蒙古统治者对各种宗教都采取宽容的态度，这不仅表现在建立王朝之后，而且在其征服过程中已充分地显现出来。成吉思汗没有偏见，“对各教一视同仁，不分彼此。”不舍一种而取另一种，也不尊此而抑彼，“他尊敬的是各教中有学识的、虔诚的人。”在进军西辽时，他派一队那颜去消灭屈出律这个败类，可失哈尔（喀什噶尔）人记述说：“蒙古军一支接一支到来，除屈出律外不向我们要什么东西，允许念塔克必儿和阿赞，并且派一名使者在城内宣布，人人均可信仰自己的教规。”①蒙古军在进入穆斯林聚居的中亚和波斯以后，同样表现出这种宽容态度，并且在征服地往往任用穆斯林上层人士进行统治。到后来，作为征服者的蒙古人在精神上却被伊斯兰教所征服。蒙古军在征服西域各国以后，又回兵东征。这时有各地各族的不少穆斯林加入蒙古军来到中国。同时，蒙古人西征，建立政权后，也促进了中国与西域的经济、文化交流，这时不仅有不少阿拉伯人、波斯人、中亚人，乃至欧洲人来华，也有许多中国人前往西域。前者如著名的意大利旅行家马可·波罗、摩洛哥人伊本·白图泰；后者如道教的长春真人邱处机、常德，耶律楚材等。但更多的则是那些为中西经济、文化交流作出巨大贡献而没有留下姓名的商人、工匠、军士之类的人。
①〔伊朗〕志费尼：《世界征服者史》，上册，第29、74页，内蒙古人民出版社，1981年版。
元朝建立后，实行种族政策，将人分为四等：蒙古人、色目人、汉人和南人。这里所谓的色目人是对西域人的统称，“在种类繁多、名目不一的色目人中，以回回人为最多，因而有时也用回回人代称色目人。”①“蒙古人之征服中国，因色目人的功劳颇大，故色目人的待遇也与蒙古人同，而汉人与南人则望尘莫及。”②正因为如此，元时来中国的穆斯林要比唐宋时多得多。在这些人中间，不仅有商人，而更多的是军人和从军的工匠，还有其他许多不同职业的人。他们居住的地方也已经不局限于通商口岸和陆路交通线上的一些都市，而是大分散小集中地长期居住在中国各地。所以周密《癸辛杂识续集》说：“今回回皆以中原为家，江南尤多”。《明史·西域传》也说：“元时回回遍天下。”
①杨志玖：《略谈“色目人”》，见《文史知识》1985年第3期。
②刘风五：《回教徒与中国历代的关系》，见《中国伊斯兰教史参考资料选编》，上册，第135页，宁夏人民出版社，1985年版。
这众多的穆斯林，除来自西域者外，伊斯兰教徒在中国与他族人结婚繁衍的后代和蒙、汉等族的人改宗者亦不在少数。穆斯林不再以客人自居，读书求仕者愈多，在政治、经济、军事、文化方面都取得了相当高的地位，“著录于《元史·氏族志》者逾百人。”①在生活习惯、风俗、礼仪方面也日益华化。陈垣在《元西域人华化考》中对此作了较为详细的论述。这时，穆斯林已具有相当大的经济实力，正如许有壬《至正集》卷五二，《碑志》一零《哈只全心碑文》所说：“我元始征西北诸国，而西域最先内附，故其国人柄用尤多。大贾擅水陆利，天下名城巨邑，必居其津要，专其膏腴。”②故在陶宗仪的《辍耕录》卷二八中有“富贵回回”之称。在政治地位方面，自中央和行省的丞相、平章政事至州县的达鲁花赤，都有不少穆斯林担任，并且有专门为回回设立的官职，出现了像赛典赤·赡思丁这样一大批贤明的政治家。在学术上，穆斯林也占有相当重要的地位，在许多方面都取得了巨大的成就，出现了像诗人萨都剌、丁鹤年，建筑家也黑迭儿丁、天文学家扎马鲁丁这样一些出类拔萃的人物。
