这时的浩罕遇到了最大的麻烦。国内分裂成敌对的派别争夺王位，国外有正在锐意进军中亚的俄国人对浩罕人施加无情的压力。当时的最高首脑是阿力木库尔，他在塔什干准备继续抵抗俄国人，就在此时接到了伯克司迪尔的请求。他没有能力为布素鲁克汗提供很多援助，但他给予了祝福和一些金钱，而最重要的是，他把自己的军官穆罕默德·雅霍甫借给了布素鲁克汗。
穆罕默德·雅霍甫大约于1825年出生于浩罕的彼什干，是一位小官员的儿子，他的父亲在这个多灾多难的国度里经历过凶险的政治风浪。［1］后来穆罕默德·雅霍甫宣称他的母系遗传是铁木耳的后裔。他娶了塔什干总督的一个妹妹，通过这个关系直接卷入了浩罕的政治。他参了军，于1853年在阿克麦吉特抗击俄国人，虽然失败了，但因作战英勇而引人注目。此后他卷入了几名首脑争夺浩罕王位的阴谋，这其中他的表现可谓趋炎附势，首鼠两端。于是人们承认他有相当的才干，特别是他的军事才能，得到了浩罕高层的普遍信任。
在遭到俄国人的痛击以后，他在塔什干恢复受伤的自信，正在这时，阿力木库尔接到了伯克司迪尔的请求。很明显，俄国人暂时的撤退并不意味着他们放弃了对浩罕的企图，而是为了很快卷土重来。他们的确在下一年回来了，占领了塔什干。然而尽管如此，阿力木库尔还是很乐意摆脱最能干的军人伯克雅霍甫，或称阿古柏，把他借给布素鲁克汗，同往喀什冒险。
不久之后，阿力木库尔在与俄国人和库达牙尔汗的一次战斗中阵亡，这时曾被阿古柏两次背弃的库达牙尔汗，登上了浩罕的汗位。阿古柏成为布素鲁克汗的助手无疑是值得庆幸的，如果他留在浩罕，库达牙尔汗很可能会让他吃些苦头。库达牙尔汗在浩罕执掌大权的时候，布素鲁克与阿古柏已经在前往喀什的路上了。
这两人于1864年晚夏离开塔什干。他们在浩罕城会合了62名剽悍的亡命之徒，于1865年1月上旬通过特列克关口，进入喀什噶尔。他们没有遇到抵抗，在喀什附近会合了伯克司迪尔，此人现在劝说布素鲁尔汗取消计划。局势已经发生了对伯克司迪尔有利的变化，他后悔不该把和卓伪王召来。伯克司迪尔说，中国军队很快就会回来，把侵略者赶出去，但是布素鲁尔汗充耳不闻。他进入喀什，宣称自己是祖先王国的统治者。
该地区已经乱成一团。回民控制了阿克苏以东的整个南路，各派别在争夺喀什噶尔西部所有城市的地方控制权，中国驻军仍然留在喀什和英吉沙尔。伯克司迪尔立刻跟浩罕人翻脸，而浩罕人的首要任务就是消灭他。阿古柏很快就击败了伯克司迪尔，把他赶入喀什噶尔与伊犁河谷之间的山区。布素鲁尔汗这时被劝留在喀什，把军事行动的指挥权交给了他的将军阿古柏。
在这一阶段的作战中，似乎没人注意中国的驻军。他们躲在城堡内，以他们特有的宿命论的态度静观其变。阿古柏收拾了伯克司迪尔以后，第一个行动就是进军叶尔羌，就从英吉沙尔的中国驻军眼皮子底下通过。
阿古柏起初打了几个胜仗，但叶尔羌地区的叶尔羌人起来反抗，将他击败。他设法率主力脱险，退回英吉沙尔。在这里，又有一些来自巴达赫尚的亡命徒加入他的队伍，他决定攻击中国驻军。在围攻了40天之后，中国军队同意投降，条件是要能活命。阿古柏不讲信义，将驻军2000人全部杀死。这次胜利使许多零散的小股武装归于阿古柏旗下。
当地回民现在对阿古柏摆出了威胁的态势，在玛纳尔巴什集结了大部队。阿古柏决定让他们来进攻，他在英吉沙尔绿洲等待对方的攻击。与此同时，布素鲁尔汗带着一些部队来增援，他们在英吉沙尔附近与当地回民军交战。战斗一开始非常不利于阿古柏，布素鲁尔汗认为必败无疑，带着侍从逃离了战场。阿古柏集合部队鼓动宣传，呼吁他们作为先知的信徒要捍卫正教，一大批当地回民在关键时刻倒向了他这一边，于是他反败为胜，击溃了当地回民军。对于喀什噶尔和阿古柏而言，这是一场决定性的战斗。布素鲁尔汗为自己突然逃跑感到惭愧，也为他的将军突然获得声望而感到羞耻，所以对他那天的救助并未心存感激。国王与将军之间产生了隔阂，不久就给国王带来了灾难。
