尽管如此，随着项目规模和范围的扩大，工程设计、研发测试、制造、装配、飞行试验和其他工作都在发生变化。在原型机和全尺寸研发早期，臭鼬工厂协同安排项目管理、工程设计、商务管理、材料、安全保密和飞行试验工作的场所。产品的部装和总装场所与上述工作的场所相距很近，以保证密切的沟通协调。飞行试验在一个单独的地方完成，那里有合适的跑道和飞机维护保养设备。“海夫蓝”和F-117A项目都应用了这些类型的场所安排。
承包商之间针对当前任务开展广泛合作也是飞机研发和生产方式的一种革新。例如，YF-22原型机的详细设计是在3个地方完成的：伯班克的洛克希德公司、西雅图的波音公司和福特沃斯的通用动力公司。沟通方面的问题是事先提出的，执行系统可以确保3个场所之间的计算机辅助设计和制造（Computer Aided Design and Manufacturing，CADAM）和计算机辅助三维交互应用（Computer Aided Three-Dimensional Interaction Application， CATIA）图样传递的安全，以推动团队成员之间的沟通交流。3个地方制造的机身各段近乎完美地组装在一起，就像是在同一车间生产出来的一样。
沟通和冲突管理还包括承包商和用户之间关系的协调。臭鼬管理法的成功执行在于要求项目用户必须以同样的方式开展工作，规定军方和工业部门必须设立一个强有力但必须精干的型号办公室，用户（军方）的型号办公室规模小，那么承包商的办公室规模也会小。这样既可减少管理费用，还能使用户与承包商保持及时的信息沟通，职责更分明。其实这并不是一种独特的管理方法，而是一种研发包含先进技术成分在内的新产品的合理方式。出发点就是一个小规模、高质量、快速响应的用户（军方）项目办公室，以及一个只有在需要时才组织的小规模售后服务团队。用户的项目经理必须同样拥有非凡的威信和广泛的职责，直接向有决策权的上级管理层汇报，摆脱部门外“职员”的约束。例如，SR-71的型号办公室只有35人；在P-80原型机研制过程中仅有一位官方代表监督工作；在F-117A研发期间，组建了一个位于赖特帕特森空军基地的小规模系统项目办公室，由位于美国空军指挥部、战术空运大队总部、爱德华兹空军基地飞行试验中心、萨克拉曼多空军后勤中心、内利斯空军基地等的小型保障团队支撑，办公室主任直接向航空系统部的指挥官（中将）汇报。
空军和洛克希德公司项目团队就项目问题每天保持开诚布公的交流，通过在承包商、空军和转包商之间的密切合作建立互相信任的关系；互相尊重对方的地位、知识和经验，不提倡“哥们儿”关系，从而实现成功的研发、生产和快速运作，以及团队协作和快速联合解决问题。如果一个项目主管只与军方办公室为数不多的人员打交道，他就能更好地掌握他的计划并做更多的工作。针对重要工作和决定经常组织技术和项目评审，定期开展正式的承包商－用户项目评审，使其与项目步调一致（从每六周一次到每季度一次）。
2.3.5 风险管理
臭鼬工厂从事的秘密研发项目，多为边设计、边制造、边研究的创新多、使用新技术多的项目，虽很少受多种因素制约，但产品却具有重要的政治、军事意义，甚至涉及国家行为。种种特征显示，臭鼬工厂研发管理模式更应该需要风险管理。在臭鼬工厂管理原则中，很多做法的最终目的都是为了达到风险规避，其中最具代表性的原则当属“剪裁”原则。
臭鼬工厂要求项目人员“参与从设计到制造、试验的所有任务”，以确保有足够的内部人员来满足不转包关键任务所带来的项目需求。关键的管理挑战是要能抵制住为了降低季度任务完成底线而寻求外来技术能力帮助的诱惑：要求自身应具备管理经验、判断力和信誉，以保存住自己的技术实力，即使这些能力的“费效比”并不高。关键目标是对根据特定采购剪裁的合同进行协商，在符合联邦采办条例（Federal Acquisition Regulations， FAR）和国防部采办条例（DoD Acquisition Regulations，DAR）这类法令/法规要求的前提下，去掉限制性的或不重要的条款。