①陈垣：《回回教入中国史略》，贝《中国伊斯兰教史参考资料选编》，上册，第10页，宁夏人民出版社，1985年版。
②张星：《中西交通史料汇编》，第2册，第327页，中华书局，1977版。
随着穆斯林人口的增加，有更多的清真寺在各地建立起来，在清真寺周围形成穆斯林聚居的坊。规模大的清真寺设有掌教和专门执掌教法的人。以宗教法官（哈迪）掌管穆斯林之诉讼，这在唐末时已经有之，但那时仅限于通商口岸之侨民，而元代则在中央设立哈的所，下有司属，统管中国境内之穆斯林。不过哈的所的职权前后不尽相同，在至大四年撤销前除为国祈福外，还要过问穆斯林之诉讼；及至呈庆元年再置时，则只准祈福并掌教念经，而不准再过问诉讼。
元代时伊斯兰教在中国发生了不小的变化，穆斯林的人数增加，经济和社会政治地位提高。但总的来讲，穆斯林仍以外来者为主体，蒙、汉人的皈依并未改变这一状况。就中国内地来讲，正如杨兆钧所说，从唐初到明初，“即从7世纪到15世纪。这800年间伊斯兰教在中国教义不明，教名未定，不见于典籍及著作，亦无汉文译著，是个侨民的宗教，或外来民族的宗教。”①不过，在中国边远的省份新疆，情况则有所不同，从公元10世纪开始，信仰伊斯兰教的主要是我国的维吾尔族和其他少数民族。
①杨兆钧：《中国伊斯兰教历史的分期问题》，见《伊斯兰教在中国》，第15页，宁夏人民出版社，1982年版。
四、喀喇汗王朝与伊斯兰教在新疆的传播
唐王朝灭亡后，中国又一度陷入封建割据的状态，西域也出现了地方性的小王朝，主要的有喀喇汗国、于阗、高昌等。喀喇汗王朝（亦称黑汗王朝）形成于10世纪上半期，主要由一些操突厥语的游牧部族组成。领有中亚巴尔喀什湖以东以南地区和今新疆西部。关于喀喇汗王朝的起源，众说纷纭，莫衷一是，1986年出版的魏良著《喀喇汗王朝史稿》把各家说法作了归纳，在对各种史料进行分析研究后认为：“公元840年，曾左右中亚和东亚局势近百年的回鹘汗国在内乱屡起，天灾频仍的情况下，因黠戛斯的突袭而溃散。其最大的一支在庞特勒的率领下西奔葛逻禄（七河地区）。他们到达后夺取了政权，建立起喀喇汗王朝。庞特勒自称可汗，建立于巴拉沙衮附近的喀喇斡耳朵，并迅速把领域扩大到唐朝安西和北庭两都护府所辖的大部地区。”①这就是说，喀喇汗王朝是由回鹘人建立的，现在许多学者也趋向于回鹘起源说。历史上人称喀喇汗朝的始祖是毗伽阙·卡迪尔汗，这可能是庞特勒自称可汗后采用的称号。喀喇汗王朝的统治者认为自己是中国人，自毗伽阙·卡迪尔汗以下，有的首领带有“东方和中国王”的头衔，有的用“桃花石汗”（意为中国汗，西域人称汉人为“桃花石”）。
①魏良弢：《喀喇汗王朝史稿》，第50页，新疆人民出版社，1986年版。
毗伽阙·卡迪尔汗死后，由他的两个儿子继位。长子巴兹尔为大汗，治巴拉沙衮；次子奥古尔恰克为卡迪尔汗，治怛逻斯。以后，怛逻斯被萨曼王朝国王伊斯玛仪·本·马赫穆德的军队攻陷，奥古尔恰克被迫迁都喀什噶尔，继续同萨曼王朝进行斗争。公元904年派兵袭击萨曼王朝的边境，时值萨曼王朝发生内讧，一位王子从河中地区逃到喀什噶尔寻求庇护，被安置在阿图什。大概就在这时，喀喇汗王朝汉族的某些成员皈依了伊斯兰教。如果说唐宋时期内地和沿海的穆斯大林都是外国侨民，那么随着喀喇汗国的伊斯兰化，新疆的穆斯林主要是皈依伊斯兰教的中国少数民族成员。
