当日在俄使馆被捕的党人，据说除李大钊外，尚有路友于、高仁山等20余人，这些人大概都是北京各校教授和学生，大部分是CP，而路、高为国民党。李及其党徒被捕后，不久都尽数上了天桥断头台。闻诸党人未死前，除受过无数次的苦刑外，中间也都受过相当的审问，军阀加他们“图谋推翻政府，危害中国”的大罪名，他们似乎始终都没有供认。就是共产大师李大钊，也只承认他是国民党左派，个人研究社会主义，然而聪明又愚笨的北京政府是不管那些的，还是一个一个将他们送上了断头台，流了血，祭了反抗北伐的五色旗。
李大钊因为名气最大，所受的拷打也最惨烈。《李大钊传》一书写道：“敌人用种种残酷的刑罚拷打他，折磨他，用竹签打进他的指甲缝里，最后竟剥去了他双手的指甲。但是，他没有一句有损党的荣誉、有损革命利益的‘供词’，没有向敌人泄露党的任何机密。” 最后，李大钊等二十多名重要党人，均被判处绞刑。执行地点，就在司法部后街的地方审判厅看守所里，由警察雇汽车四辆，将李大钊等人押送至行刑地点，自4月28日下午1时50分起，至4时10分止，执行完毕。
其人虽已殁，千载有余情！呜呼！
苏联政府于4月9日向北京政府驻莫斯科代办郑延禧提出严重抗议，称此举侵犯苏使馆人员的治外法权，提出四项要求：一、立即撤退监视之军警；二、立即释放所拘苏使馆馆员；三、交还使馆武官室抄去之文件；四、军警劫去之钱物簿籍，即交还原主。在未得满意答复前，拟撤回驻北京之代使及职员。
北京外交部对上项抗议，于16日驳复，称公使馆的治外法权，不能容许组织助长所驻国内乱机关。此次未搜查使馆，仅于其附属房屋内，查出军火、宣传物品，并捕获重要党人，足证俄人有意扰乱中国治安，破坏中国秩序，所提四项要求，与事实不符，碍难照办。
苏联政府以要求未有结果，召回驻京代表及馆员二十余人，于4月19日乘车出京，取道奉天、哈尔滨回国。至此，北京政府与苏联的外交关系，遂告中断。
苏联使馆被搜，乃轰动国际的大事件。4月7日，蒋介石致电苏联驻华代办齐尔内赫，表示慰问，显示蒋氏对中止联俄政策，尚在举棋未定之间，但对反共则已咬牙跺脚，势在必行了。在蒋氏的势力范围内，平日和共产党明争暗斗的那些国民党人，现在无不摩拳擦掌，准备一泄胸中那口恶气。
从4月1日起，上海南市、闸北、沪西、浦东等地驻军，一律实行特别戒严。4月5日，以“日来形势严重”为由，由总司令部宣布正式戒严；9日各报公布了“战时戒严条例”十二条。蒋介石任命白崇禧、周凤岐（二十六军军长）为正副司令，成立“淞沪戒严司令部”，下令禁止一切集会、罢工、游行等事。俟一切布置停当之后，蒋介石于4月9日离沪赴宁。
陈独秀虽然认为上海形势严重，他必须坚守应付危局，但由于武汉方面催驾十万火急，4月20日要在武汉召开中央全会。陈独秀不得不步汪精卫后尘，于4月10日启程，离开山雨欲来的上海，前往武汉。
当陈独秀乘坐的轮船消失在烟水茫茫的长江上时，上海闸北、吴淞、浦东、南市等地的工人纠察队，已面临巨大的危险。自7日二十六军开来后，对工人表示绝无恶意，闸北戒严情形，变得较前松懈。但在11日下午，全副武装的二十六军第二师士兵，忽然散布街市，气氛骤形紧张。坊间盛传，青帮弟子已奉命在入夜后从租界冲出，会合军队向工人纠察队施以突袭。
工人方面也接到类似的密报，总指挥处当晚即送公函至二十六军司令部，请求万一发生不幸事件时，望予援助。但对方佯佯不理。纠察队总指挥处即通知各地纠察队，加紧戒备。入夜，形势更趋严重，军队往来巡梭，断绝行人。
