在父亲的影响下
在他的整个人生旅程中，父亲黄震白对他的影响是决定的。黄仁宇曾说：“我的历史观来自他的教导”。黄震白先生出身于湖南一个家道中落的地主家庭。在20世纪初，国民党的前身“同盟会”是秘密组织，由孙中山先生开创，专门用来反抗清朝。同盟会员最初想出的办法，是从海外筹资，用钱来进入军营，与军官和士兵接触。由于效果不佳，后来同盟会就直接让会员进入部队，以便于武装起义。
黄震白最初在福建的省立军校念书，当时的校长许崇智将军正是同盟会会员。黄震白成绩优秀，不仅以第一名的身份毕业，从许崇智手中领到一枚黄金奖章，而且还因他的劝说加入了同盟会。武昌起义后，由于清王朝的统治土崩瓦解，南部各省纷纷宣布独立。以许崇智将军为首的革命党人也乘机宣布独立，终结了清王朝在福建的统治，黄震白立即成为许崇智的参谋长。
辛亥革命的成果很快就被袁世凯掠夺，袁世凯还图谋称帝。孙中山等人进行“二次革命”，但也失败了，同盟会的领袖纷纷流亡日本。黄震白则返回湖南，不过也遭通缉。他得到朋友的暗中帮助，在千钧一发之际逃脱。但他的一位侄子则被押送到北京，袁世凯的爪牙把他放在铁床上，下置炭炉，要他招出秘密情报和背叛国民党，他坚强不屈，结果被折磨而死。
称帝行动终因全国的反对而取消，袁世凯也羞愤而死。1916年，许崇智复出，先是在福建，后来到广东，黄震白也重当参谋长。不过，以后的“革命形势”无法让黄震白满意。在广州成立了以孙中山为首的大元帅府，但也同样成为南方军阀手中的工具。1917年，一气之下，黄震白辞职回到湖南结婚生子。据说，曾有同盟会会员游说黄震白重新“革命”，但没有成功。
1927年，蒋介石在南京建立国民政府。许崇智因受蒋介石的排挤而离职，所以尽管黄震白对许崇智的评价不高，但因受传统忠诚思想及自尊心的驱使，不肯到蒋介石的南京政府谋职，况且在旧国民党的阶层中，蒋介石还在他之下。于是，他只能接受湖南省地方政府的零星工作，不但薪水少，还得忍受低素质长官的羞辱，但他毫无办法。
黄仁宇正是在这样的背景下出生，他是长子。由于黄震白提早退休，付出的第一个代价便是贫穷。据黄仁宇回忆，全家虽不曾饿着，但也很少有特殊的享受，简单的正餐外更少有点心，长沙街头小贩卖烤蕃薯、烤花生、烤玉米和韭菜盒子，发出阵阵香气，这香气一再提醒他，他是从童年一直饿到青少年的。
由于家境困难，除了支付学费和必要的开支，黄震白再也无法为儿子们提供其他的生活必需品。所以，从中学开始上英文课起，黄仁宇就一直盼望能拥有一支钢笔，结果预算只允许他有一支毛笔和一罐墨水。下雨时，同学们在鞋子上加橡胶套鞋，又闪亮又时髦，黄仁宇却只能笨拙地踏着木屐，发出恼人的声音，常常令他感到无地自容。
有时候他也会向父亲抱怨，但得到的却是父亲的“忆苦思甜”。显然，当时的黄仁宇还无法理解父亲，他说：“我的小小心愿没有得到满足，一点都不相信我们家的困苦和中国的命运有任何关系。”
整个20世纪二三十年代，长沙都处于白色恐怖之中，三天两头就有枪决共产党人的场面。公开行刑的恐怖，深深震撼了少年时代的黄仁宇。1930年，毛泽东的妻子杨开慧被处决。因为杨开慧是黄仁宇三舅母的亲戚，通过三舅母，黄仁宇了解了这件事的一些细节。法官宣判死刑时，通常会让犯人选择枪毙或砍头。她选择了前者，因为不想让头颅被挂在公共场合。她的审判是形式上的，甚至连死刑都不是由法官宣判，而是由省主席何键直接下达。刽子手并没有让杨开慧迅速死亡，她身负枪伤，倒在地上挣扎，后来处理遗体的人发现，她手指甲里全是泥土。
