浙江督军卢永祥乃皖系大将，陈独秀在上海并不安全，故不敢逗留太久，和南方客人见过面后，立即乘大通轮由上海转赴武汉，2月4日下午，顶着漫天雪花，在汉口登岸，下榻文华书院。2月5日，应武汉学联文华学生协进会之邀，陈氏在文华学校做《社会改造的方法与信仰》的演讲，他主张社会改造方法是：
一、打破阶级的制度，实行平民社会主义，人人不要有虚荣心；
二、打破继承的制度，实行共同劳动工作，不使无产的苦、有产的安享；
三、打破遗产的制度，不使田地归私人传留享有，应归为社会的共产，不种田地的人，不应该享有田地的权利。
在讲到信仰问题时，他提出两点：“一、平等的信仰；二、劳动的信仰。人人应该受教育，应该常劳动，心理上总有平等的劳动与劳动的革命。”他说现在虽然还不到流血革命的时候，但要开始研究革命的方法与信仰，一旦“到了那个可以革命的时机，我们就非要与那恶魔奋斗不可”。《国民新报》1920年2月12日。
2月6日，陈独秀应文华书院邀请，参加该校的毕业典礼，并发表演讲。2月7日又应汉口青年会邀请，在武昌高等师范学校演讲《新教育的精神》，各界人士和议会议员都有出席。会后他还和议员们见面，交换教育方面的意见。
陈独秀在武汉频频高调出席各种公开活动，并不在乎自己的行踪被官方知道，似乎显示出，他已决定不再回北京了。湖北督军王占元是直系军阀的“长江三督”之一，与皖系军阀矛盾殊深。陈独秀大概认为他在武汉是安全的。讵料，“湖北官吏对于陈氏主张之主义，大为惊骇，令其休止演讲，速去武汉”。《汉口新闻报》1920年2月9日。这时西南大学的经费，尚未有着落，陈独秀既不能在武汉呆下去，又不能南下，也不想回上海，其行踪既已暴露，去上海等于自投罗网。他想来想去，只能冒险踅返北京。
2月7日下午，陈独秀继续参加堤口下段保安会召开的欢迎会，发表演讲，会后出席了一个讨论会，主张武汉市参考美国城市的自治办法实行自治。当晚7时，陈独秀赴普海楼出席武昌学界的宴会。宴会后与北京学生代表刘大渠等人，从大智门火车站跳上北去的火车，连夜赶回北京。
果然，陈独秀一回到北京，就遇上麻烦了。警方从武汉的报纸，知道他离开了北京，立即派人登门查访。据胡适说：
独秀返京之后正预备写几封请柬，约我和其他几位朋友晤面一叙。谁知正当他在写请帖的时候，忽然外面有人敲门，原来是位警察。
“陈独秀先生在家吗？”警察问他。
“在家，在家。我就是陈独秀。”独秀的回答倒使那位警察大吃一惊。他说现在一些反动的报纸曾报道陈独秀昨天还在武汉宣传“无政府主义”；所以警察局派他来看看陈独秀先生是否还在家中。
独秀说，“我是在家中呀！”但是那位警察说，“陈先生，您是刚被保释出狱的。根据法律规定，您如离开北京，您至少要向警察关照一声才是！”
“我知道！我知道！”独秀说。
“您能不能给我一张名片呢？”
独秀当然惟命是听；那位警察便拿着名片走了。独秀知道大事不好。那位警察一定又会回来找麻烦的。所以他的请帖也就不写了；便偷偷地跑到我的家里来。警察局当然知道陈君和我的关系，所以他在我的家里是躲不住的。因而他又跑到李大钊家里去。
大家觉得，警察一旦发现陈独秀不见了，一定到处查找，李大钊家也不安全。胡适、李大钊又急忙把陈独秀送到府右街12号的王星拱家中躲避。王星拱是北大同事，又是陈氏的安徽同乡。不出所料——
警察不知他逃往何处，只好一连两三天在他门口巡逻，等他回来。［陈独秀知道家是回不成了，］他乃和李大钊一起离开了北京，从此便一去不复返了。《胡适口述自传》。华东师范大学出版社，1993年版。