据说，喀喇汗朝的沙土克·波格拉汗·阿布德·克里木（卒于公元955年）是第一个接受伊斯兰教的汗。他是巴兹尔之子、奥古尔恰克之侄，本名沙土克，受萨曼王子或苏非派教士的影响皈依伊斯兰教，取教名阿布德·克里木；在萨曼王朝的支持下打败奥古尔恰克，占领喀什喝尔后，称波格拉汗。他在巩固了自己的政权后，又从曾经支持过他的萨曼人手中夺回怛逻斯；还同未皈依伊斯兰教的巴拉沙衮大汗展开斗争，并于公元942年占领巴拉沙衮。
沙土克·波格拉汗于公元955年去世，葬于阿图什。长子巴伊塔什继任，称阿尔斯兰汗，教名为穆萨·本·阿布德·克里木。在他执政时期，在苏非派教士的帮助下，汗国实现了伊斯兰化。公元10世纪阿拉伯历史学家伊本·米斯卡维希和公元12—13世纪阿拉伯历史学家伊本·阿西尔在其著作中都曾提到，公元960年有20万帐突厥人皈依伊斯兰教。就在这一年，穆萨宣布伊斯兰教为国教。从此正式开始了第一个突厥族伊斯兰教王朝的历史。“伊斯兰教的传入，在新疆及维吾尔等民族的历史上，关系重大，影响深远。”①
①新疆民族研究所：《新疆简史》第1册，第157页，新疆人民出版社，1980年版。
在穆萨的儿子哈桑·波格拉汗执政时期，王朝达到鼎盛时期，他远征阿姆河以北诸地，攻占布哈拉城，公元993年死于归途。他在位时，辖地包括喀什噶尔、喀喇昆仑、怛逻斯、讹打剌等地。他的兄弟阿里·阿尔斯兰汗于998年在向英吉沙武力传教时战死。
以后，喀喇汗王朝发生内讧，遂分为东西两支，并于公元1041年形成两个汗国。哈桑的儿子喀的尔汗·玉素甫以喀什为中心，向东、西扩张势力，传播伊斯兰教。叶尔羌、于阗就是通过“圣战”伊斯兰化的。
喀喇汗王朝时期，社会经济发展，伊斯兰教得到传播，文化方面也取得了巨大成就，形成一种新的文化——突厥伊斯兰文化。公元11世纪出现的著名叙事长诗《福乐智慧》和《突厥语大词典》是王朝繁荣昌盛时期的代表作。前者的作者是巴拉沙衮人玉素甫·哈斯·哈吉甫，公元1069年完成于喀什噶尔；这是用韵文式的突厥语写成的第一部文献。内容是按照伊斯兰教的道德标准讲述做人的道理。后者的编撰人是马赫穆德·喀什噶尔。他自己说，以民族论，他是维吾尔人，父亲侯赛因生于喀什噶尔，祖父穆罕默德是喀喇汗王朝一位汗的后代。《突厥语大词典》用阿拉伯文写成，所收条目的范围非常广泛，不仅是世界上第一部突厥语词典，而且也可以算得上一部简明的“百科全书”。由阿赫马德·本·马赫穆德于公元12世纪末或13世纪初用当时喀什噶尔语写成的《真理的入门》也是喀喇汗朝时期留下的我国维吾尔族文学名著之一。它是一部劝诫性的长诗，讲的是伦理道德。但由于作者高超的语言技能，全书结构严谨，并不因其内容而使人读来感到枯燥无味。这部作品完成于喀喇汗朝的衰微时期，因而在一定程度上反映了当时社会的凋敝，控诉了社会的不平等。新疆人民出版社在1981年出版了魏萃一的汉译本，这就使更多的人可以读到这一名著。
