李景隆集合了五十万大军，打算轻松搞定朱棣的少少兵马。趁着朱棣出袭大宁的时候，他将所部兵马分成三路，主攻一路由他亲自领头，攻打朱棣的根据地北平。
大宁（今内蒙古宁县），正是前面说过的朱元璋十七子宁王朱权封地。他虽然有雄厚的兵力，但建文帝的削藩之举还没有来得及落实到他那里，他仍然有大量剽悍的部属。朱棣起兵后颇有力量不逮之叹，遂定下计谋，打算先奔袭大宁，夺取宁王之兵。到大宁之后，胆气颇壮的朱棣在郊外埋下伏兵，自己则以请求朱权为自己草谢罪诏为名单骑入城。在城中盘桓数日后，借着朱权出城为自己送行的机会，暗令伏兵出动，将朱权活捉，妃嫔儿女也没能逃过，数万精兵也轻易就成了朱棣的部属。大宁城为之一空。
朱棣冒险去了大宁，北平城里，只剩了朱棣的徐王妃和世子朱高炽留守，精兵也都随朱棣在外，城中只有些老弱之兵。
在多年独挡一面的燕王妃生涯之后，在丈夫自洪武年间就屡次出征、又共同扶持着面对“削藩”恐惧的锤炼之后，徐氏已经完全地成熟。面对兵临城下的强敌，她先是冷静地在宫中指导儿子应变，见情势紧急，她又传命，给所有和自己一样留在城中的燕王部属及官绅士民之妻都配发甲胄，让大家都加入战事中。徐王妃本人更是亲自登城督战。这时正是农历十月，徐王妃又命众人水泼城墙及城下兵将，李景隆措手不及，望城兴叹。
在徐王妃的指挥下，北平守军坚持到了燕王朱棣成功收编宁王军队，回师救援的时候。
这场守城之战，清晰地显示了徐王妃做为开国勋臣之女的风范。她在其中表现出的智谋胆略，在历代皇后中是极为罕见的。从另一个角度看，也就更容易想象得到她与自幼习兵的丈夫之间，情投意合志趣相当的生活场面了。
做为妻子，在朱棣竭力为自己“正名”的时候，徐皇后也倾尽全力相助丈夫。
朱棣称帝的第一个新年，即永乐元年正月，一部《梦感佛说第一希有大功德经》颁行天下。这部经书的序言正是徐皇后撰写的。徐皇后在文中写道，洪武三十一年（即朱元璋去世那年）的正月初一，自己正在焚香读经的时候，身边忽有紫气金光弥漫，恍若梦境，随后便看见观世音菩萨徐徐走来，亲口告诉她说，国中将要发生大难，特来为她消灾接引，并赠此功德经一部。观音临别之际还口吐纶音道：“凤冠不久于尔。”
这部经书连同它的序言，立即得到了朱棣的高度重视，不但颁行天下，而且迅速入藏，被列为佛经之一，天下僧尼并善男信女无不口诵心念，为朱棣应得帝位大造声势。此经直到清乾隆三十年以后，才正式被提出为“伪经”，从而排除在佛经典藏之外。
饱读书史的徐皇后当然并不仅仅是撰写了这部声言丈夫“君权天授”的经书序言。她还编写了《内训》二十篇，《劝善书》一部，都颁行天下，这些文字旨在推行针对女性的教育，并倡导修德劝善，为自己更为丈夫赢取民心。
做为皇后，徐氏辅助丈夫的工作并不仅止于文字游戏。朱棣即位之初，为立威除患，曾对建文帝旧臣大行非刑。就连自己起兵亲信道衍的面子也不肯给，把道衍竭力想要挽救的“读书种子”方孝儒灭了整整十族。（方孝儒死得虽惨，也算自作自受，何况此君读书读迂了脑袋，满肚皮只知恢复古礼以及如何找个好名目死了成就名声，也谈不上什么真正的忠心和才智，就连建文帝眼见失败之际，他想的都不是怎样让主子逃出生天，而是劝建文帝赶紧自杀，成全“万民表率”的美名。而一开始力主强行削藩，后来又殆误军机的齐泰黄子澄等人则在南京城将破之际，脚底抹油开溜。以正统观念，建文帝之败是无天理，可是他选了如此几位高参，不败是无真理。方孝儒闯祸在前，求死在后，原也不足惜，可怜的是在他和暴怒的朱棣“合作”下死于非命的那十族）。