对陈独秀的出逃，高一涵也有一段引人入胜的描写：“当时同李大钊计划：想保护陈独秀出京的安全，万万不能乘坐火车或小汽车出京。李大钊挺身而出，自愿护送陈独秀从公路出走。因李大钊是乐亭人，讲的是北方话，衣着又朴素，很像生意人。就在王星拱家里准备一切。时当阴历年底，正是北京一带生意人往各地收账的时候。于是他两个人雇了一辆骡车，从朝阳门出走南下。陈独秀也装扮起来，头戴毡帽，身穿王星拱家里厨师的一件背心，油迹满衣，光着发亮。陈独秀坐在骡车里面，李大钊跨在车把上。携带几本账簿，印成店家红纸片子。沿途住店一切交涉，都由李大钊出面办理，不要陈独秀张口，恐怕漏出南方人的口音。因此，一路顺利地到了天津，即购买外国船票，让陈独秀坐船前往上海。李大钊回京后，等到陈独秀从上海来信，才向我们报告此行的经过。”高一涵《李大钊同志护送陈独秀出险》。《文史资料选辑》第61辑，1963年。
故事写得生动细致，栩栩欲活，连陈独秀的衣服“油迹发亮”的细节，也捕捉到了。可问题是，当时高一涵并不在国内，这段描写，是听谁说的呢？李大钊“向我们报告此行的经过”时，他还在日本吃着冰冷的饭团子呢。不过这段他不在现场的“孤证”，却成了无数史家、文学作家引用的材料。
李大钊陪陈独秀逃到天津，两人握手而别，陈独秀乘火车（而不是坐船）转去上海，李大钊则返回老家。关于李大钊护送陈独秀离京过程中，发生过什么事情？他们交谈过什么？引起后人诸多猜测，高一涵的文章《李守常先生传略》里说，陈、李二人在途中“计划组织中国共产党”。高一涵《李守常先生传略》。汉口《民国日报》1927年5月24、25日。于是，1979年出版的《李大钊传》也说，他们在路上“商讨了有关建党的问题”，《李大钊传》。人民出版社，1979年版。这场没有第三者在场的谈话，又是怎么传出来的呢？原话是怎么说的？全不知晓，但同样被史家广泛引用，“南陈北李，相约建党”，遂成不刊之论。
2月12日，陈独秀抵达上海，一下火车就感冒了，在旅舍里躺了几天。2月14日，他致电吴炳湘：“夏间备承优遇，至为感佩，日前接此间友人电促，前来面商西南大学事宜，匆匆启行，未及报厅，颇觉歉仄，特此专函补陈，希为原宥，事了即行回京，再为面谢，敬请勋安。”京师警察厅档案《陈独秀被捕卷》。有人想当然地以为，这是陈独秀故意调侃北京警方，其实不然，陈独秀在狱中颇得吴氏回护，现在弃保潜逃，无疑给这位安徽同乡制造了麻烦，内心有所不安，专电致歉，倒是更有可能的。
1920年春，一位叫布鲁威的布尔什维克党人，通过安那其主义者郑佩刚、黄超海，与李大钊、陈独秀联系上。布鲁威自称是研究中国《诗经》的专家，在天津居住多年，以学习中文为名，介绍许多向往苏俄的中国青年，前往苏俄。据梁冰弦说，李大钊和陈独秀在天津、北京期间，与布鲁威见过几次面，“结果产生一‘社会主义者同盟’，没有分什么派系壁垒，只要是倾向同一大目标的都先团聚起来，共推陈独秀为领导者，北大和其他大学学生，投身这旂下的众多而热烈”。梁冰弦（海隅孤客）《解放别录》。台湾，文海出版社，1978年版。
这个春天对陈独秀来说，大半时间都在颠沛流离之中，他何时何地与这位布鲁威见面，并讨论组织“社会主义者同盟”，殊难稽考。但有一点可以肯定，这次离开北京，是陈独秀改变一生的决定。“自此以后陈独秀便与我们北大同人分道扬镳了。”几十年后，胡适感叹系之地说，“在上海陈氏又碰到了一批搞政治的朋友——那一批后来中国共产党的发起人。”《胡适口述自传》。华东师范大学出版社，1993年版。
