许多同盟会、国民党的老朋友，轮番登门，劝蔡元培不要到北大任职，“说北大腐败极了，进去若不能整顿，反于自己的声名有碍”。蔡氏后来追述，“但也有少数人就说，既然知道北大腐败，更应进去整顿，就是失败，也算尽了心”。蔡元培《整顿北京大学的经过》。《中央周报》第406期，1936年2月23日。据北大学生罗家伦说，“国父孙中山先生认为北方当有革命思想的传播，像蔡元培先生这样的老同志应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国性的教育”。罗家伦《逝者如斯集》，台湾，传记文学出版社，1967年版。蔡氏经过慎重考虑，决定服从后说，抱定“我不入地狱谁入地狱”之心，到北大履任。
当时的北大究竟有多腐败，以至于进北大就像进地狱一样呢？
北京大学即原来的京师大学堂，民国成立后，翻译《天演论》的严复被任命为京师大学堂总监督，接管大学堂事务。1912年5月，京师大学堂改名为北京大学，严复成为北京大学的首任校长。但校内山头林立，派系纷繁，严复没干几天，就被人批评抽鸦片，不得不掩面下台。其后，北大像走马灯似地换了三任校长：章士钊、何燏时、胡仁源，大都因人事问题，板凳没坐热就走人。
当年的北大学生，后来的全国人大副委员长许德珩，曾描述蔡元培之前的北大：
在此之前的北大是一座封建思想、官僚习气十分浓厚的学府。当时有“两院一堂”之称（两院，指参议院、众议院；一堂，即京师大学堂，北大之前身）。学生则多是官僚和大地主子弟，有的学生一年要花五千银元，当然，这样的豪富子弟为数不多，至于一年花千把银元的人就多了，少说也有数十人。一些有钱的学生，带听差，打麻将，吃花酒，捧名角，对读书毫无兴趣。教员中不少人不学无术，吃饭混日子，讲课是陈陈相因，敷衍塞责。许德珩《回忆蔡元培先生》。《人民日报》1980年3月4日。
古史专家顾颉刚也在北大就读，作为一名学生，他记忆中的北大是这样的：
那时的北大有一种坏现象：一些有钱的教师和学生，吃过晚饭后就坐洋车奔“八大胡同”（和平门外韩家潭一带）。所以妓院中称“两院一堂”是最好的主顾……这种坏现象是从清末保留下来的。那时在学生中还流行一种坏风气，就是“结十兄弟”。何谓“结十兄弟”？就是十个气味相投的学生结拜作兄弟，毕业后大家钻营作官，谁的官大，其他九人就到他手下当科长、当秘书，捞个一官半职，“有福同享”。这个官如果是向军阀或大官僚花钱买来的，那么钻营费由10人分摊。这样的学校哪能出人才？只能培养出一批贪官污吏！顾颉刚《蔡元培先生与五四运动》。北京《文史资料选辑》1979年第9期。
蔡元培从师长的角度，看得更加清楚：北大学生“是从京师大学堂老爷式学生嬗递下来（初办时所收学生，都是京官，所以学生都被称为老爷，而监督及教员都被称为中堂或大人）。”蔡元培《我在北京大学的经历》。《东方杂志》第31卷第1号，1934年1月1日。“吾北京大学之被谤也久矣。两院一堂也，探艳团也，某某等公寓之赌窟也，捧坤角也，浮艳剧评花丛趣事之策源地也，皆指一种之团体而言之。其他攻讦个人者，更不可以缕指计。”蔡元培痛心质问：种种之谤，都是无因而至的吗？蔡元培《北大进德会旨趣书》。《北京大学日刊》第49号，1918年1月19日。
堂堂马神庙公主府（北大原校址），与其说是一所现代高等学府，不如说更像一个富家子的俱乐部，一个官僚培训所，衙门里的一切恶习，这里几乎一应俱全了。