近年来，由于政府机构在合同条款上对以下方面的要求越来越多：要求具备内容广泛的报告、事先获得的政府批准以及新的管理体系，因此臭鼬工厂剪裁合同的能力也大大减弱。臭鼬工厂继续对提出的新要求进行评审，以评估其价值的提高。这些新要求价值的提高是基于使总报告要求降至最小这一理念的。对它们继续进行评审时也的确应该涵盖内部（即合同承包商）的管理程序。大多数宇航承包商有一个大型的常驻用户项目办公室，对政府合同进行监管。臭鼬工厂与之完全不同的是只有小型的国防后勤局（Defense Logistics Agency，DLA）和国防合同审计局（Defense Contract Audit Agency，DCAA）团队，可以按照用户的要求持续提供合同和资金管理职能。
臭鼬工厂的另一风险管理经验就是剪裁规范以满足某一合同的特殊要求。臭鼬工厂围绕任务需求、采购需求和制造规范进行剪裁，给设计人员、项目经理和制造经理尽可能多的自由，即不断修正规范，以满足合同的特殊需求。功能性规范重点说明应当实现“什么”，而不是“如何”去实现。对尺寸和细节的要求降至最少，仅把关键的性能参数作为需求加以规定，不重要的标准和规范只定义为指南，范围尽可能大一些。
与常规的采购项目相比，U-2、SR-71、“海夫蓝”、F-117A和TR-1等的规范是相对较少并高度剪裁的。尽管如此，即使在臭鼬工厂内部，似乎也出现了背离简单、简洁规范说明书原则的迹象，特别是一旦项目从专业化管理转向常规管理程序时尤为如此。这被认为是一种官僚现象，其实它并非也不应该被视为一种不可避免的现象。“暗星”3是政府意欲重新贯彻简要规范原则的一个范例。DARPA关于“暗星”3给出的规范说明书长度为1页，仅规定了最佳的高度、续航时间以及目标特征，单机成本为1000万美元（1994财年美元值），总计数量为11～20架。JASSM的20页规范说明书其实也本可浓缩至不到5页。F-117A项目也是臭鼬工厂剪裁规范的很好例证。空军和臭鼬工厂主要关注F-117A武器系统的重要特性，并就3个关键性能参数达成一致，即在所有临界频率和目标进入角下的RCS、制导和非制导武器的投放精度以及飞机的任务半径。F-117A最终满足了这些特定需求，而其他次要的性能参数只定义为“目标”，而不是硬性规定的数据。
任务需求应确切地说明需要什么，不需要什么。在没做权衡研究、了解成本和收益的情况下，臭鼬工厂不会把所有的可能性都视为需求，而是平衡各个任务需求，避免出现某一需求主导设计方向的情况。更重要的是，即使每一需求的“成本”确定后，这些需求仍是可以协商和更改的。
采购需求应适当简化，尽可能减少其所需要的评审、文档管理和审批要经过的层级数。投资拨款应持续多年，并且基于成本定价。合同不应采用固定价格（20世纪80年代初美国授予的所有固定价格研制合同不是被终止就是使承包商遭受经济损失）。臭鼬工厂的方法是剪裁采购需求的一个良好范例。
剪裁制造规范意味着让制造小组来规定材料和加工规范，使其成为确定公差的一分子，且能够采用最佳的商业运作方法。
此外，臭鼬工厂还通过有效管理，形成并保持所依赖的年轻队伍和团队士气，以克服不必要的人力资源风险。年轻员工的雇用成本更低，工作耐力更大，健康问题和工作之外的任务和假期更少，没有失败经历的年轻人更容易相信自己能够做大事以及及时改变不适应的做事方式，通过适当改变薪水状况和新兴启动项目的增多，可以激发年轻雇员的工作热情；通过限定项目管理职权界限，可以增进年轻雇员对文化的认同和理解；通过大量的培训和学习可以规避年轻雇员在经验上的不足和欠缺。
2.3.6 信息管理
从约翰逊开始臭鼬工厂就规定“总结应当尽可能地少，但重要的工作必须详细记录”。项目报告应尽量少，尽量简明扼要，上司是忙人，给他的报告就要简短明了，开门见山，如果有背景材料可告知他，他若需要自会索要。但这条原则并不是说不要准确、详细的记录。如“黑鸟”系列共生产了1300万个钛合金件，记录可追溯到铸锭及切割板材的碎屑流向，但并非每份报告都要附上这样详细的记录文件。对于从事快速研发的小团队来说，对最终结果的极大关注才是使得团队保持创造力和生产力的关键。
