可以说，自“九？一八事变”到日本发动全面侵华战争和太平洋战争的10多年时间内，日本每次大的侵略性军事行动，都是在裕仁天皇的授权下，由御前会议决定进行的。每次大的军事行动结束后，日军指挥官都要回到东京向天皇直接面陈军情，并接受天皇的赏赐。据侵华日军华中派遣军司令官冈村宁次自述，他曾多次在作战结束后到天皇那里去报告战况及受奖：1932年6月，冈村宁次在指挥进攻上海战役结束后，第一次向天皇报告军情；1933年春，冈村宁次在参与对中国热河的军事行动后，于3月28日回到东京晋见天皇；这年8月8日，冈村再次向天皇面奏大连会议内情及侵华决策，天皇甚表满意。1940年3月26日，冈村在晋见天皇后，天皇为“表彰”他侵华战争中的“功绩”，“御赐”带有皇室纹章的银质大花瓶一个，现金300元；皇后赐给银杯一只，现金700元；过后又有皇太后“赐宴”，赠给银质烟盒一只及现金300元。类似这样的接见和赏赐屡见不鲜。对天皇的战争责任，东条英机曾一语道破，他说：“由我下令犯下的一切罪行都经过裕仁的御批。”
早在珍珠港事变爆发前11个月，裕仁就曾亲自命令对突袭珍珠港的可能性做出评估。在偷袭珍珠港之前数月，裕仁还详细询问了军事和经济计划。1941年7月2日，天皇在东京召集御前会议，计划在继续扩大侵华战争的同时，以海军为基本力量，集中陆军15个师团和空军发动太平洋战争。1941年10月间在决定是否发动太平洋战争的关键时刻，裕仁天皇明知缺乏坚定信心和勇气的近卫总理大臣正为处理此问题而不知所措，却又不做出避免战争的裁决，反而不顾日本国内外对东条英机的强烈谴贵，坚持任命东条组阁，导致太平洋战争的爆发。事件发生后的12月21日，天皇在东京召集御前会议，讨论制订了《为完成大东亚战争而决定处理中国问题的根本方针》，公开打起“大东亚共荣圈”的旗号，企图实现其霸占世界的野心。
虽然日本天皇对战争负有不可推卸的责任，但是战后对如何处置天皇，作为盟国中头号强国的美国却经历了一个长期的思索过程。
早在战争还未结束之时，美国国内在研究如何处理日本天皇的问题上，就出现了很大的意见分歧。以罗斯福为代表的“进步派”认为，只有取消天皇制，才能彻底消灭日本军国主义；而“日本派”则认为，逼迫日本投降，并不意味非要铲除皇室不可，保留天皇制有利于统治日本，日本人“狂热”地拥戴天皇，如果外来势力废除天皇制，将“带来严重后果”，即盟国“为防止日本复活天皇制”，则需要“无限期地占领日本”。两种意见相持不下。
1945年4月，罗斯福病逝后，杜鲁门继任美国总统。随着共同的敌人行将覆灭，反法西斯同盟主要盟国开始更多地考虑本国在战后的国家利益和对外战略。杜鲁门逐渐认识到，苏联是其称霸的障碍而不是合作的对象，遂一改罗斯福生前与苏联协调和合作的做法，开始对苏采取冷淡和强硬的态度。奉行“温和”对日政策的“日本派”因而得势，经过反复权衡，美国政府最终接受了日本以保存天皇制作为实行“无条件投降”的条件。