虽然齐泰等人的确该死，但是动用“诛十族”“瓜蔓抄”“发妻女为娼”等手段，却实在太令人发指。何况遭殃的并不仅是朱棣以诛杀为名起兵的闯祸者黄子澄等人，而是实实在在的忠臣铁铉景清等人。
对于丈夫的倒行逆施，徐皇后看在眼里急在心里，婉转劝道：“南北每年战斗，兵民疲敝，宜与休息。”又说“当世贤才皆高皇帝所遗，陛下不宜以新旧间。”并举传中的尧帝作比方：“帝尧施仁自亲始。”
徐皇后为朱棣生了三个儿子，除了长子高炽性情温和好学之外，汉王高煦、赵王高燧则都是狂飙型的。朱棣喜欢高煦，感于这个儿子屡次在“靖难之役”中力挽局势的胆量，认为他才象自己。徐皇后则恰恰相反，她认为只有高炽才可能成为一个适于百姓生民的仁君。因此她不但主张立高炽为太子，还屡次向朱棣进言，指出高煦高燧性格不好，不但不能重用，还得为他们选择敢于监督劝诫的僚属。朱棣并没有相信妻子的预见，在徐氏死后他好几次都被次子三子所惑，差点废了高炽的太子位，过了很久才醒悟过来。
徐皇后还曾经向朱棣要求召见大臣们的妻子。见面后她厚赐命妇们服饰金银，并对他们说：“女人侍奉丈夫，并不仅仅是关心他们的衣食起居而已，应该对他们的前途事业也有所助益。朋友的劝告，不易被男人采纳，同样的话妻子来说，就容易入耳得多了。我与皇上朝夕相处，从不以私欲开口，所说的一切都以生民为念。希望你们也能以此自勉。”
可惜，徐皇后年寿不永，她只做了四年皇后，就在永乐五年（公元1407）的七月离开了人世。临终前，她最后一次劝谏朱棣，让他爱惜百姓，广求贤才，恩礼宗室，不要骄惯自己的娘家。她还叮嘱太子朱高炽说：“我一直惦记着当年在’靖难之役‘初起时，为守住北平城而应命作战的将士妻子，感念她们的功劳和付出的伤亡。想要趁着皇帝日后北巡的机会，亲自向她们以及她们的家人赠予嘉奖抚恤。只可惜我再也无法完成这个宿愿，这是我此生唯一的恨事。”
徐皇后去世时年仅四十六岁，朱棣对结发妻子的去世非常悲恸，他为徐皇后上谥号曰“仁孝”，并从此不再立后。
永乐七年，朱棣北巡，回到了盛满往事的北平，并着手迁都事宜。同年，他在昌平天寿山营建自己的陵寝。四年后长陵落成，他将徐皇后安葬在了里面。
十五年后，即永乐二十二年（公元1424）七月十八日，壮心未己的朱棣病逝于征漠北的途中，享年六十五岁。同年十月十九日，朱棣与徐皇后合葬长陵。
在民间传说中，徐皇后的父亲徐达，是被朱元璋杀死的。据说当时徐达背疽发作，朱元璋派太医前去诊治，太医回报说徐达的病没有大碍，只是忌吃烧鹅。朱元璋立即叫人给徐达送去了烧鹅。接到“礼物”的徐达心知大限已至，当夜便自杀身亡。
但是史书的记载却完全不是这么一回事。据《明史》的记载，徐达在洪武十七年时患上背疮，发病时他恰在女婿朱棣的封地北平。朱元璋遂遣徐达长子徐辉祖带着自己的手敕去北平看望。敕曰：“方今九夷八蛮，大者畏力，小者怀德，非将军忠诚耿耿，以劳为逸，何由臻兹。将军功昭上下，泽及兵农，而于人欲之私，秋毫无犯。此其明智者乎！迩者，将军有疮疾，朕初闻之，于心恐焉。今喜疾愈，特遣将军子持至意，将军其悦且安，故劳。”