在臭鼬工厂“必须有非常简单的制图和发图系统”，且具有很大的变更灵活性，即流程简化，图样简明且易于修改；图上的信息应反映最新情况，发放份数有限以便于管理。设计人员应到车间去了解装配现场发生的事，发现问题应马上进行现场修改，然后回去更改蓝图，随即就把新图发下去，以使废品数量减至最少。
随着计算机技术的应用和发展以及臭鼬工厂不断的组织变革与重组，臭鼬工厂在信息管理方面采用了自己的软件工程开发原则。
随着信息技术的发展，从20世纪90年代起，臭鼬工厂大多数的工作是通过网上会议、视频电话会议、E-mail和其他电子媒体来完成的。在与波音联合设计YF-22飞机期间，3个场所使用相同的数据库数据，大多数情况下要求供应商也成为相同数据结构的一部分。各方都可以通过电子方式收发文件，供应商制造的部件运到臭鼬工厂，并不需要制造样品。这一方式无论是在臭鼬工厂内部处理问题还是在与供应商打交道时都同样适用。综合电子工具是打通沟通途径的关键。当然，这些综合电子工具并不是臭鼬私有的， YF-22项目要求波音同样具有与臭鼬一样的CATIA设计工具和设计能力，这样才有可能协同工作、加快进度。
2.3.7 采购管理
在采购需求方面，如前文所述，臭鼬工厂主张适当简化原则，尽可能减少其所需要的评审、文档管理和审批要经过的层级数。投资拨款应持续多年，应基于成本定价，不应采用固定价合同。
对于承包商与转包商之间的采购关系，主要基于臭鼬工厂参与的F-35项目进行介绍。F-35 项目转包商管理（Sub-contractor Management， SCM）计划将转包商同样视为F-35项目小组的成员，即转包商也是完全融入综合产品组（Integrated Product Team，IPT）结构的成员，并且和其他成员一样采用相同的F-35项目风险管理/风险规避流程。
F-35信息主管向F-35项目副经理报告有关供应链管理的情况。IPT的领导和转包合同项目经理组成转包合同管理小组，主要作用是对转包商进行综合和控制，负责将各个过程传达给转包商，以确保合同的执行及产品质量符合法规。该小组提供日常的SCM，并将转包商的技术、进度和成本执行情况汇报给F-35领导小组。
F-35项目的IPT使用洛克希德·马丁公司采购系统来进行转包合同管理。每个转包合同均设有明确的成本和绩效目标，并确立衡量标准以便及早发现问题。IPT采用灵活的采购过程，以确保实现最佳价值的选择。该采购来源选择过程的关键是严格遵照小组的招标书过程和先于需求的F-35详细采购来源选择计划执行。
当项目进展至生产（低速率初始生产和全速率生产）以及保障阶段时，转包合同管理便在通用材料、系统和子系统以及生产、自主后勤全球保障的服务采购中居于主要地位。IPT仍然在技术上负责由转包商提供给F-35项目小组的产品和服务，采购质量保证人员仍然负责确保转包商提供的产品和服务满足F-35项目小组的需求。
2.3.8 安全与保密管理
担任洛克希德·马丁公司副总裁及臭鼬工厂现任总裁弗兰克·卡布其诺在2008年沃顿航空航天会议上是这样谈及保密问题的，“人人都说你们不能制造隐身飞机，而我花了10年的时间来做这件事情，我妻子从来都不知道我工作的对象。我们制造了一架隐身飞机。”
实际上，臭鼬工厂90%的任务都属于国家秘密，U-2、A-12、“海夫蓝”和F-117A项目都是“特许准入项目”或秘密的“黑色”项目。这带给臭鼬工厂一些特殊问题，例如，“无法让个人明确/深入到一个合同或项目中，就意味着这个人很有可能失去他 / 她的工作。”臭鼬工厂具有十分严格的保密要求，规定“采用适当的保密安全措施严格控制局外人接近项目及其人员，既要保护好你的项目，又不能影响或妨碍到你的工作，更不能掩盖低能和失败。好的保密须保持组织精干（参见臭鼬管理法第十三条原则）。”臭鼬工厂及其转包商和用户都能够在这些安全保密限制范围内工作，满足技术挑战、成本和进度的需求。
