
应付叛将叛军是王导的差使。叛军攻入时，他命侍中褚翜赶紧请皇帝出来，在正殿上坐定。可怜这个皇帝年才八岁，慌乱之中，只得由褚翜抱将出来，王导等几个大臣都登上御床。王导临时任命刘超做右卫将军，让他和钟雅、褚翜两个侍中立在皇帝身边。叛兵拥上殿来，褚翜喝道：“苏冠军（苏峻官为冠军将军）来觐至尊，军人不得胡来！”叛兵听了，果然不上殿来，但是冲进后宫，大肆掳掠。许多官吏都被军人拉去挑担子，士民的衣服都被剥光，只得拿草拿土遮盖身体。建康城内城外，哀号啼哭之声，不绝于耳。
苏峻占领了建康，对部下都封官晋爵。他们对王导也不得罪，仍旧让他做原来的司徒（宰相）。这些就不必去讲了。
建康暂时处于这样的状态。笔者可以按下这一头，去讲寻阳的事情了。
温峤向来推重庚亮，尽管庚亮是兵败逃来，温峤对他仍极尊重。他们互相推为盟主，温峤的堂弟温充却劝他们推举位重兵强的陶侃。温峤赞成，就派部将王愆期到荆州（今湖北荆州），邀陶侃共赴国难。陶侃推说自己只是地方军事长官，不敢超越本身的权限。温峤几次去人，陶侃都不答应。温峤没有办法，只得顺着他的意思，派人送信去，说：“仁公且守，仆当先下。”使者出发后，参军毛宝从外地回来得知了这一情况，就劝温峤道：“要干大事，必须联合各方，共同合作。应该追回使者，重新写信，说必须一同进兵。万一追不回使者，也要再派人去。”温峤恍然大悟，追回使者，重新写信送去。陶侃果然允许，马上派部将龚登领兵到寻阳。温峤得到了陶侃支援，才宣布讨伐苏峻、祖约。这时己是咸和三年四月了。
陶侃这番再三推托，毕竟是何用意，笔者不妨来作些分析。从陶侃前前后后的所作所为来看，他绝不是那种对兴亡成败无动于衷的人。他字士行，原来是都阳（今江西波阳）人，孙吴亡后，才迁居庐江寻阳。庐江太守张夔用他做主簿。张夔的夫人患病，需要去接一位远在数百里外的医生，其时天寒雪大，属吏都不愿意去。陶侃却认为郡守的夫人好比一郡之母（古代州郡长官自辟属吏，长官与属吏有君臣之谊，故有此比），父母有病怎能不尽心竭力，于是就毅然上路。大家都佩服他确实是个义士。这样一个人怎么会不为国尽忠！
他办事认真，工作效率又高，无论远近来信，都迅即亲笔答复，从不拖延时间。他常说：“大禹惜寸阴，我辈平常人当惜分阴。”他最恨酗酒赌博，幕僚犯了这种毛病，他加以训斥，把器具抛到江中，下级的将吏犯了，还要责打。有人赠送礼物，他总要问明来历，如是勤劳所得，东西虽小，也很高兴地接受；如是从邪路上得来的，就拒不接受，还要严加斥责。他有一次出行，看见有人手执一把尚未长熟的稻，便问用它做什么，此人说是拔来玩耍，他怒道：“你自己不种田，倒去偷人家的稻来玩耍！”命左右把此人责打了一顿。他在荆州时，地方上要造船，他命将所有竹头木屑，统统藏起来。众人不知藏着有何用处。后来大会将吏时，正逢雪后地湿，木屑正好用来洒在地上。桓温取蜀时，造船需钉，他储存的零星竹料正好派上用场。晋朝盛行清谈，做实事的人常被视为庸俗，他这种实干派人物自然是凤毛麟角。
这样一个人，难道会不愿与人共赴国难吗？何况他的儿子陶瞻在建康之战中阵亡，又添了家仇。然则为什么推托？没有其他原因，只为有股怨气，以前你们认为我不配管朝廷大事，现在怎么要请我来主持朝廷大事？如此而已。
他大概觉得“架子”还不够足，又下令叫龚登回荆州。温峤急了，赶紧再写信去，说“成败之由”，全靠他参加与否，捧他“为大晋之忠臣，参桓文之功”，同时也动以利害，说如果江州失守，苏峻、祖约在此设官驻兵，对荆州也有危险，加上北方的后赵、西面的李氏，将处于三面受敌的形势。使者王想期也说：“苏峻是豺狼，一旦得志，四海虽广，仁公焉有立足之地！”于是陶侃下定决心，立即上船出兵，赶往寻阳。
五月，陶侃到达寻阳。温峤自然高兴，庚亮却很害怕，外间也有谣传，说陶侃要斩庚亮以谢天下。但庚亮听温峤之计，一见陶侃，就下拜谢罪，引咎自责。陶侃本无恶意，见他这样，反觉意外。从此三人同心，引兵直指建康。温峤原来只有七千兵，陶侃来后，一共有兵四万，声势浩大，远近震动。
现在轮到苏峻紧张了。他决定坚守石头城，把小皇帝也挟在身边，王导竭力劝阻，也无济于事。这个八岁的小孩哭哭啼啼地上了车，刘超、钟雅徒步相从，不离左右，荀崧等几个官员也跟着前去。成帝进了石头城，住在原来用作仓库的房屋里。刘超天天教他读《孝经》、《论语》，他们除等待局势变化外，别无他法，只能在那里苦度时光。
