滑菇袋栽接种后会发生污染现象，对污染菌袋应根据污染种类和污染程度分别进行处理。如果污染的是绿色木霉而且非常严重，应及时淘汰并且深埋或焚烧。如果污染的是链孢霉，应及时拣出，并且包好，对污染袋周围喷用2％～3％来苏儿水溶液消毒，并将菌袋深埋30厘米密封，40天后取出继续发菌。对污染较轻的菌袋可用75％酒精注射，并且低温发菌，一般20℃以下，加大通风。将污染栽培袋按污染种类及程度进行处理，污染较轻的可以用药剂处理，一般用75％酒精或500倍的50％多菌灵可湿性粉剂注射，然后低温培养。
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