黄仁宇三舅母的弟弟向钧也被当成共产党员处决。行刑前，黄震白去狱中看他，劝他请求宽恕，他断然拒绝，他被处死时只有二十出头。他的死给黄家投下阴影，以后家里人提到他时，都会降低音量。
由于有了这些经历，黄震白希望黄仁宇他们能好好学习，上大学，当工程师，靠设计工作来体面赚钱，而不是当政客或军人，更不用说是当革命党了。
黄仁宇也有过反抗父亲意见的时候。他在长沙念中学时，学生代表大会受社会风潮的影响，要求撤换省主席何键任命的校长，并想废除军训课，但这两个要求都触及了何键的权威。黄震白要儿子置身事外，黄仁宇不听，结果黄震白亲自跑到学校，看儿子是否是积极分子，弄得黄仁宇又羞又气，认为这是在同学们面前羞辱自己。
1936年，因成绩优异，黄仁宇获得了南开大学减免学费的奖学金，入读机电工程系。但次年发生“卢沟桥事变”，抗日战争爆发。尽管梦想被打破，黄震白还是送走两个志愿从军的儿子。“这场战争我们绝对不能输，”他对黄仁宇说道。
黄震白先生死于珍珠港事变前一周，即1941年12月1日。关于父亲对自己的影响，黄仁宇说：“他让我自觉到，我是幸存者，不是烈士。这样的背景让我看清，局势中何者可为，何者不可为，我不需要去对抗早已发生的事。”而这，对于黄仁宇大历史观的形成，起了非常重要的作用。
投笔从戎
1937年7月7日，抗日战争全面爆发。当时，黄仁宇的第一个反应是从军。但黄震白认为，战争随时可能终止，而既然已经在南开大学念完一年的书，终止学业去参军是不明智的，因为很有可能穿上军装后就发现战争已经结束。到了9月份，恰巧教育部要南开、北大与清华三所学校合并，在长沙成立“长沙临大”，所以黄仁宇决定听从父亲的话，继续学业。
然而，等到长沙方面安排妥当，上海的大前方防线却已崩溃。12月，日军进入南京，长沙临大奉命再撤到昆明。这时，黄仁宇下定决心要参军。1938年初，他和父亲长谈了一次。黄震白认为，如果一定要从军，就应该先念军校，取得正式的军官职位。这样，他们两人达成协议，黄仁宇没有去昆明，加入军队的决定也延迟了半年。
1938年春天，黄仁宇在长沙等待期间，无事可做，毛遂自荐去《抗战日报》工作，以求换得食宿，结果应聘成功。这是一份爱国报纸，社长是剧作家田汉，报纸采用半开大小的画报形式，所有报道都刊在一张纸上。在这里，黄仁宇结识了廖沫沙。因为当时田汉忙着其他的抗日活动，编辑工作就落到廖沫沙和黄仁宇这两位编辑身上，他们夜以继日地工作，床就放在办公桌旁。以后廖沫沙成为“三家村”之一，在“文化大革命”中遭到残酷迫害；而田汉也是著名文化领袖，在“文化大革命”时死于狱中。
1938年夏天，黄仁宇在汉口考入中央军校。受着当时交通情形的影响，他在接到录取通知书后，乘江轮赴宜昌“待命”，在一所破庙里一住就是3个月。等到有轮船接他们去重庆时，已是12月初。这时武汉失守，长沙大火，广州撤退和汪精卫发表“唁电”向日本投降。从西安、宝鸡投考的同学则早已在成都。他们又行军三日，到达铜梁，开始换上棉布军装，等候由浙江金华考取的另一批同学到达，最后编成十六期第一总队，于1938年底，浩浩荡荡地行军去成都。
十六期学员于1939年元旦开学，1940年12月25日毕业，受训期间长达两年，当中没有寒假暑假。进军校第一桩事就是“剃和尚头”，所有人都变成光头，使得个人的色彩大为收敛，队伍中的集体性格更为浓厚。战时军校的学生大多只有初中文化程度，高中毕业生已不可多得。每一队(相当于连)里，偶尔会有一两个大学辍学的学生和在宪兵队当过兵的军士，也会有几个国民党军队高级将领的子弟。受训开始后，每一个钟头甚至每一分钟，大家都做同样的事，自早上用冷水洗脸刷牙，到晚上点名解散，以及吹熄灯号前15分钟打开铺盖就寝，无不如此。所以几个星期后，学生们就已经在“众生平等”的集体生活原则下，打成一片了。