王导还能够进行些秘密活动。他使人以太后的名义令三吴（吴郡、吴兴、会稽）吏士起义兵救皇帝。庚亮任命的吴国内史庚冰，早已被苏峻赶跑，但是苏峻也分不出多少兵力去防守东部各地，他只能从朝廷官员中挑了一个叫蔡谟的去做吴国内史。会稽郡更是他力所不及的地方。西面义军起后，东部人士的胆子大了，于是会稽内史王舒借一万兵给逃在那边的庚冰，让他渡浙江（钱塘江）西进；吴兴太守虞潭、前义兴太守顾众和蔡谟也都起兵响应。他们的兵力虽不够强大，但至少牵制了苏峻的部分兵力。
苏峻两面受敌了。他在石头城里登上烽火楼，远望江上陶侃等的水军，心里很是害怕。然而，这次平叛却打得很艰苦，拖得也长久。从闰五月陶侃水军开到石头城下，至四年（329年）二月中旬才完全结束，前后竟达十个月之久。
苏峻军的战斗力很强。荆、江二州的兵士长于水战，苏峻的兵惯于步战，温峤初到，就有过命令：“将士有上岸者死”。陶侃也说：“贼众方盛，难与争锋”，需要长时间的相持，以寻求破敌的机会。从两人的表示来看，他们对苏峻军都有所忌惮。这样一支有战斗力的军队，本来是应该让他们在对后赵的战斗里发挥作用的。这是极可惋惜的事情。
镇守广陵（今江苏扬州）的都鉴在闰五月中渡江，与陶侃、温峤等会合。六月，虞潭等与苏峻军交战，屡次失利。从建康逃到陶侃军中的尚书左垂孔坦（孔坦是与陶回一同提议先攻历阳的智士）建议，使郗鉴回镇京口（今江苏镇江），加强东面的力量。陶侃依议，于是郗鉴带着后将军郭默到了京口，筑起大业（在今丹阳北）、曲阿（今丹阳）、庱亭（在武进西北）三垒。建康方面，陶部也在靠近石头城的地方筑白石垒。这都是与叛军相持的办法。苏峻果然把白石垒视为眼中钉，出兵猛攻，却拿不下来。大业等垒也遭叛军猛攻，守兵打得很苦，但终于守住未败。
七月中，发生了一件对叛军不利的事件。祖约的部下私通后赵，引后赵军渡淮，祖约逃往历阳，后赵军掳寿春二万余户而去。这是东晋的一大损失。但在这时，苏峻的心腹路永却在为自己的前途着想了。九月初，王导得到他的帮助，带着两个儿子，逃到白石垒。但是苏峻的兵势依然很盛，他分遣众将，东西攻掠，都能得手。义军还看不到胜利的曙光。陶侃甚至打算退回荆州，以防西北两面发生意外，至于平定苏、祖二叛，想留待日后再说。但温峤坚持要打到底，还责备陶侃不该违众独返。毛宝知道光说没有什么作用，就自告奋勇，领兵上岸烧敌军的粮草。他对陶侃说：如果我不能成功，仁公自去好了。陶侃觉得他讲得有道理，分一支兵给他。毛宝果然把苏峻积储在句容（今属江苏）、湖孰（今江宁县湖熟镇）的粮草烧光。苏峻军缺粮，义军的士气为之一振，陶侃自然也坚定了打到底的决心。
九月下旬，义军又得了一次意外的胜利：元凶苏峻授首。
这时，苏峻的骁将张健、韩晃正猛攻大业垒，形势十分危急。陶侃想领兵救援，长史殷羡说：“救大业不如攻石头，石头城吃紧，大业之围自解。”陶侃依计，自领水军进迫石头城，庚亮、温峤、赵胤也率一万步兵从白石垒出击，于是苏峻即率八千人迎战。酣战中，苏峻望见部将匡孝打退了赵胤，心中大喜，便喝了酒，亲自带着几名骑兵，向前冲去。不料在冲锋受阻，想要退回时，坐骑忽然失足跌倒，义军将校彭世、李千等抓住这个天赐良机，把矛脱手掷去，几支矛都正中苏峻。众将一拥而上，割下他的首级，还分割躯体，好去报功。义军见斩了苏峻，都高呼万岁，岸上江上声震天地。
然而，石头城没有拿下，战斗并未结束。苏峻既死，其手下又立他的兄弟苏逸为主，死守石头城。韩晃等解了大业之围，也回到石头城。
咸和四年（329年）正月，建康城里的晋官陆哗等说服守将匡术，投降了义军。但石头城里，刘超、钟雅想带上小皇帝，逃走出城，被苏逸发觉，两人都被杀害。成帝的处境更苦了。
战斗终于进入了最后阶段。义军分兵攻历阳，祖约只带了几百人逃往后赵，余郡投降。二月，义军攻克石头城，杀死苏逸。一员将官抱起成帝，把他送上温峤的座船。张健、韩晃等流窜到平陵山（在今江苏溧阳境），被郗鉴派的追兵解决。平叛至此完全结束。
这次叛乱是一次严重的内耗，连内部都不能和谐，更谈不上光复中原了。
