当初，马士英以定策元勋自居，独揽朝中大权，也不把精力放在抗击闯军和清军之上，而是用在排挤异己上。他首先打击史可法，史可法只得离开南京督师扬州。而后又把兵部侍郎吕大器、大学士高弘图、姜曰广、吏部尚书张慎言等人相继排挤出朝。与此同时，他起用魏阉党羽阮大铖为兵部尚书兼右副都御史等职。马士英的倒行逆施之举，遭到了朝中大臣特别是东林党人以及复社人士的强烈反对。
据李清著《南渡记》载：“大铖自受事以来，凡察处降补各员，贿足则用。”阮大铖唯利是图的德行可见一斑，当时的民谣唱道：“职方贱如狗，都督满街走”。
阮大铖机敏狡猾，自然也忘不了要报复那些反对他的东林党和复社名士们，他对马士英说：“孔门弟子三千，而复社聚徒至今，不反何待？”
首先，阮大铖把从北京南下的东林党人说成是叛徒，并且鼓动江南士民对他们的激愤，还禁止他们进入南京。史可法在扬州得知情况后十分震惊，立即致疏朝廷，表示不赞成拒绝北方官员南下的做法。他建议：“诸臣原籍北土者，宜令投呈吏、兵二部，注名录用，否则绝其南归之心。”
但在马士英和阮大铖的怂恿下，南明政府颁布了杨汝成、项煜、陈名夏、徐 等“北都从贼诸臣罪状”，南下干部受到怀疑并被严惩。这种状况使得这些老干部又纷纷逃回北方，加入了满清政府，加速了南明政权的覆亡。
其次，阮大铖还为魏阉翻案，重颁《三朝要典》，兴起大狱，罗织清流。由于弘光帝在其内部的党争中偏向马士英、阮大铖等佞臣宦官，使东林党人受到了严重的打击。但东林党人在道义上获得了民间的支持，对阉党的威胁继续存在。
正在这时，又发生了童妃案，马士英认为是天赐良机，就想借此机会再一次搬倒政敌。所以一改起初对童妃的支持态度，把她变为打击对手的利器。他令司法部门深挖此案背后的主使人及附和者，意欲再兴冤狱。
这样，陈潜夫就以参与了童妃的“阴谋”而首当其冲了。因为陈潜夫与东林党人关系很好，而东林复社人士依附镇守重镇武昌的军阀左良玉，而左良玉早年是东林党人侯恂一手提拔起来的，跟东林党人向来来往密切，与马、阮等阉党和弘光帝相互猜疑，他们互为声气，文攻武卫，这就更增加了弘光君臣的不安全感。
小小的童妃案为阉党和东林党人同时提供了一个借口，童妃的真伪与否，成了左右朝廷的关键。
陈潜夫一直努力把许多河南豪杰的营寨联结成为勤王力量的防线，这样，就与极力想把河南置于自己控制之下的马士英产生了摩擦。马士英起初想任命阮大铖为河南巡抚，没有得逞，他又设法使其妹夫越其杰担任了这个职务。这个来自贵州的越其杰，曾是同知，因为贪污而被流放。回到南京后，他娶了马士英的妹妹。起初，越其杰得到河南最有势力、控制南阳地区的豪强萧应训的支持。在镇压大顺农民起义军余部的战斗中，萧应训收复了南阳全境。当萧应训之子萧三杰向越其杰报捷时，越其杰反指责他们父子是土匪。因此，当越其杰通过南阳时，萧应训及其部下向越其杰关闭城门以示抵制。另一方面，当陈潜夫经过南阳时，却受到了每个寨主和豪杰的欢迎。出于嫉妒和利益的再分配，越其杰向马士英诋毁陈潜夫。此时童妃案发，童妃案就成了马士英搞掉陈潜夫的棋子，童妃的真假此时就变得不重要了，所以童妃必死。而作为童妃发现者号的南明官吏，陈潜夫受到了牵连，他以同谋叛逆罪被投进了监狱。