1945年8月11日，美国国务卿向日本转递美国的复照：《波茨坦公告》“不包括任何有损于陛下作为最高统治者之特权的要求”，但“自投降之时刻起，日本天皇及日本政府统治国家之权力，即须听从于盟国最高司令官”。“日本政府之最后形式将依日本人民自由表达之意志确定之”。13日凌晨，日本驻瑞典公使冈本发回报告，透露美、英经与苏联交涉折中，实际上已接受日方关于保留天皇制度的条件。天皇据此判断“关于国体问题，……对方具有相当之善意”，最终做出了接受《波茨坦公告》的决断，并颁布了“朕于兹得以维护国体”的《终战诏书》。继天皇“玉音广播”诏书后，铃木内阁也发布告示，强调“今国民所应一致努力者在于维护国体”。
由此可见，日本最后宣布投降，是由于美国基本上满足了日本的要求，也部分实现了美国的“初衷”。就这样，日本天皇制被保留下来，天皇依旧作为“日本国及国民统合的象征”，使日本民族自古积淀的天皇崇拜思想没能得到彻底改造。而这种思想，是一种类似于宗教感召的观念意识，它比一般的政治学说具有更大的煽动性和迷惑力，对日本民族性格的形成和日本历史进程，产生了深远的影响。尤其20世纪二三十年代以来，为了适应政府和军部对外战争的需要，日本逐步确立起军国主义教育体制，向日本民众全面灌输“天皇至上”的思想，培育起了具有愚忠心理的“忠臣良民”。这种天皇崇拜思想和军国主义教育，曾驱使日本民众狂热地盲从和协助政府进行侵略战争。因此，保留天皇制为日本推卸战争责任埋下口实，成为其“彻底反省”的障碍。
不仅如此，在战后初期，美国从它的远东综合战略出发，再次偏袒了天皇裕仁和日本。
日本投降后，美国独占了日本。随即，由参加对日作战的11个国家的法官组成远东国际军事法庭，对日本军国主义主要战犯东条英机等28人进行了审判。而且当时参战各盟国也强烈要求公审天皇裕仁，各国政府，如苏联、中国、英国、澳大利亚、新西兰等都已将裕仁列为战犯。美国国内意见不一，有人强烈主张把裕仁押上国际法庭；也有人主张勒令这个发动战争的皇帝退位，由当时12岁的皇太子明仁登基继位，并由裕仁的弟弟高松亲王摄政；还有人主张建立君主宪政，进行民主改革，实行共和等等。就连日本国内，从战争末期到投降时，政府和重臣也普遍认为天皇应负战争责任。
一时间，处决天皇裕仁的舆论沸沸扬扬，天皇陛下或许要被处死的风声甚至都流传到了日本偏远的农村。天皇裕仁也深知自己罪大恶极，表示一旦得到逮捕的通知，他将考虑自杀。
但处置日本战犯的问题，舆论归舆论，真正的生杀大权当时尚独揽在驻日盟军最高统帅——美国人麦克阿瑟手里。
麦克阿瑟到东京后不久，他的一些副手就向他建议：立即把裕仁传到司令部来训活，一来显示盟军最高司令部的绝对权威，二来扫扫天皇的威风。麦克阿瑟对此摇头，说：“这样做将会伤害日本人民的感情，因为在日本人看来，这样做是折磨天皇！”他知道，天皇是日本国民的精神支柱，即便在战败的日本国内，天皇仍有巨大的号召力和凝聚力，许多老百姓家里仍然高挂着身穿元帅服的天皇肖像。麦克阿瑟想利用天皇对日本人的神秘影响，促使实现他改造日本的宏大蓝图。于是，麦克阿瑟将军与日本天皇裕仁进行了一次秘密会面。
1945年9月27日上午11时左右，麦克阿瑟正在东京第一生命大楼盟军总部的办公室里批阅文件，一个头戴大礼帽身穿晨礼服的神秘人物来到了盟军总部，来人正是日本天皇裕仁！求见麦克阿瑟，徒步登门拜访一个曾是敌人的将军，向对方深深地弯腰鞠躬，这对于他来讲，不仅是有生以来第一次打破至尊至贵，还简直是屈辱，但是裕仁忍受了。这次秘密会谈持续了一个小时。