总工会委员长汪寿华（中共党人）接到青帮头子杜月笙的请帖，到杜公馆面商重要事情。行前工会已得到青帮弟子要来缴械的报告，劝汪寿华不要赴约。汪寿华自恃与青帮交情非浅，去了或许可以把话谈开，不去反叫人家耻笑。讵料，汪寿华一踏入杜公馆，便被青帮分子绑架，连夜押到枫林桥的荒地里活埋。
杀戒一开，接下来的事，不是鱼死，就是网破了。
4月12日清晨4时左右，公共租界与法租界均宣布实行特别戒严。商务俱乐部处开来了几辆卡车，二三百名着党军服式臂缠白布“工”字符号的壮汉，在门前高喊一声散开，即有几十人向前门冲锋，并大呼“缴枪！缴枪！”纠察队副队长杨凤山上前理论，青帮弟子即将他的盒子炮抢了过去，并当场将他击毙。纠察队开枪还击，顿时枪声大作。二十六军第二师派出第五团前来，以调解为名，将纠察队完全缴械。
青帮向商务印书馆进攻时，遇到纠察队顽强抵抗，久攻不下。帮会分子调来几门小钢炮，对着商务印书馆的东方图书馆一轮猛轰，上万名“中华共进会”的青帮分子，乘势一拥而入，占领了这个工人纠察队的重要据点。
南市方面，也有两百多缠白布黑“工”字臂章的青帮分子，从法租界南洋桥乘汽车冲入华界，手持手枪、盒子炮、炸弹等，分三路包围南车站前的华商电车公司，向该处的纠察队开火进攻。沪西曹家渡同样有佩戴白布“工”字符号的青帮分子，分乘两辆汽车，到申新、民生、丰田各纱厂工会内，将四名工会领袖当场打死，又将各工会砸得稀巴烂。
全城二千七百多武装工人纠察队被缴械。据租界工部局警务处的情报称，“总计共缴武器有步枪三千支，机枪二十挺，毛瑟手枪二百支，自动手枪四百支。在闸北商务印书馆大楼则缴获子弹八十万发以及其他，平均每一支步枪或手枪子弹一百发。在商务大楼另外移出斧头七老虎车。在江湾东岳庙则缴获长矛二千支。” “武装工人死亡者一百二十人，受伤者一百八十人。”
消息传出后，上海工人和市民纷纷举行集会，向国民党表示严重抗议。4月12日中午原定在南市西门公共体育场举行欢迎汪精卫回国复职大会，因为缴械事件的发生，临时改为向白崇禧请愿。请愿条件如下：
一、请白总指挥尊重民意；
二、立即恢复工人武装；
三、保护上海总工会；
四、保护各级党部，因区党部已被反动派捣毁；
五、取缔反动团体。
最后一条显然是针对青帮团体的。大会宣布请愿条件，全体到会民众欢呼通过，并推举市党部、总工会、学联会、南市区民代表会、南市工联会、市政总工会、店员总工会、各界妇女联合会、九亩地商联会等九团体为总代表，即向东路军总指挥部进发。
代表们在总指挥部内谈判了三个小时之久，几十万群众鹄立门外，静候代表回复。虽然天雨淋漓，衣服尽湿，然全无退让。
谈判没有取得实质性成果。4月13日上午，总工会再于闸北青云路召开工人大会。下午大会结束，工人即整队游行赴宝山路天主堂二十六军司令部请愿，要求释放被拘工人，为汪寿华报仇。群众沿途高呼“还我武装！” “打倒新军阀！”的口号。
行到宝山路三德里附近，早已接到屠杀密令，布置在各里弄内的第二师士兵，即分头奔出，向游行队伍开枪，将人群冲散。接着用机关枪扫射，死者血流街头，伤者纷纷倒地，一时秩序大乱。甚至逃到天主堂对面义品里藏起来的工人，也被拖出来当场杀死。其时倾盆大雨，宝山路上一片血流成河。附近各商店纷纷闭门停业，居民藏匿不出，街上布满杀气腾腾的军人、耀武扬威的青帮分子，昨天赤旗飞舞的上海，今日顿成一白色恐怖世界。