他们回到喀什。喀什噶尔西部的城镇，包括叶尔羌在内，急忙向他们投降。喀什的中国驻军也被他们掌握。通过笼络手段，阿古柏招降了几乎所有的3000名驻军，他们的指挥官是一个波尔格称为“何大雷”（音译。——译注）的将领，很可能跟中国人所说的“叛贼何步云”是同一个人。他们宣布皈依伊斯兰教，加入了阿古柏的军队。中国将领张达（原文为“Chang Ta”，不知所指，这里是音译。——译注）看到众叛亲离，带着家人和留下的几名死士，躲进了堡垒的军火库。当阿古柏的部队进入堡垒时，张达引爆了军火库。之后按照中国官僚的传统他得到了奖赏。就这样，中国政府在喀什噶尔的最后象征于1865年9月消亡了。
随着阿古柏的权势增长，布素鲁尔汗和所有已经依附于他的小头目已经完全失去了对他的信任。他们阴谋对付他。他们要对付的这个人，本身就是中亚玩弄阴谋的大师。事情很快就有了结果，阿古柏逮捕了喀什的国王。不久，布素鲁尔汗被流放到西藏，和卓家族不再是喀什噶尔政治中的因素。到1865年底，阿古柏成了喀什噶尔西部的主人。在不到一年的时间里，他就为一个王国打好了基础，不是为别人，而是为他自己。
波尔格说，有2000名汉人，也许不全是军人，在英吉沙尔遭到屠杀，还有3000人在喀什倒向了阿古柏。其他驻军在造反运动中早已叛变或被屠杀。不过，有5000多人的忠诚在1年多的时间里经受住了压力。尽管我们不可能详细了解喀什噶尔在这个混乱时期发生的所有事件，但根据已知的少量资料，我们可以设想，如果有一位智勇双全的将领，那么只要他把那5000人召集起来带上战场，只要他勇敢地面对事情的进程，而不是把自己关在堡垒之中静观事态的变化，也不是在看到灾难性的结果以后为了博取流芳百世的美名而以身殉国，那么他是能够有一番作为的。既然阿古柏和60几个亡命徒能够在喀什噶尔建立一个王国，我们就能毫不夸张地假设，那几千人只要有一名合适的首领，就能为中华帝国守住喀什噶尔。然而才干和品格未必总是捆绑于一身，喀什的办事大臣张达将军（喀什噶尔办事大臣应为奎英，自杀的也是他。——译注）至少具有勇气，敢于以生命来补偿能力和技巧的不足。
阿古柏在这块土地上已有政权在手，他着手巩固这个政权。他以“勇士之父”而著称，这是他的朋友博卡拉的统治者送给他的美号。他暗杀了和阗的地方首领哈比杜拉，轻松地得到了和阗的臣服。然后他把注意力转向阿克苏的当地回民。他召集一支劲旅攻打阿克苏，把当地回民赶了出去。他向东进，通过激战占领了库车，到1867年底，完全控制了那个地区。喀喇沙尔城、库尔勒城和吐鲁番城都向阿古柏投降，然后短暂地逃出了他的控制。由于这一地区发生了麻烦，阿古柏于1871年率军前进，把这些地方明确地纳入了他的王国。他向吐鲁番以东推进到辟展，到1873年，他成了从帕米尔到罗布泊整个塔里木盆地的主人。他组织了一个政府，令1873年英国为了和平与安全而派到喀什的使节团大为赞赏。他的政府在这片土地上到处施行强权统治。
喀什噶尔的新统治者不是一个喜欢藏藏掖掖的人。他让自己蜚声中亚以及中亚以外，把自己打扮成这一地区所有伊斯兰教徒的领袖，立刻在印度、伦敦、圣彼得堡和康斯坦丁堡吸引了眼球。土耳其苏丹鉴于穆斯林的强大影响，于1873年授予阿古柏“喀什噶尔统治者”的称号。在那一年，英国人注意到俄国人觊觎新疆，派遣佛西斯使节团到喀什，评估中亚那一地区的形势。这对阿古柏是一大鼓舞，但没给他任何承诺。英国人将阿古柏作为中亚未来的势力做了不小的宣传。不过，就官方而言，他们清楚地看出阿古柏的政权是短命的，但是显然他们没有算准阿古柏的灭亡从何而来。英国人和俄国人，甚至阿古柏自己，都没有把中国人这个因素考虑在内。佛西斯使节团的主要目的是考察从喀什噶尔地区到印度的通道，并且看一看俄国人的渗透究竟会不会给印度边境的防御带来更多的麻烦。他们报告说，从喀什到印度的路非常难走，不论谁主宰喀什，英国人都不用担心。于是印度政府对“勇士之父”的命运只剩下了理论上的关心。
阿古柏显然做了一些努力来讨好乌鲁木齐和哈密的回民，但是没有成功。他在阿克苏和库车对当地回民过于粗暴，令他们不能忘怀。至于汉人，阿古柏认为他们不大可能给自己带来任何麻烦。他在扮演中亚伊斯兰教领袖的角色，但这个角色没有得到那一地区各国的一致认同。他西边的近邻是浩罕，该国的统治者是库达牙尔汗。此人跟阿古柏没有交情，喀什噶尔与浩罕之间的关系绝不是特别亲善，尽管他们在面对俄国人的无情推进时在利益上是一致的。