事后，裕仁和麦克阿瑟都对此次会谈内容绝口不提。1975年，在裕仁天皇庆祝登基50周年那一天，皇宫里举行了一次记者招待会，会上曾有记者向裕仁提出这一问题。裕仁避而不答，只是说：“当时与麦克阿瑟将军有君子协定，永不透露。”这一年，麦克阿瑟已经离开人世11年了，而裕仁仍然守口如瓶，可见其内容的重要和保密程度了。
会见天皇裕仁之后，麦克阿瑟确信，维护天皇是对日本随心所欲地进行统治的最方便的方法。麦克阿瑟和他的副手们权衡各种历史背景和日本的现状，拟出一份处置日本天皇的备忘录，其中强调：战后保留原有天皇制，对裕仁不予战犯罪名起诉，只承认天皇象征性的存在，不赋予他主宰国家的任何权力。同时，麦克阿瑟还建议裕仁改变自己在人民中的形象，并说这在盟国占领期间，对裕仁具有决定性意义。
在麦克阿瑟的授意下，裕仁天皇于1946年1月1日发表《人间宣言》，《宣言》说：“千百年来，日本人民把天皇视为神圣不可侵犯的神，把天皇说的话，不论正确与否，一律奉为不可违抗的圣旨。这是封建迷信的表现。当然，责任不在于人民，而在于皇室成员、历届内阁、军事将领为了自身利益而进行的种种欺骗宣传。恳望全国人民切实地觉悟过来，以坚定不移的意志从封建迷信中解放出来，从那些荒诞不经的欺骗宣传中解放出来！我郑重宣告：裕仁我绝不是什么神，而是个实实在在的凡人，一个食人间烟火，结婚生儿育女，犯有许多错误的凡人。现在，我庆幸自己从虚无缥缈的云霄中、神话中解放出来而回到了人间，恢复了我是凡人的本来面貌。”这为保留天皇裕仁创造了必要的舆论基础。
1946年1月，澳大利亚政府提出，裕仁作为战犯应当受审。美国佐治亚州参议员理查德？拉塞尔也有同样的提议。裕仁再次面临危机。然而，美国的既定目标是要恢复日本经济，防止日本崩溃。因此，麦克阿瑟认为，如果天皇作为战犯受审，日本就会分崩离析，他同裕仁之间发展起来的合作就会完结。于是，他电告华盛顿：“如果天皇受审，美国的占领计划就要作大幅度修改，这无疑会在日本人民中引起骚乱，废黜了他，日本国定将四分五裂。事实上，所有日本人都把天皇说为社会领袖，不管对不对，他们都把《波茨坦协定》理解为旨在保持日本天皇制。他们会把废黜天皇看作是盟国对日本历史的背叛，他们由此产生的仇恨情绪，无疑在短期内是无法熄灭的。……最终导致山区和边远地区的游击战，……一旦结束军事占领，也许奉行共产主义路线的某种严密组织就会从散沙般的群众中出现。”这份电报震动了美国当局，尤其日本将出现“游击战”和“共产主义组织”，使美国立即打消了审判裕仁的想法。
揣摩美国政府的心思，英国政府也对天皇裕仁做出评价，说天皇在日本投降时“发挥了作用”。起诉天皇，与七千万日本人为敌是“愚蠢的行动”。当时，苏联表示反对，美国则反讥苏联企图把日本纳入苏联的势力范围。在美、英两国政府的影响下，1946年4月3日，盟国同意不起诉天皇。这样，美国再一次挽救了天皇和天皇制，并落实于1946年11月3日公布的日本宪法中。作为日本未来的国家框架，宪法允许保留天皇制，不逮捕、也不起诉天皇。但在新宪法中，天皇只能是一种象征性存在。日本天皇就此逃过了一直笼罩在头顶的厄运。
