毛霉对环境条件适应性强，生长迅速，菌种生产过程中操作不慎就容易发生污染使菌种作废。栽培过程中蒸料不彻底或错过栽培期都将引起毛霉大量滋生，与滑菇菌丝竞争营养和氧气，影响滑菇菌丝的正常生长。
防治毛霉参照根霉的防治方法。毛霉与根霉相似，抗逆性较强，多菌灵、施保功等杀菌剂对毛霉、根霉无效。
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