1916年12月26日，黎元洪总统正式发表命令，任命蔡元培为北京大学校长。1917年1月4日，蔡元培发表就职通告，宣布于当天到校视事。顾颉刚回忆：“他到校第一天，校工们排队在门口恭恭敬敬地向他行礼，他一反以前历任校长目中无人、不予理睬的惯例，脱下自己头上的礼帽，郑重其事地向校工们回鞠了一个躬，这就使校工和学生们大为惊讶。”
1月9日，北京雪花飘飘。蔡氏向全校发表就职演说，决心改造北大，把法国、德国的大学学风，移植到中国来。他第一步，就是要改变学生的观念，改掉读书为升官发财的旧观念。他向全体学生提出了三项要求，一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师友。
蔡元培殷殷训勉学生，应以研究学术为天职：“大学者，研究高深学问者也。所以诸君须抱定宗旨，为求学而来，入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨，诸君肄业于此，或三年，或四年，时间不为不多，苟能爱惜分阴，孜孜求学，则求造诣，容有底止。”
蔡元培又说：“方今风俗日偷，道德沦丧，北京社会，尤为恶劣，败德毁行之事，触目皆是，非根基深固，鲜不为流俗所染。诸君肄业大学，当能束身自爱。然国家之兴替，视风俗之厚薄。流俗如此，前途何堪设想。故必有卓绝之士，以身作则，力矫颓俗，诸君为大学学生，地位甚高，肩此重任，责无旁贷，故诸君不惟思所以感已，更必有以励人。”蔡元培《就任北京大学校长之演说》。《蔡孑民先生言行录》，台湾，文海出版社有限公司，1973年影印版。
蔡元培到职后，首先向医专校长汤尔和了解北大情形。汤尔和说：“文科预科的情形，可问沈尹默君；理工科的情形，可问夏浮筠君。”北大以文科为重点，汤尔和建议，文科学长可请陈独秀担任。
夏浮筠是北大理科学长。沈尹默是北大老资格的教授，绰号“鬼谷子”，在学生眼里，是一位“很深沉而喜治红老之学（《红楼梦》与《道德经》）的人，手持一把羽扇，大有谋士的态度”（罗家伦语）。
沈氏也希望协助蔡元培办好北大，但又担心蔡氏和前几任校长一样，五日京兆。他与蔡氏进行了一次长谈。沈尹默对蔡氏说：“这次北洋政府借您的招牌来办北大。到了有一天，您的主张和政府有所不同，他马上就会赶走您。所以，您现在对北大应进行改革，但有一点要注意，凡改革一件事，要拿得稳，不然的话，一个反复，比现在更坏。”
蔡氏问：“你的话对，你的意见是怎么办呢？”
沈氏提出三点建议：一、北大经费要有保障。二、北大章程上规定教师组织评议会，而教育部始终不许成立。一定要争取成立，把大权交给教授，教授治校，这样，即使校长走了，学校也不会乱。三、规定每隔一定年限，派教员和学生到外国留学。沈尹默《我和北大》。《文史资料选辑》第61辑，1974年版。
其中以第二条最为紧要。蔡元培深以为然。兴化致治，必俟得人，教授治校，必先得有一批好教授。蔡元培急于招揽一些积学而热心的名流学者到北大，以扭转颓败的校风。沈尹默也赞成陈独秀担任文科学长。据北大文科本科专任教授的马叙伦（夷初）说，他也曾向蔡元培推荐过陈独秀。陈独秀的大名，蔡元培已是如雷贯耳了。但后来陈独秀被逐出北大，也是这三个人出力最大。人情的反复，殊堪一叹。
其实，早在1904年蔡元培在上海参与暗杀团工作时，与陈独秀就有过一面之雅，记得这位独力支撑着《安徽俗话报》的年轻人，但对他近年的活动，则不甚了了。蔡元培在国外也没有看过《新青年》，听了人们的郑重推介后，找来《新青年》杂志翻阅，颇有共鸣，决定请陈独秀担任北大文科学长。