麦克阿瑟为了保险起见，还在东京审判的过程中采取了保护天皇的策略，即“从速审判东条英机和他的1941年的内阁成员，借此避免扩大调查范围，以免牵连天皇”。远东国际军事法庭首席检察官兼国际检察局局长美国人季南按照麦克阿瑟的意图，改变纽伦堡审判的原则，在法庭章程中有意删去了关于追究被告责任的条款中提到国家元首的部分，从国际检察局提交给麦克阿瑟的被告名单上去掉了裕仁的名字。在东京审判的整个过程中，法庭都小心翼翼地绕开天皇的责任问题，就像避开雷区一样。但无论是文件证据，还是证人证言、被告口供，都直接或间接地涉及到天皇的战争责任。
远东国际军事法庭庭长卫勃写道：“在审讯开始前，我认为天皇作为一个绝对集权的君主，因批准开战应足以构成起诉，……在审讯中提出的证据进一步证实了我先前的看法。证据表明，天皇确实批准了开战，因而对战争负有责任。”然而，裕仁还是被保护下来，他仍然留在神圣的天皇位置上。对这样一个让人大惑不解的问题，卫勃是这样理解的：“民主国家结成同盟，不惜牺牲大量的生命和物资，向一个专制政府开战，而最终却把这个政府的专制君主留在原来的领袖位置，看来这是令人感到奇怪的。但是，裕仁并不仅仅是作为一个人而存在，他也是一个象征。不管他多么罪大恶极，他仍是整个国家的精神化身。在1945年，多数日本人以一种宗教信仰的态度，深信日本与天皇是不可分的，必须生死与共。”
天皇逃脱了战争责任的追究。从此，裕仁不仅不必为自己的命运担忧，而且可以“心安理得”地公开拒绝承认自己的战争罪责。战后，裕仁“一次也不曾就战争责任问题向国民表示谢罪”，而国民所听到的是1975年10月31日有关战争责任问题的回答记者问题，他说：“关于这种语言的修辞，我对文学方面没有什么研究，不太懂，所以对这种问题不好答复。”
日本天皇甚至把战败说成“终战”。在其“终战诏书”里没有只言片语承认战败投降，并把日本的侵略解释为“当初开战是为了自存与东亚的安定”，没有丝毫对侵略战争的悔过之意，反而说什么“朕于兹得以维护国体。……子孙相传确信神州之不灭……誓必发扬国体之精华”。在这种环境下，一旦条件适宜，日本军国主义思想便死灰复燃也就不难理解了。
出于战后美国战略利益的需要，美国政府和麦克阿瑟在权衡各种利益关系后，使日本在战败后得以维护其“国体”，并将裕仁排除在被起诉战犯的名单之外，免予追究其战争责任，这对战后彻底肃清日本军国主义产生了极其严重的消极作用。作为一场反法西斯战争，其根本目的就在于彻底摧毁法西斯政权和彻底铲除法西斯的社会、经济及思想基础。日本“国体”和天皇得以保留，可想而知，对于日本法西斯军国主义分子来讲是怎样的一种安慰。这甚至成为了日本右翼势力否定侵略战争罪行的一块挡箭牌，他们以天皇之“无罪”来论证自己之无罪、日本之无罪。既然统治这一“万邦无比的神国”的天皇依然故我，实现“肇国精神、八宏一宇”的使命就是必胜的也是神圣的。这正是日本军国主义分子的精神支柱。正是由于美国的庇护，日本早在1953年就开始修法给战犯“平反”，给战犯家属发放抚恤金、补偿金。日本利用朝鲜战争、利用美苏冷战，妄图否定东京审判的步子始终没有停止。
没有追究天皇的战争责任，与日本战后60年来始终不能真正彻底地反省历史，正确认识侵略战争的罪行有着密切的关系，而且这也是日本国内右翼势力不断嚣张和军国主义阴魂不散的原因之一。对此世人必须有一个清醒的认识。特别是在日本国内，只有正确对待天皇的战争责任，不以感情代替历史，才能真正客观地对待历史、反省战争，才能防止军国主义复活，防止曾给世界人民也包括日本人民造成深重灾难的历史重演。