继上海清党之后，杭州、宁波、无锡、桂林等地，无不亦步亦趋，大捕大杀共产党人。工人纠察队被军队缴械，工会活跃分子锒铛入狱，人头落地。
暮春的广州，绿荫低垂，乱花横砌，一片朦胧迷茫。4月15日，李济琛在广州派兵向各共产党机关进攻。中华全国总工会广州办事处、省港罢工委员会、广州工人代表会、铁路工会、海员工会等两百多个工会机关被查封。时任广州警备司令部政治部主任的邓文仪写道：“13日夜晚2时开始戒严，实行全市清查搜捕共党及工人纠察队。到14日早上10点钟解严，八小时内，逮捕共党分子超过万人，临时送到市内八个戏院监禁，然后分别审问处置，大多数的工会农会代表及武装人员闻风逃散。” 即时枪决的有一百多人，两千多铁路工人被驱逐。
这个大革命的策源地，遂告沦陷。共产国际在4月14日向全世界发表宣言，强烈谴责蒋介石的行径：
我们怀着极大的义愤和对刽子手的满腔仇恨宣布：蒋介石是革命的叛徒，是帝国主义强盗的同伙，是国民党革命派的敌人，是工人运动的敌人，也是共产国际的敌人。
4月17日，中共广东区委召开紧急会议，决定区委机关暂时撤往香港，另组中共广州市委，留下领导秘密活动。当他们分批奔向省港轮码头时，阴沉沉的街上，到处是被处决者的尸体，无人收殓。远处传来零零星星的枪声。汕头方面亦有同样举动。援引《春秋》杂志一篇文章所记：
忠于蒋氏的国民党人，长期来受够了共产党人的闲气，趁蒋氏决心清党之际，展开了对共产党的血腥镇压，各大城市内的共党组织及工会之领导人，几乎全部被处死，共党也以暗杀报复，血腥恐怖弥漫各地，英国和美国派出军舰多艘赶到南京保护侨民在混乱中撤退。
4月14日，国民党在南京召开二届四中全会预备会议，由胡汉民主持，蒋介石、吴敬恒、李石曾、蔡元培、张静江等人参加。会议决定：一、全体委员会于4月15日上午10时举行；二、由于汪精卫及武汉方面委员未至南京，明日会议改为谈话会。
4月15日，蒋介石颁布《清党布告》，宣布与共产党正式决裂。布告称：“照得此次中国国民党中央监察委员会举发共产党连同国民党内跨党之共产党员等有谋叛证据，请求中央执行委员会各委员在所在各地将首要各人就近知照公安局或军警机关，暂时分别看管监视，免予活动，致酿成不及阻止之叛乱行为，仍须和平待遇，以候中央执行委员会开全体大会处分等因。”
谈话会在一片肃杀的空气中，连开数日，到4月17日议决：一、明日起，国民政府在南京办公；二、推胡汉民为国民政府委员会主席兼中央政治会议主席；三、以钮永建为国民政府秘书长；四、以吴敬恒为国民革命军总政治部主任，陈铭枢为副主任。并决定国民政府即日起在南京办公，举行庆祝大会。
4月18日，南京国民政府成立，蔡元培代表中央党部授印，胡汉民代表国民政府受印。发表建都南京宣言，举行“庆祝国民政府迁都南京与恢复国民党党权大会”。4月21日，国民政府军事委员会由广州迁往南京办公。至此，宁汉正式分裂。
南京国民政府发布第一号命令，通缉鲍罗廷、陈独秀、徐谦、邓演达、吴玉章、林祖涵、谭平山、恽代英、毛泽东、董用威（必武）、罗亦农、于树德、张国焘、高语罕、李立三、瞿秋白、侯绍裘、林彪、周恩来、郭沫若、章伯钧、陈启修、詹大悲、李汉俊、方志敏、彭述之、沈雁冰、施存统、张太雷、邓颖超等197人。