与此同时，马士英、阮大铖为防左良玉，调江北四镇兵力西守。而使北方空虚，直接把河南、安徽暴露在清兵的兵锋之下。弘光元年即1645年初，宁南伯左良玉以清君侧为名浮江东下，同东林、复社党人遥相呼应，进军南京，讨伐马士英，马士英派黄得功抵御。清军趁着南明朝廷内乱，于1645年旧历四月，直扑江北，进抵淮河一线。此时的弘光帝与马士英等人，却命令江北防线的明军回师攻打左良玉，以致江北防线大开，不战自乱。
清兵攻打江北重镇扬州，史可法率众死守，损失惨重。史可法急忙向弘光小朝廷求援，弘光帝忙于内斗，无暇北顾，对他不理不睬。终因寡不敌众，于1645年4月25日，扬州沦陷，史可法殉难。清军对扬州进行了10天血腥的大屠杀，史称“扬州十日”。消息传到南京，朱由崧这才着急起来，但又不知如何是好，唯知饮酒作乐。5月，清朝豫亲王多铎率清军直扑南京。马士英、阮大铖等均逃走，后均被清军俘杀。朱由菘也慌忙收拾起行装，不做任何抵抗，于10日深夜携带爱妃，从通济门潜出，逃至芜湖黄得功军中。黄得功内心虽不胜感慨，但仍决定以愚忠报国。第二天，清军追到，黄得功安排朱由菘与爱妃避入船中。自己率部与清军展开水战，不幸被冷箭射死。其部将田维、马得功谋劫朱由菘及其爱妃，降清邀功。据郑达《野史无文》记载：当时田雄背着朱由崧，马得功在后面紧紧抱着朱由菘的双脚，生怕他跑掉。朱由崧痛哭流涕，哀求两人，却毫无效果，他便撕咬田雄的脖子，以致血流满衣。朱由崧的痛悔愤恨之情，由此可见一斑。但亡国之君，总是难逃一死。5月25日被押回南京。9月，被押送到北京。次年5月，以“谋为不轨”之罪，被杀于北京宣武门外的菜市口，年仅39岁。
朱由崧少年膏粱，以乃父的享乐主义至上的主张为主张，只可惜刚刚转入盛年，就突遭变故，只得南北流窜。昔年的钟鼓馔玉生活对他来说，成了渐行渐远的一场春梦。绝望是难免的，在乱世能够苟全性命，或许就是他最大的奢侈了。谁能料到这个破落王孙，竟有时来运转的时候，得以登上庙堂。而此时潜藏于心灵深处的欲望和渴求，算是撞上了突破口，一如喷泉上涌，释放出了它的最大峰值，使他迫不及待的、不顾一切的要挥霍自己，似乎要用这种加倍的努力把先前的所有损失都补偿回来，这里边或许多少有对自己在落魄中饱受冷眼的恐惧与轻视的报复，以及对前程未卜的不自信。一日快活胜百年，至尊无上的皇权宝座，在他看来，只不过是恢复本该曾有的温柔富贵的工具而已。他只知道享乐，所以才有童妃的悲剧。而他在醉生梦死之中，也浑然忘却了在风光无限的权力背后所隐藏的重重杀机。南明小朝廷的昏君佞臣们从一开始出演的就是一出闹剧，同时也是悲剧，在秦淮河畔香风细雨的浸淫中，他抵挡不住南京城外北来的寒风，只能成为遗落于历史夹缝中的宿命的叹息，戛然落下它畸形的黑暗的帷幕。
§§身世扑朔迷离的妃子——董鄂妃
董鄂氏的一生可用“红颜薄命”四个字概括，她的悲剧不仅在于她入宫前的特殊经历，更在于无法挣脱满蒙联姻的桎梏，她的一生给后世留下太多的话题。她的身世、她的得宠以及顺治在她去世后的出家之念，都给她短暂的生命增添了令人回味的因素。翻开历史，让我们揭开董鄂妃的神秘面纱吧。