军校毕业后，黄仁宇通过田汉的关系，与田汉的儿子田海男一起获得任命状，直接开赴前线，首先担任排长，后来代理连长。不过，他的这一连只有1名少尉和36名士兵，隶属于国民军第十四师，奉命驻守云南边界，紧邻日军占领的越南。
尽管第十四师一度拥有国民党军队中最精良的武器，配装了最新的步兵装备、德国头盔、防毒面具、帐篷等等，但由于身处内地，失去了现代化生活的支撑，所以黄仁宇认为他们还是“必须在明朝的生活条件下过活”。比如，如果他需要一头驴来驮负重物，就必须派士兵到村子里找村长，在枪支的威胁下，他才有可能听从差遣。
1941年12月，黄仁宇的父亲过世。因为邮政传递缓慢，等他收到妹妹黄粹存写的信时，已经是一个月后的事。黄仁宇获得第十四师批准的“长假”，几乎等于退伍令，因为他不用再回来服役。黄仁宇回家奔丧后，将母亲和妹妹送往重庆。此后，他被调到首都卫戍司令部，从事文书工作。
在总部呆了不到一年，黄仁宇即无聊得要命，一心等着上战场。正在这时，中国方面派遣了一支远征军去印度，从侧翼进攻缅甸，这支部队称为新一军，由英军提供粮食和衣服等后勤事务，美军则负责供应战略物资和训练。中方统帅是郑洞国将军，受驻印总指挥史迪威的管辖。1943年2月，黄仁宇被派到营区任参谋，官衔是上尉。
黄仁宇在缅甸呆了一年半，回忆这段时间，他说，这“绝非我生命中的不愉快经验”，凭借良好的写作能力，他在前线担任观察员，一边服役一边写文章，结果有很多文章发表在当时最负盛名的报纸《大公报》上。其中，有篇文章长达12000字，连载4天，稿费多达300卢比，相当于75美元，是一个上尉5个月的津贴。由于爱出风头，他经常冒险出入无人地带，终逃不出噩运。1944年5月，他不幸负伤，但结果死里逃生，回到部队后还获得一枚海陆空军一等奖章。
恋爱时光
抗日战争结束后，黄仁宇回到上海，负责接收日本军队投降的事务。在这里，黄仁宇遇到了一个比他小一岁的女孩，名字叫安，开始了他的初恋。
据黄仁宇回忆，他对安是一见倾心。安是上海圣约翰大学的毕业生，她的父亲曾显赫于中国的外交领域，一家环游世界，兄弟姊妹在家中可以流利地用英语和法语交谈。她的家座落在前法国租界的西区。只要有空闲，不管是下午，还是黄昏，黄仁宇从部队借出吉普车，前往安的住处。佣人把他带到起居室，与安约会。
事实上，这次初恋一开始就注定要失败。黄仁宇后来回忆说，即使是虚荣心再强，他也无法骗自己说，安曾经爱过他。但每当黄仁宇要求和她见面时，她总是热切响应；有时不去看她，她还会打电话问是否安好。她也会经常派人送来“行行好，看在我的面上”、“让我们来完成一出悲喜剧”之类的字条。还有一次，她甚至邀请黄仁宇参加她家的家庭聚会。不过，她对于此事掌握得相当有分寸，总是会以忧伤的口吻对黄仁宇说：“我好喜欢你啊”，而不是“我好爱你啊”。
初恋的回忆总是美好的。在上海的那一段时间，黄仁宇经常带她去夜总会，由于不会跳舞，经常弄错节拍。那时，安就会抓着他的手，表示要暂停一下，稍做停顿，然后说：“来，再试一次”，放松后的黄仁宇果然就合上节拍了。
黄仁宇告诉她许多军旅经验，还说希望能呆在军队中，最后成为将官，见识世面，就像她的父亲一样。他说自己还不够格当指挥官，但可以有将军的思考方式。安总是静静听着，不发一言。有一次，他说到自己可能试着退役时，安直截了当地说：“退役吧。”她接着说：“如果你想退役，就退役吧，不要光说不练。”
