“甲申三月，帝殉社稷”，这对大江南北的明朝诸臣来说，无疑是一个晴天霹雳。但与此同时，南京留都的政治地位一下子就凸现出来了。摆在留守诸臣面前的首要任务是选立新君以作号召。在飘零的皇族中，也只有福王、桂王、惠王三个藩王的血统最近，而其中又以福王最具优势，在三个藩王中年龄最长，并已到了淮安（南京附近），而其他的两个藩王还远在广西，自然是楼台近水者先得月了。但大臣们各怀心事，一时议立不决。
这朱由崧虽然占有天时、地利，但他的人望太差，不能服众。据当时人所写的《南渡录》记载：“时王（朱由崧）闻，惧不得立，书召南窜总兵高杰与黄得功、刘良佐协谋拥戴。”朱由崧害怕自己不被拥立，一方面写信给马士英的部将高杰与黄得功、刘良佐请求协助，另一方面，把能证明自己身份的藩王玉玺、金印、文书文件等，统统带给马士英，传达了自己已到南京的信息。
当时南京的实权人物，一个是凤阳总督马士英，一个是南京兵部尚书史可法。马士英收到朱由崧的藩王玉玺后，野心骤然膨胀，认为是“定策拥立”的绝佳机会。便送书信给史可法和兵部侍郎吕大器，“言伦序亲贤，无如福王”，名为征求意见，实则是请尊朱由崧监理国事。但江南士绅，尤其是朝中的东林党人，以福王昏庸为名，坚决反对。他们属意的人选是潞王朱常，因为“诸大臣虑福王立，或追怨‘妖书’及‘挺击’、‘移宫’等案；潞王立，则无后患，且可邀功”。
这里又不得不提起一段历史的隐情：原来朱由菘的父亲福王朱常洵，因为万历皇帝宠爱其母郑贵妃，所以也就把郑贵妃的儿子朱常洵视若掌上明珠，恩宠逾于诸皇子。万历皇帝甚至几次起了废长立幼之念。但每次都遭到了大臣们（主要是东林党人）的激烈反对，虽然东林党人付出了惨痛的代价，但最后迫使万历皇帝不得不于公元1600年，立长子朱常洛为太子。而朱常洵最终出封洛阳为福王，成为万历时期“国本之争”的失败者，所以东林党人早已和福藩结下了不解之冤。为防止福王登位后的报复，以钱谦益为领袖的东林党人，便以立贤为名力主潞王承继大统。潞王虽有贤名，但血统偏远，自然缺乏继立的理由。双方意见都汇集到当时握有重兵的史可法那里，但史可法对福王不满，对潞王也有顾虑。“可法意未决。及廷臣集议，吏科给事中李沾探士英意，面折大器”。成功地拉拢住了吕大器，这样砝码就向福王一方倾斜。
在此情况下，马士英为了抢得定策元勋的头功，首先向朱由崧表白心迹，不等史可法的信来，便先斩后奏，决定武力拥立，造成了既成事实。“士英亦自庐、凤拥兵迎福王至江上，诸大臣乃不敢言。”成为从龙文臣的第一人。消息传到南京，所有人无不大惊失色。史可法此时还蒙在鼓里，他在写给马士英的信中，还在诉说朱由崧有“七不可立”的理由。没想到此信却成为落在别人手中的把柄，这也是后来史可法在朝廷遭到排挤的重要原因。随即，马士英便带领江北大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。史可法和东林党人见大势已定，虽满腔愤懑，但为了避免朝廷分裂，也不得不接受这个痛苦的现实。
朱由崧借助三镇的军事实力得以跃登九五，但也留下了后遗症。就是江北诸镇军阀常以“天子恩人”，“从龙元勋”自居，变得飞扬跋扈，不可节制。从此开了南明军阀勋镇势力尾大不掉的滥觞。
1644年4月，福王开始正式监国。5月15日，正式由监国登基，即帝位，改1645年为弘光元年。成为“南明三朝”（弘光、隆武、永历）中最早建立的王朝。圆了老福王追求一生都没有实现的帝王之梦，虽然只是破碎的山河，但承绪的毕竟是曾经辉煌的大明帝国的宝座。
但他和他的老爸又是一个德性，一生都尊奉享乐主义的哲学。他即位之后，一共做了两件事：酗酒和猎色。除了醉酒，他把自己的一切都完全彻底地交给了女人；而一离开女人，就又在酒中长醉。
先说喝酒。朱由崧被灌输最多的就是他父亲的讲话集《朱常洵训言》三卷，其主体思想就是“对酒当歌，人生几何”，因此好酒的趣闻也多。近臣刘宗周曾劝他戒酒，朱由崧不管内心怎么想，表面上说得还是十分动听：“先生这是为我好，为大明朝好，以后便不喝了。”见皇上如此真诚，刘宗周有些过意不去。帝王是天下至尊，怎能一点酒都不喝，况农夫多收了三五斗，还要自酿几坛老酒。刘宗周怪自己一时性急，没有把话说清楚，就进一步补充说：“当然也不是这么绝对，要是每次只喝一杯也不算什么。酒能健身。”朱由崧忙说：“照先生这么说，喝酒总不全是坏事。我如果拒绝就显得太不近情理了，就照先生的意思，以后就只喝一杯罢！”显得非常无奈又委曲求全似的样子。没想到以后喝酒，太监就给他准备了一只像大海碗一样的特制金杯。每次喝酒，只喝一半，旁边的人就赶紧给他斟满，并打趣说，没见底就不算一杯。
再说朱由崧的好色。他即位之初，朝廷规模还不具备，他就迫不及待地纵情声色，一心一意地享乐起来。他派太监到处收罗美女以充宫掖，闹得苏杭一带鸡飞狗跳，吓得有女儿的人家赶紧把女儿一嫁了事，使得民间嫁娶一空。直到灭国前两个月，他还忙于计较后宫妃嫔的数量之少。据清初史学家谈迁笔记记载：“上体魁硕，一日毙童女二人，厚载门日裹骸出”。和他的爷爷万历皇帝一样变态，以奸淫幼女为乐，甚至强奸至死，纯粹是一个变态的色情狂，实在骇人听闻。
朱由崧苟且偷生，一点也不以国事为念，把政事都委托马士英处理，把朝廷搞得乌烟瘴气，他还自得地说：天下事，有老马在。
朱由崧如此昏庸，外镇军阀又不听节制，他也不管，只在酒色中快活一时是一时。自然引起了东林党人的不满，东林党人对朱由崧被立为皇帝本身就怨气十足，他又这么自甘堕落，正好南明朝接连发生了“妖僧”大悲案、伪太子案、“童妃”案，各自站在自己的立场，拿来为自己的政治斗争的需要服务。东林党人便借机质疑朱由崧继统的合法性，使得文武官员和百姓疑窦满胸，于是党争又起。斗争残酷又激烈，极大地影响了弘光朝廷的凝聚力和向心力。