陈独秀南下之初，对办西南大学，确实抱有种种憧憬。他在上海接受记者采访时说，这次到上海来，依然准备赴广州任职。他对南方有很高期待，觉得广州的政治空气比北京要好，广东人民性格活泼勇健，其受腐败空气之熏陶或不如北京之盛，“改造广州社会，或轻易于北京，故吾人此行，殊抱无穷希望也”。陈独秀《关于西南大学的谈话》。上海《民国日报》1920年2月23日。
陈独秀说，黄河流域有北京大学，长江流域有复旦大学，惟珠江流域完全缺乏，为国家教育配置，应在广州设一大学，以启发珠江文化。他甚至对大学的规模设置和预算，都有了具体计划：“我们当初对于西南大学怀着三个希望：一、开办费六十万元常年八万元的理化试验所。二、开办费三十万元常年费三万元的图书馆。三、常年费十万元的编译处。图书馆和理化试验所自然都是公开的，供给社会的要求，不为一校学生所独有。此外实行男女同校，附设工厂实行学生半工半读，也是我们重要的希望。”陈独秀《答高铦》。《独秀文存》，安徽人民出版社，1987年版。
如果西南大学能够顺利办成，陈独秀能够到西南大学任教，继续当教书匠，或许他的下半生会完全改观，而中国历史也可能是另外一种写法。可惜，东风不与周郎便，历史注定要朝另一个方向走去，千山万水阻不住。
当时广州军政府由桂系把持，与孙文、陈炯明等国民党人，水火不容，只欠一战。国民党不想把大学办到桂系的地盘里，桂系也不想让国民党在他们的地盘里办大学。陈独秀急于南下，却偏迟迟不能成行。
汪精卫、章士钊、吴稚晖提议，西南大学不如设在上海租界，或干脆到巴黎办一所中国大学。这给陈独秀兜头浇了一大盆冷水，他表示绝对反对，我们不信赖中国政府，难道就必求依赖外人吗？如此，“则全国大小学校，非尽迁入租界不可”，“寄生外人肘下，精神为莫大痛苦”，陈独秀《关于西南大学的谈话》。上海《民国日报》1920年2月23日。就算办成，也没有什么价值。
陈独秀急得如热锅上的蚂蚁。其实，他对广东的复杂情况，并不太了解，只想尽快跳出上海这个龌龊泥潭。但世上不如意事，十常八九，3月5日，章士钊从广州来电称，西南大学大纲已经政务会议通过，校址将设于上海，请陈氏不必赴广州。陈独秀极为不满。3月22日，章士钊、吴稚晖、李石曾到上海会见陈独秀，做劝服工作。
熟悉西南政局的人，无不十分悲观。3月30日，孙文宴请陈独秀、吴稚晖、胡汉民、汪精卫、戴季陶等人。陈独秀和孙文说起筹办西南大学的事，孙文断然表示，要在广州办大学，非先把桂系赶走不可。他正不断催促陈炯明回师广东，驱逐桂系。孙文与桂系之间的矛盾，最后一定要用武力解决。章士钊摇头叹气说：“广东没有十年是不会平静的。”陈独秀最后也只能接受现实，同意西南大学设在上海同济大学原址。
陈独秀望眼欲穿，等来的消息，却令人沮丧。筹备西南大学的经费，原定从广东关余拨出。关余由军政府总裁兼外交、财政部长伍廷芳博士管理。迄今已接收了两笔，统汇入香港上海汇丰银行沙面分行。
后来总裁岑春煊、督军莫新荣主张将关余移作军费，伍廷芳拒绝拨付。伍博士是广东人，被视为孙文的朋友。桂粤两系的矛盾，旧患未愈，又添新伤。3月29日，伍氏弃职潜逃，卷走了一百八十余万关余，用作支持与桂系决裂的国会议员赴沪开会的费用。军政府一怒之下，延聘律师在香港起诉伍廷芳，闹出了一宗国际大丑闻。而其他未付的关余，则被外交使团冻结。