徐达的病情不久渐有起色，于当年冬天返回南京家中。大约是路上奔波辛苦，病情再次复发，洪武十八年二月便离开了人世。对于这位三门亲家的去世，朱元璋非常难过，追封他为中山王，谥“武宁”，并追赠徐达三代祖先均为王爵。赐葬钟山并亲自撰写神道碑文，还将他列为开国功臣之首，配享太庙并入祭功臣庙。
从徐达长子徐辉祖此后的表现，以及徐达死后朱元璋仍然接踵为自己的另两个儿子迎娶徐达之女为妃的情形来看，民间传说完全站不住脚，朱元璋对徐达实在是极尽君臣之谊的。
按史书的记载，徐达共有四子三女，在四个兄弟中，大哥徐辉祖与幼弟徐增寿对待朱棣夫妇的方式截然不同。
徐达死后，长子徐允恭继承了父亲的魏国公爵位，由于数年后皇太子朱标去世，皇太孙朱允炆成为皇位继承人，为避他的名讳，徐允恭遂改名为徐辉祖。
朱元璋对徐辉祖颇为重用，屡次派他外出练兵，并让他节制大量军队，领中军都督。建文帝即位后，更是将他提拔为太子太傅。徐辉祖对朱元璋和建文帝的信任感激涕零，也一心为老皇帝一心保举的建文帝打算，转而与妹妹妹夫划清界限。他先是派人追击逃离京师的外甥朱高煦，又曾经率军在山东击溃朱棣的队伍，可惜的是建文帝和他的书生谋臣们唯恐徐辉祖倒向妹夫，硬是把他调离前线。即使这样，徐辉祖也未放弃对“皇朝正朔”的梦想。直到战事打到最后，朱棣已经引兵渡过南京长江天险，力主削藩又贻误军机惹出塌天大祸的齐泰黄子澄也脚底抹油开溜，老朱家的儿子养孙们都纷纷开门请降了，徐辉祖仍然力战不懈。实在是无力回天了，他也拒不接受国舅爷的身份，而是守在父亲的祠堂里号啕痛哭，坚决不去见妹夫。
朱棣初践大宝，为了摆平建文帝的死忠，巩固自己的权位性命，酷刑毒虐无所不用其极，可是面对徐辉祖，狂暴大发作中的朱棣却没了办法。看在妻子的面上，他只能强压怒火，只是将徐辉祖削爵软禁在府邸里。朱乐五年，徐辉祖与徐皇后前后脚离开人世。朱棣虽对这个不识抬举的大舅子咬牙切齿，却不忍心让老丈人的爵位就此断档，安排徐辉祖的长子徐钦继承了魏国公封号。
徐达的幼子徐增寿则与长兄不同，自建文帝刚着手削藩起，他就旗帜鲜明地站在姐夫一边。当建文帝向他询问朱棣情形时，他一律为姐夫打掩护；当朱棣正式起兵后，他又想方设法将京城中的情形传报给姐夫。建文帝最终也觉得情形不对，在朱棣即将攻入南京之际，将徐增寿召至宫中，亲手将他斩于剑下。
朱棣对小舅子之死痛惜万分，入城后抱着徐增寿的尸体痛哭，随即又追封他为定国公，谥忠愍。让他的儿子徐景昌继承爵位。对于丈夫的这个决定，徐皇后是非常反对的，认为弟弟虽然帮了自己，从大义上讲却有违父亲的忠义之名。朱棣对妻子言听计从，这一回却坚决不肯买帐，于是徐增寿父子虽得封爵，徐皇后却始终不肯认可，不愿向丈夫道谢。
此后，徐辉祖和徐增寿兄弟二人的后嗣和他们的封爵一直延续下去，虽然屡有事故，却又屡屡恢复，整整穿越了整个明王朝的历史。只是徐辉祖一支始终坚持住在南京，而徐增寿一支则随着朱棣迁居北平。
野史传说，朱棣思念亡妻，一度打算册封存徐达最小的女儿徐妙锦为继后。可是这位妙锦小姐遵循长兄之志，宁可出家，也不肯允嫁“建文逆臣”朱棣。
只是徐妙锦的故事乃至世上是否真有这样一位徐小姐，都无可靠的考证。倒是徐达的二女儿在嫁给代王朱桂后名留史册。不过这位“将门虎女”非威信之虎，而是蛮狠之虎，竟下辣手把朱桂的两名侍妾给毁了容。朱桂向皇帝哥哥诉苦，没料想哥哥看在老丈人和老婆份上，硬要堂堂皇弟忍受妻子虎威。朱桂实在没有办法面对如此一位娇妻，只好与妻儿分居终生。算是为朱棣的夫妇情深做了一个别样的注脚。