唐朝以后的200多年间，在西域除喀喇汗王朝，于阗政权和高昌回鹘政权外，还有一些小的部族，如乌孙、西突厥等等，他们都与辽朝有着较密切的关系，辽朝在各地设立相应的王府进行统治。公元1124年（辽保大四年），辽朝在金兵的打击下濒临灭亡，契丹贵族耶律大石率领一部分人向西北逃亡，最后到达西域，建立了西辽王朝，即穆斯林史料中所说的喀喇契丹。西辽统治者信仰佛教，但对佛教以外的其他宗教特别是伊斯兰教是不排斥的。
公元13世纪初蒙古汗国在我国漠北兴起后，分布于阿尔泰山一带的乃蛮部首领屈出律被迫逃到西辽境内。屈出律利用西辽境内的反叛势力，于公元1211年（西辽天禧三十四年）篡夺西辽政权。屈出律仍用西辽国号。屈出律不仅对人民群众实行血腥统治，镇压喀什噶尔等地的抵抗运动，而且强迫穆斯林放弃伊斯兰教，改宗佛教或景教。伊斯兰教在新疆的传播遇到阻碍。只是到了公元14世纪后半期，在蒙古察合台汗的后裔秃黑鲁帖木儿及其儿子统治时期，伊斯兰教才在新疆得到进一步的传播。当时对伊斯兰教“崇奉之热，几等于狂”。到公元15世纪后期，在吐鲁番和哈密地区伊斯兰教也取佛教而代之。
五、明清时期的伊斯兰教
元代的阶级斗争，往往带有民族斗争的形式。朱元璋以种族革命为号召，推翻元朝的统治，建立起以汉族为主的明王朝。
明初，太祖也曾执行排斥他族的政策，对蒙古人和色目人作过某些限制，如明令曾经帮助元朝的蒲寿庚、黄万石的子孙“不得读书入仕”；拒绝外族内徙；禁止外族人自相嫁娶，《明律》。卷六规定“凡蒙古、色目人，听与中国人（汉人）为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者杖八十，男女入宫为奴”；限制伊斯兰教之教长只有布道权，而再不能掌管穆斯林之诉讼事宜；更为引人注目的是变所谓胡姓为汉姓，结果在内地的穆斯林多取与原姓相近的汉姓，如纳速剌丁变为纳，马茂德变为马等等。这些姓氏有的汉姓原已有之，如马、王、丁、刘、穆、安等；有的则为原来汉姓所没有，一听即知为回回之姓氏，如哈、者、买、卖、初等。
明初尽管对色目人其中包括穆斯林作出种种限制，但历经长达六七个世纪的迁徙、繁衍和发展，穆斯林已分布于全国各地，并且在中国牢固地扎下了根，成为一支不可忽视的力量。穆斯林为国建功立业，担任要职者仍然很多，如开国功勋常遇春、屡从征战有功的沐英、历法家马沙亦赫、奉使七下西洋的三宝太监郑和等人。薛文波认为，明太祖“臣属中多回民，常遇春武将以下，强半为回民”；陈垣也说，“明时回回人给事宫廷者甚多。”其中有些见于记载，有些是否为穆斯林很难分辨，“因自元朝以后，回教徒在中国做官的，或者社会中有相当地位的，大都皆讳言自己是回教徒，甚至有出教的”。①
①刘风五：《回教徒与中国历代的关系》，见《中国伊斯兰教史参考资料选编》，上册，第149页，宁夏人民出版社，1985年版；还可参阅陈垣：《元西域人华化考》。
至于上述《明律》对外族人不得自相嫁娶的规定，未必能够完全做到，何况穆斯林与非穆斯林嫁娶更可能使信奉伊斯兰教的人口增加，因为《古兰经》明文规定：穆斯林不与以物配主的人结婚，除非后者皈依伊斯兰教。这样一来，汉人与穆斯林结婚，就要改信伊斯兰教。
