随着形势的发展，新四军领导人之间的矛盾日益尖锐起来。副军长项英是工人出身，论职务，他曾一度在毛泽东、朱德、周恩来之上，长期担任党内高级职务。1920年，他就组织武汉纺织工人首次罢工；1921年，中国共产党在上海成立的那年他组织全国第一个工人俱乐部，组织过震惊中外的京汉铁路“二·七”大罢工，1922年入党后，多次选为中央委员，1931年担任中央局书记和军委主席。1935年红军长征时，他与陈毅留下，领导南下三年游击战争。抗日战争爆发后，他率领红军游击队下山抗日，担任新四军副军长，中央政治局委员、中央东南局书记、中央军委新四军军分会书记，对中国革命事业作出过重要贡献。但由于他在长期的政治生涯中处于顺境，渐渐形成了政治优越感，骄傲自满，家长制作风严重，又由于长期处于闭塞的游击战争环境中，较少认真学习马列主义，因而马列水平不高，眼光短浅，政治上易犯忽“左”忽“右”的错误。
叶挺的经历与项英完全不同。他早年进过正规的军校学习，是党的人民军队创始人之一，参加过北伐战争和两次武装起义，表现了较高的军事指挥才能和军事思想。他的经历比较坎坷，后来脱离了党的队伍，流亡德国。当他知道国共第二次合作的消息，再也按捺不住保卫祖国的赤诚之心，终于告别妻儿，踏上归国征途。由于他在国共两党中都有过密切的关系而形成了自己的特殊身分，在国共合作过程中，对沟通两党关系，促进共同抗日事业能够起到应有的作用。但另方面，由于他自己较长时间与党失去了联系，因而对党内情况较为生疏，一时不适应；而他自尊心极强，受不得委屈，不能容忍别人对于自己的歧视，因而他与项英产生了很大的矛盾。
在筹建新四军过程中，中共中央和毛泽东等领导人经过慎重的考虑，确认叶挺是担任新四军军长、领导全军抗战最理想的人选；只是由于考虑到叶挺暂时留在党外，对推动两党关系，促进抗日事业有利，故没有恢复叶挺党籍。因此中央给军部的电报叶挺看不到，重要会议不能参加，新四军军政大权掌握在项英手中。项英对这个国民党任命的无党派军长不大信任。但又有点畏惧，一则因叶挺军事上素养甚高，自己说错了怕他笑话；二则叶挺注意军纪，穿着整洁的将军服，极少言语，自有三分威严。项英背着叶挺搞小动作，拉小圈子，以至散布一些流言蜚语，甚至不负责任地背着叶挺向中共中央告叶挺的状。叶挺无法忍耐项英的霸王作风，于1938年10月，他愤然出走，并向毛泽东、蒋介石寄去辞职报告。
早在1937年11月，项英在延安期间，中共中央和毛泽东等领导人将叶项合作领导新四军的决定告诉了他，要求他与叶团结一致，共同抗日，并要注意尊重叶挺，军事方面多让叶作主，项英担负政委的任务。但项英十分傲慢自负，没有把中共中央的指示放在心上，相反对叶挺抱有成见，对中央安排叶为正，自己为副，极为不满，他认为自己在军事、政治上有一套，认为在军事方面应自己作主。因而他与叶挺的关系十分紧张、思想路线分歧很大。
周恩来亲自组建中国共产党的第一支军队——国民革命军第四军独立团。为了组建新四军，周恩来呕心沥血，多次来往于延安、南京、武汉、重庆，代表中央与国民党谈判、交涉、协商，就连新四军的编制和从军长到团长的人选，都倾注了他的心血。
周恩来又把精力放在解决叶、项矛盾上。周恩来找来项英，耐心分析原因。周恩来说道：“第一，你的家长制作风未改。我和毛泽东多次找你谈，你并没改。结果，南方3年游击战期间，你也是不听陈毅的劝告，时而争吵。第二个原因，你看不惯叶挺，你总是以你的眼光看待、认识别人，叶挺喜整洁，有将军风度，喜欢照像，爱好打猎有什么不好？个人所受教养不同，各人有各人的生活方式。第三个原因，你对叶挺太缺乏了解，缺乏坦诚相见精神。”
周恩来顿了一顿，又接着说：“我认为，看一个人，要看本质，只要人热爱党，一心抗日，对革命忠心耿耿，他就是好同志，就要团结他一道工作。”一番话，项英渐渐开了窍，说得项英不住地点头，令项英佩服不已。他诚恳地表示：“我一定注意改正，和叶将军搞好团结，把工作搞好。”在周恩来主持的军部领导人会议上，项英作了自我批评，主动提出将军事指挥权、军事干部安排权交给叶将军。中央对叶挺也作了大量的工作，说服了叶挺重返新四军。
以后，叶、项关系一度改善。叶挺在项英的支待下，成立了新四军江北指挥部，组建了第五支队，对发展和巩固新四军在江北的力量作出了贡献。然而时隔半年，叶、项关系再度紧张，导致叶挺第二次出走，第三次辞职。
